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UK ? ? primary 'Embo Rep.' ? ? 1469-3178 ? ? 26 ? 4219 4247 'A pivot-tether model for nucleosome recognition by the chromosomal passenger complex.' 2025 ? 10.1038/s44319-025-00523-4 40664717 ? ? ? ? ? ? ? ? ? US ? ? 1 Biorxiv ? ? 2692-8205 ? ? ? ? ? ? 'A pivot-tether model for nucleosome recognition by the chromosomal passenger complex' 2025 ? 10.1101/2025.01.22.634029 ? ? ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Ruza, R.R.' 1 ? primary 'Chung, C.W.' 2 ? primary 'Gold, D.B.H.' 3 ? primary 'Serena, M.' 4 ? primary 'Roberts, E.' 5 ? primary 'Gruneberg, U.' 6 ? primary 'Barr, F.A.' 7 ? 1 'Ruza, R.R.' 8 ? 1 'Chung, C.W.' 9 ? 1 'Gold, D.B.' 10 ? 1 'Serena, M.' 11 ? 1 'Roberts, E.' 12 ? 1 'Gruneberg, U.' 13 ? 1 'Barr, F.A.' 14 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Histone H3.2' 15435.126 1 ? ? ? ? 2 polymer man 'Histone H4' 11394.426 2 ? ? ? ? 3 polymer man 'Histone H2A type 1' 14109.436 2 ? ? ? ? 4 polymer man 'Histone H2B 1.1' 13655.948 2 ? ? ? ? 5 polymer man 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(DG)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCACAGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGC GTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCCAGAT ; I ? 7 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC) (DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT) (DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT) (DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC) (DC)(DC)(DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA) (DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC) (DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DC)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCTGGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTC CCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCTGTGAT ; J ? 8 'polypeptide(L)' no no ;GPMGAPTLPPAWQPFLKDHRISTFKNWPFLEGCACTPERMAEAGFIHCPTENEPDLAQCFFCFKELEGWEPDDDPIEEHK KHSSGCAFLSVKKQFEELTLGEFLKLDRERAKNKIAKETNNKKKEFEETAKKVRRAIEQLAAMD ; ;GPMGAPTLPPAWQPFLKDHRISTFKNWPFLEGCACTPERMAEAGFIHCPTENEPDLAQCFFCFKELEGWEPDDDPIEEHK KHSSGCAFLSVKKQFEELTLGEFLKLDRERAKNKIAKETNNKKKEFEETAKKVRRAIEQLAAMD ; K ? 9 'polypeptide(L)' no no MAPRKGSSRVAKTNSLRRRKLASFLKDFDREVEIRIKQIESDRQNLLKEVDNLYNIEILRLPKALREMNWLDYFAL MAPRKGSSRVAKTNSLRRRKLASFLKDFDREVEIRIKQIESDRQNLLKEVDNLYNIEILRLPKALREMNWLDYFAL L ? 10 'polypeptide(L)' no no ;GPMGTTAPGPIHLLELCDQKLMEFLCNMDNKDLVWLEEIQEEAERMFTREFSKEPELMPKTPSQKNRRKKRRISYVQDEN RD ; ;GPMGTTAPGPIHLLELCDQKLMEFLCNMDNKDLVWLEEIQEEAERMFTREFSKEPELMPKTPSQKNRRKKRRISYVQDEN RD ; M ? # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 11 _pdbx_entity_nonpoly.name 'ZINC ION' _pdbx_entity_nonpoly.comp_id ZN # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id 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VAL n 1 91 MET n 1 92 ALA n 1 93 LEU n 1 94 GLN n 1 95 GLU n 1 96 ALA n 1 97 SER n 1 98 GLU n 1 99 ALA n 1 100 TYR n 1 101 LEU n 1 102 VAL n 1 103 ALA n 1 104 LEU n 1 105 PHE n 1 106 GLU n 1 107 ASP n 1 108 THR n 1 109 ASN n 1 110 LEU n 1 111 CYS n 1 112 ALA n 1 113 ILE n 1 114 HIS n 1 115 ALA n 1 116 LYS n 1 117 ARG n 1 118 VAL n 1 119 THR n 1 120 ILE n 1 121 MET n 1 122 PRO n 1 123 LYS n 1 124 ASP n 1 125 ILE n 1 126 GLN n 1 127 LEU n 1 128 ALA n 1 129 ARG n 1 130 ARG n 1 131 ILE n 1 132 ARG n 1 133 GLY n 1 134 GLU n 1 135 ARG n 1 136 ALA n 2 1 MET n 2 2 SER n 2 3 GLY n 2 4 ARG n 2 5 GLY n 2 6 LYS n 2 7 GLY n 2 8 GLY n 2 9 LYS n 2 10 GLY n 2 11 LEU n 2 12 GLY n 2 13 LYS n 2 14 GLY n 2 15 GLY n 2 16 ALA n 2 17 LYS n 2 18 ARG n 2 19 HIS n 2 20 ARG n 2 21 LYS n 2 22 VAL n 2 23 LEU n 2 24 ARG n 2 25 ASP n 2 26 ASN n 2 27 ILE n 2 28 GLN n 2 29 GLY n 2 30 ILE n 2 31 THR n 2 32 LYS n 2 33 PRO n 2 34 ALA n 2 35 ILE n 2 36 ARG n 2 37 ARG n 2 38 LEU n 2 39 ALA n 2 40 ARG n 2 41 ARG n 2 42 GLY 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B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 4 ? I N N 6 ? J N N 7 ? K N N 8 ? L N N 9 ? M N N 10 ? N N N 11 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP H32_XENLA P84233 ? 