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US ? ? primary Proc.Natl.Acad.Sci.USA PNASA6 0040 1091-6490 ? ? 121 ? e2315018121 e2315018121 'Structure and dynamics of a pentameric KCTD5/CUL3/G beta gamma E3 ubiquitin ligase complex.' 2024 ? 10.1073/pnas.2315018121 38625940 ? ? ? ? ? ? ? ? ? US ? ? 1 Proc.Natl.Acad.Sci.USA PNASA6 0040 1091-6490 ? ? ? ? ? ? 'Structure and dynamics of a pentameric KCTD5/Cullin3/G beta gamma E3 ubiquitin ligase complex' 2024 ? 10.1073/pnas.2315018121 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? US ? ? 2 Biorxiv ? ? 2692-8205 ? ? ? ? ? ? 'Structure and dynamics of a pentameric KCTD5/Cullin3/G beta gamma E3 ubiquitin ligase complex' 2023 ? 10.1101/2023.09.20.558662 ? ? ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Nguyen, D.M.' 1 0000-0002-8646-7976 primary 'Rath, D.H.' 2 0000-0003-3127-1711 primary 'Devost, D.' 3 0000-0001-5278-1062 primary 'Petrin, D.' 4 ? primary 'Rizk, R.' 5 ? primary 'Ji, A.X.' 6 ? primary 'Narayanan, N.' 7 ? primary 'Yong, D.' 8 0009-0000-6487-7467 primary 'Zhai, A.' 9 ? primary 'Kuntz, D.A.' 10 0000-0003-3584-4804 primary 'Mian, M.U.Q.' 11 0009-0002-4795-5421 primary 'Pomroy, N.C.' 12 0009-0009-1921-1709 primary 'Keszei, A.F.A.' 13 ? primary 'Benlekbir, S.' 14 ? primary 'Mazhab-Jafari, M.T.' 15 0000-0003-0207-5877 primary 'Rubinstein, J.L.' 16 0000-0003-0566-2209 primary 'Hebert, T.E.' 17 0000-0002-7079-653X primary 'Prive, G.G.' 18 0000-0002-0712-4319 1 'Nguyen, D.M.' 19 ? 1 'Rath, D.H.' 20 ? 1 'Devost, D.' 21 ? 1 'Petrin, D.' 22 ? 1 'Rizk, R.' 23 ? 1 'Ji, A.X.' 24 ? 1 'Narayanan, N.' 25 ? 1 'Yong, D.' 26 ? 1 'Zhai, A.' 27 ? 1 'Kuntz, D.A.' 28 ? 1 'Mian, M.U.Q.' 29 ? 1 'Pomroy, N.C.' 30 ? 1 'Keszei, A.F.E.' 31 ? 1 'Benlekbir, S.' 32 ? 1 'Mazhab-Jafari, M.T.' 33 ? 1 'Rubinstein, J.L.' 34 ? 1 'Hebert, T.E.' 35 ? 1 'Prive, G.G.' 36 ? 2 'Nguyen, D.M.' 37 ? 2 'Rath, D.H.' 38 ? 2 'Devost, D.' 39 ? 2 'Petrin, D.' 40 ? 2 'Rizk, R.' 41 ? 2 'Ji, A.X.' 42 ? 2 'Narayanan, N.' 43 ? 2 'Yong, D.' 44 ? 2 'Zhai, A.' 45 ? 2 'Kuntz, D.A.' 46 ? 2 'Mian, M.U.Q.' 47 ? 2 'Pomroy, N.C.' 48 ? 2 'Keszei, A.F.E.' 49 ? 2 'Benlekbir, S.' 50 ? 2 'Mazhab-Jafari, M.T.' 51 ? 2 'Rubinstein, J.L.' 52 ? 2 'Hebert, T.E.' 53 ? 2 'Prive, G.G.' 54 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1' 37416.930 5 ? ? ? ? 2 polymer man Cullin-3 44535.152 5 ? ? 