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A0A2P6U2H5 602 ? 784 ? -42 140 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 2 8Q04 ALA P 18 ? UNP A0A2P6U2H5 GLY 619 conflict -25 1 2 8Q04 THR P 19 ? UNP A0A2P6U2H5 ALA 620 conflict -24 2 2 8Q04 SER P 78 ? UNP A0A2P6U2H5 GLY 679 conflict 35 3 2 8Q04 LEU P 133 ? UNP A0A2P6U2H5 ILE 734 conflict 90 4 2 8Q04 ALA P 170 ? UNP A0A2P6U2H5 SER 771 conflict 127 5 4 8Q04 ALA C 18 ? UNP A0A2P6U2H5 GLY 619 conflict -25 6 4 8Q04 THR C 19 ? UNP A0A2P6U2H5 ALA 620 conflict -24 7 4 8Q04 SER C 78 ? UNP A0A2P6U2H5 GLY 679 conflict 35 8 4 8Q04 LEU C 133 ? UNP A0A2P6U2H5 ILE 734 conflict 90 9 4 8Q04 ALA C 170 ? UNP A0A2P6U2H5 SER 771 conflict 127 10 6 8Q04 ALA E 18 ? UNP A0A2P6U2H5 GLY 619 conflict -25 11 6 8Q04 THR E 19 ? UNP A0A2P6U2H5 ALA 620 conflict -24 12 6 8Q04 SER E 78 ? UNP A0A2P6U2H5 GLY 679 conflict 35 13 6 8Q04 LEU E 133 ? UNP A0A2P6U2H5 ILE 734 conflict 90 14 6 8Q04 ALA E 170 ? UNP A0A2P6U2H5 SER 771 conflict 127 15 8 8Q04 ALA G 18 ? UNP A0A2P6U2H5 GLY 619 conflict -25 16 8 8Q04 THR G 19 ? UNP A0A2P6U2H5 ALA 620 conflict -24 17 8 8Q04 SER G 78 ? UNP A0A2P6U2H5 GLY 679 conflict 35 18 8 8Q04 LEU G 133 ? UNP A0A2P6U2H5 ILE 734 conflict 90 19 8 8Q04 ALA G 170 ? UNP A0A2P6U2H5 SER 771 conflict 127 20 10 8Q04 ALA I 18 ? UNP A0A2P6U2H5 GLY 619 conflict -25 21 10 8Q04 THR I 19 ? UNP A0A2P6U2H5 ALA 620 conflict -24 22 10 8Q04 SER I 78 ? UNP A0A2P6U2H5 GLY 679 conflict 35 23 10 8Q04 LEU I 133 ? UNP A0A2P6U2H5 ILE 734 conflict 90 24 10 8Q04 ALA I 170 ? UNP A0A2P6U2H5 SER 771 conflict 127 25 12 8Q04 ALA K 18 ? UNP A0A2P6U2H5 GLY 619 conflict -25 26 12 8Q04 THR K 19 ? UNP A0A2P6U2H5 ALA 620 conflict -24 27 12 8Q04 SER K 78 ? UNP A0A2P6U2H5 GLY 679 conflict 35 28 12 8Q04 LEU K 133 ? UNP A0A2P6U2H5 ILE 734 conflict 90 29 12 8Q04 ALA K 170 ? UNP A0A2P6U2H5 SER 771 conflict 127 30 14 8Q04 ALA M 18 ? UNP A0A2P6U2H5 GLY 619 conflict -25 31 14 8Q04 THR M 19 ? UNP A0A2P6U2H5 ALA 620 conflict -24 32 14 8Q04 SER M 78 ? UNP A0A2P6U2H5 GLY 679 conflict 35 33 14 8Q04 LEU M 133 ? UNP A0A2P6U2H5 ILE 734 conflict 90 34 14 8Q04 ALA M 170 ? UNP A0A2P6U2H5 SER 771 conflict 127 35 16 8Q04 ALA O 18 ? UNP A0A2P6U2H5 GLY 619 conflict -25 36 16 8Q04 THR O 19 ? UNP A0A2P6U2H5 ALA 620 conflict -24 37 16 8Q04 SER O 78 ? UNP A0A2P6U2H5 GLY 679 conflict 35 38 16 8Q04 LEU O 133 ? UNP A0A2P6U2H5 ILE 734 conflict 90 39 16 8Q04 ALA O 170 ? UNP A0A2P6U2H5 SER 771 conflict 127 40 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 16-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 16 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'native gel electrophoresis' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'The purified protein runs in a clean band well above a 240 kDa marker band.' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 PRO A 49 ? 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ARG B 213 GLY B 233 1 ? 21 HELX_P HELX_P30 AD3 THR C 246 ? GLY C 261 ? THR B 246 GLY B 261 1 ? 16 HELX_P HELX_P31 AD4 TYR C 269 ? GLY C 273 ? TYR B 269 GLY B 273 1 ? 5 HELX_P HELX_P32 AD5 GLY C 273 ? GLY C 288 ? GLY B 273 GLY B 288 1 ? 16 HELX_P HELX_P33 AD6 HIS C 298 ? ARG C 303 ? HIS B 298 ARG B 303 1 ? 6 HELX_P HELX_P34 AD7 HIS C 310 ? GLY C 322 ? HIS B 310 GLY B 322 1 ? 13 HELX_P HELX_P35 AD8 GLU C 338 ? ASP C 351 ? GLU B 338 ASP B 351 1 ? 