1 ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; 0 2 UNP H4_XENLA P62799 ? 2 ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 1 3 UNP H2A1_XENLA P06897 ? 3 ;MSGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAVRNDEELNKLLGGVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESAKSAKSK ; 1 4 UNP H2B11_XENLA P02281 ? 4 ;AKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKSRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHY NKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; 5 5 UNP A0A310TTQ1_XENLA A0A310TTQ1 ? 5 ;ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKT DLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; 2 6 PDB 8RUP 8RUP ? 6 ? 1 7 PDB 8RUP 8RUP ? 7 ? 1 8 UNP BIRC5_HUMAN O15392 ? 8 ;MGAPTLPPAWQPFLKDHRISTFKNWPFLEGCACTPERMAEAGFIHCPTENEPDLAQCFFCFKELEGWEPDDDPIEEHKKH SSGCAFLSVKKQFEELTLGEFLKLDRERAKNKIAKETNNKKKEFEETAKKVRRAIEQLAAMD ; 1 9 UNP BOREA_HUMAN Q53HL2 ? 9 MAPRKGSSRVAKTNSLRRRKLASFLKDFDREVEIRIKQIESDRQNLLKEVDNLYNIEILRLPKALREMNWLDYFAL 1 10 UNP INCE_HUMAN Q9NQS7 ? 10 ;MGTTAPGPIHLLELCDQKLMEFLCNMDNKDLVWLEEIQEEAERMFTREFSKEPELMPKTPSQKNRRKKRRISYVQDENRD ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8RUP A 1 ? 136 ? P84233 1 ? 136 ? 0 135 2 2 8RUP B 1 ? 103 ? P62799 1 ? 103 ? 0 102 3 3 8RUP C 1 ? 130 ? P06897 1 ? 130 ? 0 129 4 4 8RUP D 2 ? 123 ? P02281 5 ? 126 ? 4 125 5 5 8RUP E 1 ? 135 ? A0A310TTQ1 2 ? 136 ? 1 135 6 2 8RUP F 1 ? 103 ? P62799 1 ? 103 ? 0 102 7 3 8RUP G 1 ? 130 ? P06897 1 ? 130 ? 0 129 8 4 8RUP H 2 ? 123 ? P02281 5 ? 126 ? 4 125 9 6 8RUP I 1 ? 152 ? 8RUP -3 ? 148 ? -3 148 10 7 8RUP J 1 ? 152 ? 8RUP 145 ? 296 ? 145 296 11 8 8RUP K 3 ? 144 ? O15392 1 ? 142 ? 1 142 12 9 8RUP L 1 ? 76 ? Q53HL2 1 ? 76 ? 1 76 13 10 8RUP M 3 ? 82 ? Q9NQS7 1 ? 80 ? 1 80 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 8RUP ALA A 103 ? UNP P84233 GLY 103 'engineered mutation' 102 1 3 8RUP ARG C 100 ? UNP P06897 GLY 100 conflict 99 2 3 8RUP SER C 124 ? UNP P06897 ALA 124 conflict 123 3 4 8RUP MET D 1 ? UNP P02281 ? ? 'initiating methionine' 3 4 4 8RUP THR D 30 ? UNP P02281 SER 33 conflict 32 5 7 8RUP ARG G 100 ? UNP P06897 GLY 100 conflict 99 6 7 8RUP SER G 124 ? UNP P06897 ALA 124 conflict 123 7 8 8RUP MET H 1 ? UNP P02281 ? ? 'initiating methionine' 3 8 8 8RUP THR H 30 ? UNP P02281 SER 33 conflict 32 9 11 8RUP GLY K 1 ? UNP O15392 ? ? 'expression tag' -1 10 11 8RUP PRO K 2 ? UNP O15392 ? ? 'expression tag' 0 11 13 8RUP GLY M 1 ? UNP Q9NQS7 ? ? 'expression tag' -1 12 13 8RUP PRO M 2 ? UNP Q9NQS7 ? ? 'expression tag' 0 13 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 13-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 13 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLY A 45 ? SER A 58 ? GLY A 44 SER A 57 1 ? 14 HELX_P HELX_P2 AA2 ARG A 64 ? GLN A 77 ? ARG A 63 GLN A 76 1 ? 14 HELX_P HELX_P3 AA3 GLN A 86 ? ALA A 115 ? GLN A 85 ALA A 114 1 ? 30 HELX_P HELX_P4 AA4 MET A 121 ? GLY A 133 ? MET A 120 GLY A 132 1 ? 13 HELX_P HELX_P5 AA5 ASP B 25 ? ILE B 30 ? ASP B 24 ILE B 29 5 ? 6 HELX_P HELX_P6 AA6 THR B 31 ? GLY B 42 ? THR B 30 GLY B 41 1 ? 12 HELX_P HELX_P7 AA7 LEU B 50 ? ALA B 77 ? LEU B 49 ALA B 76 1 ? 28 HELX_P HELX_P8 AA8 THR B 83 ? GLN B 94 ? THR B 82 GLN B 93 1 ? 12 HELX_P HELX_P9 AA9 THR C 17 ? GLY C 23 ? THR C 16 GLY C 22 1 ? 7 HELX_P HELX_P10 AB1 PRO C 27 ? GLY C 38 ? PRO C 26 GLY C 37 1 ? 12 HELX_P HELX_P11 AB2 GLY C 47 ? ASN C 74 ? GLY C 46 ASN C 73 1 ? 