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G0S1T5 1 ? 437 ? 1 437 2 2 8PTW CV 1 ? 781 ? G0S5R0 1 ? 781 ? 1 781 3 1 8PTW CU 1 ? 437 ? G0S1T5 1 ? 437 ? 1 437 4 2 8PTW CW 1 ? 781 ? G0S5R0 1 ? 781 ? 1 781 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8PTW _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 8PTW _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.004 ? 14568 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.726 ? 19922 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 4.937 ? 2010 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.047 ? 2394 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.008 ? 2544 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8PTW _struct.title 'Chaetomium thermophilum Rix1-complex' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8PTW _struct_keywords.text 'biogenesis, pre-60S, 5S RNP, RIBOSOME' _struct_keywords.pdbx_keywords RIBOSOME # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 1 ? D N N 2 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 LEU A 153 ? GLU A 158 ? LEU CT 153 GLU CT 158 1 ? 6 HELX_P HELX_P2 AA2 SER A 369 ? ALA A 377 ? SER CT 369 ALA CT 377 1 ? 9 HELX_P HELX_P3 AA3 PRO A 381 ? TYR A 393 ? PRO CT 381 TYR CT 393 1 ? 13 HELX_P HELX_P4 AA4 PRO B 4 ? THR B 17 ? PRO CV 4 THR CV 17 1 ? 14 HELX_P HELX_P5 AA5 SER B 21 ? CYS B 36 ? SER CV 21 CYS CV 36 1 ? 16 HELX_P HELX_P6 AA6 CYS B 36 ? 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ILE CV 577 PHE CV 585 1 ? 9 HELX_P HELX_P34 AD7 ASP B 588 ? ARG B 595 ? ASP CV 588 ARG CV 595 1 ? 8 HELX_P HELX_P35 AD8 LEU C 153 ? GLU C 158 ? LEU CU 153 GLU CU 158 1 ? 6 HELX_P HELX_P36 AD9 SER C 369 ? ALA C 377 ? SER CU 369 ALA CU 377 1 ? 9 HELX_P HELX_P37 AE1 PRO C 381 ? TYR C 393 ? PRO CU 381 TYR CU 393 1 ? 13 HELX_P HELX_P38 AE2 PRO D 4 ? THR D 17 ? PRO CW 4 THR CW 17 1 ? 14 HELX_P HELX_P39 AE3 SER D 21 ? CYS D 36 ? SER CW 21 CYS CW 36 1 ? 16 HELX_P HELX_P40 AE4 CYS D 36 ? GLU D 42 ? CYS CW 36 GLU CW 42 1 ? 7 HELX_P HELX_P41 AE5 SER D 53 ? GLY D 72 ? SER CW 53 GLY CW 72 1 ? 20 HELX_P HELX_P42 AE6 SER D 74 ? GLY D 93 ? SER CW 74 GLY CW 93 1 ? 20 HELX_P HELX_P43 AE7 GLY D 93 ? SER D 99 ? GLY CW 93 SER CW 99 1 ? 7 HELX_P HELX_P44 AE8 ALA D 100 ? LYS D 113 ? ALA CW 100 LYS CW 113 1 ? 14 HELX_P HELX_P45 AE9 PRO D 116 ? GLN D 135 ? PRO CW 116 GLN CW 135 1 ? 20 HELX_P HELX_P46 AF1 TYR D 137 ? MET D 144 ? TYR CW 137 MET CW 144 1 ? 8 HELX_P HELX_P47 AF2 MET D 144 ? LYS D 161 ? 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PRO 34 CU 1 4.22 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 4 ? AA2 ? 