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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 1.3313 ? 4348 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0734 ? 610 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0092 ? 622 ? f_plane_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 7.9749 ? 623 ? f_dihedral_angle_d ? ? # _struct.entry_id 8VYV _struct.title 'Cryo-EM Structure of the BRAF K601E monomer' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8VYV _struct_keywords.text 'BRAF Kinase Oncogenic Mutant Monomer, TRANSFERASE-INHIBITOR complex' _struct_keywords.pdbx_keywords TRANSFERASE/INHIBITOR # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 1 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP 1433Z_HUMAN P63104 ? 1 ;MDKNELVQKAKLAEQAERYDDMAACMKSVTEQGAELSNEERNLLSVAYKNVVGARRSSWRVVSSIEQKTEGAEKKQQMAR EYREKIETELRDICNDVLSLLEKFLIPNASQAESKVFYLKMKGDYYRYLAEVAAGDDKKGIVDQSQQAYQEAFEISKKEM QPTHPIRLGLALNFSVFYYEILNSPEKACSLAKTAFDEAIAELDTLSEESYKDSTLIMQLLRDNLTLWTSDTQGDEAEAG EGGEN ; 1 2 UNP BRAF_HUMAN P15056 ? 2 ;MAALSGGGGGGAEPGQALFNGDMEPEAGAGAGAAASSAADPAIPEEVWNIKQMIKLTQEHIEALLDKFGGEHNPPSIYLE AYEEYTSKLDALQQREQQLLESLGNGTDFSVSSSASMDTVTSSSSSSLSVLPSSLSVFQNPTDVARSNPKSPQKPIVRVF LPNKQRTVVPARCGVTVRDSLKKALMMRGLIPECCAVYRIQDGEKKPIGWDTDISWLTGEELHVEVLENVPLTTHNFVRK TFFTLAFCDFCRKLLFQGFRCQTCGYKFHQRCSTEVPLMCVNYDQLDLLFVSKFFEHHPIPQEEASLAETALTSGSSPSA PASDSIGPQILTSPSPSKSIPIPQPFRPADEDHRNQFGQRDRSSSAPNVHINTIEPVNIDDLIRDQGFRGDGGSTTGLSA TPPASLPGSLTNVKALQKSPGPQRERKSSSSSEDRNRMKTLGRRDSSDDWEIPDGQITVGQRIGSGSFGTVYKGKWHGDV AVKMLNVTAPTPQQLQAFKNEVGVLRKTRHVNILLFMGYSTKPQLAIVTQWCEGSSLYHHLHIIETKFEMIKLIDIARQT AQGMDYLHAKSIIHRDLKSNNIFLHEDLTVKIGDFGLATVKSRWSGSHQFEQLSGSILWMAPEVIRMQDKNPYSFQSDVY AFGIVLYELMTGQLPYSNINNRDQIIFMVGRGYLSPDLSKVRSNCPKAMKRLMAECLKKKRDERPLFPQILASIELLARS LPKIHRSASEPSLNRAGFQTEDFSLYACASPKTPIQAGGYGAFPVH ; 0 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8VYV A 1 ? 245 ? P63104 1 ? 245 ? 1 245 2 2 8VYV C 2 ? 767 ? P15056 1 ? 766 ? 1 1174 3 1 8VYV B 1 ? 245 ? P63104 1 ? 245 ? 1 245 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 2 8VYV GLY C 1 ? UNP P15056 ? ? 'expression tag' 0 1 2 8VYV GLU C 602 ? UNP P15056 LYS 601 'engineered mutation' 967 2 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details trimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 3 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ASP A 2 ? ALA A 16 ? ASP A 2 ALA A 16 1 ? 15 HELX_P HELX_P2 AA2 ARG A 18 ? GLU A 31 ? ARG A 18 GLU A 31 1 ? 14 HELX_P HELX_P3 AA3 SER A 37 ? THR A 69 ? SER A 37 THR A 69 1 ? 33 HELX_P HELX_P4 AA4 ALA A 72 ? PHE A 104 ? ALA A 72 PHE A 104 1 ? 33 HELX_P HELX_P5 AA5 PHE A 104 ? ALA A 109 ? PHE A 104 ALA A 109 1 ? 6 HELX_P HELX_P6 AA6 GLU A 113 ? ALA A 133 ? GLU A 113 ALA A 133 1 ? 21 HELX_P HELX_P7 AA7 ASP A 136 ? GLU A 154 ? ASP A 136 GLU A 154 1 ? 19 HELX_P HELX_P8 AA8 HIS A 164 ? ILE A 181 ? HIS A 164 ILE A 181 1 ? 18 HELX_P HELX_P9 AA9 SER A 184 ? LEU A 203 ? SER A 184 LEU A 203 1 ? 20 HELX_P HELX_P10 AB1 SER A 207 ? TRP A 228 ? SER A 207 TRP A 228 1 ? 22 HELX_P HELX_P11 AB2 GLN B 495 ? ARG B 507 ? GLN C 860 ARG C 872 1 ? 13 HELX_P HELX_P12 AB3 SER B 537 ? HIS B 543 ? SER C 902 HIS C 908 1 ? 7 HELX_P HELX_P13 AB4 LYS B 553 ? LYS B 571 ? LYS C 918 LYS C 936 1 ? 19 HELX_P HELX_P14 AB5 GLU B 587 ? LEU B 589 ? GLU C 952 LEU C 954 5 ? 3 HELX_P HELX_P15 AB6 SER B 617 ? MET B 621 ? SER C 982 MET C 986 5 ? 5 HELX_P HELX_P16 AB7 SER B 635 ? GLY B 653 ? SER C 1000 GLY C 1018 1 ? 19 HELX_P HELX_P17 AB8 PRO B 687 ? LEU B 698 ? PRO C 1052 LEU C 1063 1 ? 12 HELX_P HELX_P18 AB9 LEU B 707 ? LEU B 718 ? LEU C 1072 LEU C 1083 1 ? 12 HELX_P HELX_P19 AC1 ASP C 2 ? ALA C 16 ? ASP B 2 ALA B 16 1 ? 15 HELX_P HELX_P20 AC2 ARG C 18 ? ALA C 34 ? ARG B 18 ALA B 34 1 ? 17 HELX_P HELX_P21 AC3 GLU C 39 ? GLU C 70 ? GLU B 39 GLU B 70 1 ? 32 HELX_P HELX_P22 AC4 LYS C 74 ? GLN C 76 ? LYS B 74 GLN B 76 5 ? 3 HELX_P HELX_P23 AC5 GLN C 77 ? PHE C 104 ? GLN B 77 PHE B 104 1 ? 28 HELX_P HELX_P24 AC6 GLN C 111 ? ALA C 133 ? GLN B 111 ALA B 133 1 ? 23 HELX_P HELX_P25 AC7 ALA C 134 ? MET C 160 ? ALA B 134 MET B 160 1 ? 27 HELX_P HELX_P26 AC8 PRO C 165 ? LEU C 182 ? PRO B 165 LEU B 182 1 ? 18 HELX_P HELX_P27 AC9 SER C 184 ? GLU C 202 ? SER B 184 GLU B 202 1 ? 