28 HELX_P HELX_P12 AB3 ILE C 80 ? ASN C 90 ? ILE C 79 ASN C 89 1 ? 11 HELX_P HELX_P13 AB4 ASP C 91 ? LEU C 98 ? ASP C 90 LEU C 97 1 ? 8 HELX_P HELX_P14 AB5 GLN C 113 ? LEU C 117 ? GLN C 112 LEU C 116 5 ? 5 HELX_P HELX_P15 AB6 TYR D 35 ? HIS D 47 ? TYR D 37 HIS D 49 1 ? 13 HELX_P HELX_P16 AB7 SER D 53 ? ASN D 82 ? SER D 55 ASN D 84 1 ? 30 HELX_P HELX_P17 AB8 THR D 88 ? LEU D 100 ? THR D 90 LEU D 102 1 ? 13 HELX_P HELX_P18 AB9 PRO D 101 ? SER D 121 ? PRO D 103 SER D 123 1 ? 21 HELX_P HELX_P19 AC1 GLY E 44 ? GLN E 55 ? GLY E 44 GLN E 55 1 ? 12 HELX_P HELX_P20 AC2 ARG E 63 ? GLN E 76 ? ARG E 63 GLN E 76 1 ? 14 HELX_P HELX_P21 AC3 GLN E 85 ? ALA E 114 ? GLN E 85 ALA E 114 1 ? 30 HELX_P HELX_P22 AC4 MET E 120 ? GLY E 132 ? MET E 120 GLY E 132 1 ? 13 HELX_P HELX_P23 AC5 ASN F 26 ? ILE F 30 ? ASN F 25 ILE F 29 5 ? 5 HELX_P HELX_P24 AC6 THR F 31 ? GLY F 42 ? THR F 30 GLY F 41 1 ? 12 HELX_P HELX_P25 AC7 LEU F 50 ? ALA F 77 ? LEU F 49 ALA F 76 1 ? 28 HELX_P HELX_P26 AC8 THR F 83 ? GLN F 94 ? THR F 82 GLN F 93 1 ? 12 HELX_P HELX_P27 AC9 THR G 17 ? GLY G 23 ? THR G 16 GLY G 22 1 ? 7 HELX_P HELX_P28 AD1 PRO G 27 ? GLY G 38 ? PRO G 26 GLY G 37 1 ? 12 HELX_P HELX_P29 AD2 ALA G 46 ? ASN G 74 ? ALA G 45 ASN G 73 1 ? 29 HELX_P HELX_P30 AD3 ILE G 80 ? ASN G 90 ? ILE G 79 ASN G 89 1 ? 11 HELX_P HELX_P31 AD4 ASP G 91 ? LEU G 98 ? ASP G 90 LEU G 97 1 ? 8 HELX_P HELX_P32 AD5 GLN G 113 ? LEU G 117 ? GLN G 112 LEU G 116 5 ? 5 HELX_P HELX_P33 AD6 TYR H 35 ? HIS H 47 ? TYR H 37 HIS H 49 1 ? 13 HELX_P HELX_P34 AD7 SER H 53 ? ASN H 82 ? SER H 55 ASN H 84 1 ? 30 HELX_P HELX_P35 AD8 THR H 88 ? LEU H 100 ? THR H 90 LEU H 102 1 ? 13 HELX_P HELX_P36 AD9 GLY H 102 ? ALA H 122 ? GLY H 104 ALA H 124 1 ? 21 HELX_P HELX_P37 AE1 TRP K 12 ? PHE K 15 ? TRP K 10 PHE K 13 5 ? 4 HELX_P HELX_P38 AE2 LEU K 16 ? THR K 23 ? LEU K 14 THR K 21 1 ? 8 HELX_P HELX_P39 AE3 THR K 36 ? ALA K 43 ? THR K 34 ALA K 41 1 ? 8 HELX_P HELX_P40 AE4 ASP K 74 ? SER K 83 ? ASP K 72 SER K 81 1 ? 10 HELX_P HELX_P41 AE5 CYS K 86 ? VAL K 91 ? CYS K 84 VAL K 89 5 ? 6 HELX_P HELX_P42 AE6 GLN K 94 ? LEU K 98 ? GLN K 92 LEU K 96 5 ? 5 HELX_P HELX_P43 AE7 THR K 99 ? ALA K 141 ? THR K 97 ALA K 139 1 ? 43 HELX_P HELX_P44 AE8 ARG L 9 ? ARG L 60 ? ARG L 9 ARG L 60 1 ? 52 HELX_P HELX_P45 AE9 PRO L 62 ? GLU L 67 ? PRO L 62 GLU L 67 1 ? 6 HELX_P HELX_P46 AF1 ASN L 69 ? ALA L 75 ? ASN L 69 ALA L 75 1 ? 7 HELX_P HELX_P47 AF2 ILE M 11 ? PHE M 47 ? ILE M 9 PHE M 45 1 ? 37 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role covale1 covale both ? E ARG 2 C ? ? ? 1_555 E TPO 3 N ? ? E ARG 2 E TPO 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? ? covale2 covale both ? E TPO 3 C ? ? ? 1_555 E LYS 4 N ? ? E TPO 3 E LYS 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? ? metalc1 metalc ? ? K CYS 59 SG ? ? ? 1_555 N ZN . ZN ? ? K CYS 57 K ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? ? metalc2 metalc ? ? K CYS 62 SG ? ? ? 1_555 N ZN . ZN ? ? K CYS 60 K ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? ? metalc3 metalc ? ? K HIS 79 NE2 ? ? ? 1_555 N ZN . ZN ? ? K HIS 77 K ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.081 ? ? metalc4 metalc ? ? K CYS 86 SG ? ? ? 1_555 N ZN . ZN ? ? K CYS 84 K ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.320 ? ? hydrog1 hydrog ? ? I DA 4 N1 ? ? ? 1_555 J DT 149 N3 ? ? I DA 0 J DT 293 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog2 hydrog ? ? I DA 4 N6 ? ? ? 1_555 J DT 149 O4 ? ? I DA 0 J DT 293 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog3 hydrog ? ? I DC 5 N3 ? ? ? 1_555 J DG 148 N1 ? ? I DC 1 J DG 292 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog4 hydrog ? ? I DC 5 N4 ? ? ? 