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TYR B 689 GLY B 712 1 ? 24 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 LEU 410 A . ? LEU 410 A PRO 411 A ? PRO 411 A 1 0.38 2 LEU 410 B . ? LEU 410 B PRO 411 B ? PRO 411 B 1 0.38 # _pdbx_entry_details.entry_id 8U56 _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest Y _pdbx_entry_details.has_protein_modification N # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 SER A 38 ? ? -92.06 54.12 2 1 PHE A 80 ? ? -132.41 -53.70 3 1 SER A 129 ? ? -150.78 3.65 4 1 LEU A 288 ? ? -126.04 -55.34 5 1 LYS A 405 ? ? 59.19 9.53 6 1 SER B 38 ? ? -92.02 54.21 7 1 PHE B 80 ? ? -132.51 -53.63 8 1 SER B 129 ? ? -150.79 3.67 9 1 LEU B 288 ? ? -125.97 -55.31 10 1 LYS B 405 ? ? 59.20 9.60 # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 8U56 _em_3d_fitting.method ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.details ? _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.ref_protocol 'FLEXIBLE FIT' # _em_3d_fitting_list.id 1 _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id 1 _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id . _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id . _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range . _em_3d_fitting_list.details ;A dimeric assembly was predicted with AlphaFold and then rigid body fit into the map. Subsequent refinements were performed in ISOLDE. ; _em_3d_fitting_list.chain_id ? _em_3d_fitting_list.chain_residue_range ? _em_3d_fitting_list.source_name AlphaFold _em_3d_fitting_list.type 'in silico model' _em_3d_fitting_list.accession_code Q7Z3F1 _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id 1 # _em_3d_reconstruction.entry_id 8U56 _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm 'FOURIER SPACE' _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.resolution 2.75 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 184574 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages 1 _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 7.4 # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.source RECOMBINANT _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.name 'Homodimeric complex of LYCHOS (GPR155) - transmembrane region' _em_entity_assembly.details ? _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? _em_entity_assembly.entity_id_list 1 # _em_imaging.entry_id 8U56 _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.details ? _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_min 500 _em_imaging.nominal_defocus_max 2000 _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification 105000 _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.alignment_procedure 'ZEMLIN TABLEAU' _em_imaging.c2_aperture_diameter 