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EMDB EMD-40968 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2024-06-12 2 'Structure model' 1 1 2024-07-17 3 'Structure model' 1 2 2024-08-07 4 'Structure model' 1 3 2024-10-16 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Data collection' 2 2 'Structure model' 'Database references' 3 3 'Structure model' 'Data collection' 4 3 'Structure model' 'Database references' 5 4 'Structure model' 'Data collection' 6 4 'Structure model' 'Structure summary' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 2 'Structure model' citation 2 2 'Structure model' citation_author 3 2 'Structure model' em_admin 4 3 'Structure model' citation 5 3 'Structure model' em_admin 6 4 'Structure model' em_admin 7 4 'Structure model' pdbx_entry_details 8 4 'Structure model' pdbx_modification_feature # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 2 'Structure model' '_citation.country' 2 2 'Structure model' '_citation.journal_abbrev' 3 2 'Structure model' '_citation.journal_id_ASTM' 4 2 'Structure model' '_citation.journal_id_CSD' 5 2 'Structure model' '_citation.journal_id_ISSN' 6 2 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_DOI' 7 2 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_PubMed' 8 2 'Structure model' '_citation.title' 9 2 'Structure model' '_citation.year' 10 2 'Structure model' '_em_admin.last_update' 11 3 'Structure model' '_citation.journal_volume' 12 3 'Structure model' '_citation.page_first' 13 3 'Structure model' '_citation.page_last' 14 3 'Structure model' '_em_admin.last_update' 15 4 'Structure model' '_em_admin.last_update' # loop_ _database_PDB_caveat.id _database_PDB_caveat.text 1 ;Residues ILE I 1181 and HIS I 1184 are linked together in the model; however, there are residues between them in the deposited polymeric sequence ; 2 ;Residues ALA K 286 and THR K 290 are linked together in the model; however, there are residues between them in the deposited polymeric sequence. ; 3 ;Residues SER O 104 and ALA O 105 that are next to each other in the sample sequence are not properly linked: distance between C and N is 2.41. ; # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8T1I _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2023-06-02 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Atomic model of the mammalian Mediator complex with MED26 subunit' _pdbx_database_related.db_id EMD-40968 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_contact_author.id 2 _pdbx_contact_author.email casellar@mail.nih.gov _pdbx_contact_author.name_first Francisco _pdbx_contact_author.name_last Asturias _pdbx_contact_author.name_mi ? _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0002-3518-0756 # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Zhao, H.' 1 ? 