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QB 8 NAG 1 701 701 NAG NAG X . RB 8 NAG 1 702 705 NAG NAG X . SB 8 NAG 1 701 707 NAG NAG Y . TB 8 NAG 1 702 708 NAG NAG Y . # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_alt_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id 1 1 Y 1 B VAL 31 ? CG1 ? A VAL 30 CG1 2 1 Y 1 B VAL 31 ? CG2 ? A VAL 30 CG2 3 1 Y 1 B ASN 108 ? CG ? A ASN 107 CG 4 1 Y 1 B ASN 108 ? OD1 ? A ASN 107 OD1 5 1 Y 1 B ASN 108 ? ND2 ? A ASN 107 ND2 6 1 Y 1 J ASN 108 ? CG ? D ASN 107 CG 7 1 Y 1 J ASN 108 ? OD1 ? D ASN 107 OD1 8 1 Y 1 J ASN 108 ? ND2 ? D ASN 107 ND2 9 1 Y 1 H ASN 108 ? CG ? F ASN 107 CG 10 1 Y 1 H ASN 108 ? OD1 ? F ASN 107 OD1 11 1 Y 1 H ASN 108 ? ND2 ? F ASN 107 ND2 12 1 N 1 R NAG 1 ? O1 ? U NAG 1 O1 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 8TNU _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 8TNU _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8TNU _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 8TNU _struct.title 'Cryo-EM structure of TRNM-b*01 Fab in complex with HIV-1 Env trimer BG505.DS SOSIP' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8TNU _struct_keywords.text 'Antibody, Vaccination, VIRAL PROTEIN, IMMUNE SYSTEM, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 1 ? E N N 2 ? F N N 1 ? G N N 2 ? H N N 4 ? I N N 4 ? J N N 4 ? K N N 3 ? L N N 3 ? M N N 5 ? N N N 5 ? O N N 5 ? P N N 5 ? Q N N 5 ? R N N 5 ? S N N 5 ? T N N 5 ? U N N 6 ? V N N 5 ? W N N 5 ? X N N 5 ? Y N N 5 ? Z N N 6 ? AA N N 7 ? BA N N 5 ? CA N N 5 ? DA N N 7 ? EA N N 5 ? FA N N 5 ? GA N N 7 ? HA N N 5 ? IA N N 7 ? JA N N 8 ? KA N N 8 ? LA N N 8 ? MA N N 8 ? NA N N 8 ? OA N N 8 ? PA N N 8 ? QA N N 8 ? RA N N 8 ? SA N N 8 ? TA N N 8 ? UA N N 8 ? VA N N 8 ? WA N N 8 ? XA N N 8 ? YA N N 8 ? ZA N N 8 ? AB N N 8 ? BB N N 8 ? CB N N 8 ? DB N N 8 ? EB N N 8 ? FB N N 8 ? GB N N 8 ? HB N N 8 ? IB N N 8 ? JB N N 8 ? KB N N 8 ? LB N N 8 ? MB N N 8 ? NB N N 8 ? OB N N 8 ? PB N N 8 ? QB N N 8 ? RB N N 8 ? SB N N 8 ? TB N N 8 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 PDB 8TNU 8TNU ? 1 ? 1 2 PDB 8TNU 8TNU ? 2 ? 1 3 UNP Q2N0S5_9HIV1 Q2N0S5 ? 3 ;AVGIGAVFLGFLGAAGSTMGAASMTLTVQARNLLSGIVQQQSNLLRAIEAQQHLLKLTVWGIKQLQARVLAVERYLRDQQ LLGIWGCSGKLICTTNVPWNSSWSNRNLSEIWDNMTWLQWDKEISNYTQIIYGLLEESQNQQEKNEQDLLALD ; 509 4 UNP Q2N0S5_9HIV1 Q2N0S5 ? 4 ;AENLWVTVYYGVPVWKDAETTLFCASDAKAYETEKHNVWATHACVPTDPNPQEIHLENVTEEFNMWKNNMVEQMHTDIIS LWDQSLKPCVKLTPLCVTLQCTNVTNNITDDMRGELKNCSFNMTTELRDKKQKVYSLFYRLDVVQINENQGNRSNNSNKE YRLINCNTSAITQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCKDKKFNGTGPCPSVSTVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEEEV MIRSENITNNAKNILVQFNTPVQINCTRPNNNTRKSIRIGPGQAFYATGDIIGDIRQAHCTVSKATWNETLGKVVKQLRK HFGNNTIIRFANSSGGDLEVTTHSFNCGGEFFYCNTSGLFNSTWISNTSVQGSNSTGSNDSITLPCRIKQIINMWQRIGQ AMYAPPIQGVIRCVSNITGLILTRDGGSTNSTTETFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGVAPTRAKRRVVGREKR ; 30 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8TNU B 1 ? 226 ? 8TNU 2 ? 227 ? 2 227 2 2 8TNU C 1 ? 213 ? 8TNU 1 ? 213 ? 1 213 3 3 8TNU Z 1 ? 153 ? 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UNP Q2N0S5 THR 602 conflict 605 30 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dodecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 12 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list ;A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB ; # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 THR A 88 ? 