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EMDB EMD-43112 ? ? # _pdbx_audit_revision_history.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_history.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_history.major_revision 1 _pdbx_audit_revision_history.minor_revision 0 _pdbx_audit_revision_history.revision_date 2024-10-23 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # _database_PDB_caveat.id 1 _database_PDB_caveat.text ;There are many physically unrealistic interatomic distances (large steric clashes) between atoms of ARG 449 in various chains and atoms of TYR 471 in neighboring chains. ; # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8VB4 _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2023-12-12 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type PDB 'Asymmetric unit of bacteriophage PhiM1 mature capsid' 8vb0 unspecified PDB 'C4 pre-infection ejectosome of the mature bacteriophage PhiM1 particle' 8VB2 unspecified EMDB 'Asymmetric unit of bacteriophage PhiM1 mature capsid' EMD-43109 'focused EM volume' EMDB 'C4 pre-infection ejectosome of the mature bacteriophage PhiM1 particle' EMD-43110 'focused EM volume' EMDB 'Pectobacterium phage PhiM1 ejectosome C8 map' EMD-43111 'focused EM volume' EMDB 'C12 portal and adaptor complex of the mature 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H.' 12 ? primary 'Ryu, B.' 13 ? primary 'Bostina, M.' 14 0000-0003-3621-3772 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat 'Portal protein (gp35)' 55668.926 12 ? ? ? ? 2 polymer nat 'Adaptor protein (gp52)' 21075.852 12 ? ? ? ? # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MYTSSMTYESLYTKYRDDSAILKTEDYAHWTLPTVYADPDLREGKRVNVRRDYQSVGAVYVNTLSAKLAQVLFPANQAFF RIDSTGDAAQLAEAMGAESADLANGLAELENTAFRRIFLKSSYHQLVHAMKLLIITGNVLLYRDSNTGNMHAYSIRQYSV LRDGGGKVLDMVLKERTVISELPVEARIKYRNRKQDDCICLYTRIKRERRAVGEVFVVTQQLEDGLMLDNLEVYPEAICP FIPAVWNLVTGETYGRGLVEDYAGDLAKLSALSEALALYEIEACRVLHMAKPGSQIDVDSMAERESGAWVAGDPNGVAAY 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;MELLDAVNTCLTALGEARVTSTDTRHPSVALILQTLATKQKLLLERGWWFNTQDEEMFPDLLGRIPYPAASISVESLDGY NIYSKRNNFLFNNTCNTMYFTGPVCIRVTYNLDFEDLPESVATVITYRAARAVYVGDLGNDASVQDLVLNEQQAMLLVEE QHMRNKKHSTRRRRPWGKYQNALSG ; M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 TYR n 1 3 THR n 1 4 SER n 1 5 SER n 1 6 MET n 1 7 THR n 1 8 TYR n 1 9 GLU n 1 10 SER n 1 11 LEU n 1 12 TYR n 1 13 THR n 1 14 LYS n 1 15 TYR n 1 16 ARG n 1 17 ASP n 1 18 ASP n 1 19 SER n 1 20 ALA n 1 21 ILE n 1 22 LEU n 1 23 LYS n 1 24 THR n 1 25 GLU n 1 26 ASP n 1 27 TYR n 1 28 ALA n 1 29 HIS n 1 30 TRP n 1 31 THR n 1 32 LEU n 1 33 PRO n 1 34 THR n 1 35 VAL n 1 36 TYR n 1 37 ALA n 1 38 ASP n 1 39 PRO n 1 40 ASP n 1 41 LEU n 1 42 ARG n 1 43 GLU n 1 44 GLY n 1 45 LYS n 1 46 ARG n 1 47 VAL n 1 48 ASN n 1 49 VAL n 1 50 ARG n 1 51 ARG n 1 52 ASP n 1 53 TYR n 1 54 GLN n 1 55 SER n 1 56 VAL n 1 57 GLY n 1 58 ALA n 1 59 VAL n 1 60 TYR n 1 61 VAL n 1 62 ASN n 1 63 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GLY n 1 317 VAL n 1 318 ALA n 1 319 ALA n 1 320 TYR n 1 321 GLU n 1 322 ALA n 1 323 GLY n 1 324 ASP n 1 325 TYR n 1 326 ASN n 1 327 LYS n 1 328 ILE n 1 329 ILE n 1 330 ALA n 1 331 LEU n 1 332 THR n 1 333 GLN n 1 334 GLU n 1 335 