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UNP O35433 SER 626 deletion ? 112 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 SER A 290 ? 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LYS C 688 SER C 711 1 ? 24 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role metalc1 metalc ? ? 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A NA 802 C GLY 643 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? ? # _struct_conn_type.id metalc _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _pdbx_struct_conn_angle.id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.value _pdbx_struct_conn_angle.value_esd 1 O ? 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C GLY 643 ? 1_555 85.4 ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 PRO 357 A . ? PRO 461 A PRO 358 A ? PRO 462 A 1 5.89 2 PRO 357 B . ? PRO 461 D PRO 358 B ? PRO 462 D 1 -1.72 3 PRO 357 C . ? PRO 461 B PRO 358 C ? PRO 462 B 1 1.37 4 PRO 357 D . ? PRO 461 C PRO 358 D ? PRO 462 C 1 -0.87 # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 ASP A 388 ? ? -134.03 -41.93 2 1 GLU A 391 ? ? 75.05 -7.39 3 1 ASN A 393 ? ? -173.95 149.33 4 1 LEU A 460 ? ? 53.10 75.31 5 1 ARG A 500 ? ? 39.74 66.50 6 1 LEU A 503 ? ? 72.51 -5.16 7 1 TYR A 555 ? ? -68.27 5.44 8 1 LEU A 647 ? ? 69.22 -2.76 9 1 TYR A 653 ? ? -160.46 -167.54 10 1 THR A 685 ? ? 41.64 28.80 11 1 VAL A 686 ? ? -128.62 -64.19 12 1 ALA A 690 ? ? -120.18 -57.39 13 1 ASP D 388 ? ? -131.18 -32.61 14 1 GLU D 391 ? ? 75.71 -8.88 15 1 TYR D 454 ? ? -91.04 31.03 16 1 ARG D 500 ? ? 52.16 72.52 17 1 LEU D 503 ? ? 70.59 -5.44 18 1 ARG D 557 ? ? -49.85 150.30 19 1 LEU D 647 ? ? 72.27 -12.49 20 1 GLU D 648 ? ? -140.06 31.49 21 1 TYR D 653 ? ? -171.41 -175.08 22 1 MET D 682 ? ? -49.67 -17.73 23 1 VAL D 686 ? ? 72.11 -65.71 24 1 LYS D 688 ? ? -145.13 31.55 25 1 GLU B 391 ? ? 74.24 -7.08 26 1 ARG B 500 ? ? 52.52 75.38 27 1 LEU B 503 ? ? 69.38 -2.98 28 1 SER B 510 ? ? 74.48 36.80 29 1 MET B 644 ? ? -140.26 28.48 30 1 LEU B 647 ? ? 69.26 -1.57 31 1 ASP C 388 ? ? -130.45 -38.12 32 1 GLU C 391 ? ? 74.09 -7.70 33 1 SER C 404 ? ? -68.25 3.43 34 1 LEU C 503 ? ? 69.93 -4.74 35 1 GLN C 533 ? ? 61.55 60.59 36 1 ASP C 576 ? ? -143.03 -18.52 37 1 LEU C 647 ? ? 68.17 -4.26 38 1 PHE C 655 ? ? 61.61 61.36 # loop_ _pdbx_validate_chiral.id _pdbx_validate_chiral.PDB_model_num _pdbx_validate_chiral.auth_atom_id _pdbx_validate_chiral.label_alt_id _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id _pdbx_validate_chiral.auth_comp_id _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id _pdbx_validate_chiral.PDB_ins_code _pdbx_validate_chiral.details _pdbx_validate_chiral.omega 1 1 C2 ? A 85R 801 ? 'WRONG HAND' . 2 1 C3 ? A 85R 801 ? 'WRONG HAND' . 3 1 C5 ? A 85R 801 ? 'WRONG HAND' . 4 1 C6 ? A 85R 801 ? 'WRONG HAND' . 5 1 C8 ? A 85R 801 ? 'WRONG HAND' . # loop_ _pdbx_validate_planes.id _pdbx_validate_planes.PDB_model_num _pdbx_validate_planes.auth_comp_id _pdbx_validate_planes.auth_asym_id _pdbx_validate_planes.auth_seq_id _pdbx_validate_planes.PDB_ins_code _pdbx_validate_planes.label_alt_id _pdbx_validate_planes.rmsd _pdbx_validate_planes.type 1 1 ARG A 428 ? ? 0.085 'SIDE CHAIN' 2 1 ARG A 455 ? ? 0.080 'SIDE CHAIN' 3 1 ARG A 499 ? ? 0.079 'SIDE CHAIN' 4 1 ARG A 500 ? ? 0.087 'SIDE CHAIN' 5 1 ARG B 420 ? ? 0.254 'SIDE CHAIN' 6 1 ARG C 409 ? ? 0.111 'SIDE CHAIN' 7 1 ARG C 579 ? ? 