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EMDB EMD-19567 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2024-03-06 2 'Structure model' 2 0 2024-09-04 3 'Structure model' 2 1 2024-10-23 # loop_ _pdbx_audit_revision_details.ordinal _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_details.data_content_type _pdbx_audit_revision_details.provider _pdbx_audit_revision_details.type _pdbx_audit_revision_details.description _pdbx_audit_revision_details.details 1 1 'Structure model' repository 'Initial release' ? ? 2 2 'Structure model' author 'Coordinate replacement' 'Atomic clashes' ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' Advisory 2 2 'Structure model' 'Atomic model' 3 2 'Structure model' 'Data collection' 4 2 'Structure model' 'Database references' 5 2 'Structure model' 'Derived calculations' 6 2 'Structure model' 'Experimental preparation' 7 2 'Structure model' 'Non-polymer description' 8 2 'Structure model' 'Polymer sequence' 9 2 'Structure model' 'Source and taxonomy' 10 2 'Structure model' 'Structure summary' 11 3 'Structure model' 'Database references' 12 3 'Structure model' 'Structure summary' # 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loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 2 'Structure model' '_chem_comp.formula' 2 2 'Structure model' '_chem_comp.formula_weight' 3 2 'Structure model' '_chem_comp.id' 4 2 'Structure model' '_chem_comp.mon_nstd_flag' 5 2 'Structure model' '_chem_comp.name' 6 2 'Structure model' '_chem_comp.type' 7 2 'Structure model' '_em_entity_assembly.entity_id_list' 8 2 'Structure model' '_em_imaging.c2_aperture_diameter' 9 2 'Structure model' '_em_vitrification.instrument' 10 2 'Structure model' '_entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code' 11 2 'Structure model' '_entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can' 12 2 'Structure model' '_entity_poly.pdbx_strand_id' 13 2 'Structure model' '_entity_src_gen.gene_src_common_name' 14 2 'Structure model' '_entity_src_gen.pdbx_end_seq_num' 15 2 'Structure model' '_entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene' 16 2 'Structure model' '_pdbx_struct_assembly.details' 17 2 'Structure model' '_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list' 18 2 'Structure model' '_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation' 19 2 'Structure model' '_struct_ref.db_code' 20 2 'Structure model' '_struct_ref.db_name' 21 2 'Structure model' '_struct_ref.pdbx_align_begin' 22 2 'Structure model' '_struct_ref.pdbx_db_accession' 23 2 'Structure model' '_struct_ref.pdbx_db_isoform' 24 2 'Structure model' '_struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code' 25 2 'Structure model' '_struct_ref_seq.db_align_beg' 26 2 'Structure model' '_struct_ref_seq.db_align_end' 27 2 'Structure model' '_struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg' 28 2 'Structure model' '_struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end' 29 2 'Structure model' '_struct_ref_seq.pdbx_db_accession' 30 2 'Structure model' '_struct_ref_seq.pdbx_strand_id' 31 2 'Structure model' '_struct_ref_seq.seq_align_beg' 32 2 'Structure model' '_struct_ref_seq.seq_align_end' 33 2 'Structure model' '_struct_sheet.number_strands' 34 3 'Structure