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EMDB EMD-37605 ? ? # _pdbx_audit_revision_history.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_history.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_history.major_revision 1 _pdbx_audit_revision_history.minor_revision 0 _pdbx_audit_revision_history.revision_date 2024-09-04 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8WKQ _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2023-09-28 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBJ _pdbx_database_status.process_site PDBJ _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible N # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type EMDB ;Cryo-EM structure of the MS ring (C1) with export apparatus and proximal rod within the flagellar motor-hook complex in the CW state. ; EMD-37605 'associated EM volume' PDB 'Cryo-EM structure of the MS ring with FlgB and FliE within the flagellar motor-hook complex in the CW state' 8WK4 unspecified EMDB 'Cryo-EM structure of the MS ring with FlgB and FliE within the flagellar motor-hook complex in the CW state' EMD-37595 'other EM volume' PDB 'Cryo-EM structure of the proximal rod-export apparatus and FlgF within the motor-hook complex in the CW state' 8WK3 unspecified EMDB 'Cryo-EM structure of the proximal rod-export apparatus and FlgF within the motor-hook complex in the CW state' EMD-37594 'other EM volume' # loop_ _pdbx_contact_author.id _pdbx_contact_author.email _pdbx_contact_author.name_first _pdbx_contact_author.name_last _pdbx_contact_author.name_mi _pdbx_contact_author.role _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 3 zhuyongqun@zju.edu.cn Yongqun Zhu ? 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F,G,H,I,J ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MAAIQGIEGVISQLQATAMAARGQDTHSQSTVSFAGQLHAALDRISDRQAAARVQAEKFTLGEPGIALNDVMADMQKASV SMQMGIQVRNKLVAAYQEVMSMQV ; ;MAAIQGIEGVISQLQATAMAARGQDTHSQSTVSFAGQLHAALDRISDRQAAARVQAEKFTLGEPGIALNDVMADMQKASV SMQMGIQVRNKLVAAYQEVMSMQV ; K,L,M,N,O,P ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MLDRLDAALRFQQEALNLRAQRQEILAANIANADTPGYQARDIDFASELKKVMVRGREETGGVALTLTSSHHIPAQAVSS PAVDLLYRVPDQPSLDGNTVDMDRERTQFADNSLKYQMGLTVLGSQLKGMMNVLQGGN ; ;MLDRLDAALRFQQEALNLRAQRQEILAANIANADTPGYQARDIDFASELKKVMVRGREETGGVALTLTSSHHIPAQAVSS PAVDLLYRVPDQPSLDGNTVDMDRERTQFADNSLKYQMGLTVLGSQLKGMMNVLQGGN ; Q,R,S,T,U ? 7 'polypeptide(L)' no no ;MALLNIFDIAGSALAAQSKRLNVAASNLANADSVTGPDGQPYRAKQVVFQVDAAPGQATGGVKVASVIESQAPEKLVYEP GNPLADANGYVKMPNVDVVGEMVNTMSASRSYQANIEVLNTVKSMMLKTLTLGQ ; ;MALLNIFDIAGSALAAQSKRLNVAASNLANADSVTGPDGQPYRAKQVVFQVDAAPGQATGGVKVASVIESQAPEKLVYEP GNPLADANGYVKMPNVDVVGEMVNTMSASRSYQANIEVLNTVKSMMLKTLTLGQ ; V,W,X,Y,Z,a ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id 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ALA n 1 91 ASP n 1 92 LYS n 1 93 VAL n 1 94 HIS n 1 95 GLU n 1 96 LEU n 1 97 ARG n 1 98 LEU n 1 99 ARG n 1 100 LEU n 1 101 ALA n 1 102 GLN n 1 103 GLN n 1 104 GLY n 1 105 LEU n 1 106 PRO n 1 107 LYS n 1 108 GLY n 1 109 GLY n 1 110 ALA n 1 111 VAL n 1 112 GLY n 1 113 PHE n 1 114 GLU n 1 115 LEU n 1 116 LEU n 1 117 ASP n 1 118 GLN n 1 119 GLU n 1 120 LYS n 1 121 PHE n 1 122 GLY n 1 123 ILE n 1 124 SER n 1 125 GLN n 1 126 PHE n 1 127 SER n 1 128 GLU n 1 129 GLN n 1 130 VAL n 1 131 ASN n 1 132 TYR n 1 133 GLN n 1 134 ARG n 1 135 ALA n 1 136 LEU n 1 137 GLU n 1 138 GLY n 1 139 GLU n 1 140 LEU n 1 141 ALA n 1 142 ARG n 1 143 THR n 1 144 ILE n 1 145 GLU n 1 146 THR n 1 147 LEU n 1 148 GLY n 1 149 PRO n 1 150 VAL n 1 151 LYS n 1 152 SER n 1 153 ALA n 1 154 ARG n 1 155 VAL n 1 156 HIS n 1 157 LEU n 1 158 ALA n 1 159 MET n 1 160 PRO n 1 161 LYS n 1 162 PRO n 1 163 SER n 1 164 LEU n 1 165 PHE n 1 166 VAL n 1 167 ARG n 1 168 GLU n 1 169 GLN n 1 170 LYS n 1 171 SER n 1 172 PRO n 1 173 SER n 1 174 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YC N N 1 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP FLIF_SALTY P15928 ? 