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EMDB EMD-18135 ? ? # _pdbx_audit_revision_history.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_history.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_history.major_revision 1 _pdbx_audit_revision_history.minor_revision 0 _pdbx_audit_revision_history.revision_date 2024-07-10 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _database_PDB_caveat.id _database_PDB_caveat.text 1 'JCV C 301 HAS WRONG CHIRALITY AT ATOM CX6' 2 'JCV F 102 HAS WRONG CHIRALITY AT ATOM CG6' 3 'JCV G 101 HAS WRONG CHIRALITY AT ATOM CX6' 4 'JCV c 301 HAS WRONG CHIRALITY AT ATOM C68' 5 'JCV c 301 HAS WRONG CHIRALITY AT ATOM C80' 6 'JCV V 101 HAS WRONG CHIRALITY AT ATOM C22' 7 'JCV W 101 HAS WRONG CHIRALITY AT ATOM CG2' 8 'JCV W 101 HAS WRONG CHIRALITY AT ATOM C26' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8Q3V _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2023-08-04 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Cryo-EM structure of the methanogenic Na+ translocating N5-methyl-H4MPT:CoM methyltransferase complex' _pdbx_database_related.db_id EMD-18135 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_contact_author.id 2 _pdbx_contact_author.email ulrich.ermler@biophys.mpg.de _pdbx_contact_author.name_first Ulrich _pdbx_contact_author.name_last Ermler _pdbx_contact_author.name_mi ? _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0002-9583-1418 # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Aziz, I.' 1 ? 'Vonck, J.' 2 ? 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_citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Aziz, I.' 1 0000-0002-2136-0676 primary 'Kayastha, K.' 2 0000-0001-7910-9743 primary 'Kaltwasser, S.' 3 0000-0002-4112-2771 primary 'Vonck, J.' 4 0000-0001-5659-8863 primary 'Welsch, S.' 5 0000-0002-6049-6664 primary 'Murphy, B.J.' 6 0000-0001-6341-9368 primary 'Kahnt, J.' 7 ? primary 'Wu, D.' 8 ? primary 'Wagner, T.' 9 0000-0002-3382-8969 primary 'Shima, S.' 10 0000-0003-1872-8705 primary 'Ermler, U.' 11 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat 'Tetrahydromethanopterin S-methyltransferase subunit A 1' 25640.320 3 ? ? ? ? 2 polymer nat 'Tetrahydromethanopterin S-methyltransferase subunit B' 10725.471 3 ? ? ? ? 3 polymer nat 'Tetrahydromethanopterin S-methyltransferase subunit C' 27132.244 3 ? ? ? ? 4 polymer nat 'Tetrahydromethanopterin S-methyltransferase subunit D' 22783.881 3 ? ? ? ? 5 polymer nat 'Tetrahydromethanopterin S-methyltransferase subunit E' 31253.289 3 ? ? ? ? 