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UK ? ? primary 'Nat Commun' ? ? 2041-1723 ? ? 16 ? 6214 6214 ;Microtubule association induces a Mg-free apo-like ADP pre-release conformation in kinesin-1 that is unaffected by its autoinhibitory tail. ; 2025 ? 10.1038/s41467-025-61498-3 40617823 ? ? ? ? ? ? ? ? ? US ? ? 1 Biorxiv ? ? 2692-8205 ? ? ? ? ? ? ;Microtubule association induces a Mg-free apo-like ADP pre-release conformation in kinesin-1 that is unaffected by its autoinhibitory tail ; 2024 ? 10.1101/2024.11.11.622991 ? ? ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Atherton, J.' 1 0000-0002-6362-2347 primary 'Chegkazi, M.S.' 2 ? primary 'Leusciatti, M.' 3 ? primary 'Di Palma, M.' 4 0000-0002-0710-9389 primary 'Peirano, E.' 5 0009-0009-8912-1143 primary 'Pozzer, L.S.' 6 0009-0007-7932-6415 primary 'Meli, M.V.A.' 7 ? primary 'Pasqualato, S.' 8 0000-0002-9038-7768 primary 'Foran, T.' 9 ? primary 'Morra, G.' 10 0000-0002-9681-7845 primary 'Steiner, R.A.' 11 0000-0001-7084-9745 1 'Atherton, J.' 12 ? 1 'Chegkazi, M.S.' 13 ? 1 'Peirano, E.' 14 ? 1 'Pozzer, L.S.' 15 ? 1 'Foran, T.' 16 ? 1 'Steiner, R.A.' 17 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat 'Tubulin beta chain' 49907.770 1 ? ? ? 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C VAL 192 CG2 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 8RIZ _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 8RIZ _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8RIZ _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 8RIZ _struct.title 'Microtubule-associated kinesin-1 tail complex bound to ADP, two-headed state' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8RIZ _struct_keywords.text 'Kinesin autoinhibition motor microtubules mechanochemistry intracellular transport, MOTOR PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'MOTOR PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 3 ? E N N 3 ? F N N 4 ? G N N 5 ? H N N 6 ? I N N 7 ? J N N 8 ? K N N 7 ? L N N 8 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP TBB_PIG P02554 ? 1 ;MREIVHIQAGQCGNQIGAKFWEVISDEHGIDPTGSYHGDSDLQLERINVYYNEAAGNKYVPRAILVDLEPGTMDSVRSGP FGQIFRPDNFVFGQSGAGNNWAKGHYTEGAELVDSVLDVVRKESESCDCLQGFQLTHSLGGGTGSGMGTLLISKIREEYP DRIMNTFSVVPSPKVSDTVVEPYNATLSVHQLVENTDETYCIDNEALYDICFRTLKLTTPTYGDLNHLVSATMSGVTTCL RFPGQLNADLRKLAVNMVPFPRLHFFMPGFAPLTSRGSQQYRALTVPELTQQMFDAKNMMAACDPRHGRYLTVAAVFRGR MSMKEVDEQMLNVQNKNSSYFVEWIPNNVKTAVCDIPPRGLKMSATFIGNSTAIQELFKRISEQFTAMFRRKAFLHWYTG EGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATADEQGEFEEEGEEDEA ; 1 2 UNP TBA1B_PIG Q2XVP4 ? 