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G ASN 301 G NAG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale13 covale one ? H ASN 301 ND2 ? ? ? 1_555 NA NAG . C1 ? ? G ASN 332 G NAG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale14 covale one ? H ASN 308 ND2 ? ? ? 1_555 OA NAG . C1 ? ? G ASN 339 G NAG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale15 covale one ? H ASN 324 ND2 ? ? ? 1_555 PA NAG . C1 ? ? G ASN 355 G NAG 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale16 covale one ? H ASN 332 ND2 ? ? ? 1_555 QA NAG . C1 ? ? G ASN 363 G NAG 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale17 covale one ? H ASN 355 ND2 ? ? ? 1_555 TA NAG . C1 ? ? G ASN 386 G NAG 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale18 covale one ? H ASN 361 ND2 ? ? ? 1_555 RA NAG . C1 ? ? G ASN 392 G NAG 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale19 covale one ? H ASN 416 ND2 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? G ASN 448 Q NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale20 covale one ? I ASN 58 ND2 ? ? ? 1_555 V NAG . C1 ? ? E ASN 88 S NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale21 covale one ? I ASN 103 ND2 ? ? ? 1_555 UA NAG . C1 ? ? E ASN 133 E NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale22 covale one ? I ASN 118 ND2 ? ? ? 1_555 X NAG . C1 ? ? E ASN 156 U NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale23 covale one ? I ASN 122 ND2 ? ? ? 1_555 Y NAG . C1 ? ? E ASN 160 V NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? N-Glycosylation covale24 covale one ? I ASN 167 ND2 ? ? ? 1_555 VA NAG . C1 ? ? E ASN 197 E NAG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale25 covale one ? I ASN 204 ND2 ? ? ? 1_555 WA NAG . C1 ? ? E ASN 234 E NAG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale26 covale one ? I ASN 232 ND2 ? ? ? 1_555 Z NAG . C1 ? ? E ASN 262 W NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale27 covale one ? I ASN 246 ND2 ? ? ? 1_555 W NAG . C1 ? ? E ASN 276 T NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale28 covale one ? I ASN 265 ND2 ? ? ? 1_555 XA NAG . C1 ? ? E ASN 295 E NAG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale29 covale one ? I ASN 271 ND2 ? ? ? 1_555 YA NAG . C1 ? ? E ASN 301 E NAG 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale30 covale one ? I ASN 301 ND2 ? ? ? 1_555 ZA NAG . C1 ? ? E ASN 332 E NAG 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale31 covale one ? I ASN 308 ND2 ? ? ? 1_555 AB NAG . C1 ? ? E ASN 339 E NAG 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale32 covale one ? I ASN 324 ND2 ? ? ? 1_555 BB NAG . C1 ? ? E ASN 355 E NAG 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale33 covale one ? I ASN 332 ND2 ? ? ? 1_555 CB NAG . C1 ? ? E ASN 363 E NAG 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? N-Glycosylation covale34 covale one ? I ASN 355 ND2 ? ? ? 1_555 DB NAG . C1 ? ? E ASN 386 E NAG 610 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale35 covale one ? I ASN 361 ND2 ? ? ? 1_555 EB NAG . C1 ? ? 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J ASN 232 ND2 ? ? ? 1_555 DA NAG . C1 ? ? F ASN 262 d NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale44 covale one ? J ASN 246 ND2 ? ? ? 