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RENVFFQSQQRRKDTSMVLFFVCLSCSHIFTSDQKNKRTQFS ; ;MTTFRFCRDCNNMLYPREDKENNRLLFECRTCSYVEEAGSPLVYRHELITNIGETAGVVQDIGSDPTLPRSDRECPKCHS RENVFFQSQQRRKDTSMVLFFVCLSCSHIFTSDQKNKRTQFS ; I ? 10 'polypeptide(L)' no no MIVPVRCFSCGKVVGDKWESYLNLLQEDELDEGTALSRLGLKRYCCRRMILTHVDLIEKFLRYNPLEKRD MIVPVRCFSCGKVVGDKWESYLNLLQEDELDEGTALSRLGLKRYCCRRMILTHVDLIEKFLRYNPLEKRD J ? 11 'polypeptide(L)' no no ;MNAPDRFELFLLGEGESKLKIDPDTKAPNAVVITFEKEDHTLGNLIRAELLNDRKVLFAAYKVEHPFFARFKLRIQTTEG YDPKDALKNACNSIINKLGALKTNFETEWNLQTLAADDAF ; ;MNAPDRFELFLLGEGESKLKIDPDTKAPNAVVITFEKEDHTLGNLIRAELLNDRKVLFAAYKVEHPFFARFKLRIQTTEG YDPKDALKNACNSIINKLGALKTNFETEWNLQTLAADDAF ; K ? 12 'polypeptide(L)' no no MSREGFQIPTNLDAAAAGTSQARTATLKYICAECSSKLSLSRTDAVRCKDCGHRILLKARTKRLVQFEAR MSREGFQIPTNLDAAAAGTSQARTATLKYICAECSSKLSLSRTDAVRCKDCGHRILLKARTKRLVQFEAR L ? 13 'polypeptide(L)' no no ;MGKRKKSTRKPTKRLVQKLDTKFNCLFCNHEKSVSCTLDKKNSIGTLSCKICGQSFQTRINSLSQPVDVYSDWFDAVEEV NSGRGSDTDDGDEGSDSDYESDSEQDAKTQNDGEIDSDEEEVDSDEERIGQVKRGRGALVDSDDE ; ;MGKRKKSTRKPTKRLVQKLDTKFNCLFCNHEKSVSCTLDKKNSIGTLSCKICGQSFQTRINSLSQPVDVYSDWFDAVEEV NSGRGSDTDDGDEGSDSDYESDSEQDAKTQNDGEIDSDEEEVDSDEERIGQVKRGRGALVDSDDE ; M ? 14 polydeoxyribonucleotide no no ;(DC)(DG)(DG)(DT)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DC)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT) (DA)(DC)(DC)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA) (DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DG)(DC)(DT)(DT)(DG)(DC)(DC) ; CGGTCTGCATGTACACTAGTACCTACTCGAGTGAGCTTAAGCCTCAATAAAGCTTGCC N ? 15 'polypeptide(L)' no no ;MNSNNPDNNNSNNINNNNKDKDIAPNSDVQLATVYTKAKSYIPQIEQVYQGTNPNIQEAKLLGELLQVLAEVPKGTHLFC DPILEPISIFSLTIFSFNEEATATWLKNHFNPILSVCDKCILNFARGKCKMLQHFAIQRHVPHEHVAKFNDIVCQWRVEA VFPILRNISVNDNTGINITNEIETAMYECLCNPHMLRLNKQLKATFEAIFKFFYDTKHRLLDVTNPLSIKTFISGVIFCW CEGSKEENEWSRAFLKDLYSRNFHINLSNLTPDIIEEVYIHILFLQNPANWTEIVVSQFWSRLLPVFNLFDKDVFIEYFQ VPKNVESLKKTFKFPLEPIFKMWYNHLSKSYHDKPLDFLLRGLTMFLNKFGSEFWSKIEPFTFHSILDIIFNRDSFPIKL IKIQDNPIVEHQTEVYFQLTGSVTDLLSWTLPFYHALSPSKRIQMVRKVSMAFLRIIANYPSLKSIPKACLMNSATALLR AVLTIKENERAMLYKNDEFETVLLTKTDSRALLNNPLIQDIIIRSASNPNDFYPGLGAASASVATSTMMVLAECIDFDIL LLCHRTFKLYSGKPISEIPISTNVLENVTNKIDLRSFHDGPLLAKQLLVSLKNINGLLIVPSNTAVAEAHNALNQKFLLL