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EMDB EMD-42685 ? ? # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type EMDB 'Cryo-EM structure of Ran bound to RCC1 and the nucleosome core particle' EMD-42685 'associated EM volume' PDB 'Atomic coordinates of the NCP-RCC1-Ran complex' 8UX1 unspecified EMDB 'Map of RCC1-Ran bound to one side of NCP, where the NCP portion of this composite map is taken from' EMD-42834 'consensus EM volume' EMDB 'Focused-refinement map of the RCC1-Ran region from the NCP-RCC1-Ran complex' EMD-42836 'focused EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8UX1 _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2023-11-08 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Huang, S.K.' 1 0000-0003-0637-4313 'Rubinstein, J.L.' 2 0000-0003-0566-2209 'Kay, L.E.' 3 0000-0002-4054-4083 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country ? _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'To Be Published' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD 0353 _citation.journal_id_ISSN ? _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume ? _citation.language ? _citation.page_first ? _citation.page_last ? _citation.title 'Cryo-EM structure of Ran bound to RCC1 and the nucleosome core particle' _citation.year ? _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI ? _citation.pdbx_database_id_PubMed ? _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Huang, S.K.' 1 0000-0003-0637-4313 primary 'Rubinstein, J.L.' 2 0000-0003-0566-2209 primary 'Kay, L.E.' 3 0000-0002-4054-4083 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 8UX1 _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 8UX1 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Histone H3' 15405.036 2 ? C110S ? ? 2 polymer man 'Histone H4' 11521.611 2 ? ? ? 'An extra isoleucine was inserted at the N-terminus following the first residue methionine' 3 polymer man 'Histone H2A' 13388.727 2 ? ? ? ? 4 polymer man 'Histone H2B' 13897.275 2 ? ? ? ;An extra glycine was left at the N-terminus as a result of TEV cleavage. An extra isoleucine (residue 3) was inserted after the initiation methionine. ; 5 polymer syn '153-bp Widom 601 DNA forward strand' 47457.234 1 ? ? ? ? 6 polymer syn '153-bp Widom 601 DNA reverse strand' 46998.945 1 ? ? ? ? 7 polymer man 'GTP-binding nuclear protein Ran' 24456.105 1 ? ? ? ? 8 polymer man 'Regulator of chromosome condensation' 44893.758 1 ? ? ? ? # _entity_name_com.entity_id 7 _entity_name_com.name 'Androgen receptor-associated protein 24,GTPase Ran,Ras-like protein TC4,Ras-related nuclear protein' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLSAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLSAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; A,E ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MITGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKR KTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;MITGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKR KTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; B,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MSGRGKGGKVKGKAKSRSNRAGLQFPVGRIHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVMEYLAAEVLELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAIRNDEELNKLLSGVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTEKKA ; ;MSGRGKGGKVKGKAKSRSNRAGLQFPVGRIHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVMEYLAAEVLELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAIRNDEELNKLLSGVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTEKKA ; C,G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;GMIPPKTSGKAAKKAGKAQKNITKTDKKKKRKRKESYAIYIYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDIFERIAAEASRL AHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSSK ; ;GMIPPKTSGKAAKKAGKAQKNITKTDKKKKRKRKESYAIYIYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDIFERIAAEASRL AHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSSK ; D,H ? 