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_citation.journal_id_ISSN 2399-3642 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume ? _citation.language ? _citation.page_first ? _citation.page_last ? _citation.title 'Genome anchoring, retention, and release by neck proteins of Staphylococcus phage 812.' _citation.year 2026 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s42003-025-09477-8 _citation.pdbx_database_id_PubMed 41507424 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Cienikova, Z.' 1 0009-0000-8696-2566 primary 'Novacek, J.' 2 0000-0003-4013-3898 primary 'Siborova, M.' 3 0000-0002-6879-5247 primary 'Popelarova, B.' 4 0000-0003-3760-0539 primary 'Fuzik, T.' 5 0000-0002-1190-0210 primary 'Botka, T.' 6 0000-0003-2708-3718 primary 'Benesik, M.' 7 ? primary 'Bardy, P.' 8 0000-0002-1223-2584 primary 'Pantucek, R.' 9 0000-0002-3950-675X primary 'Plevka, P.' 10 0000-0003-4215-3315 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat 'Capsid protein' 15942.970 2 ? ? ? ? 2 polymer nat 'Major tail sheath protein' 64559.008 2 ? ? ? ? 3 polymer nat 'Portal protein' 64155.684 2 ? ? ? ? 4 polymer nat 'Capsid protein' 33757.332 1 ? ? ? ? 5 polymer nat 'Baseplate hub assembly protein' 31799.680 1 ? ? ? ? 6 polymer nat 'Putative non-cytoplasmic protein' 10146.707 2 ? ? ? ? 7 polymer nat 'Non-cytoplasmic protein' 17885.197 2 ? ? ? ? 8 polymer nat 'Putative neck protein' 34191.703 2 ? ? ? ? 9 non-polymer syn 'ZINC ION' 65.409 3 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'Tail tube protein' 2 'Tail sheath protein' 4 'Stopper protein' 5 'Tail terminator protein' 6 'Terminator cement protein' 7 'Stopper cement protein' 8 'Adaptor protein' # 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'polypeptide(L)' no no ;MEKPYMIGANSNPNVINKSTTYTTTTQADEQDKPKYTTRLEFDTIDMIRFINDRGIKVLWEEAYFCPCLNPDTGHPRVDC PRCHGKGIAYLPPKETIMAIQSQEKGTNQLDIGILDTGTAIGTTQLEKRISYRDRFTVPEVLMPQQMIYFVNKDRIKKGI PLYYDVKEITYIATQDGTVYEEDYEIKNNRLYLNEKYENHTVTLKILMTLRYVVSDILKESRYQYTKFNQPKSKFENLPQ KLLLKREDVIVLQDPYKVNDGIEEDLEIQVDDPKASASNPSNLGGFFGGAFK ; ;MEKPYMIGANSNPNVINKSTTYTTTTQADEQDKPKYTTRLEFDTIDMIRFINDRGIKVLWEEAYFCPCLNPDTGHPRVDC PRCHGKGIAYLPPKETIMAIQSQEKGTNQLDIGILDTGTAIGTTQLEKRISYRDRFTVPEVLMPQQMIYFVNKDRIKKGI PLYYDVKEITYIATQDGTVYEEDYEIKNNRLYLNEKYENHTVTLKILMTLRYVVSDILKESRYQYTKFNQPKSKFENLPQ KLLLKREDVIVLQDPYKVNDGIEEDLEIQVDDPKASASNPSNLGGFFGGAFK ; E ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MAITSVDSYLLSEIKPRLNTVLENCYIIDEVLKDFDYQTRESFKEAFCGKNAQHEVTVGFNFPKFKNNYEAHYLIQLGQG