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SER Z 150 ALA Z 168 1 ? 19 HELX_P HELX_P169 AS7 THR K 170 ? ARG K 191 ? THR Z 170 ARG Z 191 1 ? 22 HELX_P HELX_P170 AS8 ASN K 211 ? GLY K 227 ? 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F ADP 500 ? 1_555 140.9 ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 ASP 343 A . ? ASP 343 A TYR 344 A ? TYR 344 A 1 -5.33 2 ASP 343 B . ? ASP 343 B TYR 344 B ? TYR 344 B 1 -4.36 3 ASP 343 C . ? ASP 343 C TYR 344 C ? TYR 344 C 1 -6.11 4 ASP 343 D . ? ASP 343 D TYR 344 D ? TYR 344 D 1 -3.58 5 ASP 343 E . ? ASP 343 E TYR 344 E ? TYR 344 E 1 -4.59 6 ASP 343 F . ? ASP 343 F TYR 344 F ? TYR 344 F 1 -4.49 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 10 ? AA2 ? 10 ? AA3 ? 9 ? AA4 ? 10 ? AA5 ? 10 ? AA6 ? 10 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA1 4 5 ? parallel AA1 5 6 ? parallel AA1 6 7 ? parallel AA1 7 8 ? parallel AA1 8 9 ? parallel AA1 9 10 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? parallel AA2 3 4 ? parallel AA2 4 5 ? parallel AA2 5 6 ? parallel AA2 6 7 ? parallel AA2 7 8 ? anti-parallel AA2 8 9 ? anti-parallel AA2 9 10 ? anti-parallel AA3 1 2 ? parallel AA3 2 3 ? parallel AA3 3 4 ? parallel AA3 4 5 ? parallel AA3 5 6 ? parallel AA3 6 7 ? anti-parallel AA3 7 8 ? anti-parallel AA3 8 9 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? parallel AA4 3 4 ? parallel AA4 4 5 ? parallel AA4 5 6 ? parallel AA4 6 7 ? parallel AA4 7 8 ? anti-parallel AA4 8 9 ? anti-parallel AA4 9 10 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? parallel AA5 3 4 ? parallel AA5 4 5 ? parallel AA5 5 6 ? parallel AA5 6 7 ? parallel AA5 7 8 ? anti-parallel AA5 8 9 ? anti-parallel AA5 9 10 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? parallel AA6 3 4 ? parallel AA6 4 5 ? parallel AA6 5 6 ? parallel AA6 6 7 ? parallel AA6 7 8 ? anti-parallel AA6 8 9 ? anti-parallel AA6 9 10 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 ARG A 459 ? ASN A 462 ? ARG A 459 ASN A 462 AA1 2 THR A 448 ? ASN A 454 ? THR A 448 ASN A 454 AA1 3 ILE A 433 ? GLN A 441 ? ILE A 433 GLN A 441 AA1 4 LEU A 414 ? TYR A 419 ? LEU A 414 TYR A 419 AA1 5 LEU A 226 ? ALA A 231 ? LEU A 226 ALA A 231 AA1 6 VAL A 379 ? GLN A 384 ? VAL A 379 GLN A 384 AA1 7 LEU A 339 ? ASP A 343 ? LEU A 339 ASP A 343 AA1 8 VAL A 256 ? SER A 260 ? VAL A 256 SER A 260 AA1 9 ILE A 310 ? ASP A 313 ? ILE A 310 ASP A 313 AA1 10 LYS F 180 ? ASN F 181 ? LYS F 180 ASN F 181 AA2 1 LYS B 180 ? ASN B 181 ? LYS B 180 ASN B 181 AA2 2 ILE C 310 ? ASP C 313 ? ILE C 310 ASP C 313 AA2 3 VAL C 256 ? SER C 260 ? VAL C 256 SER C 260 AA2 4 LEU C 339 ? ASP C 343 ? LEU C 339 ASP C 343 AA2 5 VAL C 379 ? SER C 383 ? VAL C 379 SER C 383 AA2 6 LEU C 226 ? ALA C 230 ? LEU C 226 ALA C 230 AA2 7 LEU C 414 ? ARG C 420 ? LEU C 414 ARG C 420 AA2 8 ILE C 433 ? GLN C 441 ? ILE C 433 GLN C 441 AA2 9 THR C 448 ? ASN C 454 ? THR C 448 ASN C 454 AA2 10 ARG C 459 ? ASN C 462 ? 