STRLMEKFADILPGQLSKILADEDASQGFWSCIFSSDKHLYQAATNILYNTFDVEGRLEGILAILNSNLTVNLKNINVML QRLINCEFYEPCPRAVRVLMDVVSAFVDPISGVFANFQTLKSQNTEKEFLKFWESCWLFLDTIYKFTLKWASKYDYSELE NFTKDTLDLSRSLVDSFREFSDILHDQTKNLLLNVLETFKNMLYWLRLSDEVLLESCVRLIISTSDLAHEKHVKVDDSLV EMMAKYASKAKRFSNKLTEQQASEILQKAKIFNKALTEEVATEAENYRKEKELSRLGKVIDLTDSVPASPSLSPSLSSTI ASSSAESRADYLQRKALSSSITGRPRVAQPKITSFGTFQSSANAKLHRTKPVKPLSKMELARMQLLNNRVVHPPSAPAFH TKSRGLSNKNDDSSSEESDNDIESARELFAIAKAKGKGIQTVDINGKVVKRQTAAELAKQELEHMRKRLNVDMNPLYEII LQWDYTRNSEYPDDEPIGNYSDVKDFFNSPADYQKVMKPLLLLESWQGLCSSRDREDYKPFSIIVGNRTAVSDFYDVYAS VAKQVIQDCGISESDLIVMAYLPDFRPDKRLSSDDFKKAQHTCLAKVRTLKNTKGGNVDVTLRIHRNHSFSKFLTLRSEI YCVKVMQMTTIEREYSTLEGLEYYDLVGQILQAKPSPPVNVDAAEIETVKKSYKLNTSQAEAIVNSVSKEGFSLIQGPPG TGKTKTILGIIGYFLSTKNASSSNVIKVPLEKNSSNTEQLLKKQKILICAPSNAAVDEICLRLKSGVYDKQGHQFKPQLV 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LQWDYTRNSEYPDDEPIGNYSDVKDFFNSPADYQKVMKPLLLLESWQGLCSSRDREDYKPFSIIVGNRTAVSDFYDVYAS VAKQVIQDCGISESDLIVMAYLPDFRPDKRLSSDDFKKAQHTCLAKVRTLKNTKGGNVDVTLRIHRNHSFSKFLTLRSEI YCVKVMQMTTIEREYSTLEGLEYYDLVGQILQAKPSPPVNVDAAEIETVKKSYKLNTSQAEAIVNSVSKEGFSLIQGPPG TGKTKTILGIIGYFLSTKNASSSNVIKVPLEKNSSNTEQLLKKQKILICAPSNAAVDEICLRLKSGVYDKQGHQFKPQLV RVGRSDVVNVAIKDLTLEELVDKRIGERNYEIRTDPELERKFNNAVTKRRELRGKLDSESGNPESPMSTEDISKLQLKIR ELSKIINELGRDRDEMREKNSVNYRNRDLDRRNAQAHILAVSDIICSTLSGSAHDVLATMGIKFDTVIIDEACQCTELSS IIPLRYGGKRCIMVGDPNQLPPTVLSGAASNFKYNQSLFVRMEKNSSPYLLDVQYRMHPSISKFPSSEFYQGRLKDGPGM DILNKRPWHQLEPLAPYKFFDIISGRQEQNAKTMSYTNMEEIRVAIELVDYLFRKFDNKIDFTGKIGIISPYREQMQKMR KEFARYFGGMINKSIDFNTIDGFQGQEKEIILISCVRADDTKSSVGFLKDFRRMNVALTRAKTSIWVLGHQRSLAKSKLW RDLIEDAKDRSCLAYACSGFLDPRNNRAQSILRKFNVPVPSEQEDDYKLPMEYITQGPDEVKSNKDTKKRRVVDEGEEAD KAVKKKKKEKKKEKKKSKADDKKKNNKKAESPSTSSGTKKKSSIFGGMSVPSAVVPKTFPDVDSNKKAAAVVGKKKNNKH VCFSDDVSFIPRNDEPEIKVTRSLSSVLKEKQLGLKETRTISPPEISNNEDDDDEDDYTPSISDSSLMKSEANGRNNRVA SHNQNFSASIYDDPQVSQAKQTQVPAAITKHRSSNSVLSGGSSRILTASDYGEPNQNGQNGANRTLSQHVGNANQYSTAP VGTGELHETLPAHPQDSYPAEAEDPYDLNPHPQPQSSAFKGPGSGPTGTRNSSRRNASSSPFIPKKRKPRS ; O ? 16 polyribonucleotide no no AGUCGUGCGUCUAAUAACCGGAGAGGGAACCCACU AGUCGUGCGUCUAAUAACCGGAGAGGGAACCCACU P ? 