0.277 'SIDE CHAIN' # _pdbx_entry_details.entry_id 8T3M _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest Y _pdbx_entry_details.has_protein_modification ? # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 8T3M _em_3d_fitting.method ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.details ? _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_space ? _em_3d_fitting.ref_protocol ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 8T3M _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.resolution 3.5 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 10602 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 7.5 # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.source RECOMBINANT _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.name 'TRPV1 in nanodisc bound with 2 LPA molecules in neighboring monomers' _em_entity_assembly.details ? _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? _em_entity_assembly.entity_id_list 1 # _em_imaging.entry_id 8T3M _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model ? _em_imaging.details ? _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.illumination_mode 'SPOT SCAN' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs ? _em_imaging.nominal_defocus_min 800 _em_imaging.nominal_defocus_max 2000 _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen ? # _em_vitrification.entry_id 8T3M _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature ? _em_vitrification.instrument ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.details ? # _em_experiment.entry_id 8T3M _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 8T3M _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A GLY 105 ? 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A ALA 100 101 1 Y 1 A LEU 205 ? A LEU 101 102 1 Y 1 A HIS 206 ? A HIS 102 103 1 Y 1 A ILE 207 ? A ILE 103 104 1 Y 1 A ALA 208 ? A ALA 104 105 1 Y 1 A ILE 209 ? A ILE 105 106 1 Y 1 A GLU 210 ? A GLU 106 107 1 Y 1 A ARG 211 ? A ARG 107 108 1 Y 1 A ARG 212 ? A ARG 108 109 1 Y 1 A ASN 213 ? A ASN 109 110 1 Y 1 A MET 214 ? A MET 110 111 1 Y 1 A THR 215 ? A THR 111 112 1 Y 1 A LEU 216 ? A LEU 112 113 1 Y 1 A VAL 217 ? A VAL 113 114 1 Y 1 A THR 218 ? A THR 114 115 1 Y 1 A LEU 219 ? A LEU 115 116 1 Y 1 A LEU 220 ? A LEU 116 117 1 Y 1 A VAL 221 ? A VAL 117 118 1 Y 1 A GLU 222 ? A GLU 118 119 1 Y 1 A ASN 223 ? A ASN 119 120 1 Y 1 A GLY 224 ? A GLY 120 121 1 Y 1 A ALA 225 ? A ALA 121 122 1 Y 1 A ASP 226 ? A ASP 122 123 1 Y 1 A VAL 227 ? A VAL 123 124 1 Y 1 A GLN 228 ? A GLN 124 125 1 Y 1 A ALA 229 ? A ALA 125 126 1 Y 1 A ALA 230 ? A ALA 126 127 1 Y 1 A ALA 231 ? A ALA 127 128 1 Y 1 A ASN 232 ? A ASN 128 129 1 Y 1 A GLY 233 ? A GLY 129 130 1 Y 1 A ASP 234 ? A ASP 130 131 1 Y 1 A PHE 235 ? A PHE 131 132 1 Y 1 A PHE 236 ? A PHE 132 133 1 Y 1 A LYS 237 ? A LYS 133 134 1 Y 1 A LYS 238 ? A LYS 134 135 1 Y 1 A THR 239 ? A THR 135 136 1 Y 1 A LYS 240 ? A LYS 136 137 1 Y 1 A GLY 241 ? A GLY 137 138 1 Y 1 A ARG 242 ? A ARG 138 139 1 Y 1 A PRO 243 ? A PRO 139 140 1 Y 1 A GLY 244 ? A GLY 140 141 1 Y 1 A PHE 245 ? A PHE 141 142 1 Y 1 A TYR 246 ? A TYR 142 143 1 Y 1 A PHE 247 ? A PHE 143 144 1 Y 1 A GLY 248 ? A GLY 144 145 1 Y 1 A GLU 249 ? A GLU 145 146 1 Y 1 A LEU 250 ? A LEU 146 147 1 Y 1 A PRO 251 ? A PRO 147 148 1 Y 1 A LEU 252 ? A LEU 148 149 1 Y 1 A SER 253 ? A SER 149 150 1 Y 1 A LEU 254 ? A LEU 150 151 1 Y 1 A ALA 255 ? A ALA 151 152 1 Y 1 A ALA 256 ? A ALA 152 153 1 Y 1 A CYS 257 ? A CYS 153 154 1 Y 1 A THR 258 ? A THR 154 155 1 Y 1 A ASN 259 ? A ASN 155 156 1 Y 1 A GLN 260 ? A GLN 156 157 1 Y 1 A LEU 261 ? A LEU 157 158 1 Y 1 A ALA 262 ? A ALA 158 159 1 Y 1 A ILE 263 ? A ILE 159 160 1 Y 1 A VAL 264 ? A VAL 160 161 1 Y 1 A LYS 265 ? A LYS 161 162 1 Y 1 A PHE 266 ? 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