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. 0.1991 . . . . . . . . . . . 0.2374 # loop_ _struct_ncs_oper.id _struct_ncs_oper.code _struct_ncs_oper.matrix[1][1] _struct_ncs_oper.matrix[1][2] _struct_ncs_oper.matrix[1][3] _struct_ncs_oper.matrix[2][1] _struct_ncs_oper.matrix[2][2] _struct_ncs_oper.matrix[2][3] _struct_ncs_oper.matrix[3][1] _struct_ncs_oper.matrix[3][2] _struct_ncs_oper.matrix[3][3] _struct_ncs_oper.vector[1] _struct_ncs_oper.vector[2] _struct_ncs_oper.vector[3] _struct_ncs_oper.details 1 given -0.999938535994 -0.0084755088526 0.00714772584683 -0.00846788606888 0.999963546122 0.00109605333526 -0.00715675489425 0.00103545983931 -0.999973853999 0.719874744756 -0.527473401376 -120.909347932 ? 2 given -0.999839770816 -0.0144060408144 -0.0106253791711 -0.0144762042098 0.999873719299 0.00655629213914 0.0105295871787 0.00670905678848 -0.999922055138 -0.775785347324 -0.251574946297 -120.615383634 ? 3 given 0.999220710338 0.0386213735117 0.00814625921783 0.0386301714187 -0.999253147883 -0.000925365639008 0.00810443627491 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)) or resid 48 through 59 or (resid 60 and (name N or name CA or name C or name O or name CB or name CG or name CD )) or resid 61 through 65 or (resid 66 and (name N or name CA or name C or name O or name CB or name CG or name CD )) or resid 67 through 75 or (resid 76 through 77 and (name N or name CA or name C or name O or name CB )) or resid 78 through 196 or (resid 197 and (name N or name CA or name C or name O or name CB )) or resid 198 through 200 or (resid 201 and (name N or name CA or name C or name O or name CB )) or resid 202 through 227)) ; ens_1 d_2 ;(chain "H" and (resid 2 through 5 or (resid 6 and (name N or name CA or name C or name O or name CB or name CG or name CD )) or resid 7 through 23 or (resid 24 and (name N or name CA or name C or name O or name CB or name CG or name CD )) or resid 25 through 62 or (resid 63 and (name N or name CA or name C or name O or name CB or name CG )) or resid 64 through 105 or (resid 106 and (name N or name CA or name C or name O or name CB or name CG )) or resid 107 through 171 or (resid 172 and (name N or name CA or name C or name O or name CB or name CG )) or resid 173 through 203 or (resid 204 and (name N or name CA or name C or name O or name CB )) or resid 205 through 224 or (resid 225 and (name N or name CA or name C or name O or name CB or name CG )) or resid 226 through 227)) ; ens_2 d_1 ;(chain "C" and (resid 4 through 27 or (resid 28 and (name N or name CA or name C or name O or name CB )) or resid 29 through 58 or (resid 59 and (name N or name CA or name C or name O or name CB )) or resid 60 through 82 or (resid 83 through 84 and (name N or name CA or name C or name O or name CB )) or resid 85 through 112 or resid 114 through 117 or (resid 118 and (name N or name CA or name C or name O )) or resid 119 through 131 or (resid 132 and (name N or name CA or name C or name O or name CB or name CG or name CD )) or resid 133 through 134 or (resid 135 and (name N or name CA or name C or name O or name CB or name CG )) or resid 136 through 157 or (resid 158 through 159 and (name N or name CA or name C or name O or name CB )) or resid 160 through 171 or (resid 172 and (name N or name CA or name C or name O or name CB )) or resid 173 through 191 or (resid 192 