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IGISSKAMSIMNSFINDIFEKLAGESAKLARYNKKPTITSREIQTSVRLVLPGELAKHAVSEGTKAVTKFTSA ; C,D ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRFRPGTVALREIRKYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVAALQEAAEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRFRPGTVALREIRKYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVAALQEAAEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; E,F ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKIFLENVIRDAVTYTEHARRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKIFLENVIRDAVTYTEHARRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; G,H ? 5 polydeoxyribonucleotide no no ;(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DG)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG) (DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC) (DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DG) (DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA) (DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT) (DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG) ; ;CAGGATGTATATATGTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTAC GTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCCAG ; I ? 6 polydeoxyribonucleotide no no ;(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA) 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J . n # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 8Q15 _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 8Q15 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8Q15 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 8Q15 _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 10831 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.503 ? 15642 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 26.794 ? 4432 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.032 ? 1787 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.004 ? 1151 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8Q15 _struct.title 'CryoEM structure of canonical rice nucleosome core particle' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8Q15 _struct_keywords.text 'Histone, Nucleosome core particle, Rice nucleosome, chromatin, DNA BINDING PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'DNA BINDING PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 2 ? D N N 2 ? E N N 3 ? F N N 3 ? G N N 4 ? H N N 4 ? I N N 5 ? 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N ARG A 44 O ILE C 118 ? O ILE C 118 AA2 1 2 N ILE A 80 ? N ILE A 80 O GLY C 82 ? O GLY C 82 AA3 1 2 N ARG B 44 ? N ARG B 44 O ILE D 118 ? O ILE D 118 AA4 1 2 N ILE B 80 ? N ILE B 80 O GLY D 82 ? O GLY D 82 AA5 1 2 N ARG E 84 ? N ARG E 84 O VAL G 82 ? O VAL G 82 AA6 1 2 N ILE E 120 ? N ILE E 120 O ARG G 46 ? O ARG G 46 AA7 1 2 N ARG F 84 ? N ARG F 84 O VAL H 82 ? O VAL H 82 AA8 1 2 N ILE F 120 ? N ILE F 120 O ARG H 46 ? 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J -72 ? 