'Asturias, F.' 2 ? # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Mol.Cell _citation.journal_id_ASTM MOCEFL _citation.journal_id_CSD 2168 _citation.journal_id_ISSN 1097-2765 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 84 _citation.language ? _citation.page_first 2648 _citation.page_last 2664.e10 _citation.title 'An IDR-dependent mechanism for nuclear receptor control of Mediator interaction with RNA polymerase II.' _citation.year 2024 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1016/j.molcel.2024.06.006 _citation.pdbx_database_id_PubMed 38955181 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Zhao, H.' 1 ? primary 'Li, J.' 2 ? primary 'Xiang, Y.' 3 ? primary 'Malik, S.' 4 ? primary 'Vartak, S.V.' 5 ? primary 'Veronezi, G.M.B.' 6 ? primary 'Young, N.' 7 ? primary 'Riney, M.' 8 ? primary 'Kalchschmidt, J.' 9 ? primary 'Conte, A.' 10 ? primary 'Jung, S.K.' 11 ? primary 'Ramachandran, S.' 12 ? primary 'Roeder, R.G.' 13 ? primary 'Shi, Y.' 14 ? primary 'Casellas, R.' 15 ? primary 'Asturias, F.J.' 16 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat 'Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1' 167354.859 1 ? ? ? ? 2 polymer nat 'Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 4' 29817.475 1 ? ? ? ? 3 polymer nat 'Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6' 28473.553 1 ? ? ? ? 4 polymer nat 'Mediator of RNA polymerase 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'Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 31' 15792.077 1 ? ? ? ? 27 polymer nat 'Unknown Peptide' 1720.111 1 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 ;Mediator complex subunit 1,Peroxisome proliferator-activated receptor-binding protein,PBP,PPAR-binding protein,Thyroid hormone receptor-associated protein complex 220 kDa component,Trap220,Thyroid receptor-interacting protein 2,TR-interacting protein 2,TRIP-2 ; 2 'Mediator complex subunit 4' 3 'Mediator complex subunit 6' 4 'Cofactor required for Sp1 transcriptional activation subunit 9,CRSP complex subunit 9,Mediator complex subunit 7' 5 'Activator-recruited cofactor 32 kDa component,ARC32,Mediator complex subunit 8' 6 'Mediator complex subunit 9' 7 'Mediator complex subunit 10' 8 'Mediator complex subunit 11' 9 ;Cofactor required for Sp1 transcriptional activation subunit 2,CRSP complex subunit 2,Mediator complex subunit 14,Thyroid hormone receptor-associated protein complex 170 kDa component,Trap170 ; 10 'Mediator complex subunit 15,Positive cofactor 