data_8TPJ # _entry.id 8TPJ # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.390 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 8TPJ pdb_00008tpj 10.2210/pdb8tpj/pdb WWPDB D_1000276387 ? ? EMDB EMD-41475 ? ? # _pdbx_audit_revision_history.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_history.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_history.major_revision 1 _pdbx_audit_revision_history.minor_revision 0 _pdbx_audit_revision_history.revision_date 2024-04-17 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8TPJ _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2023-08-04 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type EMDB . EMD-41463 'other EM volume' EMDB . EMD-41434 'other EM volume' EMDB . EMD-41435 'other EM volume' EMDB . EMD-41436 'other EM volume' EMDB 'Top cylinder bound to OCP from high-resolution phycobilisome quenched by OCP (local refinement)' EMD-41475 'associated EM volume' # loop_ _pdbx_contact_author.id _pdbx_contact_author.email _pdbx_contact_author.name_first _pdbx_contact_author.name_last _pdbx_contact_author.name_mi _pdbx_contact_author.role _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 3 benedetta.mennucci@unipi.it Benedetta Mennucci ? 'principal investigator/group leader' 0000-0002-4394-0129 4 ckerfeld@lbl.gov Cheryl Kerfeld A 'principal investigator/group leader' 0000-0002-9977-8482 # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Sauer, P.V.' 1 ? 'Sutter, M.' 2 ? 'Cupellini, L.' 3 ? # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Sci Adv' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 2375-2548 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 10 _citation.language ? _citation.page_first eadk7535 _citation.page_last eadk7535 _citation.title 'Structural and quantum chemical basis for OCP-mediated quenching of phycobilisomes.' _citation.year 2024 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1126/sciadv.adk7535 _citation.pdbx_database_id_PubMed 38578996 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Sauer, P.V.' 1 0000-0001-7204-5863 primary 'Cupellini, L.' 2 0000-0003-0848-2908 primary 'Sutter, M.' 3 0000-0001-6290-4820 primary 'Bondanza, M.' 4 0000-0001-6254-3957 primary 'Dominguez Martin, M.A.' 5 0000-0002-3500-2052 primary 'Kirst, H.' 6 0000-0002-6982-4345 primary 'Bina, D.' 7 0000-0002-9259-4218 primary 'Koh, A.F.' 8 0000-0001-6682-4449 primary 'Kotecha, A.' 9 0000-0002-4480-5439 primary 'Greber, B.J.' 10 0000-0001-9379-7159 primary 'Nogales, E.' 11 0000-0001-9816-3681 primary 'Polivka, T.' 12 0000-0002-6176-0420 primary 'Mennucci, B.' 13 0000-0002-4394-0129 primary 'Kerfeld, C.A.' 14 0000-0002-9977-8482 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat 'Phycobiliprotein ApcE' 100412.703 1 ? ? ? ? 2 polymer man 'Orange carotenoid-binding protein' 34684.605 2 ? ? ? ? 