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'Mycoplasmoides genitalium G37' 243273 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 1 sample 1 1444 ? 'Mycoplasmoides genitalium G37' 243273 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP MGP3_MYCGE P22747 ? 1 ;MKTMRKQIYKKAYWLLLPFLPLALANTFLVKEDSKNVTAYTPFATPITDSKSDLVSLAQLDSSYQIADQTIHNTNLFVLF KSRDVKVKYESSGSNNISFDSTSQGEKPSYVVEFTNSTNIGIKWTMVKKYQLDVPNVSSDMNQVLKNLILEQPLTKYTLN SSLAKEKGKTQREVHLGSGQANQWTSQRNQHDLNNNPSPNASTGFKLTTGNAYRKLSESWPIYEPIDGTKQGKGKDSSGW SSTEENEAKNDAPSVSGGGSSSGTFNKYLNTKQALESIGILFDDQTPRNVITQLYYASTSKLAVTNNHIVVMGNSFLPSM WYWVVERSAQENASNKPTWFANTNLDWGEDKQKQFVENQLGYKETTSTNSHNFHSKSFTQPAYLISGIDSVNDQIIFSGF KAGSVGYDSSSSSSSSSSSSTKDQALAWSTTTSLDSKTGYKDLVTNDTGLNGPINGSFSIQDTFSFVVPYSGNHTNNGTT GPIKTAYPVKKDQKSTVKINSLINATPLNSYGDEGIGVFDALGLNYNFKSNQERLPSRTDQIFVYGIVSPNELRSAKSSA DSTGSDTKVNWSNTQSRYLPVPYNYSEGIIDADGFKRPENRGASVTTFSGLKSIAPDGFANSIANFSVGLKAGIDPNPVM SGKKANYGAVVLTRGGVVRLNFNPGNDSLLSTTDNNIAPISFSFTPFTAAESAVDLTTFKEVTYNQESGLWSYIFDSSLK PSHDGKQTPVTDNMGFSVITVSRTGIELNQDQATTTLDVAPSALAVQSGIQSTTQTLTGVLPLSEEFSAVIAKDSDQNKI DIYKNNNGLFEIDTQLSNSVATNNGGLAPSYTENRVDAWGKVEFADNSVLQARNLVDKTVDEIINTPEILNSFFRFTPAF EDQKATLVATKQSDTSLSVSPRIQFLDGNFYDLNSTIAGVPLNIGFPSRVFAGFAALPAWVIPVSVGSSVGILFILLVLG LGIGIPMYRVRKLQDASFVNVFKKVDTLTTAVGSVYKKIITQTGVVKKAPSALKAANPSVKKPAAFLKPPVQPPSKPEGE QKAVEVKSEETKS ; 1 2 UNP ADP1_MYCGE P20796 ? 2 ;MHQPKKRLAKKSWAFLTAALTLGVITGVGGYFLFNQNKQRSSVSNFAYQPKQLSVKHQQAVDETLTPWTWNNNNFSSLKI TGENPGSFGLVRSQNDNLNISSVTKNSSDDNLKYLNAVEKYLDGQQNFAIRRYDNNGRALYDINLAKMENPSTVQRGLNG EPIFDPFKGFGLTGNAPTDWNEIKGKVPVEVVQSPHSPNLYFVLLVPKVALEYHNLNNQVVKESLEVKATQSSFNPTQRL QKDSPVKDSSKQGEKLSETTASSMSSGMATSTRAKALKVEVERGSQSDSLLKNDFAKKPLKHKNSSGEVKLEAEKEFTEA WKPLLTTDQIAREKGMGATVVSFYDAPYSENHTAFGLVDHIDPKKMVENYPPSWKTPKWNHHGIWDYNARNLLLQTTGFF NPRRHPEWFDEGQAKADNTSPGFKVGDTDHKKDGFKKNSSSPIALPFEAYFANIGNMVAIGNSVFIFGGNGHATKMFTTN PLSIGVFRIKYTDNFSKSSVTGWPYAVLFGGLINPQTNGLKDLPLGTNRWFEYVPRMAVSGVKWVGNQLVLAGTLTMGDT ATVPRLKYDQLEKHLNLVAQGQGLLREDLQIFTPYGWANRPDIPVGAWLQDEMGSKFGPHYFLNNPDIQDNVNNDTVEAL ISSYKNTDKLKHVYPYRYSGLYAWQLFNWSNKLTNTPLSANFVNENSYAPNSLFAAILNEDLLTGLSDKIFYGKENEFAE NEADRFNQLLSLNPNPNTNWARYLNVVQRFTTGPNLDSSTFDQFLDFLPWIGNGKPFSNSPSPSTSASSSTPLPTFSNIN VGVKSMITQHLNKENTRWVFIPNFSPDIWTGAGYRVQSANQKNGIPFEQVKPSNNSTPFDPNSDDNKVTPSGGSSKPTTY PALPNSISPTSDWINALTFTNKNNPQRNQLLLRSLLGTIPVLINKSGDSNDQFNKDSEQKWDKTETNEGNLPGFGEVNGL YNAALLHTYGFFGTNTNSTDPKIGFKADSSSSSSSTLVGSGLNWTSQDVGNLVVINDTSFGFQLGGWFITFTDFIRPRTG YLGITLSSLQDQTIIWADQPWTSFKGSYLDSDGTPKSLWDPTALKSLPNSSTTYDTNPTLSPSFQLYQPNKVKAYQTTNT YNKLIEPVDATSAATNMTSLLKLLTTKNIKAKLGKGTASSQGNNNGGGVSQTINTITTTGNISEGLKEETSIQAETLKKF FDSKQNNKSEIGIGDSTFTKMDGKLTGVVSTPLVNLINGQGATSDSDTEKISFKPGNQIDFNRLFTLPVTELFDPNTMFV YDQYVPLLVNLPSGFDQASIRLKVISYSVENQTLGVRLEFKDPQTQQFIPVLNASSTGPQTVFQPFNQWADYVLPLIVTV PIVVIILSVTLGLTIGIPMHRNKKALQAGFDLSNKKVDVLTKAVGSVFKEIINRTGISNAPKKLKQATPTKPTPKTPPKP PVKQ ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8PBZ A 1 ? 