QETKNSLGSIQSSYFEATGDTLVESSTAIREDDKLVFTVSKPIGELIKVEDIEFAKYDNLQVEGNKVSFKYQTNEDYENY NANIIFTEKKNDSKGLVKGFTVEEQVTVVGLSFNVDVARCLDAVLKMILISMRDSIEEQQTFQLQNLSFGDIAPIIEDGD SMIFGRPTIIKYTSSLDLDYTITQDINKLTFKERKDWK ; ;MAITSVDSYLLSEIKPRLNTVLENCYIIDEVLKDFDYQTRESFKEAFCGKNAQHEVTVGFNFPKFKNNYEAHYLIQLGQG QETKNSLGSIQSSYFEATGDTLVESSTAIREDDKLVFTVSKPIGELIKVEDIEFAKYDNLQVEGNKVSFKYQTNEDYENY NANIIFTEKKNDSKGLVKGFTVEEQVTVVGLSFNVDVARCLDAVLKMILISMRDSIEEQQTFQLQNLSFGDIAPIIEDGD SMIFGRPTIIKYTSSLDLDYTITQDINKLTFKERKDWK ; G ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MSIEKKEEVIAHNEVVFRSLTQGLYVKEVDIYSDVVSYTKDVDEALAMPNTINFKNSRKYKKLIMNLDLEPLNKIQKVIY ETHLEGL ; ;MSIEKKEEVIAHNEVVFRSLTQGLYVKEVDIYSDVVSYTKDVDEALAMPNTINFKNSRKYKKLIMNLDLEPLNKIQKVIY ETHLEGL ; N,n ? 7 'polypeptide(L)' no no ;MADEISLNPIQDAKPIDDIVDIMTYLKNGKVLRVKQDNQGDILVRMSPGKHKFTEVSRDLDKESFYYKRHWVLYNVSVNS LITFDVYLDEEYSETTKVKYPKDTIVEYTREDQEKDVAMIKEILTDNNGNYFYALIGETMLFDENKLNKVKD ; ;MADEISLNPIQDAKPIDDIVDIMTYLKNGKVLRVKQDNQGDILVRMSPGKHKFTEVSRDLDKESFYYKRHWVLYNVSVNS LITFDVYLDEEYSETTKVKYPKDTIVEYTREDQEKDVAMIKEILTDNNGNYFYALIGETMLFDENKLNKVKD ; S,s ? 8 'polypeptide(L)' no no ;MVNSMFGGDLDPYEKSLNYEYPYHPSGNPKHIDVSEIDNLTLADYGWSPDAVKAYMFGIVVQNPDTGQPMGDEFYNHILE RAVGKAERALDISILPDTQHEMRDYHETEFNSYMFVHAYRKPILQVENLQLQFNGRPIYKYPANWWKVEHLAGHVQLFPT ALMQTGQSMSYDAVFNGYPQLAGVYPPSGATFAPQMIRLEYVSGMLPRKKAGRNKPWEMPPELEQLVIKYALKEIYQVWG NLIIGAGIANKTLEVDGITETIGTTQSAMYGGASAQILQINEDIKELLDGLRAYFGYNMIGL ; ;MVNSMFGGDLDPYEKSLNYEYPYHPSGNPKHIDVSEIDNLTLADYGWSPDAVKAYMFGIVVQNPDTGQPMGDEFYNHILE RAVGKAERALDISILPDTQHEMRDYHETEFNSYMFVHAYRKPILQVENLQLQFNGRPIYKYPANWWKVEHLAGHVQLFPT ALMQTGQSMSYDAVFNGYPQLAGVYPPSGATFAPQMIRLEYVSGMLPRKKAGRNKPWEMPPELEQLVIKYALKEIYQVWG NLIIGAGIANKTLEVDGITETIGTTQSAMYGGASAQILQINEDIKELLDGLRAYFGYNMIGL ; C,D ? # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 9 _pdbx_entity_nonpoly.name 'ZINC ION' _pdbx_entity_nonpoly.comp_id ZN # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 ALA n 1 3 SER n 1 4 GLU n 1 5 ALA n 1 6 LYS n 1 7 GLN n 1 8 THR n 1 9 VAL n 1 10 HIS n 1 11 THR n 1 12 GLY n 1 13 ASN n 1 14 THR n 1 15 VAL n 1 16 LEU n 1 17 LEU n 1 18 MET n 1 19 ILE n 1 20 LYS n 1 21 GLY n 1 22 LYS n 1 23 PRO n 1 24 VAL n 1 25 GLY n 1 26 ARG n 1 27 ALA n 1 28 GLN n 1 29 SER n 1 30 ALA n 1 31 SER n 1 32 GLY n 1 33 GLN n 1 34 ARG n 1 35 GLU n 1 36 TYR n 1 37 GLY n 1 38 THR n 1 39 THR n 1 40 GLY n 1 41 VAL n 1 42 TYR n 1 43 GLU n 1 44 ILE n 1 45 GLY n 1 46 SER n 1 47 ILE n 