1_555 J DG 148 O6 ? ? I DC 1 J DG 292 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog5 hydrog ? ? I DC 5 O2 ? ? ? 1_555 J DG 148 N2 ? ? I DC 1 J DG 292 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog6 hydrog ? ? I DA 6 N1 ? ? ? 1_555 J DT 147 N3 ? ? I DA 2 J DT 291 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog7 hydrog ? ? I DA 6 N6 ? ? ? 1_555 J DT 147 O4 ? ? I DA 2 J DT 291 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog8 hydrog ? ? I DG 7 N1 ? ? ? 1_555 J DC 146 N3 ? ? I DG 3 J DC 290 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog9 hydrog ? ? I DG 7 N2 ? ? ? 1_555 J DC 146 O2 ? ? I DG 3 J DC 290 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog10 hydrog ? ? I DG 7 O6 ? ? ? 1_555 J DC 146 N4 ? ? I DG 3 J DC 290 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog11 hydrog ? ? I DG 8 N1 ? ? ? 1_555 J DC 145 N3 ? ? I DG 4 J DC 289 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog12 hydrog ? ? I DG 8 N2 ? ? ? 1_555 J DC 145 O2 ? ? I DG 4 J DC 289 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog13 hydrog ? ? I DG 8 O6 ? ? ? 1_555 J DC 145 N4 ? ? I DG 4 J DC 289 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog14 hydrog ? ? I DA 9 N1 ? ? ? 1_555 J DT 144 N3 ? ? I DA 5 J DT 288 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog15 hydrog ? ? I DA 9 N6 ? ? ? 1_555 J DT 144 O4 ? ? I DA 5 J DT 288 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog16 hydrog ? ? I DT 10 N3 ? ? ? 1_555 J DA 143 N1 ? ? I DT 6 J DA 287 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog17 hydrog ? ? I DT 10 O4 ? ? ? 1_555 J DA 143 N6 ? ? I DT 6 J DA 287 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog18 hydrog ? ? I DG 11 N1 ? ? ? 1_555 J DC 142 N3 ? ? I DG 7 J DC 286 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog19 hydrog ? ? I DG 11 N2 ? ? ? 1_555 J DC 142 O2 ? ? I DG 7 J DC 286 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog20 hydrog ? ? I DG 11 O6 ? ? ? 1_555 J DC 142 N4 ? ? I DG 7 J DC 286 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog21 hydrog ? ? I DT 12 N3 ? ? ? 1_555 J DA 141 N1 ? ? I DT 8 J DA 285 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog22 hydrog ? ? 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O GLY H 53 # _pdbx_entry_details.entry_id 8RUP _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest N _pdbx_entry_details.has_protein_modification Y # loop_ _pdbx_validate_rmsd_angle.id _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_model_num _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_target_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_standard_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.linker_flag 1 1 "O4'" I DA 39 ? ? 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N1 J DT 291 ? ? 110.61 108.30 2.31 0.30 N # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 ASN C 38 ? ? 61.09 61.06 2 1 ASN C 110 ? ? -164.30 118.94 3 1 THR E 6 ? ? -92.53 53.47 4 1 PRO K 12 ? ? -59.55 -6.86 5 1 THR K 48 ? ? -151.49 -141.12 # _pdbx_struct_mod_residue.id 1 _pdbx_struct_mod_residue.label_asym_id E _pdbx_struct_mod_residue.label_comp_id TPO _pdbx_struct_mod_residue.label_seq_id 3 _pdbx_struct_mod_residue.auth_asym_id E _pdbx_struct_mod_residue.auth_comp_id TPO _pdbx_struct_mod_residue.auth_seq_id 3 _pdbx_struct_mod_residue.PDB_ins_code ? _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id THR _pdbx_struct_mod_residue.details 'modified residue' # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 8RUP _em_3d_fitting.method ? _em_3d_fitting.target_criteria 'Cross-correlation coefficient' _em_3d_fitting.details ? _em_3d_fitting.overall_b_value 59.74 _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.ref_protocol 'FLEXIBLE FIT' # loop_ _em_3d_fitting_list.id _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range _em_3d_fitting_list.details _em_3d_fitting_list.chain_id _em_3d_fitting_list.chain_residue_range _em_3d_fitting_list.source_name _em_3d_fitting_list.type _em_3d_fitting_list.accession_code _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id 1 1 3AFA ? ? 