17 polydeoxyribonucleotide no no ;(DG)(DG)(DC)(DA)(DA)(DG)(DC)(DT)(DT)(DT)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DT)(DT) (DA)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG)(DT)(DG)(DG)(DG)(DT)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DT)(DA)(DC) (DT)(DA)(DG)(DT)(DG)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DC)(DC)(DG) ; GGCAAGCTTTATTGAGGCTTAAGCAGTGGGTTCCAGGTACTAGTGTACATGCAGACCG T ? 18 'polypeptide(L)' no no ;MSSERACMLCGIVQTTNEFNRDGCPNCQGIFEEAGVSTMECTSPSFEGLVGMCKPTKSWVAKWLSVDHSIAGMYAIKVDG RLPAEVVELLPHYKPRDGSQVE ; ;MSSERACMLCGIVQTTNEFNRDGCPNCQGIFEEAGVSTMECTSPSFEGLVGMCKPTKSWVAKWLSVDHSIAGMYAIKVDG RLPAEVVELLPHYKPRDGSQVE ; Y ? 19 'polypeptide(L)' no no ;MSDNSDTNVSMQDHDQQFADPVVVPQSTDTKDENTSDKDTVDSGNVTTTESTERAESTSNIPPLDGEEKEAKSEPQQPED 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;MSDNSDTNVSMQDHDQQFADPVVVPQSTDTKDENTSDKDTVDSGNVTTTESTERAESTSNIPPLDGEEKEAKSEPQQPED NAETAATEQVSSSNGPATDDAQATLNTDSSEANEIVKKEEGSDERKRPREEDTKNSDGDTKDEGDNKDEDDDEDDDDDDD DEDDDDEAPTKRRRQERNRFLDIEAEVSDDEDEDEDEEDSELVREGFITHGDDEDDEASAPGARRDDRLHRQLDQDLNKT SEEDAQRLAKELRERYGRSSSKQYRAAAQDGYVPQRFLLPSVDTATIWGVRCRPGKEKELIRKLLKKKFNLDRAMGKKKL KILSIFQRDNYTGRIYIEAPKQSVIEKFCNGVPDIYISQKLLIPVQELPLLLKPNKSDDVALEEGSYVRIKRGIYKGDLA MVDQISENNLEVMLKIVPRLDYGKFDEIDPTTQQRKSRRPTFAHRAPPQLFNPTMALRLDQANLYKRDDRHFTYKNEDYI DGYLYKSFRIQHVETKNIQPTVEELARFGSKEGAVDLTSVSQSIKKAQAAKVTFQPGDRIEVLNGEQRGSKGIVTRTTKD IATIKLNGFTTPLEFPISTLRKIFEPGDHVTVINGEHQGDAGLVLMVEQGQVTFMSTQTSREVTITANNLSKSIDTTATS SEYALHDIVELSAKNVACIIQAGHDIFKVIDETGKVSTITKGSILSKINTARARVSSVDANGNEIKIGDTIVEKVGSRRE GQVLYIQTQQIFVVSKKIVENAGVFVVNPSNVEAVASKDNMLSNKMDLSKMNPEIISKMGPPSSKTFQQPIQSRGGREVA LGKTVRIRSAGYKGQLGIVKDVNGDKATVELHSKNKHITIDKHKLTYYNREGGEGITYDELVNRRGRVPQARMGPSYVSA PRNMATGGIAAGAAATSSGLSGGMTPGWSSFDGGKTPAVNAHGGSGGGGVSSWGGASTWGGQGNGGASAWGGAGGGASAW GGQGTGATSTWGGASAWGNKSSWGGASTWASGGESNGAMSTWGGTGDRSAYGGASTWGGNNNNKSTRDGGASAWGNQDDG NRSAWNNQGNKSNYGGNSTWGGH ; Z ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 20 'ZINC ION' ZN 21 'MAGNESIUM ION' MG # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 VAL n 1 3 GLY n 1 4 GLN n 1 5 GLN n 1 6 TYR n 1 7 SER n 1 8 SER n 1 9 ALA n 1 10 PRO n 1 11 LEU n 1 12 ARG n 1 13 THR n 1 14 VAL n 1 15 LYS n 1 16 GLU n 1 17 VAL n 1 18 GLN n 1 19 PHE n 1 20 GLY n 1 21 LEU n 1 22 PHE n 1 23 SER n 1 24 