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EMDB EMD-37499 ? ? # _pdbx_audit_revision_history.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_history.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_history.major_revision 1 _pdbx_audit_revision_history.minor_revision 0 _pdbx_audit_revision_history.revision_date 2024-07-31 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8WFX _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2023-09-20 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBJ _pdbx_database_status.process_site PDBJ _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Cryo-EM structure of CRISPR-Csm effector complex from Mycobacterium canettii' _pdbx_database_related.db_id EMD-37499 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_contact_author.id 2 _pdbx_contact_author.email tjiang@ibp.ac.cn _pdbx_contact_author.name_first Tao _pdbx_contact_author.name_last Jiang _pdbx_contact_author.name_mi ? _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0003-1427-4793 # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Huo, Y.' 1 ? 'Ma, X.' 2 0000-0001-8724-9930 'Jiang, T.' 3 ? # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Int.J.Biol.Macromol. _citation.journal_id_ASTM IJBMDR _citation.journal_id_CSD 0708 _citation.journal_id_ISSN 0141-8130 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 260 _citation.language ? _citation.page_first 129331 _citation.page_last 129331 _citation.title 'Type-III-A structure of mycobacteria CRISPR-Csm complexes involving atypical crRNAs.' _citation.year 2024 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1016/j.ijbiomac.2024.129331 _citation.pdbx_database_id_PubMed 38218299 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Zhang, H.' 1 ? primary 'Shi, M.' 2 ? primary 'Ma, X.' 3 ? primary 'Liu, M.' 4 ? primary 'Wang, N.' 5 ? primary 'Lu, Q.' 6 ? primary 'Li, Z.' 7 ? primary 'Zhao, Y.' 8 ? primary 'Zhao, H.' 9 ? primary 'Chen, H.' 10 ? primary 'Zhang, H.' 11 ? primary 'Jiang, T.' 12 ? primary 'Ouyang, S.' 13 ? primary 'Huo, Y.' 14 ? primary 'Bi, L.' 15 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'CRISPR system Cms protein Csm4' 32264.770 1 ? ? ? ? 2 polymer man 'RNA (50-MER)' 16001.554 1 ? ? ? ? 3 polymer man 'CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 (subtype III-A)' 91957.586 1 ? ? ? ? 4 polymer man 'CRISPR system Cms protein Csm5' 42167.949 1 ? ? ? ? 5 polymer man 'CRISPR system Cms protein Csm2' 15006.156 5 ? ? ? 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;MIPALIETVIGCLLHDIGKPVQRAALGYRGRHSAIGRAFVKKIWLRDGRNPSEFADEVYEPDIEVFDRRILDAISYHHSS ALRTAAENGRLAADAPAYVAYIADNIAAGTDRRKADSDDGQGASTWDSDTPLYSVFNRFGADTANLTFAPEMLDDREPMN IPSARRIEFDKYRYTEIVNKLEAVLVDLECSDTYLASLLNVLEATLSFVPSSTDASEVVDVSLFDHLKLTGALGACIWHY LQATGQSDFKSALFDKQDTFYNEKAFLLTTFDVSGIQDFIYTIHSSGAAKMLRARSFYLEMLTEHLIDELLARVGLSRAN LNYSGGGHAYLLLPNTEFARNSLEEFEREANEWLLENFATWLFIATGSVPLAANDLMRRPNESGPQAHDRALRYSGLYRE LSEQLSAKKLARYSADQLRELNSSDHDGQKGDRECSVCHTVNRTIKTINDLLLCSLCQALTAASQQIQSESRRFLLISEE SSDGLPLPFGATLTFCSESGAKQALQQPQTRRLYAKNKFFAGESLGTGLWVGDYVAQMEFGDYVKRASGIARLGVLRLDV DNLGQAFTHGFMKQGNGKFNTISRTAAFSRMLSLFFRQHINYVLKHPKLRPLTGDDPERSRRATIIYSGGDDVFVVGAWD DVIEFGIELRERFHEFTQGKLTVSAGIGMFPDKYPISVMAREVGDLEGAAKSLPGKNGVALFDPEFTFRWDELLSKVIEE KYRHIADYFRCNEERGMAFIYKLLELLDQRGDRITEARWVYFLMRMRGPTDDTTRFQQFANRLHQWFQDPSDAKQLKTAL HLYIYRNRKEESE ; A ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MSQYLKPFELTLRCLGPVFIGSGEKRTPKEYVASTSMVYFPDMERLYADVAAQGKSESFEEFMMNTGKAQPDERFNEWIA ENGVKVSPKNHGGYGVKIGSIVPGRAHRGRDGQMIQEQRQLNDIHSFIKDVLGNPYVPGSSVKGMLRSIYLQSLVHQRTA