20 1 # loop_ _ndb_struct_na_base_pair_step.model_number _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.shift _ndb_struct_na_base_pair_step.slide _ndb_struct_na_base_pair_step.rise _ndb_struct_na_base_pair_step.tilt _ndb_struct_na_base_pair_step.roll _ndb_struct_na_base_pair_step.twist _ndb_struct_na_base_pair_step.x_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.y_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_rise _ndb_struct_na_base_pair_step.inclination _ndb_struct_na_base_pair_step.tip _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_twist _ndb_struct_na_base_pair_step.step_number _ndb_struct_na_base_pair_step.step_name _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_2 1 I DT 27 1_555 J DA 120 1_555 I DG 28 1_555 J DC 119 1_555 0.182 1.523 4.074 0.760 -21.743 40.703 4.106 -0.158 2.944 -28.907 -1.010 45.934 1 II_DT-46DG-45:DC45DA46_JJ I -46 ? J 46 ? I -45 ? J 45 ? 1 I DG 28 1_555 J DC 119 1_555 I DG 29 1_555 J DC 118 1_555 -0.111 -0.228 3.419 -1.108 0.161 38.382 -0.368 0.024 3.420 0.245 1.684 38.398 2 II_DG-45DG-44:DC44DC45_JJ I -45 ? J 45 ? I -44 ? J 44 ? 1 I DG 29 1_555 J DC 118 1_555 I DA 30 1_555 J DT 117 1_555 -0.351 -1.393 3.316 -0.722 0.770 33.743 -2.525 0.486 3.291 1.326 1.244 33.759 3 II_DG-44DA-43:DT43DC44_JJ I -44 ? J 44 ? I -43 ? J 43 ? 1 I DA 30 1_555 J DT 117 1_555 I DG 31 1_555 J DC 116 1_555 0.087 -1.251 3.291 -1.444 2.464 29.014 -3.018 -0.485 3.168 4.903 2.874 29.151 4 II_DA-43DG-42:DC42DT43_JJ I -43 ? J 43 ? I -42 ? J 42 ? 1 I DG 31 1_555 J DC 116 1_555 I DA 32 1_555 J DT 115 1_555 -0.214 -0.591 3.141 -1.008 4.313 33.538 -1.677 0.214 3.049 7.433 1.738 33.821 5 II_DG-42DA-41:DT41DC42_JJ I -42 ? J 42 ? I -41 ? J 41 ? 1 I DA 32 1_555 J DT 115 1_555 I DC 33 1_555 J DG 114 1_555 -0.077 -0.945 3.164 -0.577 2.430 35.069 -1.911 0.045 3.095 4.026 0.957 35.155 6 II_DA-41DC-40:DG40DT41_JJ I -41 ? J 41 ? I -40 ? 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J 35 ? 1 I DG 38 1_555 J DC 109 1_555 I DA 39 1_555 J DT 108 1_555 -0.677 0.611 3.404 -3.980 4.544 38.811 0.335 0.505 3.501 6.788 5.945 39.260 12 II_DG-35DA-34:DT34DC35_JJ I -35 ? J 35 ? I -34 ? J 34 ? 1 I DA 39 1_555 J DT 108 1_555 I DG 40 1_555 J DC 107 1_555 -0.576 0.979 3.254 -4.199 2.289 33.513 1.308 0.302 3.357 3.945 7.237 33.843 13 II_DA-34DG-33:DC33DT34_JJ I -34 ? J 34 ? I -33 ? J 33 ? 1 I DG 40 1_555 J DC 107 1_555 I DT 41 1_555 J DA 106 1_555 0.357 -0.098 3.084 -3.372 2.588 27.499 -0.785 -1.498 2.998 5.403 7.040 27.819 14 II_DG-33DT-32:DA32DC33_JJ I -33 ? J 33 ? I -32 ? J 32 ? 1 I DT 41 1_555 J DA 106 1_555 I DA 42 1_555 J DT 105 1_555 -0.696 0.196 3.901 7.098 34.641 34.427 -3.009 1.505 2.823 46.168 -9.460 48.964 15 II_DT-32DA-31:DT31DA32_JJ I -32 ? J 32 ? I -31 ? J 31 ? 1 I DA 42 1_555 J DT 105 1_555 I DA 43 1_555 J DT 104 1_555 -0.113 0.685 3.413 -5.295 2.101 32.514 0.831 -0.748 3.425 3.717 9.367 32.996 16 II_DA-31DA-30:DT30DT31_JJ I -31 ? J 31 ? I -30 ? 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J 25 ? 1 I DC 48 1_555 J DG 99 1_555 I DT 49 1_555 J DA 98 1_555 -1.121 0.329 3.895 -2.060 -0.558 27.752 0.845 1.737 3.959 -1.161 4.287 27.832 22 II_DC-25DT-24:DA24DG25_JJ I -25 ? J 25 ? I -24 ? J 24 ? 1 I DT 49 1_555 J DA 98 1_555 I DT 50 1_555 J DA 97 1_555 0.044 -0.087 3.520 -2.621 1.556 38.347 -0.340 -0.416 3.504 2.364 3.983 38.464 23 II_DT-24DT-23:DA23DA24_JJ I -24 ? J 24 ? I -23 ? J 23 ? 1 I DT 50 1_555 J DA 97 1_555 I DG 51 1_555 J DC 96 1_555 0.721 -0.382 3.140 -2.528 4.600 27.275 -1.838 -2.075 2.959 9.641 5.299 27.766 24 II_DT-23DG-22:DC22DA23_JJ I -23 ? J 23 ? I -22 ? J 22 ? 