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EMDB EMD-19125 ? ? # _pdbx_audit_revision_history.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_history.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_history.major_revision 1 _pdbx_audit_revision_history.minor_revision 0 _pdbx_audit_revision_history.revision_date 2024-11-06 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8RFJ _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2023-12-12 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type EMDB 'DNA bound type IV-A1 CRISPR effector complex with the DinG helicase from P. oleovorans' EMD-19125 'associated EM volume' EMDB 'Main density (consensus map) of the DNA bound type IV-A1 CRISPR effector complex with the DinG helicase from P. oleovorans' EMD-19126 'consensus EM volume' EMDB 'DinG focused map of DNA bound type IV-A1 CRISPR effector complex with the DinG helicase from P. oleovorans' EMD-19127 'focused EM volume' EMDB 'Cas6 focused map' EMD-51026 'focused EM volume' # loop_ _pdbx_contact_author.id _pdbx_contact_author.email _pdbx_contact_author.name_first _pdbx_contact_author.name_last _pdbx_contact_author.name_mi _pdbx_contact_author.role _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 5 lina.malinauskaite@gmc.vu.lt Lina Malinauskaite ? 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_citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41467-024-53778-1 _citation.pdbx_database_id_PubMed 39468082 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Cepaite, R.' 1 ? primary 'Klein, N.' 2 0009-0001-1579-4929 primary 'Miksys, A.' 3 0000-0002-6951-6449 primary 'Camara-Wilpert, S.' 4 ? primary 'Ragozius, V.' 5 0009-0001-4279-0093 primary 'Benz, F.' 6 0000-0002-6679-6502 primary 'Skorupskaite, A.' 7 0000-0002-4124-4453 primary 'Becker, H.' 8 0009-0008-8886-2866 primary 'Zvejyte, G.' 9 0009-0005-9509-4429 primary 'Steube, N.' 10 0000-0001-7661-1893 primary 'Hochberg, G.K.A.' 11 0000-0002-7155-0451 primary 'Randau, L.' 12 0000-0002-2780-2076 primary 'Pinilla-Redondo, R.' 13 0000-0003-3521-460X primary 'Malinauskaite, L.' 14 0000-0003-3232-0415 primary 'Pausch, P.' 15 0000-0001-8947-9107 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method 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'polypeptide(L)' no no ;MQIEVLIRNITPIFSAAPGSYYVSLDGTINPPQGASRFPLTRARTMTVVAETGDGVAKAVPLPIVPGNTMRNLLRRTMLK DVIEPALRDKSAQLSIGAYATAYAGNSSGNPDGVPSSFDEIVTMRAHPFLGLFGGGPRMLQGRLMVDSLYPIHQFSQRII GSDYINDSIKGGITEIVWTRRNDPILQLGSPDDAAVIEGGAQAANDWITSLLATTKAKKGKAAKQADEAAESSDDNGRGL KAFNAHEVVIAGVKWLWRINVDRPSESQIGLILLALNKLANQRIAGGHAKDYGRFVIEDVILDGESVWTPSGVSGQATEQ FFDAIAEALDGMTSSEFEQFAASAKEA ; ;MQIEVLIRNITPIFSAAPGSYYVSLDGTINPPQGASRFPLTRARTMTVVAETGDGVAKAVPLPIVPGNTMRNLLRRTMLK DVIEPALRDKSAQLSIGAYATAYAGNSSGNPDGVPSSFDEIVTMRAHPFLGLFGGGPRMLQGRLMVDSLYPIHQFSQRII GSDYINDSIKGGITEIVWTRRNDPILQLGSPDDAAVIEGGAQAANDWITSLLATTKAKKGKAAKQADEAAESSDDNGRGL KAFNAHEVVIAGVKWLWRINVDRPSESQIGLILLALNKLANQRIAGGHAKDYGRFVIEDVILDGESVWTPSGVSGQATEQ FFDAIAEALDGMTSSEFEQFAASAKEA ; A,B,C,D,E ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MDFLKVTINLGSPMVEPGDLFHLDALLGALRVSEVRAELGDGINPRDHHYDLPLEQYRSRSGQWVFKASAFHINKGAASQ NWMQTSRINTAEAARHRSEGFLLLRAAKPNPAGGPFKNSLYHYPLVWATLTAYCVGDQARIADLLSQCRQIGGRRGVGCG RVAGFSVEVVPEVECTWALRAMPDDSEQSILCGEYALAMSALQSPYWDRSLHKPALVPTSLA ; ;MDFLKVTINLGSPMVEPGDLFHLDALLGALRVSEVRAELGDGINPRDHHYDLPLEQYRSRSGQWVFKASAFHINKGAASQ NWMQTSRINTAEAARHRSEGFLLLRAAKPNPAGGPFKNSLYHYPLVWATLTAYCVGDQARIADLLSQCRQIGGRRGVGCG RVAGFSVEVVPEVECTWALRAMPDDSEQSILCGEYALAMSALQSPYWDRSLHKPALVPTSLA ; F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MRYPSDVVDQVFKLPPDKGLLTWDNDPVACSHCARPIEKGDLYSPSSVGAFFSDTRNLASTSRSICWRCLILRKKQMLNG LSYALITQDGVFQISKDTNKAWLFTTPPPAPFFVMHSSSTMQHLCWRTPVTLDNRLIKVRYGNNLFVVRPEAIREALEIA DRMNEGQKKWQAPIFLDRKAADSGHGALTKAGREHLSAADQEFLLNITPGERWALAYIMHSKRPQPEEPECITSKILEKL ; ;MRYPSDVVDQVFKLPPDKGLLTWDNDPVACSHCARPIEKGDLYSPSSVGAFFSDTRNLASTSRSICWRCLILRKKQMLNG LSYALITQDGVFQISKDTNKAWLFTTPPPAPFFVMHSSSTMQHLCWRTPVTLDNRLIKVRYGNNLFVVRPEAIREALEIA DRMNEGQKKWQAPIFLDRKAADSGHGALTKAGREHLSAADQEFLLNITPGERWALAYIMHSKRPQPEEPECITSKILEKL ; G ? 4 polyribonucleotide no no GUGAGCGGCAUCCAAGUUACGCAUCAGAUUCGAGACGCGAGUAUUUCCCGCGUGCGCGGGG GUGAGCGGCAUCCAAGUUACGCAUCAGAUUCGAGACGCGAGUAUUUCCCGCGUGCGCGGGG H ? 5 polydeoxyribonucleotide no no ;(DC)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DG)(DG)(DT)(DC)(DA)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DC)(DG)(DC)(DG) (DT)(DC)(DT)(DC)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DA)(DC) (DT)(DT)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DC)(DT)(DT)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DG)(DA)(DT) (DG) ; CGGTCGGGTCATACGTCGCGTCTCGAATCTGATGCGTAACTTGGATGCTTCGTGCGTGATG I ? 6 polydeoxyribonucleotide no no ;(DC)(DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DA)(DA)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG) (DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DA)(DT)(DA)(DC)(DC) (DT)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DT)(DG)(DA)(DC)(DC)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC) (DG) ; CATCACGCACGAAGACCAAGTCAATGCTTAGTCTAATACCTGCGCTCGTATGACCCGACCG J ? 7 'polypeptide(L)' no no ;VEVIRIGAIAPPEKQRSQWARDKLAEAIELKLEPIAVPLHEVESFTSTMNPALASQLKRMAKDCNIPLARLTAGLLAALR RHYEAMEVAPAPVNPETGIPGQSEVREVLLPLLEQSASAIEKGKIVFAEAATGTGKGRMIASLAANAAAKGDTVVISAPL AVTWQLIDALKGIREAQVAGITLSLGRPNFVSPDRVLEWAVDNERVELAAWVEQGGKPLSERTKGASEVIEHELCWMLED 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TIYASDDHAVLTRWKLEVPPARAIYLPPVHPAWTTEPVVLHPDRNAIEPNDSPEWADETAGLITKVAERAAGGTLVLCTS YQNAELLQGRLLAVLGERLIVQTKVSSASMCVAQYKALYRAGARPVWLGVGAAWTGIDLSDEQATDPADDAMLSDLVITR LPVGLNRSLTHERRVAIAGFKIVTLEAVWQLRQGLGRLVRRPGVKNKNLWVLDSRIGGNTPWVAPYRKLLSRYRTAPL ; K ? 