1 48 MET n 1 49 PRO n 1 50 GLN n 1 51 GLU n 1 52 HIS n 1 53 VAL n 1 54 TYR n 1 55 LEU n 1 56 ARG n 1 57 TYR n 1 58 GLU n 1 59 GLY n 1 60 THR n 1 61 ILE n 1 62 THR n 1 63 VAL n 1 64 GLU n 1 65 ARG n 1 66 LEU n 1 67 ARG n 1 68 MET n 1 69 LYS n 1 70 LYS n 1 71 GLU n 1 72 ASN n 1 73 PHE n 1 74 ALA n 1 75 ASP n 1 76 LEU n 1 77 GLY n 1 78 TYR n 1 79 ALA n 1 80 SER n 1 81 LEU n 1 82 GLY n 1 83 GLU n 1 84 GLU n 1 85 ILE n 1 86 LEU n 1 87 LYS n 1 88 LYS n 1 89 ASP n 1 90 ILE n 1 91 ILE n 1 92 ASP n 1 93 ILE n 1 94 LEU n 1 95 VAL n 1 96 VAL n 1 97 ASP n 1 98 ASN n 1 99 LEU n 1 100 THR n 1 101 LYS n 1 102 GLN n 1 103 VAL n 1 104 ILE n 1 105 ILE n 1 106 SER n 1 107 TYR n 1 108 HIS n 1 109 GLY n 1 110 CYS n 1 111 SER n 1 112 ALA n 1 113 ASN n 1 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Q N N 9 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP A1YTP2_9CAUD A1YTP2 ? 1 ;MASEAKQTVHTGNTVLLMIKGKPVGRAQSASGQREYGTTGVYEIGSIMPQEHVYLRYEGTITVERLRMKKENFADLGYAS LGEEILKKDIIDILVVDNLTKQVIISYHGCSANNYNETWQTNEIVTEEIEFSYLTASDKART ; 1 2 UNP A0A0U1WZ79_9CAUD A0A0U1WZ79 ? 2 ;MAVEPFPRRPITRPHASIEVDTSGIGGSAGSSEKVFCLIGQAEGGEPNTVYELRNYSQAKRLFRSGELLDAIELAWGSNP NYTAGRILAMRIEDAKPASAEIGGLKITSKIYGNVANNIQVGLEKNTLSDSLRLRVIFQDDRFNEVYDNIGNIFTIKYKG EEANATFSVEHDEETQKASRLVLKVGDQEVKSYDLTGGAYDYTNAIITDINQLPDFEAKLSPFGDKNLESSKLDKIENAN IKDKAVYVKAVFGDLEKQTAYNGIVSFEQLNAEGEVPSNVEVEAGEESATVTATSPIKTIEPFELTKLKGGTNGEPPATW ADKLDKFAHEGGYYIVPLSSKQSVHAEVASFVKERSDAGEPMRAIVGGGFNESKEQLFGRQASLSNPRVSLVANSGTFVM DDGRKNHVPAYMVAVALGGLASGLEIGESITFKPLRVSSLDQIYESIDLDELNENGIISIEFVRNRTNTFFRIVDDVTTF NDKSDPVKAEMAVGEANDFLVSELKVQLEDQFIGTRTINTSASIIKDFIQSYLGRKKRDNEIQDFPAEDVQVIVEGNEAR ISMTVYPIRSFKKISVSLVYKQQTLQA ; 1 3 UNP A0A0U1WIV9_9CAUD A0A0U1WIV9 ? 3 ;MADLFKQFRLGKDYGNNSTIAQVPIDEGLQANIKKIEQDNKEYQDLTKSLYGQQQAYAEPFIEMMDTNPEFRDKRSYMKN EHNLHDVLKKFGNNPILNAIILTRSNQVAMYCQPARYSEKGLGFEVRLRDLDAEPGRKEKEEMKRIEDFIVNTGKDKDVD RDSFQTFCKKIVRDTYIYDQVNFEKVFNKNNKTKLEKFIAVDPSTIFYATDKKGKIIKGGKRFVQVVDKRVVASFTSREL AMGIRNPRTELSSSGYGLSEVEIAMKEFIAYNNTESFNDRFFSHGGTTRGILQIRSDQQQSQHALENFKREWKSSLSGIN GSWQIPVVMADDIKFVNMTPTANDMQFEKWLNYLINIISALYGIDPAEIGFPNRGGATGSKGGSTLNEADPGKKQQQSQN KGLQPLLRFIEDLVNRHIISEYGDKYTFQFVGGDTKSATDKLNILKLETQIFKTVNEAREEQGKKPIEGGDIILDASFLQ GTAQLQQDKQYNDGKQKERLQMMMSLLEGDNDDSEEGQSTDSSNDDKEIGTDAQIKGDDNVYRTQTSNKGQGRKGEKSSD FKH ; 1 4 UNP A1YTN7_9CAUD A1YTN7 ? 