2 glutamine/Q-rich-associated protein,PC2 glutamine/Q-rich-associated protein,mPcqap' 11 ;Mediator complex subunit 16,Thyroid hormone receptor-associated protein 5,Thyroid hormone receptor-associated protein complex 95 kDa component,Trap95,Vitamin D3 receptor-interacting protein complex 92 kDa component,DRIP92 ; 12 ;Cofactor required for Sp1 transcriptional activation subunit 6,CRSP complex subunit 6,Mediator complex subunit 17,Thyroid hormone receptor-associated protein complex 80 kDa component ; 13 'Mediator complex subunit 18' 14 'Mediator complex subunit 19' 15 'Mediator complex subunit 20,TRF-proximal protein homolog' 16 'Mediator complex subunit 21,RNA polymerase II holoenzyme component SRB7,RNAPII complex component SRB7' 17 'Mediator complex subunit 22,Surfeit locus protein 5,Surf-5' 18 ;Cofactor required for Sp1 transcriptional activation subunit 3,CRSP complex subunit 3,Mediator complex subunit 23,Protein sur-2 homolog,mSur-2 ; 19 ;Mediator complex subunit 24,Thyroid hormone receptor-associated protein 4,Thyroid hormone receptor-associated protein complex 100 kDa component,Trap100,mTRAP100 ; 20 'Mediator complex subunit 25,mMED25' 21 'Cofactor required for Sp1 transcriptional activation subunit 7,CRSP complex subunit 7,Mediator complex subunit 26' 22 'Cofactor required for Sp1 transcriptional activation subunit 8,CRSP complex subunit 8,Mediator complex subunit 27' 23 'Mediator complex subunit 28' 24 'Intersex-like protein,Mediator complex subunit 29' 25 ;Mediator complex subunit 30,Thyroid hormone receptor-associated protein 6,Thyroid hormone receptor-associated protein complex 25 kDa component,Trap25 ; 26 'Mediator complex subunit 31,Mediator complex subunit SOH1' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id 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IEMIQNCLASLPDDLPHSEAGMRVKAEPMDTDDNSNCPGQNEQQRESSGHRRDQIIEKDAALCVLIDEMNERP ; D ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MQREEKQLEASLDALLNQVADLKNSLGSFIYKLENEYDRLTWPSVLDSFALLSGQLNTLNKVLKHEKTPLFRNQVIIPLV LSPDRDEDLMRQTEGRVPVFSHEVVPDHLRTKPDPEVEEQEKQLTTDAARIGADAAQKQIQSLNKMCSNLLEKISKEERE SESGGLRPNKQTFNPGDTNALVAAVAFGKGLSNWRPSGSSGPGQPGQPGAGTILAGASGLPQVQMPGAPNQQQPMLSGVQ MAQAGQPGKMPSGIKTNIKSASMHPYQR ; ;MQREEKQLEASLDALLNQVADLKNSLGSFIYKLENEYDRLTWPSVLDSFALLSGQLNTLNKVLKHEKTPLFRNQVIIPLV LSPDRDEDLMRQTEGRVPVFSHEVVPDHLRTKPDPEVEEQEKQLTTDAARIGADAAQKQIQSLNKMCSNLLEKISKEERE SESGGLRPNKQTFNPGDTNALVAAVAFGKGLSNWRPSGSSGPGQPGQPGAGTILAGASGLPQVQMPGAPNQQQPMLSGVQ MAQAGQPGKMPSGIKTNIKSASMHPYQR ; E ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MASSGVAGGRQAEDTLQPPPELLPESKPPPPPQPLPVAALPPPAAPRPQSPAGAKEENYSFLPLVHNVIKCMDKDSPDLH QDLNALKTKFQELRKLIGTMPGIHVSPEQQQQQLHSLREQVRTKNELLQKYKSLCMFEIPKD ; ;MASSGVAGGRQAEDTLQPPPELLPESKPPPPPQPLPVAALPPPAAPRPQSPAGAKEENYSFLPLVHNVIKCMDKDSPDLH QDLNALKTKFQELRKLIGTMPGIHVSPEQQQQQLHSLREQVRTKNELLQKYKSLCMFEIPKD ; F ? 