PRO n 1 25 GLU n 1 26 GLU n 1 27 VAL n 1 28 ARG n 1 29 ALA n 1 30 ILE n 1 31 SER n 1 32 VAL n 1 33 ALA n 1 34 LYS n 1 35 ILE n 1 36 ARG n 1 37 PHE n 1 38 PRO n 1 39 GLU n 1 40 THR n 1 41 MET n 1 42 ASP n 1 43 GLU n 1 44 THR n 1 45 GLN n 1 46 THR n 1 47 ARG n 1 48 ALA n 1 49 LYS n 1 50 ILE n 1 51 GLY n 1 52 GLY n 1 53 LEU n 1 54 ASN n 1 55 ASP n 1 56 PRO n 1 57 ARG n 1 58 LEU n 1 59 GLY n 1 60 SER n 1 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K ALA 115 CB # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 8RAM _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 8RAM _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8RAM _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 8RAM _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.002 ? 43915 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.378 ? 59674 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 12.405 ? 16884 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.043 ? 6724 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.002 ? 7379 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8RAM _struct.title 'Structure of Sen1 bound RNA Polymerase II pre-termination complex' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8RAM _struct_keywords.text 'RNA Polymerase II, Pol II, termination, Sen1, GENE REGULATION' _struct_keywords.pdbx_keywords 'GENE REGULATION' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? G N N 7 ? H N N 8 ? I N N 9 ? J N N 10 ? K N N 11 ? L N N 12 ? M N N 13 ? N N N 14 ? O N N 15 ? P N N 16 ? Q N N 17 ? R N N 18 ? S N N 19 ? T N N 20 ? U N N 20 ? V N N 21 ? W N N 20 ? X N N 20 ? Y N N 20 ? Z N N 20 ? AA N N 20 ? BA N N 20 ? CA N N 20 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP RPB1_YEAST P04050 ? 1 ;MVGQQYSSAPLRTVKEVQFGLFSPEEVRAISVAKIRFPETMDETQTRAKIGGLNDPRLGSIDRNLKCQTCQEGMNECPGH FGHIDLAKPVFHVGFIAKIKKVCECVCMHCGKLLLDEHNELMRQALAIKDSKKRFAAIWTLCKTKMVCETDVPSEDDPTQ LVSRGGCGNTQPTIRKDGLKLVGSWKKDRATGDADEPELRVLSTEEILNIFKHISVKDFTSLGFNEVFSRPEWMILTCLP VPPPPVRPSISFNESQRGEDDLTFKLADILKANISLETLEHNGAPHHAIEEAESLLQFHVATYMDNDIAGQPQALQKSGR PVKSIRARLKGKEGRIRGNLMGKRVDFSARTVISGDPNLELDQVGVPKSIAKTLTYPEVVTPYNIDRLTQLVRNGPNEHP GAKYVIRDSGDRIDLRYSKRAGDIQLQYGWKVERHIMDNDPVLFNRQPSLHKMSMMAHRVKVIPYSTFRLNLSVTSPYNA