4 ;MEKPYMIGANSNPNVINKSTTYTTTTQADEQDKPKYTTRLEFDTIDMIRFINDRGIKVLWEEAYFCPCLNPDTGHPRVDC PRCHGKGIAYLPPKETIMAIQSQEKGTNQLDIGILDTGTAIGTTQLEKRISYRDRFTVPEVLMPQQMIYFVNKDRIKKGI PLYYDVKEITYIATQDGTVYEEDYEIKNNRLYLNEKYENHTVTLKILMTLRYVVSDILKESRYQYTKFNQPKSKFENLPQ KLLLKREDVIVLQDPYKVNDGIEEDLEIQVDDPKASASNPSNLGGFFGGAFK ; 1 5 UNP A1YTN9_9CAUD A1YTN9 ? 5 ;MAITSVDSYLLSEIKPRLNTVLENCYIIDEVLKDFDYQTRESFKEAFCGKNAQHEVTVGFNFPKFKNNYEAHYLIQLGQG QETKNSLGSIQSSYFEATGDTLVESSTAIREDDKLVFTVSKPIGELIKVEDIEFAKYDNLQVEGNKVSFKYQTNEDYENY NANIIFTEKKNDSKGLVKGFTVEEQVTVVGLSFNVDVARCLDAVLKMILISMRDSIEEQQTFQLQNLSFGDIAPIIEDGD SMIFGRPTIIKYTSSLDLDYTITQDINKLTFKERKDWK ; 1 6 UNP A0A0U1WZ69_9CAUD A0A0U1WZ69 ? 6 ;MSIEKKEEVIAHNEVVFRSLTQGLYVKEVDIYSDVVSYTKDVDEALAMPNTINFKNSRKYKKLIMNLDLEPLNKIQKVIY ETHLEGL ; 1 7 UNP A0A0U1WIM1_9CAUD A0A0U1WIM1 ? 7 ;MADEISLNPIQDAKPIDDIVDIMTYLKNGKVLRVKQDNQGDILVRMSPGKHKFTEVSRDLDKESFYYKRHWVLYNVSVNS LITFDVYLDEEYSETTKVKYPKDTIVEYTREDQEKDVAMIKEILTDNNGNYFYALIGETMLFDENKLNKVKD ; 1 8 UNP A1YTN6_9CAUD A1YTN6 ? 8 ;MVNSMFGGDLDPYEKSLNYEYPYHPSGNPKHIDVSEIDNLTLADYGWSPDAVKAYMFGIVVQNPDTGQPMGDEFYNHILE RAVGKAERALDISILPDTQHEMRDYHETEFNSYMFVHAYRKPILQVENLQLQFNGRPIYKYPANWWKVEHLAGHVQLFPT ALMQTGQSMSYDAVFNGYPQLAGVYPPSGATFAPQMIRLEYVSGMLPRKKAGRNKPWEMPPELEQLVIKYALKEIYQVWG NLIIGAGIANKTLEVDGITETIGTTQSAMYGGASAQILQINEDIKELLDGLRAYFGYNMIGL ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8R69 T 1 ? 142 ? A1YTP2 1 ? 142 ? 1 142 2 2 8R69 V 1 ? 587 ? A0A0U1WZ79 1 ? 587 ? 1 587 3 1 8R69 U 1 ? 142 ? A1YTP2 1 ? 142 ? 1 142 4 2 8R69 W 1 ? 587 ? A0A0U1WZ79 1 ? 587 ? 1 587 5 3 8R69 A 1 ? 563 ? A0A0U1WIV9 1 ? 563 ? 1 563 6 3 8R69 B 1 ? 563 ? A0A0U1WIV9 1 ? 563 ? 1 563 7 4 8R69 E 1 ? 292 ? A1YTN7 1 ? 292 ? 1 292 8 5 8R69 G 1 ? 278 ? A1YTN9 1 ? 278 ? 1 278 9 6 8R69 N 1 ? 87 ? A0A0U1WZ69 1 ? 87 ? 1 87 10 6 8R69 n 1 ? 87 ? A0A0U1WZ69 1 ? 87 ? 1 87 11 7 8R69 S 1 ? 152 ? A0A0U1WIM1 1 ? 152 ? 1 152 12 7 8R69 s 1 ? 152 ? A0A0U1WIM1 1 ? 152 ? 1 152 13 8 8R69 C 1 ? 302 ? A1YTN6 1 ? 302 ? 1 302 14 8 8R69 D 1 ? 302 ? A1YTN6 1 ? 302 ? 1 302 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details 'UCSF CHIMERA 1.16_b42360.' _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 84-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 84 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1,2,3,4,5,6 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1.0 0.0 0.0 0.0 -0.0 1.0 -0.0 0.0 -0.0 0.0 1.0 0.0 2 'point symmetry operation' ? ? 