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_citation_author.identifier_ORCID primary 'Michalski, K.' 1 ? primary 'Abdulla, T.' 2 0009-0006-5142-9749 primary 'Kleeman, S.' 3 ? primary 'Schmidl, L.' 4 ? primary 'Gomez, R.' 5 0000-0001-5522-195X primary 'Simorowski, N.' 6 ? primary 'Vallese, F.' 7 ? primary 'Pruss, H.' 8 ? primary 'Heckmann, M.' 9 ? primary 'Geis, C.' 10 0000-0002-9859-581X primary 'Furukawa, H.' 11 0000-0001-8296-8426 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1' 91923.094 2 ? ? ? ? 2 polymer man 'Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2A' 90704.898 2 ? ? ? ? 3 polymer man '008-218 Heavy' 23367.164 2 ? ? ? ? 4 polymer man '008-218 Light' 22380.652 2 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'GluN1,Glutamate [NMDA] receptor subunit zeta-1,N-methyl-D-aspartate receptor subunit 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;LNIAVMLGHSHDVTERELRTLWGPEQAAGLPLDVNVVALLMNRTDPKSLITHVCDLMSGARIHGLVFGDDTDQEAVAQML DFISSHTFVPILGIHGGASMIMADKDPTSTFFQFGASIQQQATVMLKIMQDYDWHVFSLVTTIFPGYREFISFVKTTVDN SFVGWDMQNVITLDTSFEDAKTQVQLKKIHSSVILLYCSKDEAVLILSEARSLGLTGYDFFWIVPSLVSGNTELIPKEFP SGLISVSYDDWDYSLEARVRDGIGILTTAASSMLEKFSYIPEAKASCYGQMERPEVPMHTLHPFMVNVTWDGKDLSFTEE GYQVHPRLVVIVLNKDREWEKVGKWENHTLSLRHAVWPRYKSFSDCEPDDNHLSIVTLEEAPFVIVEDIDPLTETCVRNT VPCRKFVKINNSTNEGMNVKKCCKGFCIDILKKLSRTVKFTYDLYLVTNGKHGKKVNNVWNGMIGEVVYQRAVMAVGSLT INEERSEVVDFSVPFVETGISVMVSRSNGTVSPSAFLEPFSASVWVMMFVMLLIVSAIAVFVFEYFSPVGYNRNLAKGKA PHGPSFTIGKAIWLLWGLVFNNSVPVQNPKGTTSKIMVSVWAFFAVIFLASYTANLAAFMIQEEFVDQVTGLSDKKFQRP HDYSPPFRFGTVPNGSTERNIRNNYPYMHQYMTKFNQKGVEDALVSLKTGKLDAFIYDAAVLNYKAGRDEGCKLVTIGSG YIFATTGYGIALQKGSPWKRQIDLALLQFVGDGEMEELETLWLTGICHNEKNEVMSSQLDIDNMAGVFYMLAAAMALSLI TFIWEHLF ; B,D ? 3 'polypeptide(L)' no no ;EVQLVESGGGLVQPGRSLRLSCAASGFTFDDYAMHWVRQVPGKGLEWVSGISWSSGSIGYADSVKGRFTISRDNAKNSLY 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Q12879 34 ? 841 ? 34 814 5 3 8VUN G 1 ? 220 ? 8VUN 1 ? 220 ? 1 220 6 4 8VUN I 1 ? 209 ? 8VUN 1 ? 209 ? 1 209 7 3 8VUN K 1 ? 220 ? 8VUN 1 ? 220 ? 1 220 8 4 8VUN L 1 ? 209 ? 8VUN 1 ? 209 ? 1 209 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details octameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 8 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 THR A 11 ? 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C CYS 396 SG ? ? ? 1_555 C CYS 430 SG ? ? C CYS 420 C CYS 454 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf11 disulf ? ? C CYS 412 SG ? ? ? 1_555 C CYS 431 SG ? ? C CYS 436 C CYS 455 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf12 disulf ? ? C CYS 720 SG ? ? ? 1_555 C CYS 774 SG ? ? C CYS 725 C CYS 779 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf13 disulf ? ? D CYS 54 SG ? ? ? 1_555 D CYS 287 SG ? ? D CYS 87 D CYS 320 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? disulf14 disulf ? ? D CYS 396 SG ? ? ? 1_555 D CYS 422 SG ? ? D CYS 429 D CYS 455 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf15 disulf ? ? D CYS 403 SG ? ? ? 1_555 D CYS 423 SG ? ? D CYS 436 D CYS 456 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf16 disulf ? ? D CYS 712 SG ? ? ? 1_555 D CYS 767 SG ? ? D CYS 725 D CYS 780 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf17 disulf ? ? E CYS 22 SG ? ? ? 1_555 E CYS 96 SG ? ? G CYS 22 G CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? disulf18 disulf ? ? E CYS 149 SG ? ? ? 1_555 E CYS 205 SG ? ? G CYS 149 G CYS 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf19 disulf ? ? F CYS 22 SG ? ? ? 1_555 F CYS 91 SG ? ? I CYS 22 I CYS 91 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf20 disulf ? ? F CYS 134 SG ? ? ? 1_555 F CYS 193 SG ? ? I CYS 134 I CYS 193 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf21 disulf ? ? G CYS 22 SG ? ? ? 1_555 G CYS 96 SG ? ? K CYS 22 K CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf22 disulf ? ? G CYS 149 SG ? ? ? 1_555 G CYS 205 SG ? ? K CYS 149 K CYS 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf23 disulf ? ? H CYS 22 SG ? ? ? 