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O ASP A 461 N THR A 452 ? N THR A 452 AA1 2 3 O VAL A 449 ? O VAL A 449 N ILE A 436 ? N ILE A 436 AA1 3 4 O GLU A 435 ? O GLU A 435 N TYR A 419 ? N TYR A 419 AA1 4 5 O MET A 416 ? O MET A 416 N ILE A 228 ? N ILE A 228 AA1 5 6 N ILE A 227 ? N ILE A 227 O VAL A 379 ? O VAL A 379 AA1 6 7 O VAL A 380 ? O VAL A 380 N ILE A 340 ? N ILE A 340 AA1 7 8 O MET A 341 ? O MET A 341 N PHE A 259 ? N PHE A 259 AA1 8 9 N SER A 260 ? N SER A 260 O ASP A 313 ? O ASP A 313 AA1 9 10 N ILE A 312 ? N ILE A 312 O LYS F 180 ? O LYS F 180 AA2 1 2 N LYS B 180 ? N LYS B 180 O ILE C 312 ? O ILE C 312 AA2 2 3 O TYR C 311 ? O TYR C 311 N VAL C 256 ? N VAL C 256 AA2 3 4 N PHE C 259 ? N PHE C 259 O MET C 341 ? O MET C 341 AA2 4 5 N ILE C 340 ? N ILE C 340 O VAL C 380 ? O VAL C 380 AA2 5 6 O VAL C 379 ? O VAL C 379 N ILE C 227 ? N ILE C 227 AA2 6 7 N ILE C 228 ? N ILE C 228 O MET C 416 ? O MET C 416 AA2 7 8 N PHE C 417 ? N PHE C 417 O ILE C 437 ? O ILE C 437 AA2 8 9 N ILE C 436 ? N ILE C 436 O VAL C 449 ? O VAL C 449 AA2 9 10 N THR C 452 ? N THR C 452 O ASP C 461 ? O ASP C 461 AA3 1 2 O ASP B 313 ? O ASP B 313 N SER B 260 ? N SER B 260 AA3 2 3 N PHE B 259 ? N PHE B 259 O MET B 341 ? O MET B 341 AA3 3 4 N ILE B 340 ? N ILE B 340 O VAL B 380 ? O VAL B 380 AA3 4 5 O VAL B 379 ? O VAL B 379 N ILE B 227 ? N ILE B 227 AA3 5 6 N ILE B 228 ? N ILE B 228 O MET B 416 ? O MET B 416 AA3 6 7 N TYR B 419 ? N TYR B 419 O GLU B 435 ? O GLU B 435 AA3 7 8 N ALA B 434 ? N ALA B 434 O LEU B 451 ? O LEU B 451 AA3 8 9 N ASN B 454 ? N ASN B 454 O ARG B 459 ? O ARG B 459 AA4 1 2 N LYS C 180 ? N LYS C 180 O ILE D 312 ? O ILE D 312 AA4 2 3 O TYR D 311 ? O TYR D 311 N VAL D 256 ? N VAL D 256 AA4 3 4 N PHE D 259 ? N PHE D 259 O MET D 341 ? O MET D 341 AA4 4 5 N ILE D 340 ? N ILE D 340 O VAL D 380 ? O VAL D 380 AA4 5 6 O VAL D 379 ? O VAL D 379 N ILE D 227 ? N ILE D 227 AA4 6 7 N ILE D 228 ? N ILE D 228 O MET D 416 ? O MET D 416 AA4 7 8 N TYR D 419 ? N TYR D 419 O GLU D 435 ? O GLU D 435 AA4 8 9 N ILE D 436 ? 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O MET F 416 AA6 7 8 N TYR F 419 ? N TYR F 419 O GLU F 435 ? O GLU F 435 AA6 8 9 N ALA F 434 ? N ALA F 434 O LEU F 451 ? O LEU F 451 AA6 9 10 N THR F 452 ? N THR F 452 O ASP F 461 ? O ASP F 461 # _pdbx_entry_details.entry_id 8V9T _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest Y _pdbx_entry_details.has_protein_modification N # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 LEU A 402 ? ? -93.78 31.74 2 1 GLU A 404 ? ? 69.88 -0.68 3 1 LYS A 440 ? ? -161.07 115.50 4 1 THR B 205 ? ? -94.83 53.58 5 1 GLN B 288 ? ? -95.15 59.55 6 1 LEU B 402 ? ? -96.60 36.16 7 1 ASN B 427 ? ? -95.46 31.42 8 1 ALA C 169 ? ? -97.85 36.53 9 1 SER C 171 ? ? 