'Sequence modified to match Xenopus' ? ? PDB 'experimental model' 3AFA 1 2 1 6YIH ? ? ? ? ? PDB 'experimental model' 6YIH 2 # _em_3d_reconstruction.entry_id 8RUP _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details ;Final reconstruction performed following particle polishing in Relion and subsequent re-import in CryoSPARC. The CPC distal region was then further locally refined and sharpened using DeepEMhancer. The resolution value given for the raw final reconstruction before local refinement. ; _em_3d_reconstruction.resolution 2.42 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 119063 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages 1 _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details '10 mM TRIS-HCl, pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT, 0.3% n-octyl-beta-D-glucoside' _em_buffer.pH 7.5 # loop_ _em_entity_assembly.id _em_entity_assembly.parent_id _em_entity_assembly.source _em_entity_assembly.type _em_entity_assembly.name _em_entity_assembly.details _em_entity_assembly.synonym _em_entity_assembly.oligomeric_details _em_entity_assembly.entity_id_list 1 0 'MULTIPLE SOURCES' COMPLEX 'Human CPC localisation module in complex with Xenopus H3.T3p-nucleosome' 'H3 phosphorylated using purified human Haspin kinase domain (residues 465-798)' ? ? '1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10' 2 1 RECOMBINANT COMPLEX H3.T3p-nucleosome 'H3 phosphorylated using purified human Haspin kinase domain (residues 465-798).' ? ? '1, 2, 3, 4, 5' 3 1 RECOMBINANT COMPLEX 'Chromosome Passenger Complex localisation module' ? ? ? '8, 9, 10' 4 1 RECOMBINANT COMPLEX DNA ? ? ? '6, 7' # _em_imaging.entry_id 8RUP _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.details ? _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_min 1000 _em_imaging.nominal_defocus_max 2300 _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification 58009 _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter 100 _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.method ? _em_sample_support.grid_material COPPER _em_sample_support.grid_mesh_size 200 _em_sample_support.grid_type 'Quantifoil R1.2/1.3' _em_sample_support.details '15 mA current, using Leica EM ACE200' _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.citation_id ? # _em_vitrification.entry_id 8RUP _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature 277 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.details '3 s blotting time, -10 force, no wait time.' # _em_experiment.entry_id 8RUP _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A MET 0 ? A MET 1 2 1 Y 1 A ALA 1 ? A ALA 2 3 1 Y 1 A ARG 2 ? A ARG 3 4 1 Y 1 A THR 3 ? A THR 4 5 1 Y 1 A LYS 4 ? A LYS 5 6 1 Y 1 A GLN 5 ? A GLN 6 7 1 Y 1 A THR 6 ? A THR 7 8 1 Y 1 A ALA 7 ? A ALA 8 9 1 Y 1 A ARG 8 ? A ARG 9 10 1 Y 1 A LYS 9 ? A LYS 10 11 1 Y 1 A SER 10 ? A SER 11 12 1 Y 1 A THR 11 ? A THR 12 13 1 Y 1 A GLY 12 ? A GLY 13 14 1 Y 1 A GLY 13 ? A GLY 14 15 1 Y 1 A LYS 14 ? A LYS 15 16 1 Y 1 A ALA 15 ? A ALA 16 17 1 Y 1 A PRO 16 ? A PRO 17 18 1 Y 1 A ARG 17 ? A ARG 18 19 1 Y 1 A LYS 18 ? A LYS 19 20 1 Y 1 A GLN 19 ? A GLN 20 21 1 Y 1 A LEU 20 ? A LEU 21 22 1 Y 1 A ALA 21 ? A ALA 22 23 1 Y 1 A THR 22 ? A THR 23 24 1 Y 1 A LYS 23 ? A LYS 24 25 1 Y 1 A ALA 24 ? A ALA 25 26 1 Y 1 A ALA 25 ? A ALA 26 27 1 Y 1 A ARG 26 ? A ARG 27 28 1 Y 1 A LYS 27 ? A LYS 28 29 1 Y 1 A SER 28 ? A SER 29 30 1 Y 1 A ALA 