19 HELX_P HELX_P28 AD1 LEU C 203 ? LEU C 206 ? LEU B 203 LEU B 206 5 ? 4 HELX_P HELX_P29 AD2 SER C 207 ? THR C 229 ? SER B 207 THR B 229 1 ? 23 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role covale1 covale both ? B SER 365 C ? ? ? 1_555 B SEP 366 N ? ? C SER 364 C SEP 365 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.343 ? ? covale2 covale both ? B SEP 730 C ? ? ? 1_555 B GLU 731 N ? ? C SEP 1137 C GLU 1138 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? ? # _struct_conn_type.id covale _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _pdbx_modification_feature.ordinal _pdbx_modification_feature.label_comp_id _pdbx_modification_feature.label_asym_id _pdbx_modification_feature.label_seq_id _pdbx_modification_feature.label_alt_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id _pdbx_modification_feature.auth_comp_id _pdbx_modification_feature.auth_asym_id _pdbx_modification_feature.auth_seq_id _pdbx_modification_feature.PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.symmetry _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id _pdbx_modification_feature.ref_comp_id _pdbx_modification_feature.type _pdbx_modification_feature.category 1 SEP B 366 ? . . . . SEP C 365 ? 1_555 . . . . . . . SER 1 SEP Phosphorylation 'Named protein modification' 2 SEP B 730 ? . . . . SEP C 1137 ? 1_555 . . . . . . . SER 1 SEP Phosphorylation 'Named protein modification' # _struct_mon_prot_cis.pdbx_id 1 _struct_mon_prot_cis.label_comp_id LYS _struct_mon_prot_cis.label_seq_id 523 _struct_mon_prot_cis.label_asym_id B _struct_mon_prot_cis.label_alt_id . _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code ? _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id LYS _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id 888 _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id C _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 PRO _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 524 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 B _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 ? _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 PRO _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 889 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 C _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num 1 _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1.72 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 5 ? AA2 ? 2 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA1 4 5 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 THR B 459 ? ARG B 463 ? THR C 824 ARG C 828 AA1 2 VAL B 472 ? LYS B 476 ? VAL C 837 LYS C 841 AA1 3 ASP B 480 ? LYS B 484 ? ASP C 845 LYS C 849 AA1 4 ALA B 527 ? GLN B 531 ? ALA C 892 GLN C 896 AA1 5 PHE B 517 ? SER B 521 ? PHE C 882 SER C 886 AA2 1 PHE B 584 ? HIS B 586 ? PHE C 949 HIS C 951 AA2 2 THR B 590 ? LYS B 592 ? THR C 955 LYS C 957 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 N GLN B 462 ? N GLN C 827 O LYS B 474 ? O LYS C 839 AA1 2 3 N TYR B 473 ? N TYR C 838 O VAL B 483 ? O VAL C 848 AA1 3 4 N LYS B 484 ? N LYS C 849 O ILE B 528 ? O ILE C 893 AA1 4 5 O VAL B 529 ? O VAL C 894 N MET B 518 ? N MET C 883 AA2 1 2 N PHE B 584 ? N PHE C 949 O LYS B 592 ? O LYS C 957 # _pdbx_entry_details.entry_id 8VYV _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest N _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? _pdbx_entry_details.has_protein_modification Y # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 ARG A 18 ? ? -107.73 76.54 2 1 ARG C 875 ? ? -161.55 94.22 3 1 HIS C 876 ? ? -172.14 145.08 4 1 ARG C 941 ? ? 76.69 -10.10 5 1 ASP C 942 ? ? -143.36 38.93 6 1 LEU C 954 ? ? -147.21 -49.76 7 1 GLU B 17 ? ? 57.37 12.35 8 1 ALA B 34 ? ? 57.43 18.47 # loop_ _pdbx_struct_mod_residue.id _pdbx_struct_mod_residue.label_asym_id _pdbx_struct_mod_residue.label_comp_id _pdbx_struct_mod_residue.label_seq_id _pdbx_struct_mod_residue.auth_asym_id _pdbx_struct_mod_residue.auth_comp_id _pdbx_struct_mod_residue.auth_seq_id _pdbx_struct_mod_residue.PDB_ins_code _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id _pdbx_struct_mod_residue.details 1 B SEP 366 C SEP 365 ? SER 'modified residue' 2 B SEP 730 C SEP 1137 ? 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