and (name N or name CA or name C or name O or name CB or name CG or name CD )) or resid 193 through 215 or (resid 216 and (name N or name CA or name C or name O or name CB )))) ; ens_2 d_2 ;(chain "I" and ((resid 4 and (name N or name CA or name C or name O or name CB )) or resid 5 through 24 or (resid 25 and (name N or name CA or name C or name O or name CB )) or resid 26 through 56 or (resid 57 and (name N or name CA or name C or name O or name CB or name CG or name CD or name NE )) or resid 58 through 83 or (resid 84 and (name N or name CA or name C or name O or name CB )) or resid 85 through 107 or (resid 108 and (name N or name CA or name C or name O or name CB )) or resid 109 through 111 or (resid 112 and (name N or name CA or name C or name O or name CB or name CG )) or (resid 114 through 115 and (name N or name CA or name C or name O or name CB or name CG or name CD )) or (resid 116 through 117 and (name N or name CA or name C or name O or name CB )) or resid 118 through 208 or (resid 209 and (name N or name CA or name C or name O or name CB or name CG or name CD )) or (resid 210 and (name N or name CA or name C or name O or name CB or name CG or name CD or name CE )) or resid 211 through 216)) ; ens_3 d_1 ;(chain "E" and (resid 2 through 5 or (resid 6 and (name N or name CA or name C or name O or name CB or name CG )) or resid 7 through 19 or (resid 20 and (name N or name CA or name C or name O or name CB or name CG or name CD )) or resid 21 through 63 or (resid 64 and (name N or name CA or name C or name O or name CB or name CG or name CD )) or resid 65 through 72 or (resid 73 and (name N or name CA or name C or name O or name CB or name CG or name CD or name NE )) or (resid 74 and (name N or name CA or name C or name O or name CB or name CG )) or resid 75 through 82 or (resid 83 and (name N or name CA or name C or name O or name CB or name CG )) or resid 84 through 105 or (resid 106 and (name N or name CA or name C or name O or name CB or name CG )) or resid 107 through 183 or (resid 184 and (name N or name CA or name C or name O or name CB or name CG or name CD )) or resid 185 through 200 or (resid 201 and (name N or name CA or name C or name O or name CB )) or resid 202 through 204 or (resid 205 and (name N or name CA or name C or name O or name CB or name CG )) or resid 206 through 218 or (resid 219 and (name N or name CA or name C or name O or name CB or name CG or name CD )) or resid 220 through 226 or (resid 227 and (name N or name CA or name C or name O or name CB )))) ; ens_3 d_2 ;(chain "K" and (resid 2 through 11 or (resid 12 and (name N or name CA or name C or name O or name CB )) or resid 13 or (resid 14 through 15 and (name N or name CA or name C or name O or name CB or name CG or name CD )) or resid 16 through 59 or (resid 60 and (name N or name CA or name C or name O or name CB or name CG or name CD )) or resid 61 through 69 or (resid 70 and (name N or name CA or name C or name O or name CB or name CG1 or name CG2)) or resid 71 through 81 or (resid 82 and (name N or name CA or name C or name O or name CB or name CG or name SD )) or resid 83 through 155 or (resid 156 and (name N or name CA or name C or name O or name CB or name CG or name CD )) or resid 157 through 226 or (resid 227 and (name N or name CA or name C or name O or name CB )))) ; ens_4 d_1 ;(chain "F" and (resid 4 through 115 or (resid 116 through 118 and (name N or name CA or name C or name O or name CB )) or resid 119 through 161 or (resid 162 and (name N or name CA or name C or name O or name CB or name CG )) or resid 163 through 208 or (resid 209 and (name N or name CA or name C or name O or name CB or name CG )) or resid 210 through 215)) ; ens_4 d_2 ;(chain "L" and (resid 4 through 170 or (resid 171 and (name N or name CA or name C or name O or name CB )) or resid 172 through 194 or (resid 195 and (name N or name CA or name C or name O or name CB )) or resid 196 through 215)) ; # loop_ _struct_ncs_dom_lim.pdbx_ens_id _struct_ncs_dom_lim.dom_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_component_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_alt_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_alt_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_refine_code _struct_ncs_dom_lim.selection_details ens_1 d_1 1 B VAL 2 . B LYS 227 . B VAL 2 B LYS 227 ? ? ens_1 d_2 1 G VAL 2 . G LYS 227 . H VAL 2 H LYS 227 ? ? ens_2 d_1 1 D LEU 272 . D LEU 380 . C LEU 4 C LEU 112 ? ? ens_2 d_1 2 D GLN 382 . D GLU 484 . C GLN 114 C GLU 216 ? ? ens_2 d_2 1 H LEU 272 . H GLU 484 . I LEU 4 I GLU 216 ? ? ens_3 d_1 1 F VAL 2 . F LYS 227 . E VAL 2 E LYS 227 ? ? ens_3 d_2 1 K VAL 2 . K LYS 227 . K VAL 2 K LYS 227 ? ? ens_4 d_1 1 I LEU 272 . I THR 483 . F LEU 4 F THR 215 ? ? ens_4 d_2 1 L LEU 272 . L THR 483 . L LEU 4 L THR 215 ? ? # loop_ _struct_ncs_ens.id _struct_ncs_ens.details ens_1 ? ens_2 ? ens_3 ? ens_4 ? # loop_ _struct_ncs_ens_gen.ens_id _struct_ncs_ens_gen.dom_id_1 _struct_ncs_ens_gen.dom_id_2 _struct_ncs_ens_gen.oper_id ens_1 d_2 d_1 1 ens_2 d_2 d_1 2 ens_3 d_2 d_1 3 ens_4 d_2 d_1 4 # _struct.entry_id 8QP6 _struct.title ;Crystal structure of Hepatitis C Virus E1 glycoprotein epitope 314-324 scaffold design 1W4K_08 in complex with neutralizing antibody F(ab) fragment IGH526 ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8QP6 _struct_keywords.text 'Scaffold protein, HCV Immunogen, STRUCTURAL PROTEIN, Complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'STRUCTURAL PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 2 ? H N N 2 ? I N N 2 ? J N N 1 ? K N N 2 ? L N N 2 ? M N N 3 ? N N N 3 ? O N N 3 ? P N N 3 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 PDB 8QP6 8QP6 ? 1 ? 1 2 PDB 8QP6 8QP6 ? 2 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8QP6 A 1 ? 60 ? 8QP6 1 ? 60 ? 1 60 2 2 8QP6 B 1 ? 486 ? 8QP6 1 ? 486 ? 1 486 3 1 8QP6 G 1 ? 60 ? 8QP6 1 ? 60 ? 1 60 4 2 8QP6 C 1 ? 486 ? 8QP6 -267 ? 218 ? -267 218 5 1 8QP6 D 1 ? 60 ? 8QP6 1 ? 60 ? 1 60 6 2 8QP6 E 1 ? 486 ? 8QP6 1 ? 486 ? 1 486 7 2 8QP6 H 1 ? 486 ? 8QP6 1 ? 486 ? 1 486 8 2 8QP6 I 1 ? 486 ? 8QP6 -267 ? 218 ? -267 218 9 2 8QP6 F 1 ? 486 ? 8QP6 -267 ? 218 ? -267 218 10 1 8QP6 J 1 ? 60 ? 8QP6 1 ? 60 ? 1 60 11 2 8QP6 K 1 ? 486 ? 8QP6 1 ? 486 ? 1 486 12 2 8QP6 L 1 ? 486 ? 8QP6 -267 ? 218 ? -267 218 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 12-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 12 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'surface plasmon resonance' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 PRO A 9 ? 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THR E 88 THR E 92 5 ? 5 HELX_P HELX_P16 AB7 SER F 169 ? ALA F 171 ? SER E 169 ALA E 171 5 ? 