1053 ? 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'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 SIA 'D-saccharide, alpha linking' . 'N-acetyl-alpha-neuraminic acid' 'N-acetylneuraminic acid; sialic acid; alpha-sialic acid; O-SIALIC ACID' 'C11 H19 N O9' 309.270 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8PBZ _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 8PBZ _struct.title 'Sub-tomogram average of the Nap adhesion complex from the human pathogen Mycoplasma genitalium at 11 Angstrom.' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8PBZ _struct_keywords.text 'Adhesion, Mycoplasma genitalium, CELL ADHESION' _struct_keywords.pdbx_keywords 'CELL ADHESION' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 3 ? F N N 3 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 LEU A 54 ? ALA A 58 ? LEU A 54 ALA A 58 1 ? 5 HELX_P HELX_P2 AA2 SER A 138 ? ASN A 147 ? SER A 138 ASN A 147 1 ? 10 HELX_P HELX_P3 AA3 LEU A 159 ? ALA A 164 ? LEU A 159 ALA A 164 1 ? 6 HELX_P HELX_P4 AA4 THR A 170 ? LEU A 176 ? THR A 170 LEU A 176 1 ? 7 HELX_P HELX_P5 AA5 GLN A 183 ? ARG A 188 ? GLN A 183 ARG A 188 1 ? 6 HELX_P HELX_P6 AA6 ASN A 189 ? ASP A 192 ? 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HD22 A ASN 142 ? ? 1.48 191 1 OE2 D GLU 357 ? ? HG1 D THR 379 ? ? 1.49 192 1 OE2 A GLU 357 ? ? HG1 A THR 379 ? ? 1.49 193 1 N A GLY 664 ? ? HG23 E ILE 1176 ? ? 1.49 194 1 HH D TYR 89 ? ? OD1 D ASN 142 ? ? 1.49 195 1 HZ1 D LYS 156 ? ? OD2 D ASP 694 ? ? 1.49 196 1 HD13 B ILE 1176 ? ? C D PRO 663 ? ? 1.49 197 1 HH A TYR 89 ? ? OD1 A ASN 142 ? ? 1.49 198 1 HZ1 A LYS 156 ? ? OD2 A ASP 694 ? ? 1.49 199 1 O A GLN 231 ? ? HH A TYR 268 ? ? 1.50 200 1 O D GLN 231 ? ? HH D TYR 268 ? ? 1.50 201 1 O A PRO 1009 ? ? H A LYS 1013 ? ? 1.50 202 1 O A THR 754 ? ? HG21 E THR 1177 ? ? 1.50 203 1 O B ILE 1176 ? ? NZ D LYS 642 ? ? 1.50 204 1 HE2 A LYS 983 ? ? CB B PRO 1429 ? ? 1.51 205 1 HZ3 B LYS 1396 ? ? OD1 D ASP 985 ? ? 1.51 206 1 HZ3 D LYS 997 ? ? CB E ASN 1419 ? ? 1.51 207 1 O D ALA 1024 ? ? N D PHE 1025 ? ? 1.51 208 1 CZ B ARG 1381 ? ? OG1 D THR 1050 ? ? 1.51 209 1 CG A ASN 662 ? ? CD1 E ILE 1176 ? ? 1.51 210 1 O D VAL 87 ? ? HD22 D ASN 289 ? ? 1.52 211 1 O A VAL 87 ? ? 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N B PRO 1432 ? ? CA B PRO 1432 ? ? 135.13 119.30 15.83 1.50 Y 72 1 C B LYS 1431 ? ? N B PRO 1432 ? ? CD B PRO 1432 ? ? 