7 'polypeptide(L)' 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15 ;MGVTCVSQMPVAEGKSLQQTVELLTKKLEMLGAEKQGTFCVDCETYHTAASTLGSQGQAGKLMYVMHNSEYPLSCFALFE NGPCLIADTNFDVLMVKLKGFFQSAKASKIETRGTRYQYCDFLVKVGTVTMGPSARGISVEVEYGPCVVASDCWSLLLEF LQSFLGSHAPGAPTVFGNRHDAVYGPADTMIQYMELFNKIRKQQQVPVAGIR ; 1 16 UNP MED21_MOUSE Q9CQ39 ? 16 ;MADRLTQLQDAVNSLADQFCNAIGVLQQCGPPASFSNIQTAINKDQPANPTEEYAQLFAALIARTAKDIDVLIDSLPSEE STAALQAASLYKLEEENHEAATCLEDVVYRGDMLLEKIQSALADIAQSQLKTRSVTHSHSLPDS ; 1 17 UNP MED22_MOUSE Q62276 ? 17 ;MAQQRALPQSKETLLQSYNKRLKDDIKSIMDNFTEIIKTAKIEDETQVSRATQGEQDNYEMHVRAANIVRAGESLMKLVS DLKQFLILNDFPSVNEAIDQRNQQLRALQEECDRKLITLRDEVSIDLYELEEEYYSSSSSLCEANDLPLCEAYWRLDLDA DSADGLSAPLLASPETGAGPLQSAAPVHSHGGGPGPTEHT ; 1 18 UNP MED23_MOUSE Q80YQ2 ? 18 ;METQLQSIFEEVVKTEIIEEAFPGMFMDTPEDEKTKLISCLAAFRQFWSGLSQESHEQCVQWIVKFIHGQHSPKRISFLY DCLAMAVETGLLPPRMVCESLINSDSLEWERTQLWALTFKLVRKIIGGVDYKGVRDLLKAILEKILTIPNTVSSAVVQQL LAAREVIAYILERNACLLPAYFAVTEIRKLYPEGKLPHWLLGNLVSDFVDTFRPTARINSICGRCSLLPVVNNSGAICNS WKLDPATLRFPLKGLLPYDKDLFEPQTALLRYVLEQPYSRDMVCNMLGLNKQHKQRCPVLEDQLVDLVVYAMERSETEEK FDDGGTSQLLWQHLSSQLIFFVLFQFASFPHMVLSLHQKLAGRGLIKGRDHLMWVLLQFISGSIQKNALADFLPVMKLFD LLYPEKECIPVPDINKPQSTHAFAMTCIWIHLNRKAQNGDSTLQIPIPHSLKLHHEFLQQSLRNKSLQMNDYKIALLCNA YSTNSECFTLPMGALVETIYGNGIMRVPLPGTSCLASASVTPLPMNLLDSLTVHAKMSLIHSIATRVIKLAHTKSSVALA PALVETYSRLLVYMEIESLGIKGFISQLLPTVFKSHAWGILHTLLEMFSHRMHHIQPHYRVQLLSHLHTLAAVAQTNQNQ LHLCVESTALRLITALGSSEVQPQFTRFLNDPKTVLSAESEELNRALILTLARATHVTDFFTGSDSIQGTWCKDILQTIM NFTPHNWASHTLSCFPAPLQAFFKQNNVPQESRFNLKKNVEEEYRKWKSMTDENEIITQFSVQGFPPLFLCLLWKMLLET DHISQIGYKVLERIGARALVAHVRTFADFLVYEFSTSAGGQQLNKCIEILNDMVWKYNIVTLDRLILCLAMRSHEGNEAQ VCYFIIQLLLLKPNDFRNRVSDFVKENSPEHWLQSDWHTKHMSYHKKYPEKLYFEGLAEQVDPPVPIQSPYLPIYFGNVC LRFLPVFDIVIHRFLELLPVSKSLETLLDHLGGLYKFHDRPVTYLYNTLHYYEMCLRNRDHLKRKLVHAIIGSLKDNRPQ GWCLSDTYLKHAMNAREDNPWVPEDSYYCKLIGRLVDTMAGKSPGPFPNCDWRFNEFPNPAAHALHVTCVELMALAVPGK DVGNALLNVVLKSQPLVPRENITAWMNAIGLIITALPEPYWIVLHDRIVNVISSSSLTSETEWVGYPFRLFDFTACHQSY SEMSCSYTLALAHAVWHHSSIGQLSLIPKFLTEALLPVVKTEFQLLYVYHLVGPFLQRFQQERTRCMIEIGVAFYDMLLN VDQCSTHLNYMDPICDFLYHMKYMFTGDSVKEQVEKIICNLKPALKLRLRFITHISKMEPAVPPQALNSGSPAPQSNQVP ASLPVTQ ; 1 19 UNP MED24_MOUSE Q99K74 ? 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ASN 38 C 1 -12.77 2 ASP 599 I . ? ASP 599 I ASN 600 I ? ASN 600 I 1 1.90 3 ALA 286 K . ? ALA 286 K THR 290 K ? THR 290 K 1 19.89 4 LYS 502 K . ? LYS 502 K PRO 503 K ? PRO 503 K 1 -12.63 5 VAL 633 R . ? VAL 633 R ALA 634 R ? ALA 634 R 1 1.08 6 VAL 697 R . ? VAL 697 R THR 698 R ? THR 698 R 1 2.53 7 CYS 1090 R . ? CYS 1090 R ASP 1091 R ? ASP 1091 R 1 3.69 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 2 ? AA2 ? 