DFDGDEMNLHVPQSEETRAELSQLCAVPLQIVSPQSNKPCMGIVQDTLCGIRKLTLRDTFIELDQVLNMLYWVPDWDGVI PTPAIIKPKPLWSGKQILSVAIPNGIHLQRFDEGTTLLSPKDNGMLIIDGQIIFGVVEKKTVGSSNGGLIHVVTREKGPQ VCAKLFGNIQKVVNFWLLHNGFSTGIGDTIADGPTMREITETIAEAKKKVLDVTKEAQANLLTAKHGMTLRESFEDNVVR FLNEARDKAGRLAEVNLKDLNNVKQMVMAGSKGSFINIAQMSACVGQQSVEGKRIAFGFVDRTLPHFSKDDYSPESKGFV ENSYLRGLTPQEFFFHAMGGREGLIDTAVKTAETGYIQRRLVKALEDIMVHYDNTTRNSLGNVIQFIYGEDGMDAAHIEK QSLDTIGGSDAAFEKRYRVDLLNTDHTLDPSLLESGSEILGDLKLQVLLDEEYKQLVKDRKFLREVFVDGEANWPLPVNI RRIIQNAQQTFHIDHTKPSDLTIKDIVLGVKDLQENLLVLRGKNEIIQNAQRDAVTLFCCLLRSRLATRRVLQEYRLTKQ AFDWVLSNIEAQFLRSVVHPGEMVGVLAAQSIGEPATQMTLNTFHFAGVASKKVTSGVPRLKEILNVAKNMKTPSLTVYL EPGHAADQEQAKLIRSAIEHTTLKSVTIASEIYYDPDPRSTVIPEDEEIIQLHFSLLDEEAEQSFDQQSPWLLRLELDRA AMNDKDLTMGQVGERIKQTFKNDLFVIWSEDNDEKLIIRCRVVRPKSLDAETEAEEDHMLKKIENTMLENITLRGVENIE RVVMMKYDRKVPSPTGEYVKEPEWVLETDGVNLSEVMTVPGIDPTRIYTNSFIDIMEVLGIEAGRAALYKEVYNVIASDG SYVNYRHMALLVDVMTTQGGLTSVTRHGFNRSNTGALMRCSFEETVEILFEAGASAELDDCRGVSENVILGQMAPIGTGA FDVMIDEESLVKYMPEQKITEIEDGQDGGVTPYSNESGLVNADLDVKDELMFSPLVDSGSNDAMAGGFTAYGGADYGEAT SPFGAYGEAPTSPGFGVSSPGFSPTSPTYSPTSPAYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSP TSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPAYSPTSPSYSPTSPSYSPTSP SYSPTSPSYSPTSPNYSPTSPSYSPTSPGYSPGSPAYSPKQDEQKHNENENSR ; 1 2 UNP RPB2_YEAST P08518 ? 2 ;MSDLANSEKYYDEDPYGFEDESAPITAEDSWAVISAFFREKGLVSQQLDSFNQFVDYTLQDIICEDSTLILEQLAQHTTE SDNISRKYEISFGKIYVTKPMVNESDGVTHALYPQEARLRNLTYSSGLFVDVKKRTYEAIDVPGRELKYELIAEESEDDS ESGKVFIGRLPIMLRSKNCYLSEATESDLYKLKECPFDMGGYFIINGSEKVLIAQERSAGNIVQVFKKAAPSPISHVAEI RSALEKGSRFISTLQVKLYGREGSSARTIKATLPYIKQDIPIVIIFRALGIIPDGEILEHICYDVNDWQMLEMLKPCVED GFVIQDRETALDFIGRRGTALGIKKEKRIQYAKDILQKEFLPHITQLEGFESRKAFFLGYMINRLLLCALDRKDQDDRDH FGKKRLDLAGPLLAQLFKTLFKKLTKDIFRYMQRTVEEAHDFNMKLAINAKTITSGLKYALATGNWGEQKKAMSSRAGVS QVLNRYTYSSTLSHLRRTNTPIGRDGKLAKPRQLHNTHWGLVCPAETPEGQACGLVKNLSLMSCISVGTDPMPIITFLSE WGMEPLEDYVPHQSPDATRVFVNGVWHGVHRNPARLMETLRTLRRKGDINPEVSMIRDIREKELKIFTDAGRVYRPLFIV EDDESLGHKELKVRKGHIAKLMATEYQDIEGGFEDVEEYTWSSLLNEGLVEYIDAEEEESILIAMQPEDLEPAEANEEND LDVDPAKRIRVSHHATTFTHCEIHPSMILGVAASIIPFPDHNQSPRNTYQSAMGKQAMGVFLTNYNVRMDTMANILYYPQ KPLGTTRAMEYLKFRELPAGQNAIVAIACYSGYNQEDSMIMNQSSIDRGLFRSLFFRSYMDQEKKYGMSITETFEKPQRT