1_555 CA NAG . C1 ? ? F ASN 276 c NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale45 covale one ? J ASN 265 ND2 ? ? ? 1_555 EA NAG . C1 ? ? F ASN 295 e NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale46 covale one ? J ASN 271 ND2 ? ? ? 1_555 IB NAG . C1 ? ? F ASN 301 F NAG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale47 covale one ? J ASN 301 ND2 ? ? ? 1_555 JB NAG . C1 ? ? F ASN 332 F NAG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale48 covale one ? J ASN 308 ND2 ? ? ? 1_555 KB NAG . C1 ? ? F ASN 339 F NAG 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale49 covale one ? J ASN 324 ND2 ? ? ? 1_555 LB NAG . C1 ? ? F ASN 355 F NAG 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? N-Glycosylation covale50 covale one ? J ASN 332 ND2 ? ? ? 1_555 MB NAG . C1 ? ? F ASN 363 F NAG 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? 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Q NAG 1 Q NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.466 ? ? covale68 covale both ? U NAG . O4 ? ? ? 1_555 U NAG . C1 ? ? R NAG 1 R NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? ? covale69 covale both ? U NAG . O4 ? ? ? 1_555 U BMA . C1 ? ? R NAG 2 R BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? ? covale70 covale both ? U BMA . O3 ? ? ? 1_555 U MAN . C1 ? ? R BMA 3 R MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale71 covale both ? U BMA . O6 ? ? ? 1_555 U MAN . C1 ? ? R BMA 3 R MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale72 covale both ? V NAG . O4 ? ? ? 1_555 V NAG . C1 ? ? S NAG 1 S NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.464 ? ? covale73 covale both ? W NAG . O4 ? ? ? 1_555 W NAG . C1 ? ? T NAG 1 T NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? ? covale74 covale both ? X NAG . O4 ? ? ? 1_555 X NAG . C1 ? ? U NAG 1 U NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale75 covale both ? Y NAG . O4 ? ? ? 1_555 Y NAG . C1 ? ? V NAG 1 V NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? ? covale76 covale both ? Z NAG . O4 ? ? ? 1_555 Z NAG . C1 ? ? W NAG 1 W NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? ? covale77 covale both ? Z NAG . O4 ? ? ? 1_555 Z BMA . C1 ? ? W NAG 2 W BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale78 covale both ? Z BMA . O3 ? ? ? 1_555 Z MAN . C1 ? ? W BMA 3 W MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale79 covale both ? Z BMA . O6 ? ? ? 1_555 Z MAN . C1 ? ? W BMA 3 W MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale80 covale both ? AA NAG . O4 ? ? ? 1_555 AA NAG . C1 ? ? a NAG 1 a NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? ? covale81 covale both ? AA NAG . O4 ? ? ? 1_555 AA BMA . C1 ? ? a NAG 2 a BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.451 ? ? covale82 covale both ? BA NAG . O4 ? ? ? 1_555 BA NAG . C1 ? ? b NAG 1 b NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.460 ? ? covale83 covale both ? CA NAG . O4 ? ? ? 1_555 CA NAG . C1 ? ? c NAG 1 c NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? ? covale84 covale both ? DA NAG . O4 ? ? ? 1_555 DA NAG . C1 ? ? d NAG 1 d NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? ? covale85 covale both ? DA NAG . O4 ? ? ? 1_555 DA BMA . 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