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EMDB EMD-42774 ? ? # _pdbx_audit_revision_history.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_history.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_history.major_revision 1 _pdbx_audit_revision_history.minor_revision 0 _pdbx_audit_revision_history.revision_date 2024-09-25 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8UXQ _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2023-11-09 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type EMDB 'EMD-42690 contains the same protein complex as the current entry.' 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EMD-42692 'focused EM volume' # _pdbx_contact_author.id 3 _pdbx_contact_author.email dongyan.tan@stonybrook.edu _pdbx_contact_author.name_first Dongyan _pdbx_contact_author.name_last Tan _pdbx_contact_author.name_mi ? _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0002-6796-6745 # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Tan, D.' 1 0000-0002-6796-6745 'Sokolova, V.' 2 0000-0002-0645-7891 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country ? _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'To Be Published' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD 0353 _citation.journal_id_ISSN ? _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume ? _citation.language ? _citation.page_first ? _citation.page_last ? _citation.title 'Structure of human HP1 in complex with H2A.Z nucleosome' _citation.year ? _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI ? _citation.pdbx_database_id_PubMed ? _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Tan, D.' 1 0000-0002-6796-6745 primary 'Sokolova, V.' 2 0000-0002-0645-7891 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Chromobox protein homolog 5' 22651.398 2 ? ? ? ? 2 polymer man 'Histone H3.2' 15303.930 2 ? 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ENNKPREKSESNKRKSNFSNSADDIKSKKKREQSNDIARGFERGLEPEKIIGATDSCGDLMFLMKWKDTDEADLVLAKEA NVKCPQIVIAFYEERLTWHAYPEDAENKEKETAKS ; A,C ? 2 'polypeptide(L)' no no ;ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKT DLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; ;ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKT DLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; E,K ? 3 'polypeptide(L)' no no ;SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKT VTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKT VTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; F,L ? 4 'polypeptide(L)' no no ;AGGKAGKDSGKAKTKAVSRSQRAGLQFPVGRIHRHLKSRTTSHGRVGATAAVYSAAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKR ITPRHLQLAIRGDEELDSLIKATIAGGGVIPHIHKSLIGKKGQQKTV ; ;AGGKAGKDSGKAKTKAVSRSQRAGLQFPVGRIHRHLKSRTTSHGRVGATAAVYSAAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKR ITPRHLQLAIRGDEELDSLIKATIAGGGVIPHIHKSLIGKKGQQKTV ; G,M ? 