2 ;MRECISIHVGQAGVQIGNACWELYCLEHGIQPDGQMPSDKTIGGGDDSFNTFFSETGAGKHVPRAVFVDLEPTVIDEVRT GTYRQLFHPEQLITGKEDAANNYARGHYTIGKEIIDLVLDRIRKLADQCTGLQGFLVFHSFGGGTGSGFTSLLMERLSVD YGKKSKLEFSIYPAPQVSTAVVEPYNSILTTHTTLEHSDCAFMVDNEAIYDICRRNLDIERPTYTNLNRLISQIVSSITA SLRFDGALNVDLTEFQTNLVPYPRIHFPLATYAPVISAEKAYHEQLSVAEITNACFEPANQMVKCDPRHGKYMACCLLYR GDVVPKDVNAAIATIKTKRSIQFVDWCPTGFKVGINYQPPTVVPGGDLAKVQRAVCMLSNTTAIAEAWARLDHKFDLMYA KRAFVHWYVGEGMEEGEFSEAREDMAALEKDYEEVGVDSVEGEGEEEGEEY ; 1 3 UNP KINH_HUMAN P33176 ? 3 ;MADLAECNIKVMCRFRPLNESEVNRGDKYIAKFQGEDTVVIASKPYAFDRVFQSSTSQEQVYNDCAKKIVKDVLEGYNGT IFAYGQTSSGKTHTMEGKLHDPEGMGIIPRIVQDIFNYIYSMDENLEFHIKVSYFEIYLDKIRDLLDVSKTNLSVHEDKN RVPYVKGCTERFVCSPDEVMDTIDEGKSNRHVAVTNMNEHSSRSHSIFLINVKQENTQTEQKLSGKLYLVDLAGSEKVSK TGAEGAVLDEAKNINKSLSALGNVISALAEGSTYVPYRDSKMTRILQDSLGGNCRTTIVICCSPSSYNESETKSTLLFGQ RAKTIKNTVCVNVELTAEQWKKKYEKEKEKNKILRNTIQWLENELNRWRNGETVPIDEQFDKEKANLEAFTVDKDITLTN DKPATAIGVIGNFTDAERRKCEEEIAKLYKQLDDKDEEINQQSQLVEKLKTQMLDQEELLASTRRDQDNMQAELNRLQAE NDASKEEVKEVLQALEELAVNYDQKSQEVEDKTKEYELLSDELNQKSATLASIDAELQKLKEMTNHQKKRAAEMMASLLK DLAEIGIAVGNNDVKQPEGTGMIDEEFTVARLYISKMKSEVKTMVKRCKQLESTQTESNKKMEENEKELAACQLRISQHE AKIKSLTEYLQNVEQKKRQLEESVDALSEELVQLRAQEKVHEMEKEHLNKVQTANEVKQAVEQQIQSHRETHQKQISSLR DEVEAKAKLITDLQDQNQKMMLEQERLRVEHEKLKATDQEKSRKLHELTVMQDRREQARQDLKGLEETVAKELQTLHNLR KLFVQDLATRVKKSAEIDSDDTGGSAAQKQKISFLENNLEQLTKVHKQLVRDNADLRCELPKLEKRLRATAERVKALESA LKEAKENASRDRKRYQQEVDRIKEAVRSKNMARRGHSAQIAKPIRPGQHPAASPTHPSAIRGGGAFVQNSQPVAVRGGGG KQV ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8RIZ B 1 ? 445 ? P02554 1 ? 445 ? 1 455 2 2 8RIZ A 1 ? 451 ? Q2XVP4 1 ? 451 ? 1 451 3 3 8RIZ K 1 ? 963 ? P33176 1 ? 963 ? 1 963 4 3 8RIZ L 1 ? 963 ? P33176 1 ? 963 ? 1 963 5 3 8RIZ T 1 ? 963 ? P33176 1 ? 963 ? 1 963 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details pentameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 5 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLY A 10 ? GLY A 29 ? GLY B 10 GLY B 29 1 ? 20 HELX_P HELX_P2 AA2 SER A 40 ? ARG A 46 ? SER B 40 ARG B 48 1 ? 7 HELX_P HELX_P3 AA3 ILE A 47 ? VAL A 49 ? ILE B 49 VAL B 51 5 ? 3 HELX_P HELX_P4 AA4 GLU A 69 ? SER A 78 ? GLU B 71 SER B 80 1 ? 10 HELX_P HELX_P5 AA5 ARG A 86 ? ASP A 88 ? ARG B 88 ASP B 90 5 ? 3 HELX_P HELX_P6 AA6 ASN A 100 ? THR A 107 ? ASN B 102 THR B 109 1 ? 8 HELX_P HELX_P7 AA7 LEU A 112 ? GLU A 125 ? LEU B 114 GLU B 127 1 ? 14 HELX_P HELX_P8 AA8 GLY A 142 ? TYR A 159 ? GLY B 144 TYR B 161 1 ? 18 HELX_P HELX_P9 AA9 VAL A 180 ? VAL A 193 ? VAL B 182 VAL B 195 1 ? 14 HELX_P HELX_P10 AB1 ASN A 204 ? THR A 214 ? ASN B 206 THR B 216 1 ? 11 HELX_P HELX_P11 AB2 THR A 221 ? THR A 237 ? THR B 223 THR B 239 1 ? 17 HELX_P HELX_P12 AB3 THR A 238 ? ARG A 241 ? THR B 240 ARG B 243 5 ? 4 HELX_P HELX_P13 AB4 ASP A 249 ? VAL A 258 ? ASP B 251 VAL B 260 1 ? 10 HELX_P HELX_P14 AB5 SER A 278 ? ARG A 282 ? SER B 280 ARG B 284 5 ? 5 HELX_P HELX_P15 AB6 THR A 285 ? PHE A 294 ? 