71.70 -10.97 10 1 LYS C 175 ? ? -64.88 -179.47 11 1 LEU C 402 ? ? -92.34 32.56 12 1 ARG C 403 ? ? -48.16 151.01 13 1 GLU C 404 ? ? 70.53 -3.05 14 1 GLN D 20 ? ? -79.47 -164.73 15 1 VAL D 21 ? ? -69.71 0.81 16 1 ASN D 174 ? ? -79.93 -165.82 17 1 LEU D 402 ? ? -98.29 37.48 18 1 GLN E 20 ? ? 58.45 -95.69 19 1 ALA E 22 ? ? 55.02 -137.77 20 1 LYS E 175 ? ? -75.80 -169.40 21 1 ASP E 176 ? ? -75.77 -166.18 22 1 THR E 205 ? ? -104.79 62.54 23 1 LEU E 402 ? ? -94.98 34.09 24 1 GLU E 404 ? ? 70.66 -3.46 25 1 LEU E 430 ? ? -99.73 35.15 26 1 ASP F 176 ? ? -77.87 -166.25 27 1 GLU F 177 ? ? -96.02 36.69 28 1 GLU F 404 ? ? 72.79 -2.22 29 1 GLU V 193 ? ? 65.49 158.13 30 1 PRO V 198 ? ? 18.81 -150.90 31 1 LYS V 200 ? ? 61.41 163.22 32 1 LEU V 202 ? ? 65.23 162.40 33 1 MET V 205 ? ? 60.50 -149.54 34 1 ARG V 208 ? ? -117.63 57.01 35 1 LYS V 229 ? ? 61.55 -99.57 36 1 ALA V 231 ? ? 55.34 -136.81 37 1 ARG W 191 ? ? -97.70 32.72 38 1 GLU W 193 ? ? 66.02 153.90 39 1 PRO W 198 ? ? 18.58 -150.66 40 1 LYS W 200 ? ? 59.38 173.66 41 1 LEU W 202 ? ? 63.46 162.19 42 1 MET W 205 ? ? 57.46 -159.58 43 1 PRO W 209 ? ? -91.32 54.44 44 1 LEU W 228 ? ? -94.23 54.89 45 1 PRO X 198 ? ? 16.42 -152.56 46 1 LYS X 200 ? ? 59.13 174.26 47 1 LEU X 202 ? ? 64.14 163.82 48 1 MET X 205 ? ? 58.05 -161.39 49 1 GLU Y 193 ? ? 66.12 160.53 50 1 PRO Y 198 ? ? 14.48 -146.90 51 1 LYS Y 200 ? ? 59.68 168.14 52 1 LEU Y 202 ? ? 65.56 159.03 53 1 MET Y 205 ? ? 57.94 -160.04 54 1 GLN Z 15 ? ? 57.57 -95.28 55 1 ASN Z 22 ? ? 61.73 -136.35 56 1 GLN Z 26 ? ? 72.93 136.95 57 1 GLU Z 193 ? ? 68.21 154.77 58 1 PRO Z 198 ? ? 18.03 -150.40 59 1 LYS Z 200 ? ? 60.03 168.48 60 1 LEU Z 202 ? ? 62.59 156.77 61 1 MET Z 205 ? ? 59.41 -151.63 # _space_group_symop.id 1 _space_group_symop.operation_xyz x,y,z # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 8V9T _em_3d_fitting.method ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.details ? _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.ref_protocol OTHER # loop_ _em_3d_fitting_list.id _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range _em_3d_fitting_list.details _em_3d_fitting_list.chain_id _em_3d_fitting_list.chain_residue_range _em_3d_fitting_list.source_name _em_3d_fitting_list.type _em_3d_fitting_list.accession_code _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id 1 1 1B79 A 16-127 ? 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A 193-233 AlphaFold 'in silico model' ? ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 8V9T _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm 'FOURIER SPACE' _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.resolution 2.84 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 1137545 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details '20 mM Na-HEPES pH 7.5, 450mM NaCl, 2mM DTT, 0.5mM MgCl2, 0.2mM ATP, 0.25% Glycerol' _em_buffer.pH 7.5 # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.source 'MULTIPLE SOURCES' _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.name 'Ecoli DnaB helicase and Phage Lambda loader P with ADP-Mg in a 6:5 stoichiometry ratio.' _em_entity_assembly.details ? _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? _em_entity_assembly.entity_id_list '1, 2' # _em_imaging.entry_id 8V9T _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'TFS KRIOS' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.details ? _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_min 1000 _em_imaging.nominal_defocus_max 2500 _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification 81000 _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen NITROGEN _em_imaging.objective_aperture ? _em_imaging.microscope_serial_number ? _em_imaging.microscope_version ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.method ? _em_sample_support.grid_material GOLD _em_sample_support.grid_mesh_size 300 _em_sample_support.grid_type 'Quantifoil R0.6/1' _em_sample_support.details ? _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.citation_id ? # _em_vitrification.entry_id 8V9T _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature 277 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.details ;Protein BP (1.5 uM) and DNA (1.875 uM) was mixed in a 1.25 molar excess. 3uL of the sample was added to a plasma-cleaned grid at 4 degrees celsius, 100 percent humidity, blot force 4, blot time 4s, wait time 30s, total blots 1, and plunge-frozen into liquid nitrogen-cooled ethane. ; # _em_experiment.entry_id 8V9T _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 8V9T _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A MET 1 ? A MET 1 2 1 Y 1 A ALA 2 ? A ALA 2 3 1 Y 1 A GLY 3 ? A GLY 3 4 1 Y 1 A ASN 4 ? A ASN 4 5 1 Y 1 A LYS 5 ? A LYS 5 6 1 Y 1 A PRO 6 ? A PRO 6 7 1 Y 1 A PHE 7 ? A PHE 7 8 1 Y 1 A ASN 8 ? A ASN 8 9 1 Y 1 A LYS 9 ? A LYS 9 10 1 Y 1 A GLN 10 ? A GLN 10 11 1 Y 1 A GLN 11 ? A GLN 11 12 1 Y 1 A ALA 12 ? A ALA 12 13 1 Y 1 A GLU 13 ? A GLU 13 14 1 Y 1 A PRO 14 ? A PRO 14 15 1 Y 1 A ARG 15 ? A ARG 15 16 1 Y 1 A GLU 16 ? A GLU 16 17 1 Y 1 A ARG 17 ? A ARG 17 18 1 Y 1 A ASP 18 ? A ASP 18 19 1 Y 1 A PRO 19 ? A PRO 19 20 1 Y 1 A GLN 20 ? A GLN 20 21 1 Y 1 A VAL 21 ? A VAL 21 22 1 Y 1 A ALA 22 ? A ALA 22 23 1 Y 1 A GLY 23 ? A GLY 23 24 1 Y 1 A LEU 24 ? A LEU 24 25 1 Y 1 A ASN 174 ? A ASN 174 26 1 Y 1 A LYS 175 ? A LYS 175 27 1 Y 1 A ASP 176 ? A ASP 176 28 1 Y 1 A GLU 177 ? A GLU 177 29 1 Y 1 A GLY 178 ? A GLY 178 30 1 Y 1 A PRO 179 ? A PRO 179 31 1 Y 1 A LYS 180 ? A LYS 180 32 1 Y 1 A ASN 181 ? A ASN 181 33 1 Y 1 A ILE 182 ? A ILE 182 34 1 Y 1 A ALA 183 ? A ALA 183 35 1 Y 1 A ASP 184 ? 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