1 ;MSATASTATQPKPLEWLNRLRANPRIPLIVAGSAAVAIVVAMVLWAKTPDYRTLFSNLSDQDGGAIVAQLTQMNIPYRFA NGSGAIEVPADKVHELRLRLAQQGLPKGGAVGFELLDQEKFGISQFSEQVNYQRALEGELARTIETLGPVKSARVHLAMP KPSLFVREQKSPSASVTVTLEPGRALDEGQISAVVHLVSSAVAGLPPGNVTLVDQSGHLLTQSNTSGRDLNDAQLKFAND VESRIQRRIEAILSPIVGNGNVHAQVTAQLDFANKEQTEEHYSPNGDASKATLRSRQLNISEQVGAGYPGGVPGALSNQP APPNEAPIATPPTNQQNAQNTPQTSTSTNSNSAGPRSTQRNETSNYEVDRTIRHTKMNVGDIERLSVAVVVNYKTLADGK PLPLTADQMKQIEDLTREAMGFSDKRGDTLNVVNSPFSAVDNTGGELPFWQQQSFIDQLLAAGRWLLVLVVAWILWRKAV RPQLTRRVEEAKAAQEQAQVRQETEEAVEVRLSKDEQLQQRRANQRLGAEVMSQRIREMSDNDPRVVALVIRQWMSNDHE ; 1 2 UNP FLIQ_SALTY P0A1L5 ? 2 ;MTPESVMMMGTEAMKVALALAAPLLLVALITGLIISILQAATQINEMTLSFIPKIVAVFIAIIVAGPWMLNLLLDYVRTL FSNLPYIIG ; 1 3 UNP FLIR_SALTY P54702 ? 3 ;MIQVTSEQWLYWLHLYFWPLLRVLALISTAPILSERAIPKRVKLGLGIMITLVIAPSLPANDTPLFSIAALWLAMQQILI GIALGFTMQFAFAAVRTAGEFIGLQMGLSFATFVDPGSHLNMPVLARIMDMLAMLLFLTFNGHLWLISLLVDTFHTLPIG SNPVNSNAFMALARAGGLIFLNGLMLALPVITLLLTLNLALGLLNRMAPQLSIFVIGFPLTLTVGIMLMAALMPLIAPFC EHLFSEIFNLLADIVSEMPINNNP ; 1 4 UNP FLIP_SALTY P54700 ? 4 ;MRRLLFLSLAGLWLFSPAAAAQLPGLISQPLAGGGQSWSLSVQTLVFITSLTFLPAILLMMTSFTRIIIVFGLLRNALGT PSAPPNQVLLGLALFLTFFIMSPVIDKIYVDAYQPFSEQKISMQEALDKGAQPLRAFMLRQTREADLALFARLANSGPLQ GPEAVPMRILLPAYVTSELKTAFQIGFTIFIPFLIIDLVIASVLMALGMMMVPPATIALPFKLMLFVLVDGWQLLMGSLA QSFYS ; 1 5 UNP FLIE_SALTY P26462 ? 5 ;MAAIQGIEGVISQLQATAMAARGQDTHSQSTVSFAGQLHAALDRISDRQAAARVQAEKFTLGEPGIALNDVMADMQKASV SMQMGIQVRNKLVAAYQEVMSMQV ; 1 6 UNP FLGB_SALTY P16437 ? 6 ;MLDRLDAALRFQQEALNLRAQRQEILAANIANADTPGYQARDIDFASELKKVMVRGREETGGVALTLTSSHHIPAQAVSS PAVDLLYRVPDQPSLDGNTVDMDRERTQFADNSLKYQMGLTVLGSQLKGMMNVLQGGN ; 1 7 UNP FLGC_SALTY P0A1I7 ? 7 ;MALLNIFDIAGSALAAQSKRLNVAASNLANADSVTGPDGQPYRAKQVVFQVDAAPGQATGGVKVASVIESQAPEKLVYEP GNPLADANGYVKMPNVDVVGEMVNTMSASRSYQANIEVLNTVKSMMLKTLTLGQ ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8WKQ UI 1 ? 560 ? 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parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC2 2 3 ? parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC3 2 3 ? parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC4 2 3 ? parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC5 2 3 ? parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC6 2 3 ? parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC7 2 3 ? parallel AC8 1 2 ? anti-parallel AC8 2 3 ? parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AC9 2 3 ? parallel AD1 1 2 ? anti-parallel AD1 2 3 ? parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD2 2 3 ? parallel AD3 1 2 ? anti-parallel AD3 2 3 ? parallel AD4 1 2 ? anti-parallel AD4 2 3 ? parallel AD5 1 2 ? anti-parallel AD5 2 3 ? parallel AD6 1 2 ? anti-parallel AD6 2 3 ? parallel AD7 1 2 ? anti-parallel AD7 2 3 ? parallel AD8 1 2 ? anti-parallel AD8 2 3 ? parallel AD9 1 2 ? anti-parallel AD9 2 3 ? parallel AE1 1 2 ? anti-parallel AE1 2 3 ? parallel AE2 1 2 ? anti-parallel AE2 2 3 ? parallel AE3 1 2 ? anti-parallel AE3 2 3 ? parallel AE4 1 2 ? anti-parallel AE4 2 3 ? anti-parallel AE5 1 2 ? anti-parallel AE5 2 3 ? anti-parallel AE6 1 2 ? anti-parallel AE6 2 3 ? anti-parallel AE7 1 2 ? 