ILE n 1 336 GLN n 1 337 SER n 1 338 ILE n 1 339 ALA n 1 340 ALA n 1 341 ARG n 1 342 LEU n 1 343 ALA n 1 344 PRO n 1 345 ALA n 1 346 PHE n 1 347 MET n 1 348 TYR n 1 349 ALA n 1 350 GLN n 1 351 ASN n 1 352 GLN n 1 353 ARG n 1 354 ASN n 1 355 ALA n 1 356 GLU n 1 357 ARG n 1 358 VAL n 1 359 THR n 1 360 ALA n 1 361 GLU n 1 362 GLU n 1 363 ILE n 1 364 ARG n 1 365 GLN n 1 366 ASN n 1 367 ALA n 1 368 GLU n 1 369 GLU n 1 370 ALA n 1 371 GLU n 1 372 LEU n 1 373 ALA n 1 374 LEU n 1 375 GLY n 1 376 GLY n 1 377 VAL n 1 378 TYR n 1 379 SER n 1 380 VAL n 1 381 ILE n 1 382 ALA n 1 383 ASP n 1 384 THR n 1 385 LEU n 1 386 HIS n 1 387 ILE n 1 388 PRO n 1 389 LEU n 1 390 ALA n 1 391 HIS n 1 392 ILE n 1 393 LEU n 1 394 CYS n 1 395 TRP n 1 396 GLU n 1 397 VAL n 1 398 ASN n 1 399 GLN 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SER C 121 GLY C 137 1 ? 17 HELX_P HELX_P58 AG4 SER C 180 ? LEU C 182 ? SER C 180 LEU C 182 5 ? 3 HELX_P HELX_P59 AG5 PRO C 183 ? ILE C 188 ? PRO C 183 ILE C 188 1 ? 6 HELX_P HELX_P60 AG6 ALA C 237 ? CYS C 239 ? ALA C 237 CYS C 239 5 ? 3 HELX_P HELX_P61 AG7 LEU C 258 ? ASP C 261 ? LEU C 258 ASP C 261 5 ? 4 HELX_P HELX_P62 AG8 TYR C 262 ? ALA C 283 ? TYR C 262 ALA C 283 1 ? 22 HELX_P HELX_P63 AG9 ASP C 297 ? ARG C 304 ? ASP C 297 ARG C 304 1 ? 8 HELX_P HELX_P64 AH1 ASP C 324 ? ALA C 343 ? ASP C 324 ALA C 343 1 ? 20 HELX_P HELX_P65 AH2 PRO C 344 ? MET C 347 ? PRO C 344 MET C 347 5 ? 4 HELX_P HELX_P66 AH3 ALA C 360 ? GLY C 375 ? ALA C 360 GLY C 375 1 ? 16 HELX_P HELX_P67 AH4 VAL C 377 ? ASN C 398 ? VAL C 377 ASN C 398 1 ? 22 HELX_P HELX_P68 AH5 ASN C 398 ? GLY C 409 ? ASN C 398 GLY C 409 1 ? 12 HELX_P HELX_P69 AH6 ASP C 426 ? LEU C 441 ? ASP C 426 LEU C 441 1 ? 16 HELX_P HELX_P70 AH7 ASP C 451 ? GLY C 464 ? ASP C 451 GLY C 464 1 ? 14 HELX_P HELX_P71 AH8 ASN C 466 ? LEU C 470 ? 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CE1 J TYR 471 ? ? 2.18 # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 LEU A 32 ? ? -153.58 88.33 2 1 SER A 84 ? ? 74.32 -1.68 3 1 ASP A 196 ? ? -92.33 34.62 4 1 ASP A 224 ? ? -93.10 51.37 5 1 ASP A 229 ? ? 62.07 -135.96 6 1 ALA A 420 ? ? -94.23 31.54 7 1 LEU B 32 ? ? -153.56 88.34 8 1 SER B 84 ? ? 74.28 -1.64 9 1 ASP B 196 ? ? -92.35 34.63 10 1 ASP B 224 ? ? -93.09 51.38 11 1 ASP B 229 ? ? 62.07 -135.94 12 1 ALA B 420 ? ? -94.20 31.54 13 1 LEU C 32 ? ? -153.60 88.33 14 1 SER C 84 ? ? 74.32 -1.62 15 1 ASP C 196 ? ? -92.31 34.63 16 1 ASP C 224 ? ? -93.10 51.37 17 1 ASP C 229 ? ? 62.06 -135.99 18 1 ALA C 420 ? ? -94.22 31.53 19 1 LEU D 32 ? ? -153.58 88.33 20 1 SER D 84 ? ? 74.32 -1.68 21 1 ASP D 196 ? ? -92.33 34.62 22 1 ASP D 224 ? ? -93.10 51.37 23 1 ASP D 229 ? ? 62.07 -135.96 24 1 ALA D 420 ? ? -94.23 31.54 25 1 LEU E 32 ? ? -153.56 88.34 26 1 SER E 84 ? ? 74.28 -1.64 27 1 ASP E 196 ? ? -92.35 34.63 28 1 ASP E 224 ? ? -93.09 51.38 29 1 ASP E 229 ? ? 62.07 -135.94 30 1 ALA E 420 ? ? -94.20 31.54 31 1 LEU F 32 ? ? -153.60 88.33 32 1 SER F 84 ? ? 74.33 -1.62 33 1 ASP F 196 ? ? -92.31 34.63 34 1 ASP F 224 ? ? -93.10 51.37 35 1 ASP F 229 ? ? 62.06 -135.99 36 1 ALA F 420 ? ? -94.22 31.53 37 1 LEU G 32 ? ? -153.58 88.33 38 1 SER G 84 ? ? 74.32 -1.68 39 1 ASP G 196 ? ? -92.33 34.62 40 1 ASP G 224 ? ? -93.10 51.37 41 1 ASP G 229 ? ? 