5 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT) (DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG) (DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT) (DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC) (DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG) (DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG) (DG)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCACAGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGC GTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCCAGGAT ; I ? 6 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC) (DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG) (DT)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT) (DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT) (DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA) (DA)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT) (DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCCTGGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGT CCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCTGTGAT ; J ? 7 'polypeptide(L)' no no ;MAAQGEPQVQFKLVLVGDGGTGKTTFVKRHLTGEFEKKYVATLGVEVHPLVFHTNRGPIKFNVWDTAGQEKFGGLRDGYY IQAQCAIIMFDVTSRVTYKNVPNWHRDLVRVCENIPIVLCGNKVDIKDRKVKAKSIVFHRKKNLQYYDISAKSNYNFEKP FLWLARKLIGDPNLEFVAMPALAPPEVVMDPALAAQYEHDLEVAQTTALPDEDDDL ; ;MAAQGEPQVQFKLVLVGDGGTGKTTFVKRHLTGEFEKKYVATLGVEVHPLVFHTNRGPIKFNVWDTAGQEKFGGLRDGYY IQAQCAIIMFDVTSRVTYKNVPNWHRDLVRVCENIPIVLCGNKVDIKDRKVKAKSIVFHRKKNLQYYDISAKSNYNFEKP FLWLARKLIGDPNLEFVAMPALAPPEVVMDPALAAQYEHDLEVAQTTALPDEDDDL ; K ? 8 'polypeptide(L)' no no ;SPKRIAKRRSPPADAIPKSKKVKVSHRSHSTEPGLVLTLGQGDVGQLGLGENVMERKKPALVSIPEDVVQAEAGGMHTVC LSKSGQVYSFGCNDEGALGRDTSVEGSEMVPGKVELQEKVVQVSAGDSHTAALTDDGRVFLWGSFRDNNGVIGLLEPMKK SMVPVQVQLDVPVVKVASGNDHLVMLTADGDLYTLGCGEQGQLGRVPELFANRGGRQGLERLLVPKCVMLKSRGSRGHVR FQDAFCGAYFTFAISHEGHVYGFGLSNYHQLGTPGTESCFIPQNLTSFKNSTKSWVGFSGGQHHTVCMDSEGKAYSLGRA EYGRLGLGEGAEEKSIPTLISRLPAVSSVACGASVGYAVTKDGRVFAWGMGTNYQLGTGQDEDAWSPVEMMGKQLENRVV LSVSSGGQHTVLLVKDKEQS ; ;SPKRIAKRRSPPADAIPKSKKVKVSHRSHSTEPGLVLTLGQGDVGQLGLGENVMERKKPALVSIPEDVVQAEAGGMHTVC LSKSGQVYSFGCNDEGALGRDTSVEGSEMVPGKVELQEKVVQVSAGDSHTAALTDDGRVFLWGSFRDNNGVIGLLEPMKK SMVPVQVQLDVPVVKVASGNDHLVMLTADGDLYTLGCGEQGQLGRVPELFANRGGRQGLERLLVPKCVMLKSRGSRGHVR FQDAFCGAYFTFAISHEGHVYGFGLSNYHQLGTPGTESCFIPQNLTSFKNSTKSWVGFSGGQHHTVCMDSEGKAYSLGRA EYGRLGLGEGAEEKSIPTLISRLPAVSSVACGASVGYAVTKDGRVFAWGMGTNYQLGTGQDEDAWSPVEMMGKQLENRVV LSVSSGGQHTVLLVKDKEQS ; L ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 ALA n 1 3 ARG n 1 4 THR n 1 5 LYS n 1 6 GLN n 1 7 THR n 1 8 ALA n 1 9 ARG n 1 10 LYS n 1 11 SER n 1 12 THR n 1 13 GLY n 1 14 GLY n 1 15 LYS n 1 16 ALA n 1 17 PRO n 1 18 ARG n 1 19 LYS n 1 20 GLN n 1 21 LEU n 1 22 ALA n 1 23 THR n 1 24 LYS n 1 25 ALA n 1 26 ALA n 1 27 ARG n 1 28 LYS n 1 29 SER n 1 30 ALA n 1 31 PRO n 1 32 ALA n 1 33 THR n 1 34 GLY n 1 35 GLY n 1 36 VAL n 1 37 LYS n 1 38 LYS n 1 39 PRO n 1 40 HIS n 1 41 ARG n 1 42 TYR n 1 43 ARG n 1 44 PRO n 1 45 GLY n 1 46 THR n 1 47 VAL n 1 48 ALA n 1 49 LEU n 1 50 ARG n 1 51 GLU