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D . n E 3 1 DT 1 1 1 DT DT E . n E 3 2 DT 2 2 2 DT DT E . n E 3 3 DT 3 3 3 DT DT E . n E 3 4 DT 4 4 4 DT DT E . n E 3 5 DT 5 5 5 DT DT E . n E 3 6 DT 6 6 6 DT DT E . n E 3 7 DT 7 7 7 DT DT E . n E 3 8 DT 8 8 8 DT DT E . n E 3 9 DT 9 9 9 DT DT E . n E 3 10 DT 10 10 10 DT DT E . n E 3 11 DT 11 11 11 DT DT E . n E 3 12 DT 12 12 12 DT DT E . n E 3 13 DT 13 13 13 DT DT E . n E 3 14 DT 14 14 14 DT DT E . n E 3 15 DT 15 15 15 DT DT E . n E 3 16 DT 16 16 16 DT DT E . n E 3 17 DT 17 17 17 DT DT E . n E 3 18 DT 18 18 18 DT DT E . n E 3 19 DT 19 19 19 DT DT E . n E 3 20 DT 20 20 20 DT DT E . n E 3 21 DT 21 21 21 DT DT E . n E 3 22 DT 22 22 22 DT DT E . n E 3 23 DT 23 23 23 DT DT E . n E 3 24 DT 24 24 24 DT DT E . n E 3 25 DT 25 25 25 DT DT E . n E 3 26 DT 26 26 26 DT DT E . n E 3 27 DT 27 27 27 DT DT E . n E 3 28 DT 28 28 28 DT DT E . n E 3 29 DT 29 29 29 DT DT E . n E 3 30 DT 30 30 30 DT DT E . n F 4 1 DA 1 1 1 DA DA F . n F 4 2 DA 2 2 2 DA DA F . n F 4 3 DA 3 3 3 DA DA F . n F 4 4 DA 4 4 4 DA DA F . n F 4 5 DA 5 5 5 DA DA F . n F 4 6 DA 6 6 6 DA DA F . n F 4 7 DA 7 7 7 DA DA F . n F 4 8 DA 8 8 8 DA DA F . n F 4 9 DA 9 9 9 DA DA F . n F 4 10 DA 10 10 10 DA DA F . n F 4 11 DA 11 11 11 DA DA F . n F 4 12 DA 12 12 12 DA DA F . n F 4 13 DA 13 13 13 DA DA F . n F 4 14 DA 14 14 14 DA DA F . n F 4 15 DA 15 15 15 DA DA F . n F 4 16 DA 16 16 16 DA DA F . n F 4 17 DA 17 17 17 DA DA F . n F 4 18 DA 18 18 18 DA DA F . n F 4 19 DA 19 19 19 DA DA F . n F 4 20 DA 20 20 20 DA DA F . n F 4 21 DA 21 21 21 DA DA F . n F 4 22 DA 22 22 22 DA DA F . n F 4 23 DA 23 23 23 DA DA F . n F 4 24 DA 24 24 24 DA DA F . n F 4 25 DA 25 25 25 DA DA F . n F 4 26 DA 26 26 26 DA DA F . n F 4 27 DA 27 27 27 DA DA F . n F 4 28 DA 28 28 28 DA DA F . n F 4 29 DA 29 29 29 DA DA F . n F 4 30 DA 30 30 30 DA DA F . n # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 8QQS _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 8QQS _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8QQS _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 8QQS _struct.title 'E. coli DNA gyrase bound to a linear part of a DNA minicircle' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8QQS _struct_keywords.text 'DNA-protein complex, type IIA topoisomerase DNA gyrase, ISOMERASE' _struct_keywords.pdbx_keywords ISOMERASE # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 3 ? F N N 4 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP GYRA_ECOLI P0AES4 ? 