14 HELX_P HELX_P36 AD9 HIS C 383 ? TRP C 385 ? HIS B 383 TRP B 385 5 ? 3 HELX_P HELX_P37 AE1 HIS C 386 ? GLY C 395 ? HIS B 386 GLY B 395 1 ? 10 HELX_P HELX_P38 AE2 GLY C 412 ? GLU C 433 ? GLY B 412 GLU B 433 1 ? 22 HELX_P HELX_P39 AE3 ASP C 436 ? LYS C 450 ? ASP B 436 LYS B 450 1 ? 15 HELX_P HELX_P40 AE4 SER C 452 ? GLU C 460 ? SER B 452 GLU B 460 1 ? 9 HELX_P HELX_P41 AE5 THR D 65 ? ASN D 79 ? THR C 22 ASN C 36 1 ? 15 HELX_P HELX_P42 AE6 GLU D 91 ? ALA D 93 ? GLU C 48 ALA C 50 5 ? 3 HELX_P HELX_P43 AE7 GLU D 98 ? MET D 103 ? 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Flexible fitting was completed in COOT and the coordinates were real-space refined in Phenix. ; _em_3d_fitting.overall_b_value 44 _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.ref_protocol 'FLEXIBLE FIT' # _em_3d_fitting_list.id 1 _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id 1 _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id . _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id . _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range . _em_3d_fitting_list.details ? _em_3d_fitting_list.chain_id ? _em_3d_fitting_list.chain_residue_range ? _em_3d_fitting_list.source_name AlphaFold _em_3d_fitting_list.type 'in silico model' _em_3d_fitting_list.accession_code ? _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 8Q04 _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm 'FOURIER SPACE' _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.resolution 2.39 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 73962 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages 1 _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 6.8 # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.source NATURAL _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.name 'Rubisco holoenzyme purified from Chlorella sorokiniana UTEX1230' _em_entity_assembly.details ? _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? _em_entity_assembly.entity_id_list 1,2 # _em_imaging.entry_id 8Q04 _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'TFS GLACIOS' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.details ? _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 200 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_min 800 _em_imaging.nominal_defocus_max 1800 _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification 240000 _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter 50 _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen NITROGEN # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.method ? _em_sample_support.grid_material COPPER _em_sample_support.grid_mesh_size 400 _em_sample_support.grid_type 'Quantifoil R1.2/1.3' _em_sample_support.details 'Pressure was not recorded' _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.citation_id ? # _em_vitrification.entry_id 8Q04 _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity 95 _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature 277.15 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.details ? # _em_experiment.entry_id 8Q04 _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 8Q04 _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry D4 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A MET 1 ? 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