29 ? A ALA 30 31 1 Y 1 A PRO 30 ? A PRO 31 32 1 Y 1 A ALA 31 ? A ALA 32 33 1 Y 1 A THR 32 ? A THR 33 34 1 Y 1 A GLY 33 ? A GLY 34 35 1 Y 1 A GLY 34 ? A GLY 35 36 1 Y 1 A VAL 35 ? A VAL 36 37 1 Y 1 A LYS 36 ? A LYS 37 38 1 Y 1 A ALA 135 ? A ALA 136 39 1 Y 1 B MET 0 ? B MET 1 40 1 Y 1 B SER 1 ? B SER 2 41 1 Y 1 B GLY 2 ? B GLY 3 42 1 Y 1 B ARG 3 ? B ARG 4 43 1 Y 1 B GLY 4 ? B GLY 5 44 1 Y 1 B LYS 5 ? B LYS 6 45 1 Y 1 B GLY 6 ? B GLY 7 46 1 Y 1 B GLY 7 ? B GLY 8 47 1 Y 1 B LYS 8 ? B LYS 9 48 1 Y 1 B GLY 9 ? B GLY 10 49 1 Y 1 B LEU 10 ? B LEU 11 50 1 Y 1 B GLY 11 ? B GLY 12 51 1 Y 1 B LYS 12 ? B LYS 13 52 1 Y 1 B GLY 13 ? B GLY 14 53 1 Y 1 B GLY 14 ? B GLY 15 54 1 Y 1 B ALA 15 ? B ALA 16 55 1 Y 1 B LYS 16 ? B LYS 17 56 1 Y 1 B ARG 17 ? B ARG 18 57 1 Y 1 B HIS 18 ? B HIS 19 58 1 Y 1 B ARG 19 ? B ARG 20 59 1 Y 1 B LYS 20 ? B LYS 21 60 1 Y 1 B VAL 21 ? B VAL 22 61 1 Y 1 B GLY 102 ? B GLY 103 62 1 Y 1 C MET 0 ? C MET 1 63 1 Y 1 C SER 1 ? C SER 2 64 1 Y 1 C GLY 2 ? C GLY 3 65 1 Y 1 C ARG 3 ? C ARG 4 66 1 Y 1 C GLY 4 ? C GLY 5 67 1 Y 1 C LYS 5 ? C LYS 6 68 1 Y 1 C GLN 6 ? C GLN 7 69 1 Y 1 C GLY 7 ? C GLY 8 70 1 Y 1 C GLY 8 ? C GLY 9 71 1 Y 1 C LYS 9 ? C LYS 10 72 1 Y 1 C THR 10 ? C THR 11 73 1 Y 1 C LYS 119 ? C LYS 120 74 1 Y 1 C THR 120 ? C THR 121 75 1 Y 1 C GLU 121 ? C GLU 122 76 1 Y 1 C SER 122 ? C SER 123 77 1 Y 1 C SER 123 ? C SER 124 78 1 Y 1 C LYS 124 ? C LYS 125 79 1 Y 1 C SER 125 ? C SER 126 80 1 Y 1 C ALA 126 ? C ALA 127 81 1 Y 1 C LYS 127 ? C LYS 128 82 1 Y 1 C SER 128 ? C SER 129 83 1 Y 1 C LYS 129 ? C LYS 130 84 1 Y 1 D MET 3 ? D MET 1 85 1 Y 1 D ALA 4 ? D ALA 2 86 1 Y 1 D LYS 5 ? D LYS 3 87 1 Y 1 D SER 6 ? D SER 4 88 1 Y 1 D ALA 7 ? D ALA 5 89 1 Y 1 D PRO 8 ? D PRO 6 90 1 Y 1 D ALA 9 ? D ALA 7 91 1 Y 1 D PRO 10 ? D PRO 8 92 1 Y 1 D LYS 11 ? D LYS 9 93 1 Y 1 D LYS 12 ? D LYS 10 94 1 Y 1 D GLY 13 ? D GLY 11 95 1 Y 1 D SER 14 ? D SER 12 96 1 Y 1 D LYS 15 ? D LYS 13 97 1 Y 1 D LYS 16 ? D LYS 14 98 1 Y 1 D ALA 17 ? D ALA 15 99 1 Y 1 D VAL 18 ? D VAL 16 100 1 Y 1 D THR 19 ? D THR 17 101 1 Y 1 D LYS 20 ? D LYS 18 102 1 Y 1 D THR 21 ? D THR 19 103 1 Y 1 D GLN 22 ? D GLN 20 104 1 Y 1 D LYS 23 ? D LYS 21 105 1 Y 1 D LYS 24 ? D LYS 22 106 1 Y 1 D ASP 25 ? D ASP 23 107 1 Y 1 D GLY 26 ? D GLY 24 108 1 Y 1 D LYS 27 ? D LYS 25 109 1 Y 1 D LYS 28 ? D LYS 26 110 1 Y 1 D ARG 29 ? D ARG 27 111 1 Y 1 D ARG 30 ? D ARG 28 112 1 Y 1 E ARG 8 ? E ARG 8 113 1 Y 1 E LYS 9 ? E LYS 9 114 1 Y 1 E SER 10 ? E SER 10 115 1 Y 1 E THR 11 ? E THR 11 116 1 Y 1 E GLY 12 ? E GLY 12 117 1 Y 1 E GLY 13 ? E GLY 13 118 1 Y 1 E LYS 14 ? E LYS 14 119 1 Y 1 E ALA 15 ? E ALA 15 120 1 Y 1 E PRO 16 ? E PRO 16 121 1 Y 1 E ARG 17 ? E ARG 17 122 1 Y 1 E LYS 18 ? E LYS 18 123 1 Y 1 E GLN 19 ? E GLN 19 124 1 Y 1 E LEU 20 ? E LEU 20 125 1 Y 1 E ALA 21 ? E ALA 21 126 1 Y 1 E THR 22 ? E THR 22 127 1 Y 1 E LYS 23 ? E LYS 23 128 1 Y 1 E ALA 24 ? E ALA 24 129 1 Y 1 E ALA 25 ? E ALA 25 130 1 Y 1 E ARG 26 ? E ARG 26 131 1 Y 1 E LYS 27 ? E LYS 27 132 1 Y 1 E SER 28 ? E SER 28 133 1 Y 1 E ALA 29 ? E ALA 29 134 1 Y 1 E PRO 30 ? E PRO 30 135 1 Y 1 E ALA 31 ? E ALA 31 136 1 Y 1 E THR 32 ? E THR 32 137 1 Y 1 E GLY 33 ? E GLY 33 138 1 Y 1 E GLY 34 ? 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N N 510 TYR CB HB2 sing N N 511 TYR CB HB3 sing N N 512 TYR CG CD1 doub Y N 513 TYR CG CD2 sing Y N 514 TYR CD1 CE1 sing Y N 515 TYR CD1 HD1 sing N N 516 TYR CD2 CE2 doub Y N 517 TYR CD2 HD2 sing N N 518 TYR CE1 CZ doub Y N 519 TYR CE1 HE1 sing N N 520 TYR CE2 CZ sing Y N 521 TYR CE2 HE2 sing N N 522 TYR CZ OH sing N N 523 TYR OH HH sing N N 524 TYR OXT HXT sing N N 525 VAL N CA sing N N 526 VAL N H sing N N 527 VAL N H2 sing N N 528 VAL CA C sing N N 529 VAL CA CB sing N N 530 VAL CA HA sing N N 531 VAL C O doub N N 532 VAL