5 'polypeptide(L)' no no 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1 120 GLY n 1 121 PHE n 1 122 GLU n 1 123 ARG n 1 124 GLY n 1 125 LEU n 1 126 GLU n 1 127 PRO n 1 128 GLU n 1 129 LYS n 1 130 ILE n 1 131 ILE n 1 132 GLY n 1 133 ALA n 1 134 THR n 1 135 ASP n 1 136 SER n 1 137 CYS n 1 138 GLY n 1 139 ASP n 1 140 LEU n 1 141 MET n 1 142 PHE n 1 143 LEU n 1 144 MET n 1 145 LYS n 1 146 TRP n 1 147 LYS n 1 148 ASP n 1 149 THR n 1 150 ASP n 1 151 GLU n 1 152 ALA n 1 153 ASP n 1 154 LEU n 1 155 VAL n 1 156 LEU n 1 157 ALA n 1 158 LYS n 1 159 GLU n 1 160 ALA n 1 161 ASN n 1 162 VAL n 1 163 LYS n 1 164 CYS n 1 165 PRO n 1 166 GLN n 1 167 ILE n 1 168 VAL n 1 169 ILE n 1 170 ALA n 1 171 PHE n 1 172 TYR n 1 173 GLU n 1 174 GLU n 1 175 ARG n 1 176 LEU n 1 177 THR n 1 178 TRP n 1 179 HIS n 1 180 ALA n 1 181 TYR n 1 182 PRO n 1 183 GLU n 1 184 ASP n 1 185 ALA n 1 186 GLU n 1 187 ASN n 1 188 LYS n 1 189 GLU n 1 190 LYS n 1 191 GLU n 1 192 THR n 1 193 ALA n 1 194 LYS n 1 195 SER n 2 1 ALA n 2 2 ARG n 2 3 THR n 2 4 LYS n 2 5 GLN n 2 6 THR n 2 7 ALA n 2 8 ARG n 2 9 LYS 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J N N 5 ? K N N 6 ? L N N 7 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP CBX5_HUMAN P45973 ? 1 ;GKKTKRTADSSSSEDEEEYVVEKVLDRRVVKGQVEYLLKWKGFSEEHNTWEPEKNLDCPELISEFMKKYKKMKEGENNKP REKSESNKRKSNFSNSADDIKSKKKREQSNDIARGFERGLEPEKIIGATDSCGDLMFLMKWKDTDEADLVLAKEANVKCP QIVIAFYEERLTWHAYPEDAENKEKETAKS ; 2 2 UNP H32_XENLA P84233 ? 2 ;ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKT DLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; 2 3 UNP H4_XENLA P62799 ? 3 ;SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKT VTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 2 4 UNP H2AZ_MOUSE P0C0S6 ? 4 ;AGGKAGKDSGKAKTKAVSRSQRAGLQFPVGRIHRHLKSRTTSHGRVGATAAVYSAAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKR ITPRHLQLAIRGDEELDSLIKATIAGGGVIPHIHKSLIGKKGQQKTV ; 2 5 UNP H2B11_XENLA P02281 ? 5 ;PEPAKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKSRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRL AHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; 2 6 PDB 8UXQ 8UXQ ? 6 ? 1 7 PDB 8UXQ 8UXQ ? 7 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8UXQ A 6 ? 195 ? P45973 2 ? 191 ? -19 170 2 1 8UXQ C 6 ? 195 ? P45973 2 ? 191 ? 151 340 3 2 8UXQ E 1 ? 135 ? P84233 2 ? 136 ? 289 423 4 3 8UXQ F 1 ? 102 ? P62799 2 ? 103 ? 408 509 5 4 8UXQ G 1 ? 127 ? P0C0S6 2 ? 128 ? 495 621 6 5 8UXQ H 1 ? 125 ? P02281 2 ? 126 ? 587 711 7 2 8UXQ K 1 ? 135 ? P84233 2 ? 136 ? 670 804 8 3 8UXQ L 1 ? 102 ? P62799 2 ? 103 ? 783 884 9 4 8UXQ M 1 ? 127 ? P0C0S6 2 ? 128 ? 870 996 10 5 8UXQ N 1 ? 125 ? P02281 2 ? 126 ? 958 1082 11 6 8UXQ I 1 ? 208 ? 8UXQ 1028 ? 1235 ? 1028 1235 12 7 8UXQ J 1 ? 208 ? 8UXQ 1124 ? 1331 ? 1124 1331 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 8UXQ GLY A 1 ? UNP P45973 ? ? 'expression tag' -24 1 1 8UXQ SER A 2 ? UNP P45973 ? ? 'expression tag' -23 2 1 8UXQ PRO A 3 ? UNP P45973 ? ? 'expression tag' -22 3 1 8UXQ GLU A 4 ? UNP P45973 ? ? 'expression tag' -21 4 1 8UXQ PHE A 5 ? UNP P45973 ? ? 'expression tag' -20 5 2 8UXQ GLY C 1 ? UNP P45973 ? ? 'expression tag' 146 6 2 8UXQ SER C 2 ? UNP P45973 ? ? 'expression tag' 147 7 2 8UXQ PRO C 3 ? UNP P45973 ? ? 'expression tag' 148 8 2 8UXQ GLU C 4 ? UNP P45973 ? ? 'expression tag' 149 9 2 8UXQ PHE C 5 ? UNP P45973 ? ? 'expression tag' 150 10 3 8UXQ ALA E 102 ? UNP P84233 GLY 103 variant 390 11 6 8UXQ THR H 32 ? UNP P02281 SER 33 conflict 618 12 7 8UXQ ALA K 102 ? UNP P84233 GLY 103 variant 771 13 10 8UXQ THR N 32 ? UNP P02281 SER 33 conflict 989 14 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 12-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 12 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 SER A 49 ? 