6 polymer nat 'Tetrahydromethanopterin S-methyltransferase subunit F' 7325.928 3 ? ? ? ? 7 polymer nat 'Tetrahydromethanopterin S-methyltransferase subunit G' 9519.042 3 ? ? ? ? 8 non-polymer syn 'MAGNESIUM ION' 24.305 3 ? ? ? ? 9 non-polymer syn ;[(2~{S},7~{R},11~{R},15~{S},19~{S},22~{S},26~{S},30~{R},34~{R},39~{S},43~{R},47~{R},51~{S},55~{S},58~{S},62~{S},66~{R},70~{R})-39-[[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxymethyl]-7,11,15,19,22,26,30,34,43,47,51,55,58,62,66,70-hexadecamethyl-1,4,37,40-tetraoxacyclodoheptacont-2-yl]methyl [(2~{R},3~{S},5~{R},6~{R})-2,3,4,5,6-pentakis(oxidanyl)cyclohexyl] hydrogen phosphate ; 1706.543 12 ? ? ? ? 10 non-polymer syn 'SODIUM ION' 22.990 6 ? ? ? ? 11 water nat water 18.015 208 ? ? ? ? # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MVEKKSPAEGWPVVNGDYIVGDPESPVAATTLASHIEDIPVEAGAAIAGPCKTENLGIEKMIANLISNPNIRFLILCGSE VQGHITGQSIEALHQNGVDPDKRNIIGATGAIPYIENIPDEGIERFQKQLEIVNLIDVEDADAIKAKVKECIEKDPGAFE EEAMIIKVEEGGEEEEGEEVKPVAPETALIEARMRNIQTQVKMIGSTNRMFAGMYSGKVQGIMIGLAFTLTLGILLLV ; ;MVEKKSPAEGWPVVNGDYIVGDPESPVAATTLASHIEDIPVEAGAAIAGPCKTENLGIEKMIANLISNPNIRFLILCGSE VQGHITGQSIEALHQNGVDPDKRNIIGATGAIPYIENIPDEGIERFQKQLEIVNLIDVEDADAIKAKVKECIEKDPGAFE EEAMIIKVEEGGEEEEGEEVKPVAPETALIEARMRNIQTQVKMIGSTNRMFAGMYSGKVQGIMIGLAFTLTLGILLLV ; A,a,Q ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MEMLPLVKIAPEYNLTLDPSTGMIGAALGREVIILSMDEINEQIAALEATADDLINSLDPTTIPEGSYPGREGVYLTAGK LTNIVYGFILGLIILFALLL ; ;MEMLPLVKIAPEYNLTLDPSTGMIGAALGREVIILSMDEINEQIAALEATADDLINSLDPTTIPEGSYPGREGVYLTAGK LTNIVYGFILGLIILFALLL ; B,b,R ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MSVAAGGPAGAAIPESRLMALGILGGLAGIYASAVNPVIGPVLASLGAVCAIVWGADAIRRVASYGLGTGVPSIGYMSVS IGIVGVVAGLASVFVVPAIAVPVVALILAMILGVVVAVLGKKIVKMKIPILEKCTAEISGAAALSVLGFSAAIAGSYTLQ TMLTSVITTGFIGLLFILNTMAIQHPFNACLGPNENQTRTLKLAASTGFISMAIVGLLGIGLNPSWWLVSLIGALCWIVA FRAFVSASFEEAASVKWSGLWPKEEEH ; ;MSVAAGGPAGAAIPESRLMALGILGGLAGIYASAVNPVIGPVLASLGAVCAIVWGADAIRRVASYGLGTGVPSIGYMSVS IGIVGVVAGLASVFVVPAIAVPVVALILAMILGVVVAVLGKKIVKMKIPILEKCTAEISGAAALSVLGFSAAIAGSYTLQ TMLTSVITTGFIGLLFILNTMAIQHPFNACLGPNENQTRTLKLAASTGFISMAIVGLLGIGLNPSWWLVSLIGALCWIVA FRAFVSASFEEAASVKWSGLWPKEEEH ; C,c,S ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MDPLLLIGAITAGGVLIGGGVHFVPVGGAPAAMATATGVGTGTAMLAAGAGLTGLITAAAMTGQSPLMIMAAGAVGSMLM IGITMLVGNLIYVFGVGTVPVSAKVSVDPITGMEQEKYVTPGTEGHGLPTVCFVSGIIGGALGGIGGGLIYWALNEALKT LSYGAMGAAGVAAIFAVGIFFINAVIASYNIGGTIEGFHDPKFKRIGRGIVACLIASIVAGALSTLLVYGGVF ; ;MDPLLLIGAITAGGVLIGGGVHFVPVGGAPAAMATATGVGTGTAMLAAGAGLTGLITAAAMTGQSPLMIMAAGAVGSMLM IGITMLVGNLIYVFGVGTVPVSAKVSVDPITGMEQEKYVTPGTEGHGLPTVCFVSGIIGGALGGIGGGLIYWALNEALKT