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;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; B,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; ;MSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; C,G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; D,H ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MKSSHHHHHHENLYFQSNAMDIKMTQSPSSMHASLGERVTITCKASQDIRSYLSWYQQKPWKSPKTLIYYATSLADGVPS RFSGSGSGQDFSLTINNLESDDTATYYCLQHGESPYTFGSGTKLEIKRAGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSMEVQLQQSGPE LVEPGTSVKMPCKASGYTFTSYTIQWVKQTPRQGLEWIGYIYPYNAGTKYNEKFKGKATLTSDKSSSTVYMELSSLTSED 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J . n # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 8VFX _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 8VFX _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8VFX _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 8VFX _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.005 ? 17076 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.651 ? 24428 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 24.875 ? 6886 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.039 ? 2752 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.004 ? 1988 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8VFX _struct.title 'Cryo-EM structure of 186bp ALBN1 nucleosome aided by scFv' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8VFX _struct_keywords.text ;nucleosome, pioneer transcription factors, DNA binding proteins, transcription, chromatin, NUCLEAR PROTEIN, NUCLEAR PROTEIN-DNA complex ; _struct_keywords.pdbx_keywords 'NUCLEAR PROTEIN/DNA' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 4 ? I N N 5 ? J N N 5 ? K N N 6 ? L N N 7 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP H31_HUMAN P68431 ? 1 ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVMALQEACEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; 1 2 UNP H4_HUMAN P62805 ? 2 ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 1 3 UNP H2A1B_HUMAN P04908 ? 3 ;MSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; 1 4 UNP H2B1J_HUMAN P06899 ? 4 ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; 1 5 PDB 8VFX 8VFX ? 5 ? 1 6 PDB 8VFX 8VFX ? 6 ? 1 7 PDB 8VFX 8VFX ? 7 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8VFX A 1 ? 136 ? P68431 1 ? 136 ? 0 135 2 2 8VFX B 1 ? 103 ? P62805 1 ? 103 ? 0 102 3 3 8VFX C 1 ? 130 ? P04908 1 ? 130 ? 0 129 4 4 8VFX D 1 ? 126 ? P06899 1 ? 126 ? 0 125 5 1 8VFX E 1 ? 136 ? P68431 1 ? 136 ? 0 135 6 2 8VFX F 1 ? 103 ? P62805 1 ? 103 ? 0 102 7 3 8VFX G 1 ? 130 ? P04908 1 ? 130 ? 0 129 8 4 8VFX H 1 ? 126 ? P06899 1 ? 126 ? 0 125 9 5 8VFX M 1 ? 270 ? 8VFX 0 ? 269 ? 0 269 10 5 8VFX N 1 ? 270 ? 8VFX 0 ? 269 ? 0 269 11 6 8VFX I 1 ? 186 ? 8VFX 1 ? 186 ? 1 186 12 7 8VFX J 1 ? 186 ? 8VFX 1 ? 186 ? 1 186 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dodecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 12 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLY A 45 ? SER A 58 ? GLY A 44 SER A 57 1 ? 