NTLRMKHGTYDKLDDDGLIAPGVRVSGEDVIIGKTTPISPDEEELGQRTAYHSKRDASTPLRSTENGIVDQVLVTTNQDG LKFVKVRVRTTKIPQIGDKFASRHGQKGTIGITYRREDMPFTAEGIVPDLIINPHAIPSRMTVAHLIECLLSKVAALSGN EGDASPFTDITVEGISKLLREHGYQSRGFEVMYNGHTGKKLMAQIFFGPTYYQRLRHMVDDKIHARARGPMQVLTRQPVE GRSRDGGLRFGEMERDCMIAHGAASFLKERLMEASDAFRVHICGICGLMTVIAKLNHNQFECKGCDNKIDIYQIHIPYAA KLLFQELMAMNITPRLYTDRSRDF ; 1 3 UNP RPB3_YEAST P16370 ? 3 ;MSEEGPQVKIREASKDNVDFILSNVDLAMANSLRRVMIAEIPTLAIDSVEVETNTTVLADEFIAHRLGLIPLQSMDIEQL EYSRDCFCEDHCDKCSVVLTLQAFGESESTTNVYSKDLVIVSNLMGRNIGHPIIQDKEGNGVLICKLRKGQELKLTCVAK KGIAKEHAKWGPAAAIEFEYDPWNKLKHTDYWYEQDSAKEWPQSKNCEYEDPPNEGDPFDYKAQADTFYMNVESVGSIPV DQVVVRGIDTLQKKVASILLALTQMDQDKVNFASGDNNTASNMLGSNEDVMMTGAEQDPYSNASQMGNTGSGGYDNAW ; 1 4 UNP RPB4_YEAST P20433 ? 4 ;MNVSTSTFQTRRRRLKKVEEEENAATLQLGQEFQLKQINHQGEEEELIALNLSEARLVIKEALVERRRAFKRSQKKHKKK HLKHENANDETTAVEDEDDDLDEDDVNADDDDFMHSETREKELESIDVLLEQTTGGNNKDLKNTMQYLTNFSRFRDQETV GAVIQLLKSTGLHPFEVAQLGSLACDTADEAKTLIPSLNNKISDDELERILKELSNLETLY ; 1 5 UNP RPAB1_YEAST P20434 ? 5 ;MDQENERNISRLWRAFRTVKEMVKDRGYFITQEEVELPLEDFKAKYCDSMGRPQRKMMSFQANPTEESISKFPDMGSLWV EFCDEPSVGVKTMKTFVIHIQEKNFQTGIFVYQNNITPSAMKLVPSIPPATIETFNEAALVVNITHHELVPKHIRLSSDE KRELLKRYRLKESQLPRIQRADPVALYLGLKRGEVVKIIRKSETSGRYASYRICM ; 1 6 UNP RPAB2_YEAST P20435 ? 6 ;MSDYEEAFNDGNENFEDFDVEHFSDEETYEEKPQFKDGETTDANGKTIVTGGNGPEDFQQHEQIRRKTLKEKAIPKDQRA TTPYMTKYERARILGTRALQISMNAPVFVDLEGETDPLRIAMKELAEKKIPLVIRRYLPDGSFEDWSVEELIVDL ; 1 7 UNP RPB7_YEAST P34087 ? 7 ;MFFIKDLSLNITLHPSFFGPRMKQYLKTKLLEEVEGSCTGKFGYILCVLDYDNIDIQRGRILPTDGSAEFNVKYRAVVFK PFKGEVVDGTVVSCSQHGFEVQVGPMKVFVTKHLMPQDLTFNAGSNPPSYQSSEDVITIKSRIRVKIEGCISQVSSIHAI GSIKEDYLGAI ; 1 8 UNP RPAB3_YEAST P20436 ? 8 ;MSNTLFDDIFQVSEVDPGRYNKVCRIEAASTTQDQCKLTLDINVELFPVAAQDSLTVTIASSLNLEDTPANDSSATRSWR PPQAGDRSLADDYDYVMYGTAYKFEEVSKDLIAVYYSFGGLLMRLEGNYRNLNNLKQENAYLLIRR ; 1 9 UNP RPB9_YEAST P27999 ? 9 ;MTTFRFCRDCNNMLYPREDKENNRLLFECRTCSYVEEAGSPLVYRHELITNIGETAGVVQDIGSDPTLPRSDRECPKCHS RENVFFQSQQRRKDTSMVLFFVCLSCSHIFTSDQKNKRTQFS ; 1 10 UNP RPAB5_YEAST P22139 ? 10 MIVPVRCFSCGKVVGDKWESYLNLLQEDELDEGTALSRLGLKRYCCRRMILTHVDLIEKFLRYNPLEKRD 1 11 UNP RPB11_YEAST P38902 ? 11 ;MNAPDRFELFLLGEGESKLKIDPDTKAPNAVVITFEKEDHTLGNLIRAELLNDRKVLFAAYKVEHPFFARFKLRIQTTEG YDPKDALKNACNSIINKLGALKTNFETEWNLQTLAADDAF ; 1 12 UNP RPAB4_YEAST P40422 ? 