0.500000 -0.866025 0.0 212.44415 0.866025 0.500000 0.0 -56.92408 -0.0 -0.0 1.0 0.00002 3 'point symmetry operation' ? ? -0.500000 -0.866025 -0.0 367.96416 0.866025 -0.500000 0.0 98.59593 -0.0 0.0 1.0 0.00002 4 'point symmetry operation' ? ? -1.0 -0.0 -0.0 311.04001 -0.0 -1.0 0.0 311.04001 -0.0 0.0 1.0 0.00001 5 'point symmetry operation' ? ? -0.500000 0.866025 -0.0 98.59586 -0.866025 -0.500000 0.0 367.96409 -0.0 0.0 1.0 -0.00002 6 'point symmetry operation' ? ? 0.500000 0.866025 -0.0 -56.92414 -0.866025 0.500000 -0.0 212.44408 0.0 0.0 1.0 -0.00002 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLU A 4 ? 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LEU M 40 ? SER C 35 LEU C 40 1 ? 6 HELX_P HELX_P87 AJ6 THR M 41 ? GLY M 46 ? THR C 41 GLY C 46 5 ? 6 HELX_P HELX_P88 AJ7 SER M 48 ? MET M 56 ? SER C 48 MET C 56 1 ? 9 HELX_P HELX_P89 AJ8 GLY M 71 ? LEU M 90 ? GLY C 71 LEU C 90 1 ? 20 HELX_P HELX_P90 AJ9 GLU M 107 ? SER M 112 ? GLU C 107 SER C 112 1 ? 6 HELX_P HELX_P91 AK1 PRO M 220 ? GLY M 240 ? PRO C 220 GLY C 240 1 ? 21 HELX_P HELX_P92 AK2 ALA M 273 ? GLY M 296 ? ALA C 273 GLY C 296 1 ? 24 HELX_P HELX_P93 AK3 SER N 35 ? LEU N 40 ? SER D 35 LEU D 40 1 ? 6 HELX_P HELX_P94 AK4 THR N 41 ? GLY N 46 ? THR D 41 GLY D 46 5 ? 6 HELX_P HELX_P95 AK5 SER N 48 ? MET N 56 ? SER D 48 MET D 56 1 ? 9 HELX_P HELX_P96 AK6 GLY N 71 ? LEU N 90 ? GLY D 71 LEU D 90 1 ? 20 HELX_P HELX_P97 AK7 GLU N 107 ? SER N 112 ? GLU D 107 SER D 112 1 ? 6 HELX_P HELX_P98 AK8 PRO N 220 ? GLY N 240 ? PRO D 220 GLY D 240 1 ? 21 HELX_P HELX_P99 AK9 ASN N 241 ? ILE N 243 ? ASN D 241 ILE D 243 5 ? 3 HELX_P HELX_P100 AL1 ALA N 273 ? GLY N 296 ? ALA D 273 GLY D 296 1 ? 24 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role metalc1 metalc ? ? 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AA9 ? 3 ? AB1 ? 3 ? AB2 ? 3 ? AB3 ? 8 ? AB4 ? 2 ? AB5 ? 4 ? AB6 ? 3 ? AB7 ? 4 ? AB8 ? 3 ? AB9 ? 4 ? AC1 ? 2 ? AC2 ? 3 ? AC3 ? 2 ? AC4 ? 4 ? AC5 ? 2 ? AC6 ? 3 ? AC7 ? 4 ? AC8 ? 4 ? AC9 ? 2 ? AD1 ? 3 ? AD2 ? 2 ? AD3 ? 9 ? AD4 ? 2 ? AD5 ? 2 ? AD6 ? 3 ? AD7 ? 2 ? AD8 ? 8 ? AD9 ? 3 ? AE1 ? 4 ? AE2 ? 6 ? AE3 ? 2 ? AE4 ? 2 ? AE5 ? 5 ? AE6 ? 4 ? AE7 ? 5 ? AE8 ? 4 ? AE9 ? 4 ? AF1 ? 3 ? AF2 ? 4 ? AF3 ? 4 ? AF4 ? 3 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 1 5 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA1 4 7 ? anti-parallel AA1 5 6 ? anti-parallel AA1 6 7 ? anti-parallel AA1 6 8 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? parallel AA3 3 4 ? parallel AA3 4 5 ? parallel AA3 5 6 ? parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB2 1 2 ? parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB3 1 5 ? anti-parallel AB3 3 4 ? anti-parallel AB3 4 7 ? anti-parallel AB3 5 6 ? anti-parallel AB3 6 7 ? anti-parallel AB3 6 8 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB5 2 3 ? parallel AB5 3 4 ? parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB7 2 3 ? anti-parallel AB7 3 4 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB8 2 3 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AB9 2 3 ? anti-parallel AB9 3 4 ? anti-parallel AC1 1 2 ? parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC2 2 3 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC4 2 3 ? anti-parallel AC4 3 4 ? anti-parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC6 2 3 ? anti-parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC7 2 3 ? parallel AC7 3 4 ? anti-parallel AC8 1 2 ? anti-parallel AC8 2 3 ? anti-parallel AC8 3 4 ? anti-parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AD1 1 2 ? anti-parallel AD1 2 3 ? anti-parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD3 1 2 ? anti-parallel AD3 2 3 ? anti-parallel AD3 3 4 ? anti-parallel AD3 4 5 ? anti-parallel AD3 5 6 ? anti-parallel AD3 6 7 ? anti-parallel AD3 7 8 ? anti-parallel AD3 8 9 ? anti-parallel AD4 1 2 ? anti-parallel AD5 1 2 ? anti-parallel AD6 1 2 ? anti-parallel AD6 2 3 ? anti-parallel AD7 1 2 ? anti-parallel AD8 1 2 ? parallel AD8 2 5 ? anti-parallel AD8 3 5 ? anti-parallel AD8 4 5 ? anti-parallel AD8 5 8 ? anti-parallel AD8 6 8 ? anti-parallel AD8 7 8 ? anti-parallel AD9 1 2 ? anti-parallel AD9 2 3 ? anti-parallel AE1 1 2 ? anti-parallel AE1 2 3 ? anti-parallel AE1 3 4 ? anti-parallel AE2 1 2 ? anti-parallel AE2 2 3 ? anti-parallel AE2 3 4 ? anti-parallel AE2 4 5 ? anti-parallel AE2 5 6 ? anti-parallel AE3 1 2 ? anti-parallel AE4 1 2 ? anti-parallel AE5 1 2 ? anti-parallel AE5 2 3 ? anti-parallel AE5 3 4 ? anti-parallel AE5 4 5 ? anti-parallel AE6 1 2 ? anti-parallel AE6 2 3 ? anti-parallel AE6 3 4 ? anti-parallel AE7 1 2 ? anti-parallel AE7 2 3 ? anti-parallel AE7 3 4 ? anti-parallel AE7 4 5 ? anti-parallel AE8 1 2 ? anti-parallel AE8 2 3 ? anti-parallel AE8 3 4 ? anti-parallel AE9 1 2 ? anti-parallel AE9 2 3 ? anti-parallel AE9 3 4 ? anti-parallel AF1 1 2 ? anti-parallel AF1 2 3 ? anti-parallel AF2 1 2 ? anti-parallel AF2 2 3 ? anti-parallel AF2 3 4 ? anti-parallel AF3 1 2 ? anti-parallel AF3 2 3 ? anti-parallel AF3 3 4 ? anti-parallel AF4 1 2 ? anti-parallel AF4 2 3 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 VAL A 15 ? 