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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.543 ? 13957 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 6.451 ? 1407 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.034 ? 1566 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 1680 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8T3L _struct.title 'TRPV1 in nanodisc bound with 2 LPA molecules in neighboring monomers' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8T3L _struct_keywords.text 'TRPV1, lysophosphatidic acid, MEMBRANE PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'MEMBRANE PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 2 ? F N N 3 ? G N N 2 ? H N N 4 ? I N N 3 ? 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PRO 462 C 1 2.80 # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 GLU A 391 ? ? 75.19 -12.90 2 1 ASN A 393 ? ? -166.41 114.24 3 1 LEU A 503 ? ? 76.00 -6.11 4 1 ARG A 575 ? ? -93.40 -66.00 5 1 LEU A 647 ? ? 75.74 -7.81 6 1 GLU A 648 ? ? -144.70 30.10 7 1 THR A 670 ? ? -96.22 -65.44 8 1 GLU D 391 ? ? 71.72 -7.53 9 1 LEU D 460 ? ? 53.22 73.17 10 1 SER D 510 ? ? 72.18 39.95 11 1 GLN D 533 ? ? 60.56 60.21 12 1 ARG D 575 ? ? -99.34 -64.01 13 1 TYR D 627 ? ? -99.33 35.40 14 1 MET D 644 ? ? -140.30 31.06 15 1 LEU D 647 ? ? 70.97 -2.12 16 1 GLU D 648 ? ? -146.91 20.30 17 1 GLU D 651 ? ? -146.36 16.33 18 1 PHE D 655 ? ? 60.47 66.89 19 1 THR D 670 ? ? -90.82 -65.48 20 1 GLU B 391 ? ? 74.27 -8.73 21 1 TYR B 454 ? ? -94.95 32.05 22 1 ARG B 500 ? ? 35.52 60.65 23 1 LEU B 503 ? ? 59.67 9.59 24 1 ARG B 575 ? ? -138.47 -67.69 25 1 ASP B 576 ? ? -107.57 54.03 26 1 LEU B 577 ? ? -127.96 -61.66 27 1 GLU B 600 ? ? -92.33 -64.83 28 1 LEU B 647 ? ? 65.42 -3.14 29 1 GLU B 648 ? ? -141.91 16.79 30 1 ASN B 652 ? ? -69.35 91.79 31 1 TYR B 653 ? ? -168.35 -167.51 32 1 PHE B 655 ? ? 66.30 60.73 33 1 ILE B 689 ? ? -125.12 -56.01 34 1 ALA B 690 ? ? 71.98 -52.81 35 1 PHE C 429 ? ? -130.15 -30.84 36 1 SER C 502 ? ? -91.41 47.51 37 1 GLN C 533 ? ? 60.44 64.96 38 1 TYR C 627 ? ? -95.21 32.04 39 1 LEU C 647 ? ? 67.00 -4.69 40 1 GLU C 648 ? ? -141.11 27.75 41 1 PHE C 655 ? ? 61.92 66.76 # loop_ _pdbx_validate_chiral.id _pdbx_validate_chiral.PDB_model_num _pdbx_validate_chiral.auth_atom_id _pdbx_validate_chiral.label_alt_id _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id _pdbx_validate_chiral.auth_comp_id _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id _pdbx_validate_chiral.PDB_ins_code _pdbx_validate_chiral.details _pdbx_validate_chiral.omega 1 1 C18 ? A 8IJ 801 ? 'WRONG HAND' . 2 1 CAH ? C NKN 801 ? 'WRONG HAND' . # loop_ _pdbx_validate_planes.id _pdbx_validate_planes.PDB_model_num _pdbx_validate_planes.auth_comp_id _pdbx_validate_planes.auth_asym_id _pdbx_validate_planes.auth_seq_id _pdbx_validate_planes.PDB_ins_code _pdbx_validate_planes.label_alt_id _pdbx_validate_planes.rmsd _pdbx_validate_planes.type 1 1 ARG A 409 ? ? 0.243 'SIDE CHAIN' 2 1 ARG D 474 ? ? 0.093 'SIDE CHAIN' 3 1 ARG B 409 ? ? 0.213 'SIDE CHAIN' 4 1 ARG B 455 ? ? 0.087 'SIDE CHAIN' 5 1 ARG B 557 ? ? 0.128 'SIDE CHAIN' # _pdbx_entry_details.entry_id 8T3L _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest Y _pdbx_entry_details.has_protein_modification ? # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 8T3L _em_3d_fitting.method ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.details ? _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_space ? _em_3d_fitting.ref_protocol ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 8T3L _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.resolution 3.6 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 7916 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 7.5 # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.source RECOMBINANT _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.name 'TRPV1 in nanodisc bound with 2 LPA molecules in neighboring monomers' _em_entity_assembly.details ? _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? _em_entity_assembly.entity_id_list 1 # _em_imaging.entry_id 8T3L _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model ? _em_imaging.details ? _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.illumination_mode 'SPOT SCAN' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs ? _em_imaging.nominal_defocus_min 800 _em_imaging.nominal_defocus_max 2000 _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen ? # _em_vitrification.entry_id 8T3L _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature ? _em_vitrification.instrument ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.details ? # _em_experiment.entry_id 8T3L _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 8T3L _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A GLY 105 ? 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