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MET F 491 ARG F 499 1 ? 9 HELX_P HELX_P16 AB7 SER E 18 ? GLY E 24 ? SER G 512 GLY G 518 1 ? 7 HELX_P HELX_P17 AB8 VAL E 29 ? THR E 40 ? VAL G 523 THR G 534 1 ? 12 HELX_P HELX_P18 AB9 ALA E 51 ? ASN E 71 ? ALA G 545 ASN G 565 1 ? 21 HELX_P HELX_P19 AC1 THR E 82 ? GLY E 92 ? THR G 576 GLY G 586 1 ? 11 HELX_P HELX_P20 AC2 GLU E 95 ? ILE E 100 ? GLU G 589 ILE G 594 1 ? 6 HELX_P HELX_P21 AC3 ALA F 38 ? HIS F 49 ? ALA H 624 HIS H 635 1 ? 12 HELX_P HELX_P22 AC4 LYS F 57 ? LEU F 80 ? LYS H 643 LEU H 666 1 ? 24 HELX_P HELX_P23 AC5 SER F 91 ? LEU F 102 ? SER H 677 LEU H 688 1 ? 12 HELX_P HELX_P24 AC6 ALA F 107 ? THR F 122 ? ALA H 693 THR H 708 1 ? 16 HELX_P HELX_P25 AC7 THR G 45 ? LYS G 56 ? THR K 714 LYS K 725 1 ? 12 HELX_P HELX_P26 AC8 LYS G 64 ? LYS G 79 ? LYS K 733 LYS K 748 1 ? 16 HELX_P HELX_P27 AC9 SER G 86 ? CYS G 110 ? SER K 755 CYS K 779 1 ? 25 HELX_P HELX_P28 AD1 MET G 120 ? GLY G 132 ? MET K 789 GLY K 801 1 ? 13 HELX_P HELX_P29 AD2 ASP H 24 ? GLY H 28 ? ASP L 806 GLY L 810 5 ? 5 HELX_P HELX_P30 AD3 THR H 30 ? ARG H 39 ? THR L 812 ARG L 821 1 ? 10 HELX_P HELX_P31 AD4 LEU H 49 ? ALA H 76 ? LEU L 831 ALA L 858 1 ? 28 HELX_P HELX_P32 AD5 THR H 82 ? GLN H 93 ? THR L 864 GLN L 875 1 ? 12 HELX_P HELX_P33 AD6 ILE I 32 ? LYS I 37 ? ILE M 901 LYS M 906 1 ? 6 HELX_P HELX_P34 AD7 GLY I 47 ? ALA I 72 ? GLY M 916 ALA M 941 1 ? 26 HELX_P HELX_P35 AD8 ARG I 84 ? ALA I 89 ? ARG M 953 ALA M 958 5 ? 6 HELX_P HELX_P36 AD9 ASP I 93 ? SER I 98 ? ASP M 962 SER M 967 1 ? 6 HELX_P HELX_P37 AE1 ALA J 38 ? LYS J 43 ? ALA N 995 LYS N 1000 1 ? 6 HELX_P HELX_P38 AE2 ALA J 58 ? SER J 78 ? ALA N 1015 SER N 1035 1 ? 21 HELX_P HELX_P39 AE3 SER J 91 ? LEU J 102 ? SER N 1048 LEU N 1059 1 ? 12 HELX_P HELX_P40 AE4 ALA J 110 ? LYS J 120 ? ALA N 1067 LYS N 1077 1 ? 11 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role hydrog1 hydrog ? ? K DG 60 O6 ? ? ? 1_555 L DC 149 N4 ? ? I DG 1087 J DC 1272 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DG-DC PAIR' ? ? ? hydrog2 hydrog ? ? K DA 61 N6 ? ? ? 1_555 L DT 148 O2 ? ? I DA 1088 J DT 1271 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DA-DT PAIR' ? ? ? hydrog3 hydrog ? ? K DG 62 N1 ? ? ? 1_555 L DC 147 N3 ? ? I DG 1089 J DC 1270 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog4 hydrog ? ? K DG 62 N2 ? ? ? 1_555 L DC 147 O2 ? ? I DG 1089 J DC 1270 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog5 hydrog ? ? K DG 62 O6 ? ? ? 1_555 L DC 147 N4 ? ? I DG 1089 J DC 1270 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog6 hydrog ? ? K DC 64 O2 ? ? ? 1_555 L DA 144 N6 ? ? I DC 1091 J DA 1267 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DC-DA MISPAIR' ? ? ? hydrog7 hydrog ? ? K DG 67 N1 ? ? ? 1_555 L DC 142 N3 ? ? I DG 1094 J DC 1265 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog8 hydrog ? ? K DG 67 N2 ? ? ? 1_555 L DC 142 O2 ? ? I DG 1094 J DC 1265 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog9 hydrog ? ? K DG 67 O6 ? ? ? 1_555 L DC 142 N4 ? ? I DG 1094 J DC 1265 1_555 ? ? ? ? ? ? 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