12 MSREGFQIPTNLDAAAAGTSQARTATLKYICAECSSKLSLSRTDAVRCKDCGHRILLKARTKRLVQFEAR 1 13 UNP ELF1_YEAST P36053 ? 13 ;MGKRKKSTRKPTKRLVQKLDTKFNCLFCNHEKSVSCTLDKKNSIGTLSCKICGQSFQTRINSLSQPVDVYSDWFDAVEEV NSGRGSDTDDGDEGSDSDYESDSEQDAKTQNDGEIDSDEEEVDSDEERIGQVKRGRGALVDSDDE ; 1 14 PDB 8RAM 8RAM ? 14 ? 1 15 UNP SEN1_YEAST Q00416 ? 15 ;MNSNNPDNNNSNNINNNNKDKDIAPNSDVQLATVYTKAKSYIPQIEQVYQGTNPNIQEAKLLGELLQVLAEVPKGTHLFC DPILEPISIFSLTIFSFNEEATATWLKNHFNPILSVCDKCILNFARGKCKMLQHFAIQRHVPHEHVAKFNDIVCQWRVEA VFPILRNISVNDNTGINITNEIETAMYECLCNPHMLRLNKQLKATFEAIFKFFYDTKHRLLDVTNPLSIKTFISGVIFCW CEGSKEENEWSRAFLKDLYSRNFHINLSNLTPDIIEEVYIHILFLQNPANWTEIVVSQFWSRLLPVFNLFDKDVFIEYFQ VPKNVESLKKTFKFPLEPIFKMWYNHLSKSYHDKPLDFLLRGLTMFLNKFGSEFWSKIEPFTFHSILDIIFNRDSFPIKL IKIQDNPIVEHQTEVYFQLTGSVTDLLSWTLPFYHALSPSKRIQMVRKVSMAFLRIIANYPSLKSIPKACLMNSATALLR AVLTIKENERAMLYKNDEFETVLLTKTDSRALLNNPLIQDIIIRSASNPNDFYPGLGAASASVATSTMMVLAECIDFDIL LLCHRTFKLYSGKPISEIPISTNVLENVTNKIDLRSFHDGPLLAKQLLVSLKNINGLLIVPSNTAVAEAHNALNQKFLLL STRLMEKFADILPGQLSKILADEDASQGFWSCIFSSDKHLYQAATNILYNTFDVEGRLEGILAILNSNLTVNLKNINVML QRLINCEFYEPCPRAVRVLMDVVSAFVDPISGVFANFQTLKSQNTEKEFLKFWESCWLFLDTIYKFTLKWASKYDYSELE NFTKDTLDLSRSLVDSFREFSDILHDQTKNLLLNVLETFKNMLYWLRLSDEVLLESCVRLIISTSDLAHEKHVKVDDSLV EMMAKYASKAKRFSNKLTEQQASEILQKAKIFNKALTEEVATEAENYRKEKELSRLGKVIDLTDSVPASPSLSPSLSSTI ASSSAESRADYLQRKALSSSITGRPRVAQPKITSFGTFQSSANAKLHRTKPVKPLSKMELARMQLLNNRVVHPPSAPAFH TKSRGLSNKNDDSSSEESDNDIESARELFAIAKAKGKGIQTVDINGKVVKRQTAAELAKQELEHMRKRLNVDMNPLYEII LQWDYTRNSEYPDDEPIGNYSDVKDFFNSPADYQKVMKPLLLLESWQGLCSSRDREDYKPFSIIVGNRTAVSDFYDVYAS VAKQVIQDCGISESDLIVMAYLPDFRPDKRLSSDDFKKAQHTCLAKVRTLKNTKGGNVDVTLRIHRNHSFSKFLTLRSEI YCVKVMQMTTIEREYSTLEGLEYYDLVGQILQAKPSPPVNVDAAEIETVKKSYKLNTSQAEAIVNSVSKEGFSLIQGPPG TGKTKTILGIIGYFLSTKNASSSNVIKVPLEKNSSNTEQLLKKQKILICAPSNAAVDEICLRLKSGVYDKQGHQFKPQLV RVGRSDVVNVAIKDLTLEELVDKRIGERNYEIRTDPELERKFNNAVTKRRELRGKLDSESGNPESPMSTEDISKLQLKIR ELSKIINELGRDRDEMREKNSVNYRNRDLDRRNAQAHILAVSDIICSTLSGSAHDVLATMGIKFDTVIIDEACQCTELSS IIPLRYGGKRCIMVGDPNQLPPTVLSGAASNFKYNQSLFVRMEKNSSPYLLDVQYRMHPSISKFPSSEFYQGRLKDGPGM DILNKRPWHQLEPLAPYKFFDIISGRQEQNAKTMSYTNMEEIRVAIELVDYLFRKFDNKIDFTGKIGIISPYREQMQKMR KEFARYFGGMINKSIDFNTIDGFQGQEKEIILISCVRADDTKSSVGFLKDFRRMNVALTRAKTSIWVLGHQRSLAKSKLW