3 polymer nat 'Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core' 7817.174 1 ? ? ? ? 4 polymer nat 'Allophycocyanin alpha chain' 17429.807 6 ? ? ? ? 5 polymer nat 'Allophycocyanin beta chain' 17245.629 6 ? ? ? ? 6 polymer nat 'Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG' 28938.758 4 ? ? ? ? 7 non-polymer syn "beta,beta-carotene-4,4'-dione" 564.840 1 ? ? ? ? 8 non-polymer syn PHYCOCYANOBILIN 588.694 12 ? ? ? ? 9 water nat water 18.015 2376 ? ? ? ? # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MSVKASGGSSLARPQLYQTVPVSAISQAEQQDRFLEGSELNELTAYFQSGALRLEIAETLTQNADLIVSRAANRIFTGGS PLSYLEKPVERQPALVGASSDSRNGSVTYAESNGSGGLFGGLRSVFSSTGPIPPGFRPINIARYGPSNMQKSLRDMSWFL RYTTYAIVAGDPNIIVVNTRGLKEVIENACSIDATIVAIQEMRAASADYFRNNAQAKEIVLQYFDILLSEFKAPTPANKV 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;MPFTIDSARGIFPNTLAADVVPATIARFSQLNAEDQLALIWFAYLEMGKTLTIAAPGAASMQLAENALKEIQAMGPLQQT QAMCDLANRADTPLCRTYASWSPNIKLGFWYRLGELMEQGFVAPIPAGYQLSANANAVLATIQGLESGQQITVLRNAVVD MGFTAGKDGKRIAEPVVPPQDTASRTKVSIEGVTNATVLNYMDNLNANDFDTLIELFTSDGALQPPFQRPIVGKENVLRF FREECQNLKLIPERGVTEPAEDGFTQIKVTGKVQTPWFGGNVGMNIAWRFLLNPEGKIFFVAIDLLASPKELLNFAR ; B,b ? 3 'polypeptide(L)' no no MRMFRITACVPSQTRIRTQRELQNTYFTKLVPYDNWFREQQRIMKMGGKIVKVELATGRPGTNAGLA MRMFRITACVPSQTRIRTQRELQNTYFTKLVPYDNWFREQQRIMKMGGKIVKVELATGRPGTNAGLA C ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MSIVTKSIVNADAEARYLSPGELDRIKAFVTGGAARLRIAETLTGSRETIVKQAGDRLFQKRPDIVSPGGNAYGEEMTAT CLRDMDYYLRLVTYGVVSGDVTPIEEIGLVGVREMYRSLGTPIEAVAQSVREMKEVASGLMSSDDAAEASAYFDFVIGKM S ; ;MSIVTKSIVNADAEARYLSPGELDRIKAFVTGGAARLRIAETLTGSRETIVKQAGDRLFQKRPDIVSPGGNAYGEEMTAT CLRDMDYYLRLVTYGVVSGDVTPIEEIGLVGVREMYRSLGTPIEAVAQSVREMKEVASGLMSSDDAAEASAYFDFVIGKM S ; D,F,H,J,L,N ? 5 'polypeptide(L)' no yes ;MQDAITAVINSADVQGKYLDGAAMDKLKSYFASGELRVRAASVISANAATIVKEAVAKSLLYSDVTRPGG(MEN)MYTTR RYAACIRDLDYYLRYATYAMLAGDASILDERVLNGLKETYNSLGVPISSTVQAIQAIKEVTASLVGADAGKEMGVYLDYI CSGLS ; ;MQDAITAVINSADVQGKYLDGAAMDKLKSYFASGELRVRAASVISANAATIVKEAVAKSLLYSDVTRPGGNMYTTRRYAA CIRDLDYYLRYATYAMLAGDASILDERVLNGLKETYNSLGVPISSTVQAIQAIKEVTASLVGADAGKEMGVYLDYICSGL S ; E,G,I,K,M,O ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MALPLLNYAPKSQNVRVEGYEIGSEEKPVVFTTENILSSSDMDNLIEAAYRQIFFHAFKWDREKVLESQLRNGQITVRDF VRGLLLSNTFRNSFYEKNSNYRFVEHCVQKILGRDVYSEREKIAWSIVVATKGYQGLIDDLLNSDEYLNNFGYDTVPYQR RRNLPGREAGELPFNIKSPRYDAYHRRQLGFPQIVWQNEVRRFIPQEKKLTAGNPMNFLGMARSINPAANTIPKVSAQNI NIEASVPRR ; ;MALPLLNYAPKSQNVRVEGYEIGSEEKPVVFTTENILSSSDMDNLIEAAYRQIFFHAFKWDREKVLESQLRNGQITVRDF VRGLLLSNTFRNSFYEKNSNYRFVEHCVQKILGRDVYSEREKIAWSIVVATKGYQGLIDDLLNSDEYLNNFGYDTVPYQR RRNLPGREAGELPFNIKSPRYDAYHRRQLGFPQIVWQNEVRRFIPQEKKLTAGNPMNFLGMARSINPAANTIPKVSAQNI NIEASVPRR ; P,Q,R,S ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 7 "beta,beta-carotene-4,4'-dione" 45D 8 PHYCOCYANOBILIN CYC 9 water HOH # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 SER n 1 3 VAL n 1 4 LYS n 1 5 ALA n 1 6 SER n 1 7 GLY n 1 8 GLY n 