8 'polypeptide(L)' no no ;MFVTQVIFNMGERAYPDRARAMVAELMDGVQPGLVATLMNYIPGTSTSRTEFPTVQFGGASDGFCLLGFGDGGGAIVRDA VPLIHAALARRMPDRIIQVEHKEHSLSAEARPYVLSYTVPRMVVQKKQRHAERLLHEAEGKAHLEGLFLRSLQRQAAAVG LPLPENLEVEFKGAVGNFAAKHNPNSKVAYRGLRGAVFDVNARLGGIWTAGFMLSKGYGQFNATHQLSGAVNALSE ; ;MFVTQVIFNMGERAYPDRARAMVAELMDGVQPGLVATLMNYIPGTSTSRTEFPTVQFGGASDGFCLLGFGDGGGAIVRDA VPLIHAALARRMPDRIIQVEHKEHSLSAEARPYVLSYTVPRMVVQKKQRHAERLLHEAEGKAHLEGLFLRSLQRQAAAVG LPLPENLEVEFKGAVGNFAAKHNPNSKVAYRGLRGAVFDVNARLGGIWTAGFMLSKGYGQFNATHQLSGAVNALSE ; M ? # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 9 _pdbx_entity_nonpoly.name 'ZINC ION' _pdbx_entity_nonpoly.comp_id ZN # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 GLN n 1 3 ILE n 1 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TYPE_15_PAIR ? ? ? hydrog79 hydrog ? ? I DC 48 N3 ? ? ? 1_555 J DA 13 N6 ? ? I DC 0 J DA -1 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DC-DA MISPAIR' ? ? ? hydrog80 hydrog ? ? I DC 48 O2 ? ? ? 1_555 J DG 14 N2 ? ? I DC 0 J DG 0 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DC-DG PAIR' ? ? ? hydrog81 hydrog ? ? I DT 49 N3 ? ? ? 1_555 J DA 13 N1 ? ? I DT 1 J DA -1 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog82 hydrog ? ? I DT 49 O4 ? ? ? 1_555 J DA 13 N6 ? ? I DT 1 J DA -1 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog83 hydrog ? ? I DT 50 N3 ? ? ? 1_555 J DA 12 N1 ? ? I DT 2 J DA -2 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog84 hydrog ? ? I DT 50 O4 ? ? ? 1_555 J DA 12 N6 ? ? I DT 2 J DA -2 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog85 hydrog ? ? I DC 51 N3 ? ? ? 1_555 J DG 11 N1 ? ? I DC 3 J DG -3 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog86 hydrog ? ? I DC 51 N4 ? ? ? 1_555 J DG 11 O6 ? ? I DC 3 J DG -3 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog87 hydrog ? ? I DC 51 O2 ? ? ? 1_555 J DG 11 N2 ? ? I DC 3 J DG -3 1_555 ? ? ? ? ? ? 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WATSON-CRICK ? ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference metalc ? ? hydrog ? ? # loop_ _pdbx_struct_conn_angle.id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.value _pdbx_struct_conn_angle.value_esd 1 SG ? 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I -1 ? 19 1 1 H A 10 1_555 I DT 46 1_555 0.110 -0.121 -0.524 -5.762 -3.968 2.492 2 H_A2:DT-2_I H 2 ? I -2 ? 20 1 1 H U 11 1_555 I DA 45 1_555 -0.030 -0.133 0.253 1.801 1.022 3.008 3 H_U3:DA-3_I H 3 ? I -3 ? 20 1 1 H C 12 1_555 I DG 44 1_555 0.197 -0.291 -0.863 -3.234 1.132 1.795 4 H_C4:DG-4_I H 4 ? I -4 ? 19 1 1 H C 13 1_555 I DG 43 1_555 0.167 -0.156 -0.292 5.280 8.324 -1.386 5 H_C5:DG-5_I H 5 ? I -5 ? 19 1 1 H A 15 1_555 I DT 41 1_555 0.077 -0.150 -0.235 -3.718 5.570 11.499 6 H_A7:DT-7_I H 7 ? I -7 ? 20 1 1 H G 16 1_555 I DC 40 1_555 -0.200 -0.167 0.373 0.483 5.003 2.423 7 H_G8:DC-8_I H 8 ? I -8 ? 19 1 1 H U 17 1_555 I DA 39 1_555 -0.058 -0.233 0.848 -0.544 -1.520 1.226 8 H_U9:DA-9_I H 9 ? I -9 ? 20 1 1 H U 18 1_555 I DA 38 1_555 -0.075 -0.112 -0.261 -2.600 -1.239 2.331 9 H_U10:DA-10_I H 10 ? I -10 ? 20 1 1 H A 19 1_555 I DT 37 1_555 0.050 -0.097 -0.079 12.925 11.848 -2.600 10 H_A11:DT-11_I H 11 ? 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