model' '_pdbx_entry_details.has_protein_modification' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8RX0 _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2024-02-05 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details . _pdbx_database_related.db_id EMD-19567 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_contact_author.id 3 _pdbx_contact_author.email a.ciulli@dundee.ac.uk _pdbx_contact_author.name_first Alessio _pdbx_contact_author.name_last Ciulli _pdbx_contact_author.name_mi ? _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0002-8654-1670 # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Crowe, C.' 1 0000-0003-2068-8255 'Nakasone, M.A.' 2 0000-0002-1362-191X 'Ciulli, A.' 3 0000-0002-8654-1670 # 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US ? ? primary 'Sci Adv' ? ? 2375-2548 ? ? 10 ? eado6492 eado6492 'Mechanism of degrader-targeted protein ubiquitinability.' 2024 ? 10.1126/sciadv.ado6492 39392888 ? ? ? ? ? ? ? ? ? US ? ? 1 Biorxiv ? ? 2692-8205 ? ? ? ? ? ? 'Mechanism of degrader-targeted protein ubiquitinability' 2024 ? 10.1101/2024.02.05.578957 ? ? ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Crowe, C.' 1 0000-0003-2068-8255 primary 'Nakasone, M.A.' 2 0000-0002-1362-191X primary 'Chandler, S.' 3 ? primary 'Craigon, C.' 4 ? primary 'Sathe, G.' 5 0000-0002-6239-5365 primary 'Tatham, M.H.' 6 ? primary 'Makukhin, N.' 7 0000-0003-2465-0748 primary 'Hay, R.T.' 8 0000-0001-7113-9024 primary 'Ciulli, A.' 9 0000-0002-8654-1670 1 'Crowe, C.' 10 ? 1 'Nakasone, M.A.' 11 ? 1 'Chandler, S.' 12 ? 1 'Tatham, M.H.' 13 ? 1 'Makukhin, N.' 14 ? 1 'Hay, R.T.' 15 ? 1 'Ciulli, A.' 16 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Isoform B of Bromodomain-containing protein 4' 12978.103 1 ? ? ? ? 2 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;KVSEQLKCCSGILKEMFAKKHAAYAWPFYKPVDVEALGLHDYCDIIKHPMDMSTIKSKLEAREYRDAQEFGADVRLMFSN CYKYNPPDHEVVAMARKLQDVFEMRFAKMPD ; ;KVSEQLKCCSGILKEMFAKKHAAYAWPFYKPVDVEALGLHDYCDIIKHPMDMSTIKSKLEAREYRDAQEFGADVRLMFSN CYKYNPPDHEVVAMARKLQDVFEMRFAKMPD ; A ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MEAGRPRPVLRSVNSREPSQVIFCNRSPRVVLPVWLNFDGEPQPYPTLPPGTGRRIHSYRGHLWLFRDAGTHDGLLVNQT ELFVPSLNVDGQPIFANITLPVYTLKERCLQVVRSLVKPENYRRLDIVRSLYEDLEDHPNVQKDLERLTQERIAHQRMGD ; ;MEAGRPRPVLRSVNSREPSQVIFCNRSPRVVLPVWLNFDGEPQPYPTLPPGTGRRIHSYRGHLWLFRDAGTHDGLLVNQT ELFVPSLNVDGQPIFANITLPVYTLKERCLQVVRSLVKPENYRRLDIVRSLYEDLEDHPNVQKDLERLTQERIAHQRMGD ; B ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MYVKLISSDGHEFIVKREHALTSGTIKAMLSGPGQFAENETNEVNFREIPSHVLSKVCMYFTYKVRYTNSSTEIPEFPIA PEIALELLMAANFLDC ; ;MYVKLISSDGHEFIVKREHALTSGTIKAMLSGPGQFAENETNEVNFREIPSHVLSKVCMYFTYKVRYTNSSTEIPEFPIA PEIALELLMAANFLDC ; D ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MDVFLMIRRHKTTIFTDAKESSTVFELKRIVEGILKRPPDEQRLYKDDQLLDDGKTLGECGFTSQTARPQAPATVGLAFR ADDTFEALCIEPFSSPPELPDVMK ; ;MDVFLMIRRHKTTIFTDAKESSTVFELKRIVEGILKRPPDEQRLYKDDQLLDDGKTLGECGFTSQTARPQAPATVGLAFR ADDTFEALCIEPFSSPPELPDVMK ; C ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MSLKPRVVDFDETWNKLLTTIKAVVMLEYVERATWNDRFSDIYALCVAYPEPLGERLYTETKIFLENHVRHLHKRVLESE EQVLVMYHRYWEEYSKGADYMDCLYRYLNTQFIKKNKLTEADLQYGYGGVDMNEPLMEIGELALDMWRKLMVEPLQAILI RMLLREIKNDRGGEDPNQKVIHGVINSFVHVEQYKKKFPLKFYQEIFESPFLTETGEYYKQEASNLLQESNCSQYMEKVL GRLKDEEIRCRKYLHPSSYTKVIHECQQRMVADHLQFLHAECHNIIRQEKKNDMANMYVLLRAVSTGLPHMIQELQNHIH