LSYGAMGAAGVAAIFAVGIFFINAVIASYNIGGTIEGFHDPKFKRIGRGIVACLIASIVAGALSTLLVYGGVF ; D,d,T ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MDPMITGLGVVALMGAAATIAGAAEDLESDVGSQSNPNSQVQLAPQMGHLHRIINKAVSGEPVAYGTWCGIAGSVAFVLM NSMQLPVIMAIAIGAVIAAMVHTTYAVTSHMGRIVSQSQFNQPLFMDMLVQHLGPIAGHGFIVTFCTVGLSYLMTLPIPG FAHPFPLPLLAVLWGITIGAIGSSTGDVHYGAEREYQQYPFGGGIPVAIHGDITTKAELGARNSMDVVHFCAKYGGPLTG FAFGAIVFLSFWNTIVFGITGGIISGLIIVLLLIILNNRLEVFARNRYGPYKEEE ; ;MDPMITGLGVVALMGAAATIAGAAEDLESDVGSQSNPNSQVQLAPQMGHLHRIINKAVSGEPVAYGTWCGIAGSVAFVLM NSMQLPVIMAIAIGAVIAAMVHTTYAVTSHMGRIVSQSQFNQPLFMDMLVQHLGPIAGHGFIVTFCTVGLSYLMTLPIPG FAHPFPLPLLAVLWGITIGAIGSSTGDVHYGAEREYQQYPFGGGIPVAIHGDITTKAELGARNSMDVVHFCAKYGGPLTG FAFGAIVFLSFWNTIVFGITGGIISGLIIVLLLIILNNRLEVFARNRYGPYKEEE ; E,e,U ? 6 'polypeptide(L)' no no MIILSNKPNIRGIKNVVEDIKYRNQLIGRDGRLFAGLIATRISGIAIGFLLAVLLVGVPAMMSILGVI MIILSNKPNIRGIKNVVEDIKYRNQLIGRDGRLFAGLIATRISGIAIGFLLAVLLVGVPAMMSILGVI F,f,V ? 7 'polypeptide(L)' no no ;MSEEEKTTIPRVLVSADEFNKANEKLDEIEEKVEFTVGEYSQRIGQQIGRDIGILYGIVIGLIILAVTNILFAGLLKGLL KSLFGL ; ;MSEEEKTTIPRVLVSADEFNKANEKLDEIEEKVEFTVGEYSQRIGQQIGRDIGILYGIVIGLIILAVTNILFAGLLKGLL KSLFGL ; G,g,W ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 8 'MAGNESIUM ION' MG 9 ;[(2~{S},7~{R},11~{R},15~{S},19~{S},22~{S},26~{S},30~{R},34~{R},39~{S},43~{R},47~{R},51~{S},55~{S},58~{S},62~{S},66~{R},70~{R})-39-[[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxymethyl]-7,11,15,19,22,26,30,34,43,47,51,55,58,62,66,70-hexadecamethyl-1,4,37,40-tetraoxacyclodoheptacont-2-yl]methyl [(2~{R},3~{S},5~{R},6~{R})-2,3,4,5,6-pentakis(oxidanyl)cyclohexyl] hydrogen phosphate ; JCV 10 'SODIUM ION' NA 11 water HOH # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 VAL n 1 3 GLU n 1 4 LYS n 1 5 LYS n 1 6 SER n 1 7 PRO n 1 8 ALA n 1 9 GLU n 1 10 GLY n 1 11 TRP n 1 12 PRO n 1 13 VAL n 1 14 VAL n 1 15 ASN n 1 16 GLY n 1 17 ASP n 1 18 TYR n 1 19 ILE n 1 20 VAL n 1 21 GLY n 1 22 ASP n 1 23 PRO n 1 24 GLU n 1 25 SER n 1 26 PRO n 1 27 VAL n 1 28 ALA n 1 29 ALA n 1 30 THR n 1 31 THR n 1 32 LEU n 1 33 ALA n 1 34 SER n 1 35 HIS n 1 36 ILE n 1 37 GLU n 1 38 ASP n 1 39 ILE n 1 40 PRO n 1 41 VAL n 1 42 GLU n 1 43 ALA n 1 44 GLY n 1 45 ALA n 1 46 ALA n 1 47 ILE n 1 48 ALA n 1 49 GLY n 1 50 PRO n 1 51 CYS n 1 52 LYS n 1 53 THR n 1 54 GLU n 1 55 ASN n 1 56 LEU n 1 57 GLY n 1 58 ILE n 1 59 GLU n 1 60 LYS n 1 61 MET n 1 62 ILE n 1 63 ALA n 1 64 ASN n 1 65 LEU n 1 66 ILE n 1 67 SER n 1 68 ASN n 1 69 PRO n 1 70 ASN n 1 71 ILE n 1 72 ARG n 1 73 PHE n 1 74 LEU n 1 75 ILE n 1 76 LEU n 1 77 CYS n 1 78 GLY n 1 79 SER n 1 80 GLU n 1 81 VAL n 1 82 GLN n 1 