105.11 128.40 -23.29 2.10 Y 73 1 O B PRO 1432 ? ? C B PRO 1432 ? ? N B THR 1433 ? ? 92.02 122.70 -30.68 1.60 Y 74 1 O B THR 1433 ? ? C B THR 1433 ? ? N B PRO 1434 ? ? 102.79 121.10 -18.31 1.90 Y 75 1 C B THR 1433 ? ? N B PRO 1434 ? ? CD B PRO 1434 ? ? 108.73 128.40 -19.67 2.10 Y 76 1 O B PRO 1434 ? ? C B PRO 1434 ? ? N B LYS 1435 ? ? 91.61 122.70 -31.09 1.60 Y 77 1 O B LYS 1435 ? ? C B LYS 1435 ? ? N B THR 1436 ? ? 97.89 122.70 -24.81 1.60 Y 78 1 O B THR 1436 ? ? C B THR 1436 ? ? N B PRO 1437 ? ? 107.27 121.10 -13.83 1.90 Y 79 1 C B THR 1436 ? ? N B PRO 1437 ? ? CD B PRO 1437 ? ? 110.37 128.40 -18.03 2.10 Y 80 1 O B PRO 1437 ? ? C B PRO 1437 ? ? N B PRO 1438 ? ? 103.58 121.10 -17.52 1.90 Y 81 1 C B PRO 1437 ? ? N B PRO 1438 ? ? CD B PRO 1438 ? ? 105.51 128.40 -22.89 2.10 Y 82 1 O B PRO 1438 ? ? C B PRO 1438 ? ? 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CA D PRO 1028 ? ? 136.30 119.30 17.00 1.50 Y 106 1 C D LYS 1027 ? ? N D PRO 1028 ? ? CD D PRO 1028 ? ? 94.54 128.40 -33.86 2.10 Y 107 1 O D PRO 1028 ? ? C D PRO 1028 ? ? N D PRO 1029 ? ? 107.04 121.10 -14.06 1.90 Y 108 1 C D PRO 1028 ? ? N D PRO 1029 ? ? CA D PRO 1029 ? ? 130.12 119.30 10.82 1.50 Y 109 1 C D PRO 1028 ? ? N D PRO 1029 ? ? CD D PRO 1029 ? ? 104.62 128.40 -23.78 2.10 Y 110 1 CA D PRO 1029 ? ? C D PRO 1029 ? ? N D VAL 1030 ? ? 130.51 117.20 13.31 2.20 Y 111 1 O D PRO 1029 ? ? C D PRO 1029 ? ? N D VAL 1030 ? ? 90.52 122.70 -32.18 1.60 Y 112 1 O D VAL 1030 ? ? C D VAL 1030 ? ? N D GLN 1031 ? ? 91.95 122.70 -30.75 1.60 Y 113 1 C D VAL 1030 ? ? N D GLN 1031 ? ? CA D GLN 1031 ? ? 137.55 121.70 15.85 2.50 Y 114 1 O D GLN 1031 ? ? C D GLN 1031 ? ? N D PRO 1032 ? ? 109.56 121.10 -11.54 1.90 Y 115 1 C D GLN 1031 ? ? N D PRO 1032 ? ? CD D PRO 1032 ? ? 106.93 128.40 -21.47 2.10 Y 116 1 O D PRO 1032 ? ? C D PRO 1032 ? ? N D PRO 1033 ? ? 102.16 121.10 -18.94 1.90 Y 117 1 C D PRO 1032 ? ? N D PRO 1033 ? ? CD D PRO 1033 ? ? 104.65 128.40 -23.75 2.10 Y 118 1 CA D PRO 1033 ? ? C D PRO 1033 ? ? N D SER 1034 ? ? 135.20 117.20 18.00 2.20 Y 119 1 O D PRO 1033 ? ? C D PRO 1033 ? ? N D SER 1034 ? ? 88.12 122.70 -34.58 1.60 Y 120 1 C D PRO 1033 ? ? N D SER 1034 ? ? CA D SER 1034 ? ? 140.07 121.70 18.37 2.50 Y 121 1 O D SER 1034 ? ? C D SER 1034 ? ? N D LYS 1035 ? ? 96.89 122.70 -25.81 1.60 Y 122 1 C D LYS 1035 ? ? N D PRO 1036 ? ? CD D PRO 1036 ? ? 114.86 128.40 -13.54 2.10 Y 123 1 CA D PRO 1036 ? ? C D PRO 1036 ? ? N D GLU 1037 ? ? 131.63 117.20 14.43 2.20 Y 124 1 O D PRO 1036 ? ? C D PRO 1036 ? ? N D GLU 1037 ? ? 86.68 122.70 -36.02 1.60 Y 125 1 O D GLU 1037 ? ? C D GLU 1037 ? ? N D GLY 1038 ? ? 