QPVRVPGHQTREHRQYGERFERKELRKSGRPNTRPQDAVNDLFQAIRVTDSPGLRTSDLLICQKMDVNVHGKPDGLPLFR ECLAPGTSISLRVVVDTSPTARGGWPAGERFLETLSDTVAFVNKARYAEYAAKYWDDDPQFGPIVYLGGGAGYRSKTFVT QQDDMAKVLDAQFPKIKHVAKTRDLGVSPLVLKLTKIGDKYYEMGQCELSIRRAE ; ;MSQYLKPFELTLRCLGPVFIGSGEKRTPKEYVASTSMVYFPDMERLYADVAAQGKSESFEEFMMNTGKAQPDERFNEWIA ENGVKVSPKNHGGYGVKIGSIVPGRAHRGRDGQMIQEQRQLNDIHSFIKDVLGNPYVPGSSVKGMLRSIYLQSLVHQRTA QPVRVPGHQTREHRQYGERFERKELRKSGRPNTRPQDAVNDLFQAIRVTDSPGLRTSDLLICQKMDVNVHGKPDGLPLFR ECLAPGTSISLRVVVDTSPTARGGWPAGERFLETLSDTVAFVNKARYAEYAAKYWDDDPQFGPIVYLGGGAGYRSKTFVT QQDDMAKVLDAQFPKIKHVAKTRDLGVSPLVLKLTKIGDKYYEMGQCELSIRRAE ; N ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MSVIQDDYVKQAEQVIRGLPKKNGDFELTTTQLRVLLSLTAQLFDEAQLSSDQNLSPALRDKVQYLRVRFVYQAGREKAV RVFVERAGLLDELAQIGDSRDRLLKFCHYMEALVAYKKFLDPKETSKETE ; ;MSVIQDDYVKQAEQVIRGLPKKNGDFELTTTQLRVLLSLTAQLFDEAQLSSDQNLSPALRDKVQYLRVRFVYQAGREKAV RVFVERAGLLDELAQIGDSRDRLLKFCHYMEALVAYKKFLDPKETSKETE ; E,C,B,D,F ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MITGYAKIEITGTITVVTGLHIGAGDGFSAIGAVDKPVVRDPLTKWPMIPGTSLKGKVRTLLSRQYGADTETFYRKPNDD PAQIRRLFGDTKEYKTGRLVFRDTKLTNKDDLEARGAKTLTEVKFENAINRVTAKANPRQMERVIPGSEFAFSLVYEVSF GTPDEEQKASLPSSDEIIEDFNAIARGLKLLELDYLGGSGTRGYGQVKFSDLKARAAVGTLDRSLLEMLNHELAAV ; ;MITGYAKIEITGTITVVTGLHIGAGDGFSAIGAVDKPVVRDPLTKWPMIPGTSLKGKVRTLLSRQYGADTETFYRKPNDD PAQIRRLFGDTKEYKTGRLVFRDTKLTNKDDLEARGAKTLTEVKFENAINRVTAKANPRQMERVIPGSEFAFSLVYEVSF GTPDEEQKASLPSSDEIIEDFNAIARGLKLLELDYLGGSGTRGYGQVKFSDLKARAAVGTLDRSLLEMLNHELAAV ; I,J,K,L,G,H ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 ASN n 1 3 SER n 1 4 ARG n 1 5 LEU n 1 6 PHE n 1 7 ARG n 1 8 PHE n 1 9 ASP n 1 10 VAL n 1 11 VAL n 1 12 ARG n 1 13 THR n 1 14 HIS n 1 15 PHE n 1 16 GLY n 1 17 ASP n 1 18 HIS n 1 19 GLY n 1 20 LEU n 1 21 GLU n 1 22 SER n 1 23 SER n 1 24 THR n 1 25 ILE n 1 26 GLY n 1 27 CYS n 1 28 PRO n 1 29 ALA n 1 30 ASP n 1 31 THR n 1 32 LEU n 1 33 TYR n 1 34 SER n 1 35 ALA n 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H . n O 6 222 ASP 222 222 222 ASP ASP H . n O 6 223 ARG 223 223 223 ARG ARG H . n O 6 224 SER 224 224 224 SER SER H . n O 6 225 LEU 225 225 225 LEU LEU H . n O 6 226 LEU 226 226 226 LEU LEU H . n O 6 227 GLU 227 227 227 GLU GLU H . n O 6 228 MET 228 228 228 MET MET H . n O 6 229 LEU 229 229 229 LEU LEU H . n O 6 230 ASN 230 230 230 ASN ASN H . n O 6 231 HIS 231 231 231 HIS HIS H . n O 6 232 GLU 232 232 232 GLU GLU H . n O 6 233 LEU 233 233 233 LEU LEU H . n O 6 234 ALA 234 234 234 ALA ALA H . n O 6 235 ALA 235 235 235 ALA ALA H . n O 6 236 VAL 236 236 236 VAL VAL H . n # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 8WFX _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 8WFX _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8WFX _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 8WFX _struct.title 'Cryo-EM structure of CRISPR-Csm effector complex from Mycobacterium canettii' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8WFX _struct_keywords.text ;Csm effector complex, Mycobacterium canettii, Cryo-EM structure, Csm1, Csm2, Csm3, Csm4, Csm5, RNA BINDING PROTEIN, RNA BINDING PROTEIN-RNA complex ; _struct_keywords.pdbx_keywords 'RNA BINDING PROTEIN/RNA' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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G0TFC2 1 ? 236 ? 1 236 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details pentadecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 15 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 THR A 31 ? 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