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UNP P0A2D5 TYR 106 'engineered mutation' 106 6 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 21-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 21 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 MET A 51 ? 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THR T 147 LYS T 170 1 ? 24 HELX_P HELX_P58 AG4 GLN J 185 ? THR J 189 ? GLN T 185 THR T 189 5 ? 5 HELX_P HELX_P59 AG5 PHE J 221 ? GLU J 225 ? PHE T 221 GLU T 225 1 ? 5 HELX_P HELX_P60 AG6 LEU J 227 ? ASN J 233 ? LEU T 227 ASN T 233 1 ? 7 HELX_P HELX_P61 AG7 HIS J 241 ? GLN J 255 ? HIS T 241 GLN T 255 1 ? 15 HELX_P HELX_P62 AG8 ARG J 271 ? LYS J 277 ? ARG T 271 LYS T 277 1 ? 7 HELX_P HELX_P63 AG9 SER K 5 ? ILE K 17 ? SER a 5 ILE a 17 1 ? 13 HELX_P HELX_P64 AH1 GLY K 18 ? LYS K 27 ? GLY a 18 LYS a 27 1 ? 10 HELX_P HELX_P65 AH2 SER K 30 ? ASN K 43 ? SER a 30 ASN a 43 1 ? 14 HELX_P HELX_P66 AH3 SER K 48 ? PHE K 66 ? SER a 48 PHE a 66 1 ? 19 HELX_P HELX_P67 AH4 ASN K 72 ? LEU K 85 ? ASN a 72 LEU a 85 1 ? 14 HELX_P HELX_P68 AH5 ILE K 97 ? MET K 113 ? ILE a 97 MET a 113 1 ? 17 HELX_P HELX_P69 AH6 GLU K 114 ? ARG K 123 ? GLU a 114 ARG a 123 1 ? 10 HELX_P HELX_P70 AH7 HIS K 126 ? HIS K 136 ? HIS a 126 HIS a 136 1 ? 11 HELX_P HELX_P71 AH8 LYS K 138 ? LEU K 148 ? 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GLU b 267 ASN b 277 1 ? 11 HELX_P HELX_P128 AO2 SER R 279 ? ARG R 293 ? SER b 279 ARG b 293 1 ? 15 HELX_P HELX_P129 AO3 ARG R 297 ? THR R 318 ? ARG b 297 THR b 318 1 ? 22 HELX_P HELX_P130 AO4 PHE S 14 ? LEU S 28 ? PHE j 14 LEU j 28 1 ? 15 HELX_P HELX_P131 AO5 ASP S 38 ? GLY S 49 ? ASP j 38 GLY j 49 1 ? 12 HELX_P HELX_P132 AO6 ASP S 64 ? ASP S 75 ? ASP j 64 ASP j 75 1 ? 12 HELX_P HELX_P133 AO7 SER S 76 ? SER S 79 ? SER j 76 SER j 79 5 ? 4 HELX_P HELX_P134 AO8 LYS S 91 ? GLY S 102 ? LYS j 91 GLY j 102 1 ? 12 HELX_P HELX_P135 AO9 THR S 112 ? LEU S 127 ? THR j 112 LEU j 127 1 ? 16 HELX_P HELX_P136 AP1 GLN T 52 ? ASP T 59 ? GLN q 52 ASP q 59 1 ? 8 HELX_P HELX_P137 AP2 ILE T 75 ? ARG T 80 ? ILE q 75 ARG q 80 1 ? 6 HELX_P HELX_P138 AP3 ILE T 126 ? ARG T 137 ? ILE q 126 ARG q 137 1 ? 12 HELX_P HELX_P139 AP4 GLN U 52 ? ASP U 59 ? GLN w 52 ASP w 59 1 ? 8 HELX_P HELX_P140 AP5 ILE U 75 ? ARG U 80 ? ILE w 75 ARG w 80 1 ? 6 HELX_P HELX_P141 AP6 THR U 127 ? ARG U 137 ? THR w 127 ARG w 137 1 ? 11 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 VAL 98 C . ? VAL 98 S PRO 99 C ? PRO 99 S 1 -3.55 2 LYS 108 C . ? LYS 108 S PRO 109 C ? PRO 109 S 1 -0.04 3 LYS 109 E . ? LYS 109 h PRO 110 E ? PRO 110 h 1 -4.75 4 VAL 98 J . ? VAL 98 T PRO 99 J ? 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LYS w 63 THR w 74 AA4 5 PRO O 61 ? ARG O 72 ? PRO AB 61 ARG AB 72 AA4 6 LEU O 97 ? ILE O 101 ? LEU AB 97 ILE AB 101 AA4 7 TYR O 104 ? VAL O 114 ? TYR AB 104 VAL AB 114 AA4 8 LYS O 117 ? ILE O 125 ? LYS AB 117 ILE AB 125 AA5 1 PRO C 77 ? VAL C 81 ? PRO S 77 VAL S 81 AA5 2 ILE C 198 ? ILE C 208 ? ILE S 198 ILE S 208 AA5 3 ARG C 85 ? PRO C 88 ? ARG S 85 PRO S 88 AA6 1 PRO C 77 ? VAL C 81 ? PRO S 77 VAL S 81 AA6 2 ILE C 198 ? ILE C 208 ? ILE S 198 ILE S 208 AA6 3 LEU C 211 ? PRO C 220 ? LEU S 211 PRO S 220 AA6 4 GLY C 114 ? PHE C 118 ? GLY S 114 PHE S 118 AA6 5 ASN C 101 ? LYS C 108 ? ASN S 101 LYS S 108 AA6 6 GLU C 176 ? GLU C 183 ? GLU S 176 GLU S 183 AA7 1 VAL C 283 ? PRO C 285 ? VAL S 283 PRO S 285 AA7 2 LYS F 117 ? ASP F 124 ? LYS o 117 ASP o 124 AA7 3 TYR F 104 ? VAL F 114 ? TYR o 104 VAL o 114 AA7 4 LEU F 97 ? ILE F 101 ? LEU o 97 ILE o 101 AA7 5 VAL F 62 ? THR F 74 ? VAL o 62 THR o 74 AA7 6 GLU C 258 ? LEU C 270 ? GLU S 258 LEU S 270 AA7 7 ILE C 292 ? VAL C 296 ? 