106.51 123.20 -16.69 1.70 Y 126 1 O D GLY 1038 ? ? C D GLY 1038 ? ? N D GLU 1039 ? ? 85.54 122.70 -37.16 1.60 Y 127 1 O D GLU 1039 ? ? C D GLU 1039 ? ? N D GLN 1040 ? ? 98.10 122.70 -24.60 1.60 Y 128 1 O D GLN 1040 ? ? C D GLN 1040 ? ? N D LYS 1041 ? ? 93.75 122.70 -28.95 1.60 Y 129 1 O D LYS 1041 ? ? C D LYS 1041 ? ? N D ALA 1042 ? ? 96.83 122.70 -25.87 1.60 Y 130 1 CA D ALA 1042 ? ? C D ALA 1042 ? ? N D VAL 1043 ? ? 130.54 117.20 13.34 2.20 Y 131 1 O D ALA 1042 ? ? C D ALA 1042 ? ? N D VAL 1043 ? ? 93.79 122.70 -28.91 1.60 Y 132 1 O D VAL 1043 ? ? C D VAL 1043 ? ? N D GLU 1044 ? ? 98.69 122.70 -24.01 1.60 Y 133 1 O D GLU 1044 ? ? C D GLU 1044 ? ? N D VAL 1045 ? ? 102.21 122.70 -20.49 1.60 Y 134 1 O D VAL 1045 ? ? C D VAL 1045 ? ? N D LYS 1046 ? ? 93.25 122.70 -29.45 1.60 Y 135 1 O D LYS 1046 ? ? C D LYS 1046 ? ? N D SER 1047 ? ? 99.84 122.70 -22.86 1.60 Y 136 1 CA D SER 1047 ? ? C D SER 1047 ? ? N D GLU 1048 ? ? 131.14 117.20 13.94 2.20 Y 137 1 O D SER 1047 ? ? C D SER 1047 ? ? N D GLU 1048 ? ? 84.01 122.70 -38.69 1.60 Y 138 1 O D GLU 1048 ? ? C D GLU 1048 ? ? N D GLU 1049 ? ? 95.34 122.70 -27.36 1.60 Y 139 1 O D GLU 1049 ? ? C D GLU 1049 ? ? N D THR 1050 ? ? 91.88 122.70 -30.82 1.60 Y 140 1 O D THR 1050 ? ? C D THR 1050 ? ? N D LYS 1051 ? ? 95.77 122.70 -26.93 1.60 Y 141 1 O D LYS 1051 ? ? C D LYS 1051 ? ? N D SER 1052 ? ? 92.65 122.70 -30.05 1.60 Y 142 1 NE E ARG 132 ? ? CZ E ARG 132 ? ? NH2 E ARG 132 ? ? 124.21 120.30 3.91 0.50 N 143 1 NE E ARG 138 ? ? CZ E ARG 138 ? ? NH2 E ARG 138 ? ? 124.54 120.30 4.24 0.50 N 144 1 NE E ARG 156 ? ? CZ E ARG 156 ? ? NH2 E ARG 156 ? ? 123.40 120.30 3.10 0.50 N 145 1 NE E ARG 239 ? ? CZ E ARG 239 ? ? NH2 E ARG 239 ? ? 123.84 120.30 3.54 0.50 N 146 1 NE E ARG 390 ? ? CZ E ARG 390 ? ? NH2 E ARG 390 ? ? 123.34 120.30 3.04 0.50 N 147 1 NE E ARG 488 ? ? CZ E ARG 488 ? ? NH2 E ARG 488 ? ? 123.81 120.30 3.51 0.50 N 148 1 NE E ARG 529 ? ? CZ E ARG 529 ? ? NH2 E ARG 529 ? ? 124.12 120.30 3.82 0.50 N 149 1 NE E ARG 536 ? ? CZ E ARG 536 ? ? NH2 E ARG 536 ? ? 123.54 120.30 3.24 0.50 N 150 1 NE E ARG 565 ? ? CZ E ARG 565 ? ? NH2 E ARG 565 ? ? 123.75 120.30 3.45 0.50 N 151 1 NE E ARG 657 ? ? 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'MODEL REFINEMENT' ? 13 ? 1 ? ? ? # _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details 'Mildy lysed M. genitalium cells' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # _em_volume_selection.details ? _em_volume_selection.id 1 _em_volume_selection.image_processing_id 1 _em_volume_selection.method ? _em_volume_selection.num_tomograms 420 _em_volume_selection.num_volumes_extracted 36720 _em_volume_selection.reference_model ? # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'German Research Foundation (DFG)' Germany 'GRK 2566/1' 1 'German Research Foundation (DFG)' Germany 'FR 1653/6-3' 2 # loop_ _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.hetero E 3 BGC 1 C BGC 1 C BGC 1 n E 3 GAL 2 C GAL 2 C GAL 2 n E 3 SIA 3 C SIA 3 C SIA 3 n F 3 BGC 1 F BGC 1 F BGC 1 n F 3 GAL 2 F GAL 2 F GAL 2 n F 3 SIA 3 F SIA 3 F SIA 3 n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier BGC 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DGlcpb BGC 'COMMON NAME' GMML 1.0 b-D-glucopyranose BGC 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-Glcp BGC 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Glc GAL 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DGalpb GAL 'COMMON NAME' GMML 1.0 b-D-galactopyranose GAL 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-Galp GAL 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Gal SIA 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DNeup5Aca SIA 'COMMON NAME' GMML 1.0 'N-acetyl-a-D-neuraminic acid' SIA 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 a-D-Neup5Ac SIA 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Neu5Ac # _pdbx_entity_branch.entity_id 3 _pdbx_entity_branch.type oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_descriptor.ordinal _pdbx_entity_branch_descriptor.entity_id _pdbx_entity_branch_descriptor.descriptor _pdbx_entity_branch_descriptor.type _pdbx_entity_branch_descriptor.program _pdbx_entity_branch_descriptor.program_version 1 3 DNeup5Aca2-6DGalpb1-4DGlcpb1-ROH 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 2 3 'WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-3/a4-b1_b6-c2' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 3 3 '[][D-1-deoxy-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(6+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}' LINUCS PDB-CARE ? # loop_ _pdbx_entity_branch_link.link_id _pdbx_entity_branch_link.entity_id _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.value_order _pdbx_entity_branch_link.details 1 3 2 GAL C1 O1 1 BGC O4 HO4 sing ? 2 3 3 SIA C2 O2 2 GAL O6 HO6 sing ? # loop_ _pdbx_entity_branch_list.entity_id _pdbx_entity_branch_list.comp_id _pdbx_entity_branch_list.num _pdbx_entity_branch_list.hetero 3 BGC 1 n 3 GAL 2 n 3 SIA 3 n # loop_ _pdbx_initial_refinement_model.id _pdbx_initial_refinement_model.type _pdbx_initial_refinement_model.source_name _pdbx_initial_refinement_model.accession_code 1 'experimental model' PDB 6R43 2 'experimental model' PDB 6RUT 3 'in silico model' AlphaFold ? # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' #