2 ? AA3 ? 3 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 2 ? AA6 ? 6 ? AA7 ? 3 ? AA8 ? 2 ? AA9 ? 2 ? AB1 ? 4 ? AB2 ? 4 ? AB3 ? 3 ? AB4 ? 5 ? AB5 ? 2 ? AB6 ? 2 ? AB7 ? 2 ? AB8 ? 2 ? AB9 ? 2 ? AC1 ? 2 ? AC2 ? 2 ? AC3 ? 2 ? AC4 ? 2 ? AC5 ? 2 ? AC6 ? 4 ? AC7 ? 3 ? AC8 ? 2 ? AC9 ? 5 ? AD1 ? 2 ? AD2 ? 4 ? AD3 ? 2 ? AD4 ? 2 ? 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ILE I 1178 THR I 1180 AB5 1 LYS I 1367 ? LEU I 1369 ? LYS I 1367 LEU I 1369 AB5 2 ILE I 1393 ? ASP I 1395 ? ILE I 1393 ASP I 1395 AB6 1 THR I 1375 ? GLN I 1376 ? THR I 1375 GLN I 1376 AB6 2 SER I 1387 ? ILE I 1388 ? SER I 1387 ILE I 1388 AB7 1 LEU J 691 ? ASN J 693 ? LEU J 691 ASN J 693 AB7 2 ILE J 708 ? LYS J 710 ? ILE J 708 LYS J 710 AB8 1 ILE K 50 ? ILE K 52 ? ILE K 50 ILE K 52 AB8 2 HIS K 62 ? VAL K 64 ? HIS K 62 VAL K 64 AB9 1 THR K 157 ? LEU K 158 ? THR K 157 LEU K 158 AB9 2 LYS K 162 ? PRO K 163 ? LYS K 162 PRO K 163 AC1 1 VAL K 227 ? LYS K 231 ? VAL K 227 LYS K 231 AC1 2 GLU K 246 ? LEU K 251 ? GLU K 246 LEU K 251 AC2 1 SER K 292 ? TRP K 297 ? SER K 292 TRP K 297 AC2 2 ILE K 329 ? ASP K 335 ? ILE K 329 ASP K 335 AC3 1 GLU K 302 ? GLY K 303 ? GLU K 302 GLY K 303 AC3 2 MET K 323 ? ILE K 324 ? MET K 323 ILE K 324 AC4 1 GLY K 369 ? ALA K 373 ? GLY K 369 ALA K 373 AC4 2 VAL K 379 ? HIS K 383 ? VAL K 379 HIS K 383 AC5 1 HIS L 322 ? VAL L 324 ? HIS L 322 VAL L 324 AC5 2 ILE L 329 ? 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N CYS K 296 O LEU K 330 ? O LEU K 330 AC3 1 2 N GLU K 302 ? N GLU K 302 O ILE K 324 ? O ILE K 324 AC4 1 2 N LEU K 372 ? N LEU K 372 O HIS K 380 ? O HIS K 380 AC5 1 2 N ILE L 323 ? N ILE L 323 O ILE L 330 ? O ILE L 330 AC6 1 2 N HIS L 461 ? N HIS L 461 O LYS L 474 ? O LYS L 474 AC6 2 3 N VAL L 473 ? N VAL L 473 O GLN L 492 ? O GLN L 492 AC6 3 4 N LEU L 491 ? N LEU L 491 O VAL L 503 ? O VAL L 503 AC7 1 2 N VAL L 569 ? N VAL L 569 O VAL L 580 ? O VAL L 580 AC7 2 3 N ARG L 581 ? N ARG L 581 O ILE L 590 ? O ILE L 590 AC8 1 2 N MET M 19 ? N MET M 19 O ALA M 175 ? O ALA M 175 AC9 1 2 N LEU M 23 ? N LEU M 23 O LEU M 171 ? O LEU M 171 AC9 2 3 O GLU M 170 ? O GLU M 170 N VAL M 144 ? N VAL M 144 AC9 3 4 O PHE M 149 ? O PHE M 149 N VAL M 130 ? N VAL M 130 AC9 4 5 O ASP M 126 ? O ASP M 126 N VAL M 57 ? N VAL M 57 AD1 1 2 N TYR M 87 ? N TYR M 87 O CYS M 105 ? O CYS M 105 AD2 1 2 N GLN O 8 ? N GLN O 8 O ILE O 138 ? O ILE O 138 AD2 2 3 O GLY O 137 ? O GLY O 137 N GLY O 127 ? 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