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CB 8 NAG 1 605 741 NAG NAG E . # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 8TL2 _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 8TL2 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8TL2 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 8TL2 _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 18683 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.588 ? 25374 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 4.810 ? 2898 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.043 ? 3109 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 3121 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8TL2 _struct.title 'CRYO-EM STRUCTURE OF HIV-1 BG505DS-SOSIP.664 ENV TRIMER BOUND TO DJ85-c.01 FAB' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8TL2 _struct_keywords.text ;broadly neutralizing antibody, fusion peptide, HIV-1, glycoprotein, viral protein, FP-targeting vaccines, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex ; _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 4 ? I N N 3 ? 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UNP Q2N0S5 ? ? insertion 512 17 3 8TL2 ARG C 481 ? UNP Q2N0S5 ? ? insertion 513 18 4 8TL2 PRO D 48 ? UNP Q2N0S5 ILE 556 'engineered mutation' 559 19 4 8TL2 CYS D 94 ? UNP Q2N0S5 THR 602 'engineered mutation' 605 20 5 8TL2 CYS E 171 ? UNP Q2N0S5 ILE 200 'engineered mutation' 201 21 5 8TL2 ASN E 301 ? UNP Q2N0S5 THR 330 'engineered mutation' 332 22 5 8TL2 CYS E 401 ? UNP Q2N0S5 ALA 430 'engineered mutation' 433 23 5 8TL2 CYS E 469 ? UNP Q2N0S5 ALA 498 'engineered mutation' 501 24 5 8TL2 ARG E 477 ? UNP Q2N0S5 GLU 506 'engineered mutation' 509 25 5 8TL2 ARG E 478 ? UNP Q2N0S5 LYS 507 'engineered mutation' 510 26 5 8TL2 ARG E 480 ? UNP Q2N0S5 ? ? insertion 512 27 5 8TL2 ARG E 481 ? UNP Q2N0S5 ? ? insertion 513 28 6 8TL2 PRO F 48 ? UNP Q2N0S5 ILE 556 'engineered mutation' 559 29 6 8TL2 CYS F 94 ? UNP Q2N0S5 THR 602 'engineered mutation' 605 30 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details decameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 10 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list ;A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB ; # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ASN A 68 ? 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CYS A 501 ? 1_555 CYS B 605 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 57 CYS B 87 ? CYS B 93 ? CYS B 598 ? 1_555 CYS B 604 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 58 CYS C 24 ? CYS C 44 ? CYS C 54 ? 1_555 CYS C 74 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 59 CYS C 89 ? CYS C 175 ? CYS C 119 ? 1_555 CYS C 205 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 60 CYS C 96 ? CYS C 166 ? CYS C 126 ? 1_555 CYS C 196 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 61 CYS C 101 ? CYS C 119 ? CYS C 131 ? 1_555 CYS C 157 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 62 CYS C 171 ? CYS C 401 ? CYS C 201 ? 1_555 CYS C 433 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 63 CYS C 188 ? CYS C 217 ? CYS C 218 ? 1_555 CYS C 247 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 64 CYS C 198 ? CYS C 209 ? CYS C 228 ? 1_555 CYS C 239 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 65 CYS C 266 ? CYS C 300 ? CYS C 296 ? 1_555 CYS C 331 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 66 CYS C 347 ? CYS C 413 ? CYS C 378 ? 1_555 CYS C 445 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 67 CYS C 354 ? CYS C 386 ? CYS C 385 ? 1_555 CYS C 418 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 68 CYS C 469 ? CYS D 94 ? CYS C 501 ? 1_555 CYS D 605 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 69 CYS D 87 ? CYS D 93 ? CYS D 598 ? 1_555 CYS D 604 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 70 CYS E 24 ? CYS E 44 ? CYS E 54 ? 1_555 CYS E 74 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 71 CYS E 89 ? CYS E 175 ? CYS E 119 ? 1_555 CYS E 205 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 72 CYS E 96 ? CYS E 166 ? CYS E 126 ? 1_555 CYS E 196 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 73 CYS E 101 ? CYS E 119 ? CYS E 131 ? 