C OXT sing N N 533 VAL CB CG1 sing N N 534 VAL CB CG2 sing N N 535 VAL CB HB sing N N 536 VAL CG1 HG11 sing N N 537 VAL CG1 HG12 sing N N 538 VAL CG1 HG13 sing N N 539 VAL CG2 HG21 sing N N 540 VAL CG2 HG22 sing N N 541 VAL CG2 HG23 sing N N 542 VAL OXT HXT sing N N 543 # _em_admin.current_status REL _em_admin.deposition_date 2024-01-31 _em_admin.deposition_site PDBE _em_admin.entry_id 8RUP _em_admin.last_update 2025-09-24 _em_admin.map_release_date 2025-02-05 _em_admin.title 'Chromosome Passenger Complex (CPC) localization module in complex with H3.T3p-nucleosome' # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.id _em_buffer_component.name 1 10 mM '(HOCH2)3CNH2-CL' 1 'Tris(hydroxymethyl)aminomethane-hydrochloride' 1 150 mM NaCl 2 'Sodium chloride' 1 2 mM C4H10O2S2 3 Dithiothreitol 1 0.3 % C14H28O6 4 n-octyl-beta-D-glucoside # _em_ctf_correction.details ;CTF amplitude correction first performed following movie motion correction, and CTF parameters were later refined during the refinement of the final reconstruction ; _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' # loop_ _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag _em_entity_assembly_molwt.id _em_entity_assembly_molwt.units _em_entity_assembly_molwt.value 1 NO 1 MEGADALTONS 0.237 1 NO 2 MEGADALTONS 0.202 3 ? 3 ? ? # loop_ _em_entity_assembly_naturalsource.cell _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id _em_entity_assembly_naturalsource.id _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_naturalsource.organism _em_entity_assembly_naturalsource.organelle _em_entity_assembly_naturalsource.organ _em_entity_assembly_naturalsource.strain _em_entity_assembly_naturalsource.tissue _em_entity_assembly_naturalsource.details ? ? 1 2 9606 'Homo sapiens' ? ? ? ? ? ? ? 2 3 8355 'Xenopus laevis' ? ? ? ? ? ? ? 3 4 9606 'Homo sapiens' ? ? ? ? ? ? ? 4 5 32630 'synthetic construct' ? ? ? ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain ? 1 2 469008 'Escherichia coli BL21(DE3)' ? ? ? 2 3 469008 'Escherichia coli BL21(DE3)' ? ? ? 3 4 469008 'Escherichia coli BL21(DE3)' ? ? ? 4 5 469008 'Escherichia coli BL21(DE3)' ? ? # _em_image_processing.details 'Movies motion-corrected on-the-fly using SIMPLE (Caesar, et al., 2020)' _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 # _em_image_recording.average_exposure_time 2.51 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 43.86 _em_image_recording.details 'Collected in 2x-binned super-resolution mode' _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)' _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 1 _em_image_recording.num_real_images 20239 # _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width 20 _em_imaging_optics.energyfilter_name 'GIF Bioquantum' _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.details ? # _em_particle_selection.details 'Blob-based picking, using 110 A expected particle diameter.' _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 3099937 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.category _em_software.details _em_software.id _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id _em_software.name _em_software.version 'PARTICLE SELECTION' 'Blob-based picking followed by template-based picking' 1 1 ? ? cryoSPARC 4.4.0 'IMAGE ACQUISITION' ? 2 ? ? 1 ? ? MASKING ? 3 ? ? ? ? ? 'CTF CORRECTION' 'Patch-CTF estimation job used' 4 1 ? ? cryoSPARC 4.4.0 'LAYERLINE INDEXING' ? 5 ? ? ? ? ? 'DIFFRACTION INDEXING' ? 6 ? ? ? ? ? 'MODEL FITTING' ? 7 ? 1 ? 'UCSF Chimera' 1.14 'MODEL FITTING' ? 8 ? 1 ? Coot 0.9.8.1 OTHER ? 9 ? ? ? ? ? 'MODEL REFINEMENT' ? 10 ? 1 ? PHENIX 1.20.1 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? 11 1 ? ? ? ? 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? 