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SER A 287 PHE A 296 1 ? 10 HELX_P HELX_P30 AD3 ASP B 306 ? GLY B 310 ? ASP A 306 GLY A 310 5 ? 5 HELX_P HELX_P31 AD4 VAL B 324 ? THR B 337 ? VAL A 324 THR A 337 1 ? 14 HELX_P HELX_P32 AD5 ILE B 384 ? LYS B 401 ? ILE A 384 LYS A 401 1 ? 18 HELX_P HELX_P33 AD6 PHE B 404 ? GLY B 410 ? PHE A 404 GLY A 410 1 ? 7 HELX_P HELX_P34 AD7 GLU B 415 ? VAL B 437 ? GLU A 415 VAL A 437 1 ? 23 HELX_P HELX_P35 AD8 ASN C 19 ? ASN C 24 ? ASN K 19 ASN K 24 1 ? 6 HELX_P HELX_P36 AD9 SER C 57 ? ALA C 66 ? SER K 57 ALA K 66 1 ? 10 HELX_P HELX_P37 AE1 ALA C 66 ? LEU C 74 ? ALA K 66 LEU K 74 1 ? 9 HELX_P HELX_P38 AE2 GLY C 90 ? GLU C 96 ? GLY K 90 GLU K 96 1 ? 7 HELX_P HELX_P39 AE3 ILE C 107 ? TYR C 118 ? ILE K 107 TYR K 118 1 ? 12 HELX_P HELX_P40 AE4 ILE C 119 ? MET C 122 ? ILE K 119 MET K 122 5 ? 4 HELX_P HELX_P41 AE5 SER C 175 ? SER C 188 ? SER K 175 SER K 188 1 ? 14 HELX_P HELX_P42 AE6 LYS C 237 ? THR C 241 ? LYS K 237 THR K 241 5 ? 5 HELX_P HELX_P43 AE7 GLY C 245 ? GLY C 271 ? GLY K 245 GLY K 271 1 ? 27 HELX_P HELX_P44 AE8 SER C 280 ? LEU C 286 ? SER K 280 LEU K 286 1 ? 7 HELX_P HELX_P45 AE9 SER C 305 ? TYR C 307 ? SER K 305 TYR K 307 5 ? 3 HELX_P HELX_P46 AF1 ASN C 308 ? LYS C 323 ? ASN K 308 LYS K 323 1 ? 16 HELX_P HELX_P47 AF2 ASN D 19 ? GLY D 26 ? ASN L 19 GLY L 26 1 ? 8 HELX_P HELX_P48 AF3 SER D 57 ? GLY D 76 ? SER L 57 GLY L 76 1 ? 20 HELX_P HELX_P49 AF4 GLY D 90 ? GLU D 96 ? GLY L 90 GLU L 96 1 ? 7 HELX_P HELX_P50 AF5 GLY D 106 ? ASP D 123 ? GLY L 106 ASP L 123 1 ? 18 HELX_P HELX_P51 AF6 SER D 175 ? HIS D 191 ? SER L 175 HIS L 191 1 ? 17 HELX_P HELX_P52 AF7 ASN D 196 ? ARG D 203 ? ASN L 196 ARG L 203 1 ? 8 HELX_P HELX_P53 AF8 LYS D 256 ? GLY D 271 ? LYS L 256 GLY L 271 1 ? 16 HELX_P HELX_P54 AF9 SER D 280 ? LEU D 290 ? SER L 280 LEU L 290 1 ? 11 HELX_P HELX_P55 AG1 ASN D 308 ? LYS D 323 ? ASN L 308 LYS L 323 1 ? 16 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role metalc1 metalc ? ? H GTP . O3G ? ? ? 1_555 I MG . MG ? ? A GTP 501 A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.010 ? ? metalc2 metalc ? ? H GTP . O1B ? ? ? 1_555 I MG . MG ? ? A GTP 501 A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.351 ? ? metalc3 metalc ? ? D THR 92 OG1 ? ? ? 1_555 K MG . MG ? ? L THR 92 L MG 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.211 ? ? metalc4 metalc ? ? K MG . MG ? ? ? 1_555 L ADP . O1B ? ? L MG 1001 L ADP 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.416 ? ? # _struct_conn_type.id metalc _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _pdbx_struct_conn_angle.id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.value _pdbx_struct_conn_angle.value_esd 1 O3G ? 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