3 HELX_P HELX_P17 AB8 SER F 200 ? GLY F 203 ? SER E 200 GLY E 203 5 ? 4 HELX_P HELX_P18 AB9 LYS F 214 ? ASN F 217 ? LYS E 214 ASN E 217 5 ? 4 HELX_P HELX_P19 AC1 THR G 29 ? TYR G 33 ? THR H 29 TYR H 33 5 ? 5 HELX_P HELX_P20 AC2 GLN G 63 ? GLN G 66 ? GLN H 63 GLN H 66 5 ? 4 HELX_P HELX_P21 AC3 THR G 88 ? THR G 92 ? THR H 88 THR H 92 5 ? 5 HELX_P HELX_P22 AC4 SER G 169 ? ALA G 171 ? SER H 169 ALA H 171 5 ? 3 HELX_P HELX_P23 AC5 LYS G 214 ? SER G 216 ? LYS H 214 SER H 216 5 ? 3 HELX_P HELX_P24 AC6 GLN H 350 ? GLU H 354 ? GLN I 82 GLU I 86 5 ? 5 HELX_P HELX_P25 AC7 SER H 395 ? ALA H 401 ? SER I 127 ALA I 133 1 ? 7 HELX_P HELX_P26 AC8 THR H 455 ? HIS H 462 ? THR I 187 HIS I 194 1 ? 8 HELX_P HELX_P27 AC9 GLN I 350 ? GLU I 354 ? GLN F 82 GLU F 86 5 ? 5 HELX_P HELX_P28 AD1 SER I 395 ? ALA I 401 ? SER F 127 ALA F 133 1 ? 7 HELX_P HELX_P29 AD2 THR I 455 ? HIS I 462 ? 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THR L 187 HIS L 194 1 ? 8 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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L CYS 140 L CYS 199 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? # _struct_conn_type.id disulf _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _pdbx_modification_feature.ordinal _pdbx_modification_feature.label_comp_id _pdbx_modification_feature.label_asym_id _pdbx_modification_feature.label_seq_id _pdbx_modification_feature.label_alt_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id _pdbx_modification_feature.auth_comp_id _pdbx_modification_feature.auth_asym_id _pdbx_modification_feature.auth_seq_id _pdbx_modification_feature.PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.symmetry _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id _pdbx_modification_feature.ref_comp_id _pdbx_modification_feature.type _pdbx_modification_feature.category 1 CYS B 23 ? CYS B 97 ? CYS B 23 ? 1_555 CYS B 97 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 2 CYS B 153 ? CYS B 209 ? CYS B 153 ? 1_555 CYS B 209 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 3 CYS D 292 ? CYS D 359 ? CYS C 24 ? 1_555 CYS C 91 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 4 CYS D 408 ? CYS D 467 ? CYS C 140 ? 1_555 CYS C 199 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 5 CYS F 23 ? CYS F 97 ? CYS E 23 ? 1_555 CYS E 97 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 6 CYS F 153 ? CYS F 209 ? CYS E 153 ? 1_555 CYS E 209 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 7 CYS G 23 ? CYS G 97 ? CYS H 23 ? 1_555 CYS H 97 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 8 CYS G 153 ? CYS G 209 ? CYS H 153 ? 1_555 CYS H 209 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 9 CYS H 292 ? CYS H 359 ? CYS I 24 ? 1_555 CYS I 91 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 10 CYS H 408 ? CYS H 467 ? CYS I 140 ? 1_555 CYS I 199 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 11 CYS I 292 ? CYS I 359 ? 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None 'Disulfide bridge' # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 ASP 114 B . ? ASP 114 B PRO 115 B ? PRO 115 B 1 -4.86 2 PHE 159 B . ? PHE 159 B PRO 160 B ? PRO 160 B 1 -6.68 3 GLU 161 B . ? GLU 161 B PRO 162 B ? PRO 162 B 1 -5.63 4 TYR 414 D . ? TYR 146 C PRO 415 D ? PRO 147 C 1 -0.24 5 ASP 114 F . ? ASP 114 E PRO 115 F ? 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