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I LEU 82 CD2 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 8RTB _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 8RTB _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8RTB _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 8RTB _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.005 ? 14710 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.725 ? 19942 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 26.093 ? 1990 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.046 ? 2185 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.006 ? 2574 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8RTB _struct.title ;Extended inner membrane complex (IMC) protomer structure (TrwM/VirB3-TrwK/VirB4-TrwI/VirB6-TrwG/VirB8-TrwE/VirB10) from the fully-assembled R388 type IV secretion system determined by cryo-EM. ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8RTB _struct_keywords.text ;type IV secretion system type 4 secretion system T4SS inner membrane complex IMC IMC-protomer Extended IMC R388 plasmid conjugation bacterial secretion secretion secretion system protein complex VirB3 VirB4 VirB6 VirB8 VirB10 TrwM TrwK TrwI TrwG TrwE, MEMBRANE PROTEIN ; _struct_keywords.pdbx_keywords 'MEMBRANE PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 2 ? D N N 3 ? E N N 3 ? F N N 3 ? G N N 3 ? H N N 4 ? I N N 5 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP O50329_ECOLX O50329 ? 1 ;MKPPQQQHEAFPLFKGATRLPTILGEPMIPLMAMVMGVAVIALTVSIWWWALVPPLWFIMAQITKNDDKAFRIWWLWIDT KFRNRNKGFWGASSYSPANYRKRR ; 1 2 UNP O50330_ECOLX O50330 ? 2 ;MGAIESRKLLASETPVGQFIPYSHHVTDTIISTKNAEYLSVWKIDGRSHQSASEADVFQWIRELNNTLRGISSANLSLWT HIVRRRVYEYPDAEFDNVFCRQLDEKYRESFTGYNLMVNDLYLTVVYRPVSDKVLSFFAKRERETPDQKKHRQESCIKAL EDINRTLGQSFKRYGAELLSVYEKGGHAFSAPLEFLARLVNGEHIPMPICRDRFSDYMAVNRPMFSKWGEVGELRSLTGL RRFGMLEIREYDDATEPGQLNVLLESDYEFVLTHSFSVLSRPAAKEYLQRHQKNLIDARDVATDQIEEIDEALNQLISGH FVMGEHHCTLTVYGETVQQVRDNLAHASAAMLDVAVLPKPVDLALEAGYWAQLPANWQWRPRPAPITSLNFLSFSPFHNF MSGKPTGNPWGPAVTILKTVSGTPLYFNFHASKEEEDATDKRLLGNTMLIGQSSSGKTVLLGFLLAQAQKFKPTIVAFDK DRGMEISIRAMGGRYLPLKTGEPSGFNPFQLPPTHANLIFLKQFVKKLAAAGGEVTHRDEEEIDQAITAMMSDSIDKSLR RLSLLLQFLPNPRSDDMDARPTVHARLVKWCEGGDYGWLFDNPTDALDLSTHQIYGFDITEFLDNPEARTPVMMYLLYRT ESMIDGRRFMYVFDEFWKPLQDEYFEDLAKNKQKTIRKQNGIFVFATQEPSDALESNIAKTLIQQCATYIFLANPKADYE DYTQGFKLTDSEFELVRGLGEFSRRFLIKQGDQSALAEMNLGKFRTIVDGETVERDFDDELLVLSGTPDNAEIAESIIAE VGDDPAVWLPIFLDRVKAERSDV ; 1 3 UNP O50335_ECOLX O50335 ? 3 ;MSKKQPKPVKAEQLKSYYEESRGLERDLIGEFVKSRKTAWRVATASGLFGLLGMVCGIVGFSQPAPAPLVLRVDNATGAV DVVTTLREHESSYGEVVDTYWLNQYVLNREAYDYNTIQMNYDTTALLSAPAVQQDYYKLFDGSNARDRVLGNKARITVRV RSIQPNGRGQATVRFTTQQHNSNGTVERPQHQIATIGYTYIGAPMRSSDRLLNPLGFQVTSYRADPEILNN ; 1 4 UNP O50337_ECOLX O50337 ? 4 ;MFGRKKGDVIDAGAELERAEQERIEGEYGASELASERRPHTPGARTLLMVLLCVIAVVLVTLSYKAYKVRGVVEDDDAQP QQVVRQVIPGYTPRPIRPEPENVPEPPQPTTSVPAIQPAPVTQPVRPQPTGPREKTPYELARERMLRSGLTAGSGGGEDL PRPQGGDVPAGGLMGGGGGGGELAEKLQPMRLSGSSAGRLGNRDMLITQGTQLDCVLETRLVTTQPGMTTCHLTRDVYST SGRVVLLDRGSKVVGFYQGGLRQGQARIFVQWSRIETPSGVVINLDSPGTGPLGEAGLGGWIDRHFWERFGGAIMISLIG DLGDWASRQGSRQGNNSIQFSNTANGVESAAAEALRNSINIPPTLYKNQGERVNILVARDLDFSDVYSLESIPTK ; 1 5 UNP O50333_ECOLX O50333 ? 5 ;MAFELFTPLFNKIDQTTATYVTDISSRAIAAITPVVSVGLTLGFITYGWLIIRGAVEMPVAEFLNRCLRIGIIVSIALAG GLYQGEIANAITTVPDELASALLGNPTEGASAAALVDQSAQQGFDRASEAFEEAGFFSSDGLLYGLFGIIIPAGYGPAGA IGGAFLLLAKIALALLAGLGPLFILALIWQPTHRFFDQWAQQVLNYGLLIVLFAAVFGLLMQIFGSYMADLRFDGAQNVA YAIGGSVILSIVSIVLLMQLPSIASGLAGGIGLGYMWELRSMRSGAGAAMRGGRAMARGARAAPGAARGAAVGAANMAKT VATGGAGVARAAAGYFRGRKAG ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8RTB C 1 ? 104 ? 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UNP O50335 ARG 188 conflict 188 3 5 8RTB ALA D 188 ? UNP O50335 ARG 188 conflict 188 4 6 8RTB ALA F 188 ? UNP O50335 ARG 188 conflict 188 5 7 8RTB ALA G 188 ? UNP O50335 ARG 188 conflict 188 6 8 8RTB ASP H 335 ? UNP O50337 ASN 335 conflict 335 7 9 8RTB GLN J 108 ? UNP O50333 GLU 108 conflict 108 8 9 8RTB LEU J 152 ? UNP O50333 PRO 152 conflict 152 9 9 8RTB LEU J 153 ? UNP O50333 ALA 153 conflict 153 10 9 8RTB ALA J 154 ? UNP O50333 GLY 154 conflict 154 11 9 8RTB THR J 155 ? UNP O50333 TYR 155 conflict 155 12 9 8RTB LEU J 157 ? UNP O50333 PRO 157 conflict 157 13 9 8RTB LEU J 158 ? UNP O50333 ALA 158 conflict 158 14 9 8RTB ALA J 159 ? UNP O50333 GLY 159 conflict 159 15 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details nonameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 9 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 MET A 28 ? 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