4 ? AA3 ? 4 ? AA4 ? 4 ? AA5 ? 5 ? AA6 ? 4 ? AA7 ? 4 ? AA8 ? 3 ? AA9 ? 2 ? AB1 ? 4 ? AB2 ? 4 ? AB3 ? 4 ? AB4 ? 4 ? AB5 ? 5 ? AB6 ? 4 ? AB7 ? 4 ? AB8 ? 3 ? AB9 ? 2 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA5 4 5 ? parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB1 3 4 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB2 3 4 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB3 3 4 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB4 2 3 ? anti-parallel AB4 3 4 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB5 2 3 ? anti-parallel AB5 3 4 ? anti-parallel AB5 4 5 ? parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB6 3 4 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB7 2 3 ? anti-parallel AB7 3 4 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB8 2 3 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 SER A 37 ? LYS A 43 ? SER CT 37 LYS CT 43 AA1 2 VAL A 25 ? SER A 33 ? VAL CT 25 SER CT 33 AA1 3 GLU A 4 ? CYS A 11 ? GLU CT 4 CYS CT 11 AA1 4 ALA A 324 ? VAL A 331 ? ALA CT 324 VAL CT 331 AA2 1 LEU A 52 ? VAL A 54 ? LEU CT 52 VAL CT 54 AA2 2 HIS A 58 ? GLY A 62 ? HIS CT 58 GLY CT 62 AA2 3 TYR A 68 ? SER A 73 ? TYR CT 68 SER CT 73 AA2 4 GLN A 79 ? ALA A 84 ? GLN CT 79 ALA CT 84 AA3 1 ILE A 89 ? ILE A 95 ? ILE CT 89 ILE CT 95 AA3 2 ILE A 98 ? THR A 103 ? ILE CT 98 THR CT 103 AA3 3 LEU A 108 ? GLU A 112 ? LEU CT 108 GLU CT 112 AA3 4 LEU A 118 ? SER A 120 ? LEU CT 118 SER CT 120 AA4 1 VAL A 129 ? ALA A 134 ? VAL CT 129 ALA CT 134 AA4 2 HIS A 138 ? SER A 143 ? HIS CT 138 SER CT 143 AA4 3 ILE A 148 ? SER A 152 ? ILE CT 148 SER CT 152 AA4 4 ARG A 169 ? LEU A 171 ? ARG CT 169 LEU CT 171 AA5 1 ILE A 178 ? VAL A 183 ? ILE CT 178 VAL CT 183 AA5 2 CYS A 194 ? SER A 198 ? CYS CT 194 SER CT 198 AA5 3 SER A 202 ? ASN A 207 ? SER CT 202 ASN CT 207 AA5 4 ASP A 212 ? ILE A 218 ? ASP CT 212 ILE CT 218 AA5 5 VAL A 266 ? GLN A 268 ? VAL CT 266 GLN CT 268 AA6 1 PRO A 223 ? LEU A 228 ? PRO CT 223 LEU CT 228 AA6 2 ALA A 234 ? CYS A 239 ? ALA CT 234 CYS CT 239 AA6 3 SER A 243 ? GLU A 248 ? SER CT 243 GLU CT 248 AA6 4 GLY A 274 ? ALA A 275 ? GLY CT 274 ALA CT 275 AA7 1 CYS A 285 ? VAL A 288 ? CYS CT 285 VAL CT 288 AA7 2 MET A 294 ? GLY A 298 ? MET CT 294 GLY CT 298 AA7 3 GLN A 303 ? ASP A 308 ? GLN CT 303 ASP CT 308 AA7 4 VAL A 316 ? ASN A 320 ? VAL CT 316 ASN CT 320 AA8 1 THR A 340 ? LYS A 341 ? THR CT 340 LYS CT 341 AA8 2 THR A 356 ? PHE A 361 ? THR CT 356 PHE CT 361 AA8 3 VAL B 332 ? PRO B 335 ? VAL CV 332 PRO CV 335 AA9 1 SER B 291 ? GLY B 292 ? SER CV 291 GLY CV 292 AA9 2 TRP B 303 ? SER B 304 ? TRP CV 303 SER CV 304 AB1 1 SER C 37 ? LYS C 43 ? SER CU 37 LYS CU 43 AB1 2 VAL C 25 ? SER C 33 ? VAL CU 25 SER CU 33 AB1 3 GLU C 4 ? CYS C 11 ? GLU CU 4 CYS CU 11 AB1 4 ALA C 324 ? VAL C 331 ? ALA CU 324 VAL CU 331 AB2 1 LEU C 52 ? VAL C 54 ? LEU CU 52 VAL CU 54 AB2 2 HIS C 58 ? GLY C 62 ? HIS CU 58 GLY CU 62 AB2 3 TYR C 68 ? SER C 73 ? TYR CU 68 SER CU 73 AB2 4 GLN C 79 ? ALA C 84 ? GLN CU 79 ALA CU 84 AB3 1 ILE C 89 ? ILE C 95 ? ILE CU 89 ILE CU 95 AB3 2 ILE C 98 ? THR C 103 ? ILE CU 98 THR CU 103 AB3 3 LEU C 108 ? GLU C 112 ? LEU CU 108 GLU CU 112 AB3 4 LEU C 118 ? SER C 120 ? LEU CU 118 SER CU 120 AB4 1 VAL C 129 ? ALA C 134 ? VAL CU 129 ALA CU 134 AB4 2 HIS C 138 ? SER C 143 ? HIS CU 138 SER CU 143 AB4 3 ILE C 148 ? SER C 152 ? ILE CU 148 SER CU 152 AB4 4 ARG C 169 ? LEU C 171 ? ARG CU 169 LEU CU 171 AB5 1 ILE C 178 ? VAL C 183 ? ILE CU 178 VAL CU 183 AB5 2 CYS C 194 ? SER C 198 ? CYS CU 194 SER CU 198 AB5 3 SER C 202 ? ASN C 207 ? SER CU 202 ASN CU 207 AB5 4 ASP C 212 ? ILE C 218 ? ASP CU 212 ILE CU 218 AB5 5 VAL C 266 ? GLN C 268 ? VAL CU 266 GLN CU 268 AB6 1 PRO C 223 ? LEU C 228 ? PRO CU 223 LEU CU 228 AB6 2 ALA C 234 ? CYS C 239 ? ALA CU 234 CYS CU 239 AB6 3 SER C 243 ? GLU C 248 ? 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TRP CW 303 SER CW 304 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 O PHE A 42 ? O PHE CT 42 N ILE A 27 ? N ILE CT 27 AA1 2 3 O HIS A 30 ? O HIS CT 30 N PHE A 6 ? N PHE CT 6 AA1 3 4 N VAL A 7 ? N VAL CT 7 O ILE A 329 ? O ILE CT 329 AA2 1 2 N ALA A 53 ? N ALA CT 53 O PHE A 60 ? O PHE CT 60 AA2 2 3 N ILE A 59 ? N ILE CT 59 O TYR A 72 ? O TYR CT 72 AA2 3 4 N VAL A 71 ? N VAL CT 71 O GLU A 80 ? O GLU CT 80 AA3 1 2 N CYS A 91 ? N CYS CT 91 O GLY A 102 ? O GLY CT 102 AA3 2 3 N LEU A 99 ? N LEU CT 99 O TRP A 111 ? O TRP CT 111 AA3 3 4 N LEU A 110 ? N LEU CT 110 O VAL A 119 ? O VAL CT 119 AA4 1 2 N ALA A 133 ? N ALA CT 133 O LEU A 140 ? O LEU CT 140 AA4 2 3 N VAL A 139 ? N VAL CT 139 O TRP A 151 ? O TRP CT 151 AA4 3 4 N ILE A 148 ? N ILE CT 148 O LEU A 171 ? O LEU CT 171 AA5 1 2 N ALA A 182 ? N ALA CT 182 O VAL A 195 ? O VAL CT 195 AA5 2 3 N CYS A 194 ? N CYS CT 194 O TRP A 206 ? O TRP CT 206 AA5 3 4 N ASN A 207 ? N ASN CT 207 O ASP A 212 ? O ASP CT 212 AA5 4 5 N THR A 216 ? N THR CT 216 O VAL A 267 ? O VAL CT 267 AA6 1 2 N SER A 227 ? N SER CT 227 O PHE A 236 ? 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N GLY CW 292 O TRP D 303 ? 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