62.07 -135.96 42 1 ALA G 420 ? ? -94.23 31.54 43 1 LEU H 32 ? ? -153.59 88.33 44 1 SER H 84 ? ? 74.33 -1.64 45 1 ASP H 196 ? ? -92.37 34.67 46 1 ASP H 224 ? ? -93.09 51.38 47 1 ASP H 229 ? ? 62.07 -135.94 48 1 ALA H 420 ? ? -94.20 31.54 49 1 LEU I 32 ? ? -153.60 88.33 50 1 SER I 84 ? ? 74.33 -1.62 51 1 ASP I 196 ? ? -92.31 34.63 52 1 ASP I 224 ? ? -93.10 51.37 53 1 ASP I 229 ? ? 62.06 -135.99 54 1 ALA I 420 ? ? -94.22 31.53 55 1 LEU J 32 ? ? -153.58 88.33 56 1 SER J 84 ? ? 74.32 -1.68 57 1 ASP J 196 ? ? -92.33 34.62 58 1 ASP J 224 ? ? -93.10 51.37 59 1 ASP J 229 ? ? 62.07 -135.96 60 1 ALA J 420 ? ? -94.23 31.54 61 1 LEU K 32 ? ? -153.59 88.33 62 1 SER K 84 ? ? 74.33 -1.64 63 1 ASP K 196 ? ? -92.37 34.67 64 1 ASP K 224 ? ? -93.09 51.38 65 1 ASP K 229 ? ? 62.07 -135.94 66 1 ALA K 420 ? ? -94.20 31.54 67 1 LEU L 32 ? ? -153.60 88.33 68 1 SER L 84 ? ? 74.32 -1.62 69 1 ASP L 196 ? ? -92.31 34.63 70 1 ASP L 224 ? ? -93.10 51.37 71 1 ASP L 229 ? ? 62.06 -135.99 72 1 ALA L 420 ? ? -94.22 31.53 # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 8VB4 _em_3d_fitting.method ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.details ;Initial models were developed using AlphaFold-2, and were docked into EM maps. Models were then flexibly fit using chimeraX, followed by manual refinement using a combination of ISOLDE (ChimeraX) and coot. Automatic refinements were performed in PHENIX real space refine. ; _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.ref_protocol 'FLEXIBLE FIT' # _em_3d_fitting_list.id 1 _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id 1 _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id . _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id . _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range . _em_3d_fitting_list.details ? _em_3d_fitting_list.chain_id ? _em_3d_fitting_list.chain_residue_range ? _em_3d_fitting_list.source_name AlphaFold _em_3d_fitting_list.type 'in silico model' _em_3d_fitting_list.accession_code ? _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 8VB4 _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm 'FOURIER SPACE' _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.resolution 2.98 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 17729 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details '10 mM Tris HCl pH 7.4, 10 mM MgSO4 and 0.01% w/v gelatin' _em_buffer.pH 7.4 # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.source NATURAL _em_entity_assembly.type VIRUS _em_entity_assembly.name 'Pectobacterium phage PhiM1' _em_entity_assembly.details ;Host Pectobacterium atrocepticum strain SCRI1043 bacteria were infected with WT Pectobacterium phage PhiM1. Sample was purified from overnight lysates. ; _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? _em_entity_assembly.entity_id_list '1, 2' # _em_imaging.entry_id 8VB4 _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'TFS KRIOS' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model ? _em_imaging.details ? _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.illumination_mode OTHER _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_min 800 _em_imaging.nominal_defocus_max 2400 _em_imaging.calibrated_defocus_min 