50.0 _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen NITROGEN # _em_vitrification.entry_id 8U56 _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature 277.15 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.details ? # _em_experiment.entry_id 8U56 _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 8U56 _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C2 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A MET 1 ? A MET 1 2 1 Y 1 A ASN 2 ? A ASN 2 3 1 Y 1 A SER 3 ? A SER 3 4 1 Y 1 A ASN 4 ? A ASN 4 5 1 Y 1 A LEU 5 ? A LEU 5 6 1 Y 1 A PRO 6 ? A PRO 6 7 1 Y 1 A ALA 7 ? A ALA 7 8 1 Y 1 A GLU 8 ? A GLU 8 9 1 Y 1 A ASN 9 ? A ASN 9 10 1 Y 1 A LEU 10 ? A LEU 10 11 1 Y 1 A THR 11 ? A THR 11 12 1 Y 1 A ILE 12 ? A ILE 12 13 1 Y 1 A ALA 13 ? A ALA 13 14 1 Y 1 A VAL 14 ? A VAL 14 15 1 Y 1 A ASN 15 ? A ASN 15 16 1 Y 1 A MET 16 ? A MET 16 17 1 Y 1 A THR 17 ? A THR 17 18 1 Y 1 A LYS 18 ? A LYS 18 19 1 Y 1 A THR 19 ? A THR 19 20 1 Y 1 A LEU 20 ? A LEU 20 21 1 Y 1 A PRO 21 ? A PRO 21 22 1 Y 1 A THR 22 ? A THR 22 23 1 Y 1 A ALA 23 ? A ALA 23 24 1 Y 1 A VAL 24 ? A VAL 24 25 1 Y 1 A THR 25 ? A THR 25 26 1 Y 1 A HIS 26 ? A HIS 26 27 1 Y 1 A GLY 27 ? A GLY 27 28 1 Y 1 A PHE 28 ? A PHE 28 29 1 Y 1 A ASN 29 ? A ASN 29 30 1 Y 1 A SER 30 ? A SER 30 31 1 Y 1 A THR 31 ? A THR 31 32 1 Y 1 A ASN 32 ? A ASN 32 33 1 Y 1 A ASP 33 ? A ASP 33 34 1 Y 1 A PRO 34 ? A PRO 34 35 1 Y 1 A PRO 35 ? A PRO 35 36 1 Y 1 A SER 36 ? A SER 36 37 1 Y 1 A ASP 195 ? A ASP 195 38 1 Y 1 A THR 196 ? A THR 196 39 1 Y 1 A GLN 197 ? A GLN 197 40 1 Y 1 A ASN 198 ? A ASN 198 41 1 Y 1 A ALA 199 ? A ALA 199 42 1 Y 1 A SER 200 ? A SER 200 43 1 Y 1 A GLN 201 ? A GLN 201 44 1 Y 1 A ASN 202 ? A ASN 202 45 1 Y 1 A GLU 475 ? A GLU 475 46 1 Y 1 A ARG 476 ? A ARG 476 47 1 Y 1 A VAL 477 ? A VAL 477 48 1 Y 1 A GLN 478 ? A GLN 478 49 1 Y 1 A ILE 479 ? A ILE 479 50 1 Y 1 A PRO 480 ? A PRO 480 51 1 Y 1 A THR 502 ? A THR 502 52 1 Y 1 A GLY 503 ? A GLY 503 53 1 Y 1 A LYS 504 ? A LYS 504 54 1 Y 1 A HIS 505 ? A HIS 505 55 1 Y 1 A ASN 506 ? A ASN 506 56 1 Y 1 A GLY 507 ? A GLY 507 57 1 Y 1 A ASP 508 ? A ASP 508 58 1 Y 1 A SER 509 ? A SER 509 59 1 Y 1 A ILE 510 ? A ILE 510 60 1 Y 1 A ASP 511 ? A ASP 511 61 1 Y 1 A GLN 544 ? A GLN 544 62 1 Y 1 A THR 545 ? A THR 545 63 1 Y 1 A ALA 546 ? A ALA 546 64 1 Y 1 A GLN 547 ? A GLN 547 65 1 Y 1 A ALA 548 ? A ALA 548 66 1 Y 1 A GLY 549 ? A GLY 549 67 1 Y 1 A SER 550 ? A SER 550 68 1 Y 1 A TYR 551 ? A TYR 551 69 1 Y 1 A GLU 552 ? A GLU 552 70 1 Y 1 A GLY 553 ? A GLY 553 71 1 Y 1 A PHE 554 ? A PHE 554 72 1 Y 1 A ASP 555 ? A ASP 555 73 1 Y 1 A GLN 556 ? A GLN 556 74 1 Y 1 A SER 557 ? A SER 557 75 1 Y 1 A GLN 558 ? A GLN 558 76 1 Y 1 A SER 559 ? A SER 559 77 1 Y 1 A HIS 560 ? A HIS 560 78 1 Y 1 