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sing N N 346 TYR CD2 CE2 doub Y N 347 TYR CD2 HD2 sing N N 348 TYR CE1 CZ doub Y N 349 TYR CE1 HE1 sing N N 350 TYR CE2 CZ sing Y N 351 TYR CE2 HE2 sing N N 352 TYR CZ OH sing N N 353 TYR OH HH sing N N 354 TYR OXT HXT sing N N 355 VAL N CA sing N N 356 VAL N H sing N N 357 VAL N H2 sing N N 358 VAL CA C sing N N 359 VAL CA CB sing N N 360 VAL CA HA sing N N 361 VAL C O doub N N 362 VAL C OXT sing N N 363 VAL CB CG1 sing N N 364 VAL CB CG2 sing N N 365 VAL CB HB sing N N 366 VAL CG1 HG11 sing N N 367 VAL CG1 HG12 sing N N 368 VAL CG1 HG13 sing N N 369 VAL CG2 HG21 sing N N 370 VAL CG2 HG22 sing N N 371 VAL CG2 HG23 sing N N 372 VAL OXT HXT sing N N 373 # _em_admin.current_status REL _em_admin.deposition_date 2024-01-02 _em_admin.deposition_site PDBJ _em_admin.entry_id 8XP1 _em_admin.last_update 2024-09-04 _em_admin.map_release_date 2024-09-04 _em_admin.title 'Cryo-EM structure of the protomers of the C ring in the CW state' # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.id _em_buffer_component.name 1 11.7 mM Tris-HCl 1 'tris(hydroxymethyl)aminomethane hydrochloride' 1 4.17 mM EDTA 2 'ethylenediaminetetraacetic acid' 1 0.083 '% v/v' TX-100 3 'octylphenol ethoxylate' 1 25 mM NaCl 4 'sodium chloride' # _em_ctf_correction.details ? _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' # loop_ _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag _em_entity_assembly_molwt.id _em_entity_assembly_molwt.units _em_entity_assembly_molwt.value 1 NO 1 ? ? 1 NO 2 ? ? # loop_ _em_entity_assembly_naturalsource.cell _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id _em_entity_assembly_naturalsource.id _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 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LT2' ? ? ? ? ? # _em_entity_assembly_recombinant.cell ? _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_recombinant.id 2 _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id 469008 _em_entity_assembly_recombinant.organism 'Escherichia coli BL21(DE3)' _em_entity_assembly_recombinant.plasmid ? _em_entity_assembly_recombinant.strain ? # _em_image_processing.details ? _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 # _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 50 _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'FEI FALCON IV (4k x 4k)' _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images ? # _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width 10 _em_imaging_optics.energyfilter_name 'TFS Selectris' _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.details ? # _em_particle_selection.details 'Particles were manually picked using cryoSPARC' _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 46058 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.category _em_software.details _em_software.id _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id _em_software.name _em_software.version 'PARTICLE SELECTION' ? 1 1 ? ? cryoSPARC 4.1.1 'IMAGE ACQUISITION' ? 2 ? ? 1 EPU ? 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PHENIX 1.20.1_4487: # _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ;This sample was prepared by incubating the C ring-containing flagellar motor-hook complex with the constitutively active mutant of CheY (CheY**) ; _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'National Natural Science Foundation of China (NSFC)' China 81925024 1 'National Natural Science Foundation of China (NSFC)' China U23A20163 2 'Ministry of Science and Technology (MoST, China)' China 2017YFA0503900 3 # _pdbx_initial_refinement_model.id 1 _pdbx_initial_refinement_model.entity_id_list ? _pdbx_initial_refinement_model.type 'in silico model' _pdbx_initial_refinement_model.source_name AlphaFold _pdbx_initial_refinement_model.accession_code ? _pdbx_initial_refinement_model.details ? # _atom_sites.entry_id 8XP1 _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[1] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[2] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[3] ? _atom_sites.Cartn_transform_axes ? _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 _atom_sites.solution_primary ? _atom_sites.solution_secondary ? _atom_sites.solution_hydrogens ? _atom_sites.special_details ? # loop_ _atom_type.symbol C N O S # loop_