14 HELX_P HELX_P2 AA2 ARG A 64 ? GLN A 77 ? ARG A 63 GLN A 76 1 ? 14 HELX_P HELX_P3 AA3 GLN A 86 ? ALA A 115 ? GLN A 85 ALA A 114 1 ? 30 HELX_P HELX_P4 AA4 MET A 121 ? GLY A 133 ? MET A 120 GLY A 132 1 ? 13 HELX_P HELX_P5 AA5 ASN B 26 ? ILE B 30 ? ASN B 25 ILE B 29 5 ? 5 HELX_P HELX_P6 AA6 THR B 31 ? GLY B 42 ? THR B 30 GLY B 41 1 ? 12 HELX_P HELX_P7 AA7 LEU B 50 ? ALA B 77 ? LEU B 49 ALA B 76 1 ? 28 HELX_P HELX_P8 AA8 THR B 83 ? ARG B 93 ? THR B 82 ARG B 92 1 ? 11 HELX_P HELX_P9 AA9 THR C 17 ? GLY C 23 ? THR C 16 GLY C 22 1 ? 7 HELX_P HELX_P10 AB1 PRO C 27 ? GLY C 38 ? PRO C 26 GLY C 37 1 ? 12 HELX_P HELX_P11 AB2 ALA C 46 ? ASN C 74 ? ALA C 45 ASN C 73 1 ? 29 HELX_P HELX_P12 AB3 ILE C 80 ? ASN C 90 ? ILE C 79 ASN C 89 1 ? 11 HELX_P HELX_P13 AB4 ASP C 91 ? LEU C 98 ? ASP C 90 LEU C 97 1 ? 8 HELX_P HELX_P14 AB5 GLN C 113 ? LEU C 117 ? GLN C 112 LEU C 116 5 ? 5 HELX_P HELX_P15 AB6 TYR D 38 ? HIS D 50 ? TYR D 37 HIS D 49 1 ? 13 HELX_P HELX_P16 AB7 SER D 56 ? ASN D 85 ? SER D 55 ASN D 84 1 ? 30 HELX_P HELX_P17 AB8 THR D 91 ? LEU D 103 ? THR D 90 LEU D 102 1 ? 13 HELX_P HELX_P18 AB9 GLY D 105 ? ALA D 125 ? GLY D 104 ALA D 124 1 ? 21 HELX_P HELX_P19 AC1 GLY E 45 ? SER E 58 ? GLY E 44 SER E 57 1 ? 14 HELX_P HELX_P20 AC2 ARG E 64 ? GLN E 77 ? ARG E 63 GLN E 76 1 ? 14 HELX_P HELX_P21 AC3 GLN E 86 ? ALA E 115 ? GLN E 85 ALA E 114 1 ? 30 HELX_P HELX_P22 AC4 MET E 121 ? GLY E 133 ? MET E 120 GLY E 132 1 ? 13 HELX_P HELX_P23 AC5 ASP F 25 ? ILE F 30 ? ASP F 24 ILE F 29 5 ? 6 HELX_P HELX_P24 AC6 THR F 31 ? GLY F 42 ? THR F 30 GLY F 41 1 ? 12 HELX_P HELX_P25 AC7 LEU F 50 ? ALA F 77 ? LEU F 49 ALA F 76 1 ? 28 HELX_P HELX_P26 AC8 THR F 83 ? GLN F 94 ? THR F 82 GLN F 93 1 ? 12 HELX_P HELX_P27 AC9 THR G 17 ? GLY G 23 ? THR G 16 GLY G 22 1 ? 7 HELX_P HELX_P28 AD1 PRO G 27 ? GLY G 38 ? PRO G 26 GLY G 37 1 ? 12 HELX_P HELX_P29 AD2 ALA G 46 ? ASN G 74 ? ALA G 45 ASN G 73 1 ? 29 HELX_P HELX_P30 AD3 ILE G 80 ? ASN G 90 ? ILE G 79 ASN G 89 1 ? 11 HELX_P HELX_P31 AD4 ASP G 91 ? LEU G 98 ? ASP G 90 LEU G 97 1 ? 8 HELX_P HELX_P32 AD5 GLN G 113 ? LEU G 117 ? GLN G 112 LEU G 116 5 ? 5 HELX_P HELX_P33 AD6 TYR H 38 ? HIS H 50 ? TYR H 37 HIS H 49 1 ? 13 HELX_P HELX_P34 AD7 SER H 56 ? ASN H 85 ? SER H 55 ASN H 84 1 ? 30 HELX_P HELX_P35 AD8 THR H 91 ? LEU H 103 ? THR H 90 LEU H 102 1 ? 13 HELX_P HELX_P36 AD9 GLY H 105 ? ALA H 125 ? GLY H 104 ALA H 124 1 ? 21 HELX_P HELX_P37 AE1 GLU I 99 ? THR I 103 ? GLU M 98 THR M 102 5 ? 5 HELX_P HELX_P38 AE2 THR I 178 ? THR I 180 ? THR M 177 THR M 179 5 ? 3 HELX_P HELX_P39 AE3 GLU I 212 ? LYS I 215 ? GLU M 211 LYS M 214 5 ? 4 HELX_P HELX_P40 AE4 THR I 237 ? SER I 241 ? THR M 236 SER M 240 5 ? 5 HELX_P HELX_P41 AE5 GLU J 99 ? THR J 103 ? GLU N 98 THR N 102 5 ? 5 HELX_P HELX_P42 AE6 THR J 178 ? THR J 180 ? THR N 177 THR N 179 5 ? 3 HELX_P HELX_P43 AE7 GLU J 212 ? LYS J 215 ? GLU N 211 LYS N 214 5 ? 4 HELX_P HELX_P44 AE8 THR J 237 ? SER J 241 ? THR N 236 SER N 240 5 ? 5 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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