1 ;MSDLAREITPVNIEEELKSSYLDYAMSVIVGRALPDVRDGLKPVHRRVLYAMNVLGNDWNKAYKKSARVVGDVIGKYHPH GDSAVYDTIVRMAQPFSLRYMLVDGQGNFGSIDGDSAAAMRYTEIRLAKIAHELMADLEKETVDFVDNYDGTEKIPDVMP TKIPNLLVNGSSGIAVGMATNIPPHNLTEVINGCLAYIDDEDISIEGLMEHIPGPDFPTAAIINGRRGIEEAYRTGRGKV YIRARAEVEVDAKTGRETIIVHEIPYQVNKARLIEKIAELVKEKRVEGISALRDESDKDGMRIVIEVKRDAVGEVVLNNL YSQTQLQVSFGINMVALHHGQPKIMNLKDIIAAFVRHRREVVTRRTIFELRKARDRAHILEALAVALANIDPIIELIRHA PTPAEAKTALVANPWQLGNVAAMLERAGDDAARPEWLEPEFGVRDGLYYLTEQQAQAILDLRLQKLTGLEHEKLLDEYKE LLDQIAELLRILGSADRLMEVIREELELVREQFGDKRRTEITANSADINLEDLITQEDVVVTLSHQGYVKYQPLSEYEAQ RRGGKGKSAARIKEEDFIDRLLVANTHDHILCFSSRGRVYSMKVYQLPEATRGARGRPIVNLLPLEQDERITAILPVTEF EEGVKVFMATANGTVKKTVLTEFNRLRTAGKVAIKLVDGDELIGVDLTSGEDEVMLFSAEGKVVRFKESSVRAMGCNTTG VRGIRLGEGDKVVSLIVPRGDGAILTATQNGYGKRTAVAEYPTKSRATKGVISIKVTERNGLVVGAVQVDDCDQIMMITD AGTLVRTRVSEISIVGRNTQGVILIRTAEDENVVGLQRVAEPVDEEDLDTIDGSAAEGDDEIAPEVDVDDEPEEE ; 1 2 UNP GYRB_ECOLI P0AES6 ? 2 ;MSNSYDSSSIKVLKGLDAVRKRPGMYIGDTDDGTGLHHMVFEVVDNAIDEALAGHCKEIIVTIHADNSVSVQDDGRGIPT GIHPEEGVSAAEVIMTVLHAGGKFDDNSYKVSGGLHGVGVSVVNALSQKLELVIQREGKIHRQIYEHGVPQAPLAVTGET EKTGTMVRFWPSLETFTNVTEFEYEILAKRLRELSFLNSGVSIRLRDKRDGKEDHFHYEGGIKAFVEYLNKNKTPIHPNI FYFSTEKDGIGVEVALQWNDGFQENIYCFTNNIPQRDGGTHLAGFRAAMTRTLNAYMDKEGYSKKAKVSATGDDAREGLI AVVSVKVPDPKFSSQTKDKLVSSEVKSAVEQQMNELLAEYLLENPTDAKIVVGKIIDAARAREAARRAREMTRRKGALDL AGLPGKLADCQERDPALSELYLVEGDSAGGSAKQGRNRKNQAILPLKGKILNVEKARFDKMLSSQEVATLITALGCGIGR DEYNPDKLRYHSIIIMTDADVDGSHIRTLLLTFFYRQMPEIVERGHVYIAQPPLYKVKKGKQEQYIKDDEAMDQYQISIA LDGATLHTNASAPALAGEALEKLVSEYNATQKMINRMERRYPKAMLKELIYQPTLTEADLSDEQTVTRWVNALVSELNDK EQHGSQWKFDVHTNAEQNLFEPIVRVRTHGVDTDYPLDHEFITGGEYRRICTLGEKLRGLLEEDAFIERGERRQPVASFE QALDWLVKESRRGLSIQRYKGLGEMNPEQLWETTMDPESRRMLRVTVKDAIAADQLFTTLMGDAVEPRRAFIEENALKAA NIDI ; 1 3 PDB 8QQS 8QQS ? 3 ? 1 4 PDB 8QQS 8QQS ? 4 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8QQS A 1 ? 875 ? P0AES4 1 ? 875 ? 1 875 2 2 8QQS B 1 ? 804 ? P0AES6 1 ? 804 ? 1 804 3 1 8QQS C 1 ? 875 ? P0AES4 1 ? 875 ? 1 875 4 2 8QQS D 1 ? 804 ? P0AES6 1 ? 804 ? 1 804 5 3 8QQS E 1 ? 30 ? 8QQS 1 ? 30 ? 1 30 6 4 8QQS F 1 ? 30 ? 8QQS 1 ? 30 ? 1 30 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 8QQS PHE A 122 ? UNP P0AES4 TYR 122 'engineered mutation' 122 1 3 8QQS PHE C 122 ? UNP P0AES4 TYR 122 'engineered mutation' 122 2 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details hexameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 6 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ILE A 13 ? ARG A 32 ? ILE A 13 ARG A 32 1 ? 20 HELX_P HELX_P2 AA2 LYS A 42 ? GLY A 56 ? LYS A 42 GLY A 56 1 ? 15 HELX_P HELX_P3 AA3 SER A 66 ? TYR A 77 ? SER A 66 TYR A 77 1 ? 12 HELX_P HELX_P4 AA4 GLY A 81 ? GLN A 94 ? GLY A 81 GLN A 94 1 ? 14 HELX_P HELX_P5 AA5 ALA A 128 ? LEU A 134 ? ALA A 128 LEU A 134 1 ? 7 HELX_P HELX_P6 AA6 MET A 135 ? ALA A 136 ? MET A 135 ALA A 136 5 ? 