1_555 H CYS 91 SG ? ? L CYS 22 L CYS 91 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf24 disulf ? ? H CYS 134 SG ? ? ? 1_555 H CYS 193 SG ? ? L CYS 134 L CYS 193 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? # _struct_conn_type.id disulf _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _pdbx_modification_feature.ordinal _pdbx_modification_feature.label_comp_id _pdbx_modification_feature.label_asym_id _pdbx_modification_feature.label_seq_id _pdbx_modification_feature.label_alt_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id _pdbx_modification_feature.auth_comp_id _pdbx_modification_feature.auth_asym_id _pdbx_modification_feature.auth_seq_id _pdbx_modification_feature.PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.symmetry _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id _pdbx_modification_feature.ref_comp_id _pdbx_modification_feature.type _pdbx_modification_feature.category 1 CYS A 55 ? 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None 'Disulfide bridge' # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 PHE 155 E . ? PHE 155 G PRO 156 E ? PRO 156 G 1 -2.69 2 GLU 157 E . ? GLU 157 G PRO 158 E ? PRO 158 G 1 -1.91 3 TYR 140 F . ? TYR 140 I PRO 141 F ? PRO 141 I 1 -1.43 4 PHE 155 G . ? PHE 155 K PRO 156 G ? PRO 156 K 1 -3.62 5 GLU 157 G . ? GLU 157 K PRO 158 G ? PRO 158 K 1 1.21 6 TYR 140 H . ? 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AG5 ? 4 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? parallel AA1 2 3 ? parallel AA1 3 4 ? parallel AA2 1 2 ? parallel AA2 2 3 ? parallel AA2 3 4 ? parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA9 1 2 ? parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? anti-parallel AB1 1 2 ? parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB1 3 4 ? anti-parallel AB2 1 2 ? parallel AB3 1 2 ? parallel AB4 1 2 ? parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB7 1 2 ? parallel AB8 1 2 ? parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC2 2 3 ? parallel AC3 1 2 ? parallel AC3 2 3 ? parallel AC3 3 4 ? parallel AC3 4 5 ? parallel AC4 1 2 ? parallel AC4 2 3 ? parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC5 2 3 ? anti-parallel AC5 3 4 ? anti-parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC8 1 2 ? parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AC9 2 3 ? anti-parallel AD1 1 2 ? anti-parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD3 1 2 ? parallel AD4 1 2 ? parallel AD5 1 2 ? parallel AD6 1 2 ? anti-parallel AD6 2 3 ? anti-parallel AD7 1 2 ? anti-parallel AD8 1 2 ? parallel AD9 1 2 ? parallel AE1 1 2 ? anti-parallel AE2 1 2 ? anti-parallel AE3 1 2 ? anti-parallel AE3 2 3 ? anti-parallel AE3 3 4 ? anti-parallel AE4 1 2 ? anti-parallel AE4 2 3 ? anti-parallel AE4 3 4 ? anti-parallel AE5 1 2 ? anti-parallel AE6 1 2 ? anti-parallel AE7 1 2 ? anti-parallel AE8 1 2 ? anti-parallel AE8 2 3 ? anti-parallel AE8 3 4 ? anti-parallel AE9 1 2 ? anti-parallel AE9 2 3 ? anti-parallel AE9 3 4 ? anti-parallel AF1 1 2 ? anti-parallel AF1 2 3 ? anti-parallel AF2 1 2 ? anti-parallel AF2 2 3 ? anti-parallel AF2 3 4 ? anti-parallel AF3 1 2 ? parallel AF3 2 3 ? anti-parallel AF3 3 4 ? anti-parallel AF3 4 5 ? anti-parallel AF4 1 2 ? anti-parallel AF4 2 3 ? anti-parallel AF4 3 4 ? anti-parallel AF5 1 2 ? anti-parallel AF5 2 3 ? anti-parallel AF5 3 4 ? anti-parallel AF6 1 2 ? anti-parallel AF6 2 3 ? anti-parallel AF7 1 2 ? anti-parallel AF7 2 3 ? anti-parallel AF7 3 4 ? anti-parallel AF8 1 2 ? anti-parallel AF8 2 3 ? anti-parallel AF8 3 4 ? anti-parallel AF8 4 5 ? anti-parallel AF9 1 2 ? anti-parallel AF9 2 3 ? anti-parallel AF9 3 4 ? anti-parallel AG1 1 2 ? anti-parallel AG1 2 3 ? anti-parallel AG2 1 2 ? parallel AG2 2 3 ? anti-parallel AG2 3 4 ? anti-parallel AG2 4 5 ? anti-parallel AG3 1 2 ? anti-parallel AG4 1 2 ? anti-parallel AG4 2 3 ? anti-parallel AG4 3 4 ? anti-parallel AG5 1 2 ? anti-parallel AG5 2 3 ? anti-parallel AG5 3 4 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 GLY A 6 ? 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