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K 9287 ? ? 45 # _refine_ls_shell.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_ls_shell.d_res_high 3.000 _refine_ls_shell.d_res_low 3.076 _refine_ls_shell.number_reflns_all ? _refine_ls_shell.number_reflns_obs ? _refine_ls_shell.number_reflns_R_free 91 _refine_ls_shell.number_reflns_R_work 1572 _refine_ls_shell.percent_reflns_obs 30.91 _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free ? _refine_ls_shell.R_factor_all ? _refine_ls_shell.R_factor_obs ? _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error ? _refine_ls_shell.R_factor_R_work 0.495 _refine_ls_shell.redundancy_reflns_all ? _refine_ls_shell.redundancy_reflns_obs ? _refine_ls_shell.wR_factor_all ? _refine_ls_shell.wR_factor_obs ? _refine_ls_shell.wR_factor_R_free ? _refine_ls_shell.wR_factor_R_work ? _refine_ls_shell.pdbx_R_complete ? _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used 20 _refine_ls_shell.pdbx_phase_error ? _refine_ls_shell.pdbx_fsc_work ? _refine_ls_shell.pdbx_fsc_free ? _refine_ls_shell.R_factor_R_free 0.493 # loop_ _struct_ncs_dom.id _struct_ncs_dom.details _struct_ncs_dom.pdbx_ens_id 1 ? 1 2 ? 2 3 ? 3 4 ? 4 5 ? 5 6 ? 6 7 ? 7 8 ? 8 9 ? 9 10 ? 10 11 ? 11 12 ? 12 13 ? 13 14 ? 14 15 ? 15 16 ? 16 17 ? 17 18 ? 18 19 ? 19 20 ? 20 21 ? 21 22 ? 22 23 ? 23 24 ? 24 25 ? 25 26 ? 26 27 ? 27 28 ? 28 29 ? 29 30 ? 30 31 ? 31 32 ? 32 33 ? 33 34 ? 34 35 ? 35 36 ? 36 37 ? 37 38 ? 38 39 ? 39 40 ? 40 41 ? 41 42 ? 42 43 ? 43 44 ? 44 45 ? 45 # loop_ _struct_ncs_ens.id _struct_ncs_ens.details 1 ? 2 ? 3 ? 4 ? 5 ? 6 ? 7 ? 8 ? 9 ? 10 ? 11 ? 12 ? 13 ? 14 ? 15 ? 16 ? 17 ? 18 ? 19 ? 20 ? 21 ? 22 ? 23 ? 24 ? 25 ? 26 ? 27 ? 28 ? 29 ? 30 ? 31 ? 32 ? 33 ? 34 ? 35 ? 36 ? 37 ? 38 ? 39 ? 40 ? 41 ? 42 ? 43 ? 44 ? 45 ? # _struct.entry_id 8R98 _struct.title 'Crystal structure of the cryorhodopsin CryoR2 at pH 4.6, type B crystals, illuminated state' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8R98 _struct_keywords.text 'retinal, rhodopsin, photocycle, MEMBRANE PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'MEMBRANE PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 1 ? F N N 1 ? G N N 1 ? H N N 1 ? I N N 1 ? J N N 1 ? K N N 2 ? L N N 2 ? M N N 2 ? N N N 2 ? O N N 3 ? P N N 4 ? Q N N 2 ? R N N 2 ? S N N 2 ? T N N 2 ? U N N 3 ? V N N 4 ? W N N 2 ? X N N 2 ? Y N N 3 ? Z N N 4 ? AA N N 5 ? BA N N 2 ? CA N N 2 ? DA N N 3 ? EA N N 4 ? FA N N 2 ? GA N N 2 ? HA N N 3 ? IA N N 4 ? JA N N 2 ? KA N N 2 ? LA N N 3 ? MA N N 4 ? NA N N 2 ? OA N N 2 ? PA N N 2 ? QA N N 2 ? RA N N 2 ? SA N N 2 ? TA N N 3 ? UA N N 4 ? VA N N 2 ? WA N N 2 ? XA N N 2 ? YA N N 3 ? ZA N N 4 ? AB N N 5 ? BB N N 2 ? CB N N 3 ? DB N N 4 ? EB N N 2 ? FB N N 2 ? GB N N 3 ? 