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HIS CA HA sing N N 134 HIS C O doub N N 135 HIS C OXT sing N N 136 HIS CB CG sing N N 137 HIS CB HB2 sing N N 138 HIS CB HB3 sing N N 139 HIS CG ND1 sing Y N 140 HIS CG CD2 doub Y N 141 HIS ND1 CE1 doub Y N 142 HIS ND1 HD1 sing N N 143 HIS CD2 NE2 sing Y N 144 HIS CD2 HD2 sing N N 145 HIS CE1 NE2 sing Y N 146 HIS CE1 HE1 sing N N 147 HIS NE2 HE2 sing N N 148 HIS OXT HXT sing N N 149 ILE N CA sing N N 150 ILE N H sing N N 151 ILE N H2 sing N N 152 ILE CA C sing N N 153 ILE CA CB sing N N 154 ILE CA HA sing N N 155 ILE C O doub N N 156 ILE C OXT sing N N 157 ILE CB CG1 sing N N 158 ILE CB CG2 sing N N 159 ILE CB HB sing N N 160 ILE CG1 CD1 sing N N 161 ILE CG1 HG12 sing N N 162 ILE CG1 HG13 sing N N 163 ILE CG2 HG21 sing N N 164 ILE CG2 HG22 sing N N 165 ILE CG2 HG23 sing N N 166 ILE CD1 HD11 sing N N 167 ILE CD1 HD12 sing N N 168 ILE CD1 HD13 sing N N 169 ILE OXT HXT sing N N 170 LEU N CA sing N N 171 LEU N H sing N N 172 LEU N H2 sing N N 173 LEU CA C sing N N 174 LEU CA CB sing N N 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state. ; # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.id _em_buffer_component.name 1 11.7 mM Tris-HCl 1 'tris(hydroxymethyl)aminomethane hydrochloride' 1 4.17 mM EDTA 2 'ethylenediaminetetraacetic acid' 1 0.083 '% v/v' TX-100 3 'octylphenol ethoxylate' 1 25 mM NaCl 4 'sodium chloride' # _em_ctf_correction.details ? _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.units ? _em_entity_assembly_molwt.value ? # _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location ? _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.id 2 _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 99287 _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2' _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.strain ? _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? _em_entity_assembly_naturalsource.details ? # _em_image_processing.details ? _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 # _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 50 _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'FEI FALCON IV (4k x 4k)' _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images ? # _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width 10 _em_imaging_optics.energyfilter_name 'TFS Selectris' _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.details ? # _em_particle_selection.details 'Particles were manually picked using cryoSPARC' _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 46058 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.category _em_software.details _em_software.id _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id _em_software.name _em_software.version 'PARTICLE SELECTION' ? 1 1 ? ? cryoSPARC 4.1.1 'IMAGE ACQUISITION' ? 2 ? ? 1 EPU ? 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PHENIX 1.20.1_4487: # _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ;This sample was prepared by incubating the C ring-containing flagellar motor-hook complex with the constitutively active mutant of CheY (CheY**) ; _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'National Natural Science Foundation of China (NSFC)' China 81925024 1 'National Natural Science Foundation of China (NSFC)' China U23A20163 2 'Ministry of Science and Technology (MoST, China)' China 2017YFA0503900 3 # loop_ _pdbx_initial_refinement_model.id _pdbx_initial_refinement_model.type _pdbx_initial_refinement_model.source_name _pdbx_initial_refinement_model.accession_code 1 'in silico model' Other ? 2 'in silico model' AlphaFold ? # _atom_sites.entry_id 8WKQ _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[1] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[2] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[3] ? _atom_sites.Cartn_transform_axes ? _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 _atom_sites.solution_primary ? _atom_sites.solution_secondary ? _atom_sites.solution_hydrogens ? _atom_sites.special_details ? # loop_ _atom_type.symbol C N O S # loop_