83 GLY n 1 84 HIS n 1 85 ILE n 1 86 THR n 1 87 GLY n 1 88 GLN n 1 89 SER n 1 90 ILE n 1 91 GLU n 1 92 ALA n 1 93 LEU n 1 94 HIS n 1 95 GLN n 1 96 ASN n 1 97 GLY n 1 98 VAL n 1 99 ASP n 1 100 PRO n 1 101 ASP n 1 102 LYS n 1 103 ARG n 1 104 ASN n 1 105 ILE n 1 106 ILE n 1 107 GLY n 1 108 ALA n 1 109 THR n 1 110 GLY n 1 111 ALA n 1 112 ILE n 1 113 PRO n 1 114 TYR n 1 115 ILE n 1 116 GLU n 1 117 ASN n 1 118 ILE n 1 119 PRO n 1 120 ASP n 1 121 GLU n 1 122 GLY n 1 123 ILE n 1 124 GLU n 1 125 ARG n 1 126 PHE n 1 127 GLN n 1 128 LYS n 1 129 GLN n 1 130 LEU n 1 131 GLU n 1 132 ILE n 1 133 VAL n 1 134 ASN n 1 135 LEU n 1 136 ILE n 1 137 ASP n 1 138 VAL n 1 139 GLU n 1 140 ASP n 1 141 ALA n 1 142 ASP n 1 143 ALA n 1 144 ILE n 1 145 LYS n 1 146 ALA n 1 147 LYS n 1 148 VAL n 1 149 LYS n 1 150 GLU n 1 151 CYS n 1 152 ILE n 1 153 GLU n 1 154 LYS n 1 155 ASP n 1 156 PRO n 1 157 GLY n 1 158 ALA n 1 159 PHE n 1 160 GLU n 1 161 GLU n 1 162 GLU n 1 163 ALA n 1 164 MET n 1 165 ILE n 1 166 ILE n 1 167 LYS n 1 168 VAL n 1 169 GLU n 1 170 GLU n 1 171 GLY n 1 172 GLY n 1 173 GLU n 1 174 GLU n 1 175 GLU n 1 176 GLU n 1 177 GLY n 1 178 GLU n 1 179 GLU n 1 180 VAL n 1 181 LYS n 1 182 PRO n 1 183 VAL n 1 184 ALA n 1 185 PRO n 1 186 GLU n 1 187 THR n 1 188 ALA n 1 189 LEU n 1 190 ILE n 1 191 GLU n 1 192 ALA n 1 193 ARG n 1 194 MET n 1 195 ARG n 1 196 ASN n 1 197 ILE n 1 198 GLN n 1 199 THR n 1 200 GLN n 1 201 VAL n 1 202 LYS n 1 203 MET n 1 204 ILE n 1 205 GLY n 1 206 SER n 1 207 THR n 1 208 ASN n 1 209 ARG n 1 210 MET n 1 211 PHE n 1 212 ALA n 1 213 GLY n 1 214 MET n 1 215 TYR n 1 216 SER n 1 217 GLY n 1 218 LYS n 1 219 VAL n 1 220 GLN n 1 221 GLY n 1 222 ILE n 1 223 MET n 1 224 ILE n 1 225 GLY n 1 226 LEU n 1 227 ALA n 1 228 PHE n 1 229 THR n 1 230 LEU n 1 231 THR n 1 232 LEU n 1 233 GLY n 1 234 ILE n 1 235 LEU n 1 236 LEU n 1 237 LEU n 1 238 VAL n 2 1 MET n 2 2 GLU n 2 3 MET n 2 4 LEU n 2 5 PRO n 2 6 LEU n 2 7 VAL n 2 8 LYS n 2 9 ILE n 2 10 ALA n 2 11 PRO n 2 12 GLU n 2 13 TYR n 2 14 ASN n 2 15 LEU n 2 16 THR n 2 17 LEU n 2 18 ASP n 2 19 PRO n 2 20 SER n 2 21 THR n 2 22 GLY n 2 23 MET n 2 24 ILE n 2 25 GLY n 2 26 ALA n 2 27 ALA n 2 28 LEU n 2 29 GLY n 2 30 ARG n 2 31 GLU n 2 32 VAL n 2 33 ILE n 2 34 ILE n 2 35 LEU n 2 36 SER n 2 37 MET n 2 38 ASP n 2 39 GLU n 2 40 ILE n 2 41 ASN n 2 42 GLU n 2 43 GLN n 2 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.908 ? 33818 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 15.760 ? 3725 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.034 ? 4257 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.007 ? 