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SGDTTCALWDIETGQQTTTFTGHTGDVMSLSLAPDTRLFVSGACDASAKLWDVREGMCRQTFTGHESDINAICFFPNGNA FATGSDDATCRLFDLRADQELMTYSHDNIICGITSVSFSKSGRLLLAGYDDFNCNVWDALKADRAGVLAGHDNRVSCLGV TDDGMAVATGSWDSFLKIWN ; B1,B2,B3,B4,B5 ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MSNLSKGTGSRKDTKMRIRAFPMTMDEKYVNSIWDLLKNAIQEIQRKNNSGLSFEELYRNAYTMVLHKHGEKLYTGLREV VTEHLINKVREDVLNSLNNNFLQTLNQAWNDHQTAMVMIRDILMYMDRVYVQQNNVENVYNLGLIIFRDQVVRYGCIRDH LRQTLLDMIARERKGEVVDRGAIRNACQMLMILGLEGRSVYEEDFEAPFLEMSAEFFQMESQKFLAENSASVYIKKVEAR INEEIERVMHCLDKSTEEPIVKVVERELISKHMKTIVEMENSGLVHMLKNGKTEDLGCMYKLFSRVPNGLKTMCECMSSY LREQGKALVSEEGEGKNPVDYIQGLLDLKSRFDRFLLESFNNDRLFKQTIAGDFEYFLNLN ; ;MSNLSKGTGSRKDTKMRIRAFPMTMDEKYVNSIWDLLKNAIQEIQRKNNSGLSFEELYRNAYTMVLHKHGEKLYTGLREV VTEHLINKVREDVLNSLNNNFLQTLNQAWNDHQTAMVMIRDILMYMDRVYVQQNNVENVYNLGLIIFRDQVVRYGCIRDH LRQTLLDMIARERKGEVVDRGAIRNACQMLMILGLEGRSVYEEDFEAPFLEMSAEFFQMESQKFLAENSASVYIKKVEAR INEEIERVMHCLDKSTEEPIVKVVERELISKHMKTIVEMENSGLVHMLKNGKTEDLGCMYKLFSRVPNGLKTMCECMSSY LREQGKALVSEEGEGKNPVDYIQGLLDLKSRFDRFLLESFNNDRLFKQTIAGDFEYFLNLN ; C1,C2,C3,C4,C5 ? 3 'polypeptide(L)' no no MASNNTASIAQARKLVEQLKMEANIDRIKVSKAAADLMAYCEAHAKEDPLLTPVPASENPFREKKFFSAIL MASNNTASIAQARKLVEQLKMEANIDRIKVSKAAADLMAYCEAHAKEDPLLTPVPASENPFREKKFFSAIL G1,G2,G3,G4,G5 ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MAENHCELLSPARGGIGAGLGGGLCRRCSAGLGALAQRPGSVSKWVRLNVGGTYFLTTRQTLCRDPKSFLYRLCQADPDL DSDKDETGAYLIDRDPTYFGPVLNYLRHGKLVINKDLAEEGVLEEAEFYNITSLIKLVKDKIRERDSKTSQVPVKHVYRV LQCQEEELTQMVSTMSDGWKFEQLVSIGSSYNYGNEDQAEFLCVVSKELHNTPYGTASEPSEKAKILQERGSRM ; ;MAENHCELLSPARGGIGAGLGGGLCRRCSAGLGALAQRPGSVSKWVRLNVGGTYFLTTRQTLCRDPKSFLYRLCQADPDL DSDKDETGAYLIDRDPTYFGPVLNYLRHGKLVINKDLAEEGVLEEAEFYNITSLIKLVKDKIRERDSKTSQVPVKHVYRV LQCQEEELTQMVSTMSDGWKFEQLVSIGSSYNYGNEDQAEFLCVVSKELHNTPYGTASEPSEKAKILQERGSRM ; K1,K2,K3,K4,K5 ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 SER n 1 3 GLU n 1 4 LEU n 1 5 ASP n 1 6 GLN n 1 7 LEU n 1 8 ARG n 1 9 GLN n 1 10 GLU n 1 11 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K5 . n # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8U83 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 8U83 _struct.title 'KCTD5/Cullin3/Gbeta1gamma2 Complex: State C From Composite RELION Multi-body Refinement Map' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8U83 _struct_keywords.text ;cullin family protein, proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process, complex, ubiquitin-dependent protein catabolic process, LIGASE ; _struct_keywords.pdbx_keywords LIGASE # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? 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UNP P59768 CYS 68 'engineered mutation' 68 5 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details eicosameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 20 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLU A 3 ? 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