12 1 ? ? ? ? CLASSIFICATION ? 13 1 ? ? cryoSPARC 4.4.0 RECONSTRUCTION ? 14 1 ? ? cryoSPARC 4.4.0 RECONSTRUCTION ? 15 1 ? ? RELION 4.0 'VOLUME SELECTION' ? 16 1 1 1 ? ? 'SERIES ALIGNMENT' ? 17 1 1 1 ? ? 'MOLECULAR REPLACEMENT' ? 18 1 1 1 ? ? 'LATTICE DISTORTION CORRECTION' ? 19 1 1 1 ? ? 'SYMMETRY DETERMINATION' ? 20 1 1 1 ? ? 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? 21 1 1 1 ? ? # _em_specimen.concentration 2.1 _em_specimen.details 'Monodisperse sample with good particle density' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 8RUP 'double helix' 8RUP 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 I DA 4 1_555 J DT 149 1_555 0.094 -0.259 0.582 -5.815 -3.690 3.914 1 I_DA0:DT293_J I 0 ? J 293 ? 20 1 1 I DC 5 1_555 J DG 148 1_555 0.199 -0.147 -0.335 -3.585 -4.781 1.609 2 I_DC1:DG292_J I 1 ? J 292 ? 19 1 1 I DA 6 1_555 J DT 147 1_555 0.115 -0.167 -0.981 -13.469 -4.542 -0.488 3 I_DA2:DT291_J I 2 ? J 291 ? 20 1 1 I DG 7 1_555 J DC 146 1_555 -0.194 -0.160 -0.794 -8.483 -1.732 1.175 4 I_DG3:DC290_J I 3 ? J 290 ? 19 1 1 I DG 8 1_555 J DC 145 1_555 -0.191 -0.141 -0.304 -2.232 -1.635 -0.081 5 I_DG4:DC289_J I 4 ? J 289 ? 19 1 1 I DA 9 1_555 J DT 144 1_555 0.113 -0.141 -0.005 0.720 -5.583 1.965 6 I_DA5:DT288_J I 5 ? J 288 ? 20 1 1 I DT 10 1_555 J DA 143 1_555 -0.103 -0.097 -0.106 3.321 -6.330 -0.545 7 I_DT6:DA287_J I 6 ? J 287 ? 20 1 1 I DG 11 1_555 J DC 142 1_555 -0.221 -0.119 -0.200 -0.630 -9.709 2.310 8 I_DG7:DC286_J I 7 ? J 286 ? 19 1 1 I DT 12 1_555 J DA 141 1_555 -0.087 -0.117 -0.049 -4.374 -8.987 0.706 9 I_DT8:DA285_J I 8 ? J 285 ? 20 1 1 I DA 13 1_555 J DT 140 1_555 0.126 -0.091 0.077 -3.420 -6.107 -0.300 10 I_DA9:DT284_J I 9 ? J 284 ? 20 1 1 I DT 14 1_555 J DA 139 1_555 -0.066 -0.136 -0.083 -3.362 -6.379 -0.067 11 I_DT10:DA283_J I 10 ? J 283 ? 20 1 1 I DA 15 1_555 J DT 138 1_555 0.131 -0.153 -0.281 -6.096 -0.012 1.070 12 I_DA11:DT282_J I 11 ? J 282 ? 20 1 1 I DT 16 1_555 J DA 137 1_555 -0.078 -0.158 0.062 -1.302 1.271 1.152 13 I_DT12:DA281_J I 12 ? J 281 ? 20 1 1 I DA 17 1_555 J DT 136 1_555 0.072 -0.175 -0.160 -1.925 -3.796 2.894 14 I_DA13:DT280_J I 13 ? J 280 ? 20 1 1 I DT 18 1_555 J DA 135 1_555 -0.063 -0.099 -0.199 -1.225 -6.369 -0.315 15 I_DT14:DA279_J I 14 ? J 279 ? 20 1 1 I DC 19 1_555 J DG 134 1_555 0.206 -0.130 -0.242 -0.897 -7.724 2.508 16 I_DC15:DG278_J I 15 ? J 278 ? 19 1 1 I DT 20 1_555 J DA 133 1_555 -0.064 -0.085 -0.216 1.224 -11.273 0.670 17 I_DT16:DA277_J I 16 ? J 277 ? 20 1 1 I DG 21 1_555 J DC 132 1_555 -0.203 -0.142 -0.163 -3.131 -13.674 1.295 18 I_DG17:DC276_J I 17 ? J 276 ? 19 1 1 I DA 22 1_555 J DT 131 1_555 0.029 -0.111 -0.345 -9.084 -14.860 2.236 19 I_DA18:DT275_J I 18 ? J 275 ? 20 1 1 I DC 23 1_555 J DG 130 1_555 0.109 -0.131 -0.136 -10.616 -10.562 1.635 20 I_DC19:DG274_J I 19 ? J 274 ? 19 1 1 I DA 24 1_555 J DT 129 1_555 0.061 -0.090 -0.224 -6.859 -6.451 -1.642 21 I_DA20:DT273_J I 20 ? J 273 ? 20 1 1 I DC 25 1_555 J DG 128 1_555 0.175 -0.142 -0.164 -3.206 -0.475 1.880 22 I_DC21:DG272_J I 21 ? J 272 ? 19 1 1 I DG 26 1_555 J DC 127 1_555 -0.176 -0.176 0.235 -1.903 -1.375 -0.794 23 I_DG22:DC271_J I 22 ? J 271 ? 19 1 1 I DT 27 1_555 J DA 126 1_555 0.008 -0.189 0.315 1.699 0.090 -1.846 24 I_DT23:DA270_J I 23 ? J 270 ? 20 1 1 I DG 28 1_555 J DC 125 1_555 -0.140 -0.137 0.502 6.598 -3.410 -0.573 25 I_DG24:DC269_J I 24 ? J 269 ? 19 1 1 I DC 29 1_555 J DG 124 1_555 0.167 -0.086 0.069 1.805 -8.271 1.291 26 I_DC25:DG268_J I 25 ? J 268 ? 19 1 1 I DC 30 1_555 J DG 123 1_555 0.238 -0.121 0.012 6.447 -12.779 1.219 27 I_DC26:DG267_J I 26 ? J 267 ? 19 1 1 I DT 31 1_555 J DA 122 1_555 -0.098 -0.122 -0.016 1.081 -16.127 0.750 28 I_DT27:DA266_J I 27 ? 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