3995 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8Q3V _struct.title 'Cryo-EM structure of the methanogenic Na+ translocating N5-methyl-H4MPT:CoM methyltransferase complex' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8Q3V _struct_keywords.text 'methanogenesis, tetrahydromethanopterin, coenzyme M, vitamin B12, Na+ transport, TRANSFERASE' _struct_keywords.pdbx_keywords TRANSFERASE # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? G N N 7 ? H N N 1 ? I N N 2 ? J N N 3 ? K N N 4 ? L N N 5 ? M N N 6 ? N N N 7 ? 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KB N N 11 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP MTRA1_METTM P80184 ? 1 ;MVEKKSPAEGWPVVNGDYIVGDPESPVAATTLASHIEDIPVEAGAAIAGPCKTENLGIEKMIANLISNPNIRFLILCGSE VQGHITGQSIEALHQNGVDPDKRNIIGATGAIPYIENIPDEGIERFQKQLEIVNLIDVEDADAIKAKVKECIEKDPGAFE EEAMIIKVEEGGEEEEGEEVKPVAPETALIEARMRNIQTQVKMIGSTNRMFAGMYSGKVQGIMIGLAFTLTLGILLLV ; 1 2 UNP MTRB_METTM Q59584 ? 2 ;MEMLPLVKIAPEYNLTLDPSTGMIGAALGREVIILSMDEINEQIAALEATADDLINSLDPTTIPEGSYPGREGVYLTAGK LTNIVYGFILGLIILFALLL ; 1 3 UNP MTRC_METTM P80185 ? 3 ;MSVAAGGPAGAAIPESRLMALGILGGLAGIYASAVNPVIGPVLASLGAVCAIVWGADAIRRVASYGLGTGVPSIGYMSVS IGIVGVVAGLASVFVVPAIAVPVVALILAMILGVVVAVLGKKIVKMKIPILEKCTAEISGAAALSVLGFSAAIAGSYTLQ TMLTSVITTGFIGLLFILNTMAIQHPFNACLGPNENQTRTLKLAASTGFISMAIVGLLGIGLNPSWWLVSLIGALCWIVA FRAFVSASFEEAASVKWSGLWPKEEEH ; 1 4 UNP MTRD_METTM P80183 ? 4 ;MDPLLLIGAITAGGVLIGGGVHFVPVGGAPAAMATATGVGTGTAMLAAGAGLTGLITAAAMTGQSPLMIMAAGAVGSMLM IGITMLVGNLIYVFGVGTVPVSAKVSVDPITGMEQEKYVTPGTEGHGLPTVCFVSGIIGGALGGIGGGLIYWALNEALKT LSYGAMGAAGVAAIFAVGIFFINAVIASYNIGGTIEGFHDPKFKRIGRGIVACLIASIVAGALSTLLVYGGVF ; 1 5 UNP MTRE_METTM P80186 ? 5 ;MDPMITGLGVVALMGAAATIAGAAEDLESDVGSQSNPNSQVQLAPQMGHLHRIINKAVSGEPVAYGTWCGIAGSVAFVLM NSMQLPVIMAIAIGAVIAAMVHTTYAVTSHMGRIVSQSQFNQPLFMDMLVQHLGPIAGHGFIVTFCTVGLSYLMTLPIPG FAHPFPLPLLAVLWGITIGAIGSSTGDVHYGAEREYQQYPFGGGIPVAIHGDITTKAELGARNSMDVVHFCAKYGGPLTG FAFGAIVFLSFWNTIVFGITGGIISGLIIVLLLIILNNRLEVFARNRYGPYKEEE ; 1 6 UNP MTRF_METTM Q50773 ? 6 MIILSNKPNIRGIKNVVEDIKYRNQLIGRDGRLFAGLIATRISGIAIGFLLAVLLVGVPAMMSILGVI 1 7 UNP MTRG_METTM Q50774 ? 7 ;MSEEEKTTIPRVLVSADEFNKANEKLDEIEEKVEFTVGEYSQRIGQQIGRDIGILYGIVIGLIILAVTNILFAGLLKGLL KSLFGL ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8Q3V A 1 ? 238 ? 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Q50774 1 ? 86 ? 1 86 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 21-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 21 # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 133130 ? 1 MORE -1209 ? 