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ALA A 12 ? VAL A 8 ALA A 12 5 ? 5 HELX_P HELX_P2 AA2 SER A 15 ? THR A 43 ? SER A 15 THR A 43 1 ? 29 HELX_P HELX_P3 AA3 TYR A 51 ? GLY A 79 ? TYR A 51 GLY A 79 1 ? 29 HELX_P HELX_P4 AA4 GLY A 92 ? CYS A 119 ? GLY A 92 CYS A 119 1 ? 28 HELX_P HELX_P5 AA5 VAL A 124 ? ILE A 149 ? VAL A 124 ILE A 149 1 ? 26 HELX_P HELX_P6 AA6 VAL A 150 ? THR A 155 ? VAL A 150 THR A 155 5 ? 6 HELX_P HELX_P7 AA7 ASN A 156 ? LEU A 186 ? ASN A 156 LEU A 186 1 ? 31 HELX_P HELX_P8 AA8 THR A 190 ? GLY A 207 ? THR A 190 GLY A 207 1 ? 18 HELX_P HELX_P9 AA9 VAL A 209 ? PHE A 216 ? VAL A 209 PHE A 216 1 ? 8 HELX_P HELX_P10 AB1 LEU A 217 ? GLY A 221 ? LEU A 217 GLY A 221 5 ? 5 HELX_P HELX_P11 AB2 SER A 223 ? ALA A 263 ? SER A 223 ALA A 263 1 ? 41 HELX_P HELX_P12 AB3 VAL B 8 ? ALA B 12 ? VAL B 8 ALA B 12 5 ? 5 HELX_P HELX_P13 AB4 ASN B 16 ? THR B 43 ? ASN B 16 THR B 43 1 ? 28 HELX_P HELX_P14 AB5 TYR B 51 ? GLY B 79 ? TYR B 51 GLY B 79 1 ? 29 HELX_P HELX_P15 AB6 ALA B 93 ? CYS B 119 ? ALA B 93 CYS B 119 1 ? 27 HELX_P HELX_P16 AB7 LEU B 122 ? ILE B 149 ? LEU B 122 ILE B 149 1 ? 28 HELX_P HELX_P17 AB8 VAL B 150 ? THR B 155 ? VAL B 150 THR B 155 5 ? 6 HELX_P HELX_P18 AB9 ASN B 156 ? LEU B 186 ? ASN B 156 LEU B 186 1 ? 31 HELX_P HELX_P19 AC1 THR B 190 ? GLY B 207 ? THR B 190 GLY B 207 1 ? 18 HELX_P HELX_P20 AC2 VAL B 209 ? PHE B 216 ? VAL B 209 PHE B 216 1 ? 8 HELX_P HELX_P21 AC3 LEU B 217 ? GLY B 221 ? LEU B 217 GLY B 221 5 ? 5 HELX_P HELX_P22 AC4 SER B 223 ? ALA B 263 ? SER B 223 ALA B 263 1 ? 41 HELX_P HELX_P23 AC5 VAL C 8 ? ALA C 12 ? VAL C 8 ALA C 12 5 ? 5 HELX_P HELX_P24 AC6 SER C 15 ? THR C 43 ? SER C 15 THR C 43 1 ? 29 HELX_P HELX_P25 AC7 TYR C 51 ? GLY C 79 ? TYR C 51 GLY C 79 1 ? 29 HELX_P HELX_P26 AC8 ALA C 93 ? CYS C 119 ? ALA C 93 CYS C 119 1 ? 27 HELX_P HELX_P27 AC9 GLY C 123 ? ILE C 149 ? GLY C 123 ILE C 149 1 ? 27 HELX_P HELX_P28 AD1 VAL C 150 ? THR C 155 ? VAL C 150 THR C 155 5 ? 6 HELX_P HELX_P29 AD2 ASN C 156 ? LEU C 186 ? ASN C 156 LEU C 186 1 ? 31 HELX_P HELX_P30 AD3 THR C 190 ? GLY C 207 ? THR C 190 GLY C 207 1 ? 18 HELX_P HELX_P31 AD4 VAL C 209 ? PHE C 216 ? VAL C 209 PHE C 216 1 ? 8 HELX_P HELX_P32 AD5 LEU C 217 ? GLY C 221 ? LEU C 217 GLY C 221 5 ? 5 HELX_P HELX_P33 AD6 SER C 223 ? ALA C 263 ? SER C 223 ALA C 263 1 ? 41 HELX_P HELX_P34 AD7 VAL D 8 ? ALA D 12 ? VAL D 8 ALA D 12 5 ? 5 HELX_P HELX_P35 AD8 SER D 15 ? THR D 43 ? SER D 15 THR D 43 1 ? 29 HELX_P HELX_P36 AD9 TYR D 51 ? GLY D 79 ? TYR D 51 GLY D 79 1 ? 29 HELX_P HELX_P37 AE1 ALA D 93 ? CYS D 119 ? ALA D 93 CYS D 119 1 ? 27 HELX_P HELX_P38 AE2 GLY D 123 ? ILE D 149 ? GLY D 123 ILE D 149 1 ? 27 HELX_P HELX_P39 AE3 VAL D 150 ? THR D 155 ? VAL D 150 THR D 155 5 ? 6 HELX_P HELX_P40 AE4 ASN D 156 ? LEU D 186 ? ASN D 156 LEU D 186 1 ? 