1 I DG 51 1_555 J DC 96 1_555 I DG 52 1_555 J DC 95 1_555 0.002 -1.177 3.090 -2.049 6.966 26.470 -4.030 -0.459 2.690 14.862 4.372 27.431 25 II_DG-22DG-21:DC21DC22_JJ I -22 ? J 22 ? I -21 ? J 21 ? 1 I DG 52 1_555 J DC 95 1_555 I DC 53 1_555 J DG 94 1_555 0.393 -1.106 3.338 1.491 6.619 35.811 -2.682 -0.422 3.105 10.646 -2.398 36.427 26 II_DG-21DC-20:DG20DC21_JJ I -21 ? J 21 ? I -20 ? J 20 ? 1 I DC 53 1_555 J DG 94 1_555 I DG 54 1_555 J DC 93 1_555 -0.215 -0.390 2.952 1.732 6.885 31.003 -1.832 0.674 2.788 12.672 -3.188 31.786 27 II_DC-20DG-19:DC19DG20_JJ I -20 ? J 20 ? I -19 ? J 19 ? 1 I DG 54 1_555 J DC 93 1_555 I DG 55 1_555 J DC 92 1_555 1.085 -0.130 3.484 9.711 14.782 34.482 -2.214 -0.315 3.338 23.148 -15.207 38.630 28 II_DG-19DG-18:DC18DC19_JJ I -19 ? J 19 ? I -18 ? J 18 ? 1 I DG 55 1_555 J DC 92 1_555 I DT 57 1_555 J DA 90 1_555 0.381 1.493 6.880 3.392 -1.273 70.271 1.390 -0.080 6.866 -1.105 -2.945 70.352 29 II_DG-18DT-16:DA16DC18_JJ I -18 ? J 18 ? I -16 ? J 16 ? 1 I DT 57 1_555 J DA 90 1_555 I DA 58 1_555 J DT 89 1_555 -0.920 1.780 3.554 0.349 -6.188 39.791 3.319 1.378 3.245 -9.025 -0.510 40.252 30 II_DT-16DA-15:DT15DA16_JJ I -16 ? J 16 ? I -15 ? J 15 ? 1 I DA 58 1_555 J DT 89 1_555 I DA 59 1_555 J DT 88 1_555 0.075 0.550 3.574 0.156 -1.853 34.154 1.254 -0.100 3.540 -3.152 -0.266 34.203 31 II_DA-15DA-14:DT14DT15_JJ I -15 ? J 15 ? I -14 ? 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J 3 ? 1 I DA 70 1_555 J DT 77 1_555 I DC 71 1_555 J DG 76 1_555 1.148 0.022 3.283 -6.793 1.564 30.176 -0.250 -3.420 2.958 2.954 12.833 30.952 42 II_DA-3DC-2:DG2DT3_JJ I -3 ? J 3 ? I -2 ? J 2 ? 1 I DC 71 1_555 J DG 76 1_555 I DA 72 1_555 J DT 75 1_555 -0.547 0.985 3.491 -3.286 5.692 35.954 0.709 0.374 3.634 9.126 5.269 36.530 43 II_DC-2DA-1:DT1DG2_JJ I -2 ? J 2 ? I -1 ? J 1 ? 1 I DA 72 1_555 J DT 75 1_555 I DG 73 1_555 J DC 74 1_555 0.000 -0.661 3.092 -3.484 4.014 27.910 -2.207 -0.747 2.948 8.228 7.141 28.402 44 II_DA-1DG0:DC0DT1_JJ I -1 ? J 1 ? I 0 ? J 0 ? 1 I DG 73 1_555 J DC 74 1_555 I DC 74 1_555 J DG 73 1_555 0.198 -1.179 3.129 0.933 3.516 35.075 -2.437 -0.196 3.005 5.814 -1.544 35.257 45 II_DG0DC1:DG-1DC0_JJ I 0 ? J 0 ? I 1 ? J -1 ? 1 I DC 74 1_555 J DG 73 1_555 I DG 75 1_555 J DC 72 1_555 0.846 -0.064 3.172 3.528 5.172 32.704 -0.960 -0.900 3.196 9.081 -6.194 33.281 46 II_DC1DG2:DC-2DG-1_JJ I 1 ? J -1 ? I 2 ? 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J -7 ? 1 I DC 80 1_555 J DG 67 1_555 I DG 81 1_555 J DC 66 1_555 -0.462 0.899 3.368 -1.756 3.027 36.989 0.990 0.481 3.446 4.758 2.761 37.149 52 II_DC7DG8:DC-8DG-7_JJ I 7 ? J -7 ? I 8 ? J -8 ? 1 I DG 81 1_555 J DC 66 1_555 I DT 82 1_555 J DA 65 1_555 -0.660 -0.137 3.801 -3.640 2.555 27.534 -1.000 0.351 3.827 5.324 7.585 27.884 53 II_DG8DT9:DA-9DC-8_JJ I 8 ? J -8 ? I 9 ? J -9 ? 1 I DT 82 1_555 J DA 65 1_555 I DG 83 1_555 J DC 64 1_555 0.293 0.049 3.113 -1.749 4.344 32.922 -0.604 -0.790 3.075 7.616 3.066 33.245 54 II_DT9DG10:DC-10DA-9_JJ I 9 ? J -9 ? I 10 ? J -10 ? 1 I DG 83 1_555 J DC 64 1_555 I DC 84 1_555 J DG 63 1_555 0.462 -0.748 3.206 -1.952 1.769 34.869 -1.504 -1.054 3.136 2.946 3.252 34.965 55 II_DG10DC11:DG-11DC-10_JJ I 10 ? J -10 ? I 11 ? J -11 ? 1 I DC 84 1_555 J DG 63 1_555 I DG 85 1_555 J DC 62 1_555 0.111 -0.044 3.080 9.871 12.970 35.672 -1.545 0.960 2.831 19.940 -15.175 39.109 56 II_DC11DG12:DC-12DG-11_JJ I 11 ? J -11 ? I 12 ? 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