1 'SSA (A^2)' 74030 ? # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list ;A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB ; # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ALA A 184 ? 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U NA 301 U HOH 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.075 ? ? # _struct_conn_type.id metalc _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _pdbx_struct_conn_angle.id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.value _pdbx_struct_conn_angle.value_esd 1 O ? A LEU 235 ? A LEU 235 ? 1_555 MG ? KA MG . ? R MG 201 ? 1_555 O ? QA HOH . ? A HOH 301 ? 1_555 92.5 ? 2 O ? A LEU 235 ? A LEU 235 ? 1_555 MG ? KA MG . ? R MG 201 ? 1_555 O ? P ALA 97 ? R ALA 97 ? 1_555 86.1 ? 3 O ? QA HOH . ? A HOH 301 ? 1_555 MG ? KA MG . ? R MG 201 ? 1_555 O ? P ALA 97 ? R ALA 97 ? 1_555 170.3 ? 4 O ? A LEU 235 ? A LEU 235 ? 1_555 MG ? KA MG . ? R MG 201 ? 1_555 OXT ? P LEU 100 ? R LEU 100 ? 1_555 150.7 ? 5 O ? QA HOH . ? A HOH 301 ? 1_555 MG ? KA MG . ? R MG 201 ? 1_555 OXT ? P LEU 100 ? R LEU 100 ? 1_555 104.6 ? 6 O ? P ALA 97 ? R ALA 97 ? 1_555 MG ? KA MG . ? R MG 201 ? 1_555 OXT ? P LEU 100 ? R LEU 100 ? 1_555 80.7 ? 7 O ? A LEU 235 ? A LEU 235 ? 1_555 MG ? KA MG . ? R MG 201 ? 1_555 O ? FB HOH . ? R HOH 302 ? 1_555 76.1 ? 8 O ? QA HOH . ? A HOH 301 ? 1_555 MG ? KA MG . ? R MG 201 ? 1_555 O ? FB HOH . ? R HOH 302 ? 1_555 91.4 ? 9 O ? P ALA 97 ? R ALA 97 ? 1_555 MG ? KA MG . ? R MG 201 ? 1_555 O ? FB HOH . ? R HOH 302 ? 1_555 97.5 ? 10 OXT ? P LEU 100 ? 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E SER 29 ? 1_555 NA ? X NA . ? E NA 301 ? 1_555 O ? UA HOH . ? E HOH 404 ? 1_555 101.1 ? 38 OE2 ? E GLU 61 ? E GLU 61 ? 1_555 NA ? X NA . ? E NA 301 ? 1_555 O ? UA HOH . ? E HOH 404 ? 1_555 91.5 ? 39 OD1 ? E ASP 187 ? E ASP 187 ? 1_555 NA ? X NA . ? E NA 301 ? 1_555 O ? UA HOH . ? E HOH 404 ? 1_555 74.5 ? 40 OG ? E SER 29 ? E SER 29 ? 1_555 NA ? X NA . ? E NA 301 ? 1_555 O ? UA HOH . ? E HOH 405 ? 1_555 92.3 ? 41 OE2 ? E GLU 61 ? E GLU 61 ? 1_555 NA ? X NA . ? E NA 301 ? 1_555 O ? UA HOH . ? E HOH 405 ? 1_555 169.8 ? 42 OD1 ? E ASP 187 ? E ASP 187 ? 1_555 NA ? X NA . ? E NA 301 ? 1_555 O ? UA HOH . ? E HOH 405 ? 1_555 82.8 ? 43 O ? UA HOH . ? E HOH 404 ? 1_555 NA ? X NA . ? E NA 301 ? 1_555 O ? UA HOH . ? E HOH 405 ? 1_555 97.9 ? 44 OG ? E SER 29 ? E SER 29 ? 1_555 NA ? X NA . ? E NA 301 ? 1_555 O ? UA HOH . ? E HOH 408 ? 1_555 81.4 ? 45 OE2 ? E GLU 61 ? E GLU 61 ? 1_555 NA ? X NA . ? E NA 301 ? 1_555 O ? UA HOH . ? E HOH 408 ? 1_555 87.4 ? 46 OD1 ? E ASP 187 ? E ASP 187 ? 1_555 NA ? 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