2 HELX_P HELX_P7 AA7 ASP A 137 ? GLU A 141 ? ASP A 137 GLU A 141 5 ? 5 HELX_P HELX_P8 AA8 PRO A 164 ? GLY A 170 ? PRO A 164 GLY A 170 1 ? 7 HELX_P HELX_P9 AA9 ASN A 186 ? ASP A 200 ? ASN A 186 ASP A 200 1 ? 15 HELX_P HELX_P10 AB1 SER A 204 ? ILE A 212 ? SER A 204 ILE A 212 1 ? 9 HELX_P HELX_P11 AB2 ARG A 226 ? GLY A 236 ? ARG A 226 GLY A 236 1 ? 11 HELX_P HELX_P12 AB3 ASN A 269 ? GLU A 283 ? ASN A 269 GLU A 283 1 ? 15 HELX_P HELX_P13 AB4 GLY A 313 ? THR A 324 ? GLY A 313 THR A 324 1 ? 12 HELX_P HELX_P14 AB5 ASN A 346 ? ASN A 389 ? ASN A 346 ASN A 389 1 ? 44 HELX_P HELX_P15 AB6 ASN A 389 ? ALA A 400 ? ASN A 389 ALA A 400 1 ? 12 HELX_P HELX_P16 AB7 THR A 402 ? ASN A 413 ? THR A 402 ASN A 413 1 ? 12 HELX_P HELX_P17 AB8 LEU A 417 ? GLU A 425 ? LEU A 417 GLU A 425 1 ? 9 HELX_P HELX_P18 AB9 THR A 451 ? ASP A 460 ? THR A 451 ASP A 460 1 ? 10 HELX_P HELX_P19 AC1 ARG A 462 ? LEU A 466 ? ARG A 462 LEU A 466 5 ? 5 HELX_P HELX_P20 AC2 THR A 467 ? SER A 494 ? THR A 467 SER A 494 1 ? 28 HELX_P HELX_P21 AC3 SER A 494 ? GLY A 514 ? SER A 494 GLY A 514 1 ? 21 HELX_P HELX_P22 AC4 ILE B 10 ? ARG B 22 ? ILE B 10 ARG B 22 1 ? 13 HELX_P HELX_P23 AC5 ARG B 22 ? GLY B 28 ? ARG B 22 GLY B 28 1 ? 7 HELX_P HELX_P24 AC6 GLY B 33 ? ALA B 53 ? GLY B 33 ALA B 53 1 ? 21 HELX_P HELX_P25 AC7 SER B 121 ? LEU B 126 ? SER B 121 LEU B 126 1 ? 6 HELX_P HELX_P26 AC8 GLU B 183 ? ASN B 198 ? GLU B 183 ASN B 198 1 ? 16 HELX_P HELX_P27 AC9 GLY B 221 ? ASN B 230 ? GLY B 221 ASN B 230 1 ? 10 HELX_P HELX_P28 AD1 GLY B 279 ? GLY B 301 ? GLY B 279 GLY B 301 1 ? 23 HELX_P HELX_P29 AD2 GLY B 301 ? LYS B 307 ? GLY B 301 LYS B 307 1 ? 7 HELX_P HELX_P30 AD3 SER B 343 ? ASN B 364 ? SER B 343 ASN B 364 1 ? 22 HELX_P HELX_P31 AD4 ASN B 364 ? ARG B 386 ? ASN B 364 ARG B 386 1 ? 23 HELX_P HELX_P32 AD5 GLY B 425 ? GLY B 435 ? GLY B 425 GLY B 435 1 ? 11 HELX_P HELX_P33 AD6 ARG B 457 ? LEU B 462 ? ARG B 457 LEU B 462 5 ? 6 HELX_P HELX_P34 AD7 SER B 463 ? LEU B 474 ? SER B 463 LEU B 474 1 ? 12 HELX_P HELX_P35 AD8 ASN B 484 ? LEU B 488 ? ASN B 484 LEU B 488 5 ? 5 HELX_P HELX_P36 AD9 ASP B 500 ? MET B 518 ? ASP B 500 MET B 518 1 ? 19 HELX_P HELX_P37 AE1 MET B 518 ? GLY B 525 ? MET B 518 GLY B 525 1 ? 8 HELX_P HELX_P38 AE2 ASP B 548 ? LEU B 561 ? ASP B 548 LEU B 561 1 ? 14 HELX_P HELX_P39 AE3 ALA B 576 ? MET B 597 ? ALA B 576 MET B 597 1 ? 22 HELX_P HELX_P40 AE4 PRO B 602 ? GLN B 612 ? PRO B 602 GLN B 612 1 ? 11 HELX_P HELX_P41 AE5 THR B 616 ? ASP B 622 ? THR B 616 ASP B 622 1 ? 7 HELX_P HELX_P42 AE6 GLU B 623 ? LYS B 640 ? GLU B 623 LYS B 640 1 ? 18 HELX_P HELX_P43 AE7 ASP B 678 ? THR B 683 ? 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