1 9 SER n 1 10 SER n 1 11 LEU n 1 12 ALA n 1 13 ARG n 1 14 PRO n 1 15 GLN n 1 16 LEU n 1 17 TYR n 1 18 GLN n 1 19 THR n 1 20 VAL n 1 21 PRO n 1 22 VAL n 1 23 SER n 1 24 ALA n 1 25 ILE n 1 26 SER n 1 27 GLN n 1 28 ALA n 1 29 GLU n 1 30 GLN n 1 31 GLN n 1 32 ASP n 1 33 ARG n 1 34 PHE n 1 35 LEU n 1 36 GLU n 1 37 GLY n 1 38 SER n 1 39 GLU n 1 40 LEU n 1 41 ASN n 1 42 GLU n 1 43 LEU n 1 44 THR n 1 45 ALA n 1 46 TYR n 1 47 PHE n 1 48 GLN n 1 49 SER n 1 50 GLY n 1 51 ALA n 1 52 LEU n 1 53 ARG n 1 54 LEU n 1 55 GLU n 1 56 ILE n 1 57 ALA n 1 58 GLU n 1 59 THR n 1 60 LEU n 1 61 THR n 1 62 GLN n 1 63 ASN n 1 64 ALA n 1 65 ASP n 1 66 LEU n 1 67 ILE n 1 68 VAL n 1 69 SER n 1 70 ARG n 1 71 ALA n 1 72 ALA n 1 73 ASN n 1 74 ARG n 1 75 ILE n 1 76 PHE n 1 77 THR n 1 78 GLY n 1 79 GLY n 1 80 SER n 1 81 PRO n 1 82 LEU n 1 83 SER n 1 84 TYR n 1 85 LEU n 1 86 GLU n 1 87 LYS n 1 88 PRO n 1 89 VAL n 1 90 GLU n 1 91 ARG n 1 92 GLN n 1 93 PRO n 1 94 ALA n 1 95 LEU n 1 96 VAL n 1 97 GLY n 1 98 ALA n 1 99 SER n 1 100 SER n 1 101 ASP n 1 102 SER n 1 103 ARG n 1 104 ASN n 1 105 GLY n 1 106 SER n 1 107 VAL n 1 108 THR n 1 109 TYR n 1 110 ALA n 1 111 GLU n 1 112 SER n 1 113 ASN n 1 114 GLY n 1 115 SER n 1 116 GLY n 1 117 GLY n 1 118 LEU n 1 119 PHE n 1 120 GLY n 1 121 GLY n 1 122 LEU n 1 123 ARG n 1 124 SER n 1 125 VAL n 1 126 PHE n 1 127 SER n 1 128 SER n 1 129 THR n 1 130 GLY n 1 131 PRO n 1 132 ILE n 1 133 PRO n 1 134 PRO n 1 135 GLY n 1 136 PHE n 1 137 ARG n 1 138 PRO n 1 139 ILE n 1 140 ASN n 1 141 ILE n 1 142 ALA n 1 143 ARG n 1 144 TYR n 1 145 GLY n 1 146 PRO n 1 147 SER n 1 148 ASN n 1 149 MET n 1 150 GLN n 1 151 LYS n 1 152 SER n 1 153 LEU n 1 154 ARG n 1 155 ASP n 1 156 MET n 1 157 SER n 1 158 TRP n 1 159 PHE n 1 160 LEU n 1 161 ARG n 1 162 TYR n 1 163 THR n 1 164 THR n 1 165 TYR n 1 166 ALA n 1 167 ILE n 1 168 VAL n 1 169 ALA n 1 170 GLY n 1 171 ASP n 1 172 PRO n 1 173 ASN n 1 174 ILE n 1 175 ILE n 1 176 VAL n 1 177 VAL n 1 178 ASN n 1 179 THR n 1 180 ARG n 1 181 GLY n 1 182 LEU n 1 183 LYS n 1 184 GLU n 1 185 VAL n 1 186 ILE n 1 187 GLU n 1 188 ASN n 1 189 ALA n 1 190 CYS n 1 191 SER n 1 192 ILE n 1 193 ASP n 1 194 ALA n 1 195 THR n 1 196 ILE n 1 197 VAL n 1 198 ALA n 1 199 ILE n 1 200 GLN n 1 201 GLU n 1 202 MET n 1 203 ARG n 1 204 ALA n 1 205 ALA n 1 206 SER n 1 207 ALA n 1 208 ASP n 1 209 TYR n 1 210 PHE n 1 211 ARG n 1 212 ASN n 1 213 ASN n 1 214 ALA n 1 215 GLN n 1 216 ALA n 1 217 LYS n 1 218 GLU n 1 219 ILE n 1 220 VAL n 1 221 LEU n 1 222 GLN n 1 223 TYR n 1 224 PHE n 1 225 ASP n 1 226 ILE n 1 227 LEU n 1 228 LEU n 1 229 SER n 1 230 GLU n 1 231 PHE n 1 232 LYS n 1 233 ALA n 1 234 PRO n 1 235 THR n 1 236 PRO n 1 237 ALA n 1 238 ASN n 1 239 LYS n 1 240 VAL n 1 241 ARG n 1 242 GLN n 1 243 GLY n 1 244 PRO n 1 245 SER n 1 246 ASN n 1 247 ASP n 1 248 ILE n 1 249 GLN n 1 250 GLY n 1 251 LEU 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