A LYS 561 ? A LYS 561 79 1 Y 1 A VAL 562 ? A VAL 562 80 1 Y 1 A VAL 563 ? A VAL 563 81 1 Y 1 A GLU 564 ? A GLU 564 82 1 Y 1 A PRO 565 ? A PRO 565 83 1 Y 1 A GLY 566 ? A GLY 566 84 1 Y 1 A ASN 567 ? A ASN 567 85 1 Y 1 A THR 568 ? A THR 568 86 1 Y 1 A ALA 569 ? A ALA 569 87 1 Y 1 A PHE 570 ? A PHE 570 88 1 Y 1 A GLU 571 ? A GLU 571 89 1 Y 1 A GLU 572 ? A GLU 572 90 1 Y 1 A SER 573 ? A SER 573 91 1 Y 1 A PRO 574 ? A PRO 574 92 1 Y 1 A ALA 575 ? A ALA 575 93 1 Y 1 A PRO 576 ? A PRO 576 94 1 Y 1 A VAL 577 ? A VAL 577 95 1 Y 1 A ASN 578 ? A ASN 578 96 1 Y 1 A GLU 579 ? A GLU 579 97 1 Y 1 A PRO 580 ? A PRO 580 98 1 Y 1 A GLU 581 ? A GLU 581 99 1 Y 1 A LEU 582 ? A LEU 582 100 1 Y 1 A PHE 583 ? A PHE 583 101 1 Y 1 A THR 584 ? A THR 584 102 1 Y 1 A SER 585 ? A SER 585 103 1 Y 1 A SER 586 ? A SER 586 104 1 Y 1 A ILE 587 ? A ILE 587 105 1 Y 1 A PRO 588 ? A PRO 588 106 1 Y 1 A GLU 589 ? A GLU 589 107 1 Y 1 A THR 590 ? A THR 590 108 1 Y 1 A SER 591 ? A SER 591 109 1 Y 1 A CYS 592 ? A CYS 592 110 1 Y 1 A CYS 593 ? A CYS 593 111 1 Y 1 A SER 594 ? A SER 594 112 1 Y 1 A CYS 595 ? A CYS 595 113 1 Y 1 A SER 596 ? A SER 596 114 1 Y 1 A MET 597 ? A MET 597 115 1 Y 1 A GLY 598 ? A GLY 598 116 1 Y 1 A ASN 599 ? A ASN 599 117 1 Y 1 A GLY 600 ? A GLY 600 118 1 Y 1 A GLU 601 ? A GLU 601 119 1 Y 1 A LEU 602 ? A LEU 602 120 1 Y 1 A HIS 603 ? A HIS 603 121 1 Y 1 A CYS 604 ? A CYS 604 122 1 Y 1 A PRO 605 ? A PRO 605 123 1 Y 1 A SER 606 ? A SER 606 124 1 Y 1 A ILE 607 ? A ILE 607 125 1 Y 1 A GLU 608 ? A GLU 608 126 1 Y 1 A PRO 609 ? A PRO 609 127 1 Y 1 A ILE 610 ? A ILE 610 128 1 Y 1 A ALA 611 ? A ALA 611 129 1 Y 1 A ASN 612 ? A ASN 612 130 1 Y 1 A THR 613 ? A THR 613 131 1 Y 1 A SER 614 ? A SER 614 132 1 Y 1 A THR 615 ? A THR 615 133 1 Y 1 A SER 616 ? A SER 616 134 1 Y 1 A GLU 617 ? A GLU 617 135 1 Y 1 A PRO 618 ? A PRO 618 136 1 Y 1 A VAL 619 ? A VAL 619 137 1 Y 1 A ILE 620 ? A ILE 620 138 1 Y 1 A PRO 621 ? A PRO 621 139 1 Y 1 A SER 622 ? A SER 622 140 1 Y 1 A PHE 623 ? A PHE 623 141 1 Y 1 A GLU 624 ? A GLU 624 142 1 Y 1 A LYS 625 ? A LYS 625 143 1 Y 1 A ASN 626 ? A ASN 626 144 1 Y 1 A ASN 627 ? A ASN 627 145 1 Y 1 A HIS 628 ? A HIS 628 146 1 Y 1 A CYS 629 ? A CYS 629 147 1 Y 1 A VAL 630 ? A VAL 630 148 1 Y 1 A SER 631 ? A SER 631 149 1 Y 1 A ARG 632 ? A ARG 632 150 1 Y 1 A CYS 633 ? A CYS 633 151 1 Y 1 A ASN 634 ? A ASN 634 152 1 Y 1 A SER 635 ? A SER 635 153 1 Y 1 A GLN 636 ? A GLN 636 154 1 Y 1 A SER 637 ? A SER 637 155 1 Y 1 A CYS 638 ? A CYS 638 156 1 Y 1 A ILE 639 ? A ILE 639 157 1 Y 1 A LEU 640 ? A LEU 640 158 1 Y 1 A ALA 641 ? A ALA 641 159 1 Y 1 A GLN 642 ? A GLN 642 160 1 Y 1 A GLU 643 ? A GLU 643 161 1 Y 1 A GLU 644 ? A GLU 644 162 1 Y 1 A GLU 645 ? 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