DEGLRATSNLTQENMPTLFVESVLEVHGKFVQLINTVLNGDQHFMSALDKALTSVVNYREPKSVCKAPELLAKYCDNLLK KSAKGMTENEVEDRLTSFITVFKYIDDKDVFQKFYARMLAKRLIHGLSMSMDSEEAMINKLKQACGYEFTSKLHRMYTDM SVSADLNNKFNNFIKNQDTVIDLGISFQIYVLQAGAWPLTQAPSSTFAIPQELEKSVQMFELFYSQHFSGRKLTWLHYLC TGEVKMNYLGKPYVAMVTTYQMAVLLAFNNSETVSYKELQDSTQMNEKELTKTIKSLLDVKMINHDSEKEDIDAESSFSL NMNFSSKRTKFKITTSMQKDTPQEMEQTRSAVDEDRKMYLQAAIVRIMKARKVLRHNALIQEVISQSRARFNPSISMIKK CIEVLIDKQYIERSQASADEYSYVA ; ;MSLKPRVVDFDETWNKLLTTIKAVVMLEYVERATWNDRFSDIYALCVAYPEPLGERLYTETKIFLENHVRHLHKRVLESE EQVLVMYHRYWEEYSKGADYMDCLYRYLNTQFIKKNKLTEADLQYGYGGVDMNEPLMEIGELALDMWRKLMVEPLQAILI RMLLREIKNDRGGEDPNQKVIHGVINSFVHVEQYKKKFPLKFYQEIFESPFLTETGEYYKQEASNLLQESNCSQYMEKVL GRLKDEEIRCRKYLHPSSYTKVIHECQQRMVADHLQFLHAECHNIIRQEKKNDMANMYVLLRAVSTGLPHMIQELQNHIH DEGLRATSNLTQENMPTLFVESVLEVHGKFVQLINTVLNGDQHFMSALDKALTSVVNYREPKSVCKAPELLAKYCDNLLK KSAKGMTENEVEDRLTSFITVFKYIDDKDVFQKFYARMLAKRLIHGLSMSMDSEEAMINKLKQACGYEFTSKLHRMYTDM SVSADLNNKFNNFIKNQDTVIDLGISFQIYVLQAGAWPLTQAPSSTFAIPQELEKSVQMFELFYSQHFSGRKLTWLHYLC TGEVKMNYLGKPYVAMVTTYQMAVLLAFNNSETVSYKELQDSTQMNEKELTKTIKSLLDVKMINHDSEKEDIDAESSFSL NMNFSSKRTKFKITTSMQKDTPQEMEQTRSAVDEDRKMYLQAAIVRIMKARKVLRHNALIQEVISQSRARFNPSISMIKK CIEVLIDKQYIERSQASADEYSYVA ; E ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MARPLVPSSQKALLLELKGLQEEPVEGFRVTLVDEGDLYNWEVAIFGPPNTYYEGGYFKARLKFPIDYPYSPPAFRFLTK MWHPNIYETGDVCISILHPPVDDPQSGELPSERWNPTQNVRTILLSVISLLNEPNTFSPANVDASVMYRKWKESKGKDRE YTDIIRKQVLGTKVDAERDGVKVPTTLAEYCVKTKAPAPDEGSDLFYDDYYEDGEVEEEADSCFGDDEDDSGTEES ; ;MARPLVPSSQKALLLELKGLQEEPVEGFRVTLVDEGDLYNWEVAIFGPPNTYYEGGYFKARLKFPIDYPYSPPAFRFLTK MWHPNIYETGDVCISILHPPVDDPQSGELPSERWNPTQNVRTILLSVISLLNEPNTFSPANVDASVMYRKWKESKGKDRE YTDIIRKQVLGTKVDAERDGVKVPTTLAEYCVKTKAPAPDEGSDLFYDDYYEDGEVEEEADSCFGDDEDDSGTEES ; G ? 7 'polypeptide(L)' no no SMLIKVKTLTGKEIEIDIEPTDKVERIKERVEEKEGIPPQQQRLIYSGKQMNDEKTAADYKILGGSVLHLVLALRGG SMLIKVKTLTGKEIEIDIEPTDKVERIKERVEEKEGIPPQQQRLIYSGKQMNDEKTAADYKILGGSVLHLVLALRGG N ? 8 'polypeptide(L)' no no ;SHMGAGKKRFEVKKWNAVALWAWDIVVDNCAICRNHIMDLCIECQANQASATSEECTVAWGVCNHAFHFHCISRWLKTRQ VCPLDNREWEFQKYGH ; ;SHMGAGKKRFEVKKWNAVALWAWDIVVDNCAICRNHIMDLCIECQANQASATSEECTVAWGVCNHAFHFHCISRWLKTRQ VCPLDNREWEFQKYGH ; R ? 9 'polypeptide(L)' no no MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG U ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 10 ;(2~{S},4~{R})-1-[(2~{S})-2-[2-[2-[2-[2-[2-[(9~{S})-7-(4-chlorophenyl)-4,5,13-trimethyl-3-thia-1,8,11,12-tetrazatricyclo[8.3.0.0^{2,6}]trideca-2(6),4,7,10,12-pentaen-9-yl]ethanoylamino]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethanoylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-~{N}-[[4-(4-methyl-2,3-dihydro-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide ; 759 11 'ZINC ION' ZN # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 LYS n 1 2 VAL n 1 3 SER n 1 4 GLU n 1 5 GLN n 1 6 LEU n 1 7 LYS n 1 8 CYS n 1 9 CYS n 1 10 SER n 1 11 GLY n 1 12 ILE n 1 13 LEU n 1 14 LYS n 1 15 GLU n 1 16 MET n 1 17 PHE n 1 18 ALA n 1 19 LYS n 1 20 LYS n 1 21 HIS n 1 22 ALA n 1 23 ALA n 1 24 TYR n 1 25 ALA n 1 26 TRP n 1 27 PRO n 1 28 PHE n 1 29 TYR n 1 30 LYS n 1 31 PRO n 1 32 VAL n 1 33 ASP n 1 34 VAL n 1 35 GLU n 1 36 ALA n 1 37 LEU n 1 38 GLY n 1 39 LEU n 1 40 HIS n 1 41 ASP n 1 42 TYR n 1 43 CYS n 1 44 ASP n 1 45 ILE n 1 46 ILE n 1 47 LYS n 1 48 HIS n 1 49 PRO n 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