n 1 52 ILE n 1 53 ARG n 1 54 ARG n 1 55 TYR n 1 56 GLN n 1 57 LYS n 1 58 SER n 1 59 THR n 1 60 GLU n 1 61 LEU n 1 62 LEU n 1 63 ILE n 1 64 ARG n 1 65 LYS n 1 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LYS n 2 19 ARG n 2 20 HIS n 2 21 ARG n 2 22 LYS n 2 23 VAL n 2 24 LEU n 2 25 ARG n 2 26 ASP n 2 27 ASN n 2 28 ILE n 2 29 GLN n 2 30 GLY n 2 31 ILE n 2 32 THR n 2 33 LYS n 2 34 PRO n 2 35 ALA n 2 36 ILE n 2 37 ARG n 2 38 ARG n 2 39 LEU n 2 40 ALA n 2 41 ARG n 2 42 ARG n 2 43 GLY n 2 44 GLY n 2 45 VAL n 2 46 LYS n 2 47 ARG n 2 48 ILE n 2 49 SER n 2 50 GLY n 2 51 LEU n 2 52 ILE n 2 53 TYR n 2 54 GLU n 2 55 GLU n 2 56 THR n 2 57 ARG n 2 58 GLY n 2 59 VAL n 2 60 LEU n 2 61 LYS n 2 62 VAL n 2 63 PHE n 2 64 LEU n 2 65 GLU n 2 66 ASN n 2 67 VAL n 2 68 ILE n 2 69 ARG n 2 70 ASP n 2 71 ALA n 2 72 VAL n 2 73 THR n 2 74 TYR n 2 75 THR n 2 76 GLU n 2 77 HIS n 2 78 ALA n 2 79 LYS n 2 80 ARG n 2 81 LYS n 2 82 THR n 2 83 VAL n 2 84 THR n 2 85 ALA n 2 86 MET n 2 87 ASP n 2 88 VAL n 2 89 VAL n 2 90 TYR n 2 91 ALA n 2 92 LEU n 2 93 LYS n 2 94 ARG n 2 95 GLN n 2 96 GLY n 2 97 ARG n 2 98 THR n 2 99 LEU n 2 100 TYR n 2 101 GLY n 2 102 PHE n 2 103 GLY n 2 104 GLY n 3 1 MET n 3 2 SER n 3 3 GLY n 3 4 ARG n 3 5 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n 8 397 ASN n 8 398 ARG n 8 399 VAL n 8 400 VAL n 8 401 LEU n 8 402 SER n 8 403 VAL n 8 404 SER n 8 405 SER n 8 406 GLY n 8 407 GLY n 8 408 GLN n 8 409 HIS n 8 410 THR n 8 411 VAL n 8 412 LEU n 8 413 LEU n 8 414 VAL n 8 415 LYS n 8 416 ASP n 8 417 LYS n 8 418 GLU n 8 419 GLN n 8 420 SER n # loop_ _entity_src_gen.entity_id _entity_src_gen.pdbx_src_id _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag _entity_src_gen.pdbx_seq_type _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num _entity_src_gen.gene_src_common_name _entity_src_gen.gene_src_genus _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene _entity_src_gen.gene_src_species _entity_src_gen.gene_src_strain _entity_src_gen.gene_src_tissue _entity_src_gen.gene_src_tissue_fraction _entity_src_gen.gene_src_details _entity_src_gen.pdbx_gene_src_fragment _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id _entity_src_gen.pdbx_gene_src_variant _entity_src_gen.pdbx_gene_src_cell_line _entity_src_gen.pdbx_gene_src_atcc _entity_src_gen.pdbx_gene_src_organ _entity_src_gen.pdbx_gene_src_organelle _entity_src_gen.pdbx_gene_src_cell _entity_src_gen.pdbx_gene_src_cellular_location _entity_src_gen.host_org_common_name _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id _entity_src_gen.host_org_genus _entity_src_gen.pdbx_host_org_gene _entity_src_gen.pdbx_host_org_organ _entity_src_gen.host_org_species _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue_fraction _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line _entity_src_gen.pdbx_host_org_atcc _entity_src_gen.pdbx_host_org_culture_collection _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell _entity_src_gen.pdbx_host_org_organelle _entity_src_gen.pdbx_host_org_cellular_location _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector _entity_src_gen.host_org_details _entity_src_gen.expression_system_id _entity_src_gen.plasmid_name _entity_src_gen.plasmid_details _entity_src_gen.pdbx_description 1 1 sample 'Biological sequence' 1 136 'fruit fly' ? CALMAC_LOCUS17614 ? ? ? ? ? ? 