1_555 CYS E 157 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 74 CYS E 171 ? CYS E 401 ? CYS E 201 ? 1_555 CYS E 433 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 75 CYS E 188 ? CYS E 217 ? CYS E 218 ? 1_555 CYS E 247 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 76 CYS E 198 ? CYS E 209 ? CYS E 228 ? 1_555 CYS E 239 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 77 CYS E 266 ? CYS E 300 ? CYS E 296 ? 1_555 CYS E 331 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 78 CYS E 347 ? CYS E 413 ? CYS E 378 ? 1_555 CYS E 445 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 79 CYS E 354 ? CYS E 386 ? CYS E 385 ? 1_555 CYS E 418 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 80 CYS E 469 ? CYS F 94 ? CYS E 501 ? 1_555 CYS F 605 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 81 CYS F 87 ? CYS F 93 ? CYS F 598 ? 1_555 CYS F 604 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 82 CYS G 22 ? CYS G 97 ? CYS G 22 ? 1_555 CYS G 92 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 83 CYS H 23 ? CYS H 88 ? CYS H 23 ? 1_555 CYS H 88 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 84 CYS I 22 ? CYS I 97 ? CYS K 22 ? 1_555 CYS K 92 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 85 CYS J 23 ? CYS J 88 ? CYS L 23 ? 1_555 CYS L 88 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 SER 7 H . ? SER 7 H PRO 8 H ? PRO 8 H 1 -3.39 2 TYR 94 H . ? TYR 94 H PRO 95 H ? PRO 95 H 1 -5.72 3 SER 7 J . ? SER 7 L PRO 8 J ? PRO 8 L 1 -3.83 4 TYR 94 J . ? TYR 94 L PRO 95 J ? 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AE1 ? 4 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA2 4 5 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA4 4 5 ? anti-parallel AA5 1 2 ? parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA6 4 5 ? anti-parallel AA6 5 6 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA7 4 5 ? parallel AA7 5 6 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA9 1 2 ? parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? anti-parallel AA9 4 5 ? anti-parallel AB1 1 2 ? parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB1 3 4 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB3 3 4 ? anti-parallel AB3 4 5 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB6 3 4 ? anti-parallel AB6 4 5 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB7 2 3 ? anti-parallel AB7 3 4 ? anti-parallel AB7 4 5 ? anti-parallel AB7 5 6 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB8 2 3 ? anti-parallel AB8 3 4 ? anti-parallel AB8 4 5 ? parallel AB8 5 6 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC1 2 3 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC2 2 3 ? anti-parallel AC2 3 4 ? anti-parallel AC2 4 5 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC5 2 3 ? anti-parallel AC5 3 4 ? anti-parallel AC5 4 5 ? anti-parallel AC6 1 2 ? parallel AC6 2 3 ? anti-parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC7 2 3 ? anti-parallel AC7 3 4 ? anti-parallel AC7 4 5 ? anti-parallel AC7 5 6 ? anti-parallel AC8 1 2 ? anti-parallel AC8 2 3 ? anti-parallel AC8 3 4 ? anti-parallel AC8 4 5 ? parallel AC8 5 6 ? anti-parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AD1 1 2 ? parallel AD1 2 3 ? anti-parallel AD1 3 4 ? anti-parallel AD1 4 5 ? anti-parallel AD2 1 2 ? parallel AD2 2 3 ? anti-parallel AD2 3 4 ? anti-parallel AD3 1 2 ? anti-parallel AD3 2 3 ? anti-parallel AD3 3 4 ? anti-parallel AD4 1 2 ? anti-parallel AD4 2 3 ? anti-parallel AD4 3 4 ? anti-parallel AD5 1 2 ? parallel AD5 2 3 ? anti-parallel AD5 3 4 ? anti-parallel AD5 4 5 ? anti-parallel AD5 5 6 ? anti-parallel AD6 1 2 ? parallel AD6 2 3 ? anti-parallel AD6 3 4 ? anti-parallel AD7 1 2 ? anti-parallel AD7 2 3 ? anti-parallel AD7 3 4 ? anti-parallel AD8 1 2 ? anti-parallel AD8 2 3 ? anti-parallel AD8 3 4 ? anti-parallel AD9 1 2 ? parallel AD9 2 3 ? anti-parallel AD9 3 4 ? anti-parallel AD9 4 5 ? anti-parallel AD9 5 6 ? anti-parallel AE1 1 2 ? parallel AE1 2 3 ? anti-parallel AE1 3 4 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 GLY A 463 ? 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