800 _em_imaging.calibrated_defocus_max 2400 _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification 64000 _em_imaging.calibrated_magnification 36765 _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen NITROGEN # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.method ? _em_sample_support.grid_material COPPER _em_sample_support.grid_mesh_size 300 _em_sample_support.grid_type 'Quantifoil R1.2/1.3' _em_sample_support.details 'Negative hydrophilicity.' _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.citation_id ? # _em_virus_entity.id 1 _em_virus_entity.virus_host_category ? _em_virus_entity.virus_type VIRION _em_virus_entity.virus_isolate SPECIES _em_virus_entity.entity_assembly_id 1 _em_virus_entity.enveloped NO _em_virus_entity.empty NO _em_virus_entity.details ? # _em_vitrification.entry_id 8VB4 _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature 277.15 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.details ? # _em_experiment.entry_id 8VB4 _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 8VB4 _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C12 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A MET 1 ? A MET 1 2 1 Y 1 A TYR 2 ? A TYR 2 3 1 Y 1 A THR 3 ? A THR 3 4 1 Y 1 A SER 4 ? A SER 4 5 1 Y 1 A SER 5 ? A SER 5 6 1 Y 1 A MET 6 ? A MET 6 7 1 Y 1 A GLN 350 ? A GLN 350 8 1 Y 1 A ASN 351 ? A ASN 351 9 1 Y 1 A GLN 352 ? A GLN 352 10 1 Y 1 A ARG 353 ? A ARG 353 11 1 Y 1 A ASN 354 ? A ASN 354 12 1 Y 1 A ALA 355 ? A ALA 355 13 1 Y 1 A GLU 356 ? A GLU 356 14 1 Y 1 A ARG 357 ? A ARG 357 15 1 Y 1 A VAL 358 ? A VAL 358 16 1 Y 1 A ALA 485 ? A ALA 485 17 1 Y 1 A PRO 486 ? A PRO 486 18 1 Y 1 A VAL 487 ? A VAL 487 19 1 Y 1 A THR 488 ? A THR 488 20 1 Y 1 A PRO 489 ? A PRO 489 21 1 Y 1 A ASP 490 ? A ASP 490 22 1 Y 1 A LEU 491 ? A LEU 491 23 1 Y 1 A ALA 492 ? A ALA 492 24 1 Y 1 A ASN 493 ? A ASN 493 25 1 Y 1 A VAL 494 ? A VAL 494 26 1 Y 1 A ALA 495 ? A ALA 495 27 1 Y 1 A GLY 496 ? A GLY 496 28 1 Y 1 A THR 497 ? A THR 497 29 1 Y 1 A ILE 498 ? A ILE 498 30 1 Y 1 A ASN 499 ? A ASN 499 31 1 Y 1 A GLU 500 ? A GLU 500 32 1 Y 1 A THR 501 ? A THR 501 33 1 Y 1 A GLY 502 ? A GLY 502 34 1 Y 1 A LEU 503 ? A LEU 503 35 1 Y 1 B MET 1 ? B MET 1 36 1 Y 1 B TYR 2 ? B TYR 2 37 1 Y 1 B THR 3 ? B THR 3 38 1 Y 1 B SER 4 ? B SER 4 39 1 Y 1 B SER 5 ? B SER 5 40 1 Y 1 B MET 6 ? B MET 6 41 1 Y 1 B GLN 350 ? B GLN 350 42 1 Y 1 B ASN 351 ? B ASN 351 43 1 Y 1 B GLN 352 ? B GLN 352 44 1 Y 1 B ARG 353 ? B ARG 353 45 1 Y 1 B ASN 354 ? B ASN 354 46 1 Y 1 B ALA 355 ? B ALA 355 47 1 Y 1 B GLU 356 ? B GLU 356 48 1 Y 1 B ARG 357 ? B ARG 357 49 1 Y 1 B VAL 358 ? B VAL 358 50 1 Y 1 B ALA 485 ? B ALA 485 51 1 Y 1 B PRO 486 ? B PRO 486 52 1 Y 1 B VAL 487 ? B VAL 487 53 1 Y 1 B THR 488 ? B THR 488 54 1 Y 1 B PRO 489 ? B PRO 489 55 1 Y 1 B ASP 490 ? B ASP 490 56 1 Y 1 B LEU 491 ? B LEU 491 57 1 Y 1 B ALA 492 ? B ALA 492 58 1 Y 1 B ASN 493 ? B ASN 493 59 1 Y 1 B VAL 494 ? B VAL 494 60 1 Y 1 B ALA 495 ? B ALA 495 61 1 Y 1 B GLY 496 ? B GLY 496 62 1 Y 1 B THR 497 ? B THR 497 63 1 Y 1 B ILE 498 ? B ILE 498 64 1 Y 1 B ASN 499 ? B ASN 499 65 1 Y 1 B GLU 500 ? B GLU 500 66 1 Y 1 B THR 501 ? B THR 501 67 1 Y 1 B GLY 502 ? 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