'Drosophila melanogaster' 7227 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli BL21(DE3)' 469008 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 1 sample 'Biological sequence' 1 104 'fruit fly' ? ;His4, H4, His4r, H4r, CG3379, His4:CG31611, CG31611, His4:CG33869, CG33869, His4:CG33871, CG33871, His4:CG33873, CG33873, His4:CG33875, CG33875, His4:CG33877, CG33877, His4:CG33879, CG33879, His4:CG33881, CG33881, His4:CG33883, CG33883, His4:CG33885, CG33885, His4:CG33887, CG33887, His4:CG33889, CG33889, His4:CG33891, CG33891, His4:CG33893, CG33893, His4:CG33895, CG33895, His4:CG33897, CG33897, His4:CG33899, CG33899, His4:CG33901, CG33901, His4:CG33903, CG33903, His4:CG33905, CG33905, His4:CG33907, CG33907, His4:CG33909, CG33909 ; ? ? ? ? ? ? 'Drosophila melanogaster' 7227 ? ? ? ? ? ? ? ? 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'Escherichia coli BL21(DE3)' 469008 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _pdbx_entity_src_syn.entity_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_src_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id _pdbx_entity_src_syn.details 5 1 sample 1 153 'synthetic construct' ? 32630 ? 6 1 sample 1 153 'synthetic construct' ? 32630 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP A0A653DHJ5_CALMS A0A653DHJ5 ? 1 ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLSAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; 1 2 UNP H4_DROME P84040 ? 2 ;TGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKT VTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 2 3 UNP H2A_DROME P84051 ? 3 ;MSGRGKGGKVKGKAKSRSNRAGLQFPVGRIHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVMEYLAAEVLELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAIRNDEELNKLLSGVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTEKKA ; 1 4 UNP H2B_DROME P02283 ? 4 ;MPPKTSGKAAKKAGKAQKNITKTDKKKKRKRKESYAIYIYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDIFERIAAEASRLAH YNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSSK ; 1 5 PDB 8UX1 8UX1 ? 5 ? 1 6 PDB 8UX1 8UX1 ? 6 ? 1 7 UNP RAN_HUMAN P62826 ? 7 ;MAAQGEPQVQFKLVLVGDGGTGKTTFVKRHLTGEFEKKYVATLGVEVHPLVFHTNRGPIKFNVWDTAGQEKFGGLRDGYY IQAQCAIIMFDVTSRVTYKNVPNWHRDLVRVCENIPIVLCGNKVDIKDRKVKAKSIVFHRKKNLQYYDISAKSNYNFEKP FLWLARKLIGDPNLEFVAMPALAPPEVVMDPALAAQYEHDLEVAQTTALPDEDDDL ; 1 8 UNP RCC1_HUMAN P18754 ? 8 ;SPKRIAKRRSPPADAIPKSKKVKVSHRSHSTEPGLVLTLGQGDVGQLGLGENVMERKKPALVSIPEDVVQAEAGGMHTVC LSKSGQVYSFGCNDEGALGRDTSVEGSEMVPGKVELQEKVVQVSAGDSHTAALTDDGRVFLWGSFRDNNGVIGLLEPMKK SMVPVQVQLDVPVVKVASGNDHLVMLTADGDLYTLGCGEQGQLGRVPELFANRGGRQGLERLLVPKCVMLKSRGSRGHVR FQDAFCGAYFTFAISHEGHVYGFGLSNYHQLGTPGTESCFIPQNLTSFKNSTKSWVGFSGGQHHTVCMDSEGKAYSLGRA EYGRLGLGEGAEEKSIPTLISRLPAVSSVACGASVGYAVTKDGRVFAWGMGTNYQLGTGQDEDAWSPVEMMGKQLENRVV LSVSSGGQHTVLLVKDKEQS ; 2 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8UX1 A 1 ? 136 ? 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L . n # _pdbx_contact_author.id 2 _pdbx_contact_author.email lewis.kay@utoronto.ca _pdbx_contact_author.name_first Lewis _pdbx_contact_author.name_last Kay _pdbx_contact_author.name_mi E _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0002-4054-4083 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dodecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 12 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # _pdbx_audit_revision_history.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_history.