31 HELX_P HELX_P41 AE5 THR D 190 ? GLY D 207 ? THR D 190 GLY D 207 1 ? 18 HELX_P HELX_P42 AE6 VAL D 209 ? PHE D 216 ? VAL D 209 PHE D 216 1 ? 8 HELX_P HELX_P43 AE7 LEU D 217 ? GLY D 221 ? LEU D 217 GLY D 221 5 ? 5 HELX_P HELX_P44 AE8 SER D 223 ? ALA D 263 ? SER D 223 ALA D 263 1 ? 41 HELX_P HELX_P45 AE9 VAL E 8 ? ALA E 12 ? VAL E 8 ALA E 12 5 ? 5 HELX_P HELX_P46 AF1 SER E 15 ? THR E 43 ? SER E 15 THR E 43 1 ? 29 HELX_P HELX_P47 AF2 TYR E 51 ? GLY E 79 ? TYR E 51 GLY E 79 1 ? 29 HELX_P HELX_P48 AF3 ALA E 93 ? CYS E 119 ? ALA E 93 CYS E 119 1 ? 27 HELX_P HELX_P49 AF4 GLY E 123 ? ILE E 149 ? GLY E 123 ILE E 149 1 ? 27 HELX_P HELX_P50 AF5 VAL E 150 ? THR E 155 ? VAL E 150 THR E 155 5 ? 6 HELX_P HELX_P51 AF6 ASN E 156 ? LEU E 186 ? ASN E 156 LEU E 186 1 ? 31 HELX_P HELX_P52 AF7 THR E 190 ? GLY E 207 ? THR E 190 GLY E 207 1 ? 18 HELX_P HELX_P53 AF8 VAL E 209 ? PHE E 216 ? VAL E 209 PHE E 216 1 ? 8 HELX_P HELX_P54 AF9 LEU E 217 ? GLY E 221 ? LEU E 217 GLY E 221 5 ? 5 HELX_P HELX_P55 AG1 SER E 223 ? ALA E 263 ? SER E 223 ALA E 263 1 ? 41 HELX_P HELX_P56 AG2 VAL F 8 ? ALA F 12 ? VAL H 8 ALA H 12 5 ? 5 HELX_P HELX_P57 AG3 SER F 15 ? THR F 43 ? 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SER I 223 ALA I 263 1 ? 41 HELX_P HELX_P100 AL1 VAL J 8 ? ALA J 12 ? VAL K 8 ALA K 12 5 ? 5 HELX_P HELX_P101 AL2 SER J 15 ? THR J 43 ? SER K 15 THR K 43 1 ? 29 HELX_P HELX_P102 AL3 TYR J 51 ? GLY J 79 ? TYR K 51 GLY K 79 1 ? 29 HELX_P HELX_P103 AL4 ALA J 93 ? CYS J 119 ? ALA K 93 CYS K 119 1 ? 27 HELX_P HELX_P104 AL5 GLY J 123 ? VAL J 150 ? GLY K 123 VAL K 150 1 ? 28 HELX_P HELX_P105 AL6 ILE J 151 ? THR J 155 ? ILE K 151 THR K 155 5 ? 5 HELX_P HELX_P106 AL7 ASN J 156 ? LEU J 186 ? ASN K 156 LEU K 186 1 ? 31 HELX_P HELX_P107 AL8 THR J 190 ? GLY J 207 ? THR K 190 GLY K 207 1 ? 18 HELX_P HELX_P108 AL9 VAL J 209 ? PHE J 216 ? VAL K 209 PHE K 216 1 ? 8 HELX_P HELX_P109 AM1 LEU J 217 ? GLY J 221 ? LEU K 217 GLY K 221 5 ? 5 HELX_P HELX_P110 AM2 SER J 223 ? ALA J 263 ? 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I LYS 242 I RET 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.458 ? ? covale10 covale one ? J LYS 242 NZ ? ? ? 1_555 HB RET . C15 ? ? 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RET F 405 ? 1_555 LYS F 242 ? 1_555 C15 NZ LYS 1 RET Retinoylation Lipid/lipid-like # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 2 ? AA2 ? 2 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 3 ? AA6 ? 2 ? AA7 ? 2 ? AA8 ? 2 ? AA9 ? 2 ? AB1 ? 2 ? AB2 ? 2 ? AB3 ? 2 ? AB4 ? 2 ? AB5 ? 2 ? AB6 ? 2 ? AB7 ? 2 ? AB8 ? 2 ? AB9 ? 2 ? AC1 ? 2 ? AC2 ? 2 ? AC3 ? 2 ? AC4 ? 2 ? AC5 ? 2 ? AC6 ? 3 ? AC7 ? 2 ? AC8 ? 2 ? AC9 ? 2 ? AD1 ? 2 ? AD2 ? 2 ? 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