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The composite map was then low-pass filtered to the (gold-standard cut-off 0.143) resolution of the input reconstruction with worse resolution. ; _em_3d_reconstruction.resolution 4.3 _em_3d_reconstruction.resolution_method OTHER _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 21731 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 8 # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.source NATURAL _em_entity_assembly.type VIRUS _em_entity_assembly.name 'Staphylococcus phage 812' _em_entity_assembly.details 'Purified phage virion' _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? _em_entity_assembly.entity_id_list '1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8' # _em_image_scans.entry_id 8R69 _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.number_digital_images ? _em_image_scans.details ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.dimension_height 4000 _em_image_scans.dimension_width 4000 _em_image_scans.frames_per_image 16 _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.used_frames_per_image ? # _em_imaging.entry_id 8R69 _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.details ? _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_min 1200 _em_imaging.nominal_defocus_max 2400 _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification 75000 _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen NITROGEN # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.method ? _em_sample_support.grid_material COPPER _em_sample_support.grid_mesh_size 200 _em_sample_support.grid_type 'Quantifoil R2/1' _em_sample_support.details ? _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.citation_id ? # _em_virus_entity.id 1 _em_virus_entity.virus_host_category ? _em_virus_entity.virus_type VIRION _em_virus_entity.virus_isolate SPECIES _em_virus_entity.entity_assembly_id 1 _em_virus_entity.enveloped NO _em_virus_entity.empty NO _em_virus_entity.details ? # _em_vitrification.entry_id 8R69 _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE-PROPANE _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature ? _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.details ? # _em_experiment.entry_id 8R69 _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 8R69 _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C6 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 T MET 1 ? 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