RDLIEDAKDRSCLAYACSGFLDPRNNRAQSILRKFNVPVPSEQEDDYKLPMEYITQGPDEVKSNKDTKKRRVVDEGEEAD KAVKKKKKEKKKEKKKSKADDKKKNNKKAESPSTSSGTKKKSSIFGGMSVPSAVVPKTFPDVDSNKKAAAVVGKKKNNKH VCFSDDVSFIPRNDEPEIKVTRSLSSVLKEKQLGLKETRTISPPEISNNEDDDDEDDYTPSISDSSLMKSEANGRNNRVA SHNQNFSASIYDDPQVSQAKQTQVPAAITKHRSSNSVLSGGSSRILTASDYGEPNQNGQNGANRTLSQHVGNANQYSTAP VGTGELHETLPAHPQDSYPAEAEDPYDLNPHPQPQSSAFKGPGSGPTGTRNSSRRNASSSPFIPKKRKPRS ; 1 16 PDB 8RAM 8RAM ? 16 ? 1 17 PDB 8RAM 8RAM ? 17 ? 1 18 UNP SPT4_YEAST P32914 ? 18 ;MSSERACMLCGIVQTTNEFNRDGCPNCQGIFEEAGVSTMECTSPSFEGLVGMCKPTKSWVAKWLSVDHSIAGMYAIKVDG RLPAEVVELLPHYKPRDGSQVE ; 1 19 UNP SPT5_YEAST P27692 ? 19 ;MSDNSDTNVSMQDHDQQFADPVVVPQSTDTKDENTSDKDTVDSGNVTTTESTERAESTSNIPPLDGEEKEAKSEPQQPED NAETAATEQVSSSNGPATDDAQATLNTDSSEANEIVKKEEGSDERKRPREEDTKNSDGDTKDEGDNKDEDDDEDDDDDDD DEDDDDEAPTKRRRQERNRFLDIEAEVSDDEDEDEDEEDSELVREGFITHGDDEDDEASAPGARRDDRLHRQLDQDLNKT SEEDAQRLAKELRERYGRSSSKQYRAAAQDGYVPQRFLLPSVDTATIWGVRCRPGKEKELIRKLLKKKFNLDRAMGKKKL KILSIFQRDNYTGRIYIEAPKQSVIEKFCNGVPDIYISQKLLIPVQELPLLLKPNKSDDVALEEGSYVRIKRGIYKGDLA MVDQISENNLEVMLKIVPRLDYGKFDEIDPTTQQRKSRRPTFAHRAPPQLFNPTMALRLDQANLYKRDDRHFTYKNEDYI DGYLYKSFRIQHVETKNIQPTVEELARFGSKEGAVDLTSVSQSIKKAQAAKVTFQPGDRIEVLNGEQRGSKGIVTRTTKD IATIKLNGFTTPLEFPISTLRKIFEPGDHVTVINGEHQGDAGLVLMVEQGQVTFMSTQTSREVTITANNLSKSIDTTATS SEYALHDIVELSAKNVACIIQAGHDIFKVIDETGKVSTITKGSILSKINTARARVSSVDANGNEIKIGDTIVEKVGSRRE GQVLYIQTQQIFVVSKKIVENAGVFVVNPSNVEAVASKDNMLSNKMDLSKMNPEIISKMGPPSSKTFQQPIQSRGGREVA LGKTVRIRSAGYKGQLGIVKDVNGDKATVELHSKNKHITIDKHKLTYYNREGGEGITYDELVNRRGRVPQARMGPSYVSA PRNMATGGIAAGAAATSSGLSGGMTPGWSSFDGGKTPAVNAHGGSGGGGVSSWGGASTWGGQGNGGASAWGGAGGGASAW GGQGTGATSTWGGASAWGNKSSWGGASTWASGGESNGAMSTWGGTGDRSAYGGASTWGGNNNNKSTRDGGASAWGNQDDG NRSAWNNQGNKSNYGGNSTWGGH ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8RAM A 1 ? 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'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? 19 1 1 1 ? ? # _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 8RAM 'double helix' 8RAM 'a-form double helix' 8RAM 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 N DC 16 1_555 Q DG 43 1_555 0.167 -0.298 -0.973 0.702 0.078 -0.264 1 N_DC16:DG43_T N 16 ? 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