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_history.major_revision 1 _pdbx_audit_revision_history.minor_revision 0 _pdbx_audit_revision_history.revision_date 2023-11-22 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 8UX1 _em_3d_fitting.method ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.details ? _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_space ? _em_3d_fitting.ref_protocol ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 8UX1 _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details ;The composite map of the Ran-RCC1-NCP complex are made from stitching together two distinct portions from two separate maps. The Ran-RCC1 portion comes from a locally refined map of the Ran-RCC1 region on NCP, which used 401,603 particles and refined to 2.5 angstrom resolution. The NCP portion comes from a map of a 1-side bound Ran-RCC1-NCP complex, which used 199,434 particles and refined to 2.4 angstrom resolution. ; _em_3d_reconstruction.resolution 2.5 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 401603 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 7.5 # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.source RECOMBINANT _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.name 'Ran-RCC1-NCP complex' _em_entity_assembly.details ? _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? _em_entity_assembly.entity_id_list 1,2,3,4,5,6,7,8 # _em_imaging.entry_id 8UX1 _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'TFS KRIOS' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model ? _em_imaging.details ? _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs ? _em_imaging.nominal_defocus_min 1000 _em_imaging.nominal_defocus_max 2000 _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen ? # _em_vitrification.entry_id 8UX1 _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature ? _em_vitrification.instrument ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.details ? # _em_experiment.entry_id 8UX1 _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 LYS A 115 ? ? 71.23 30.45 2 1 ASN C 110 ? ? -160.62 115.26 3 1 GLU E 133 ? ? -79.15 -169.97 4 1 THR K 54 ? ? 60.02 147.03 5 1 ARG K 76 ? ? 56.82 -118.87 6 1 GLU K 113 ? ? 66.03 -138.51 7 1 LYS K 132 ? ? 78.53 -6.13 8 1 SER K 150 ? ? 65.41 -73.85 9 1 ALA K 151 ? ? 71.74 163.67 10 1 SER K 153 ? ? 173.57 -7.04 11 1 ASN K 154 ? ? 45.82 29.80 12 1 ASN K 156 ? ? 60.62 65.27 13 1 PRO K 172 ? ? -67.27 1.57 14 1 MET L 77 ? ? -140.72 27.64 15 1 ASP L 148 ? ? -100.83 -169.33 16 1 LYS L 232 ? ? 50.65 -168.38 17 1 SER L 233 ? ? -96.75 57.08 18 1 SER L 236 ? ? 65.55 -126.82 19 1 SER L 300 ? ? -174.76 138.15 20 1 GLN L 409 ? ? -142.05 15.21 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A MET 0 ? 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J -73 ? 19 1 # loop_ _ndb_struct_na_base_pair_step.model_number _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.shift _ndb_struct_na_base_pair_step.slide _ndb_struct_na_base_pair_step.rise _ndb_struct_na_base_pair_step.tilt _ndb_struct_na_base_pair_step.roll _ndb_struct_na_base_pair_step.twist _ndb_struct_na_base_pair_step.x_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.y_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_rise _ndb_struct_na_base_pair_step.inclination _ndb_struct_na_base_pair_step.tip _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_twist _ndb_struct_na_base_pair_step.step_number _ndb_struct_na_base_pair_step.step_name _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_2 1 I DA 6 1_555 J DT 148 1_555 I DG 7 1_555 J DC 147 1_555 -0.585 -0.004 3.328 -3.943 3.132 26.644 -0.825 0.221 3.355 6.720 8.460 27.107 1 II_DA-71DG-70:DC70DT71_JJ I -71 ? 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