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EMDB EMD-38879 ? ? # _pdbx_audit_revision_history.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_history.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_history.major_revision 1 _pdbx_audit_revision_history.minor_revision 0 _pdbx_audit_revision_history.revision_date 2025-01-29 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8Y3E _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2024-01-29 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBJ _pdbx_database_status.process_site PDBJ _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Cryo-EM structure of the overlapping di-nucleosome (open form)' _pdbx_database_related.db_id EMD-38879 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_contact_author.id 3 _pdbx_contact_author.email kurumizaka@iqb.u-tokyo.ac.jp _pdbx_contact_author.name_first Hitoshi _pdbx_contact_author.name_last Kurumizaka _pdbx_contact_author.name_mi ? _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0001-7412-3722 # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Tanaka, H.' 1 ? 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_citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Shimizu, M.' 1 0000-0001-6249-1018 primary 'Tanaka, H.' 2 0000-0002-7404-3527 primary 'Nishimura, M.' 3 ? primary 'Sato, N.' 4 0000-0002-6960-6567 primary 'Nozawa, K.' 5 0000-0001-6677-7195 primary 'Ehara, H.' 6 0000-0002-7420-145X primary 'Sekine, S.I.' 7 0000-0001-8174-8704 primary 'Morishima, K.' 8 ? primary 'Inoue, R.' 9 0000-0001-6644-880X primary 'Takizawa, Y.' 10 0000-0002-6265-4830 primary 'Kurumizaka, H.' 11 0000-0001-7412-3722 primary 'Sugiyama, M.' 12 0000-0003-2416-1426 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Histone H3.1' 15719.445 4 ? ? ? ? 2 polymer man 'Histone H4' 11676.703 4 ? ? ? ? 3 polymer man 'Histone H2A type 1-B/E' 14447.825 3 ? ? ? ? 4 polymer man 'Histone H2B type 1-J' 14217.516 3 ? ? ? ? 5 polymer syn 'DNA 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;GSHMSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHA KRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;GSHMSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHA KRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; B,F,L,P ? 3 'polypeptide(L)' no no ;GSHMSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKT RIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; ;GSHMSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKT RIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; C,G,M ? 4 'polypeptide(L)' no no ;GSHMPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGE ASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; ;GSHMPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGE ASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; D,H,N ? 5 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) 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;ATCGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTA CGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCTCGAGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGT TAAAACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGG GATTCTCGAT ; I ? 6 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA) (DG)(DG)(DC)(DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG) (DT)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT) 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ALA n 1 116 ILE n 1 117 HIS n 1 118 ALA n 1 119 LYS n 1 120 ARG n 1 121 VAL n 1 122 THR n 1 123 ILE n 1 124 MET n 1 125 PRO n 1 126 LYS n 1 127 ASP n 1 128 ILE n 1 129 GLN n 1 130 LEU n 1 131 ALA n 1 132 ARG n 1 133 ARG n 1 134 ILE n 1 135 ARG n 1 136 GLY n 1 137 GLU n 1 138 ARG n 1 139 ALA n 2 1 GLY n 2 2 SER n 2 3 HIS n 2 4 MET n 2 5 SER n 2 6 GLY n 2 7 ARG n 2 8 GLY n 2 9 LYS n 2 10 GLY n 2 11 GLY n 2 12 LYS n 2 13 GLY n 2 14 LEU n 2 15 GLY n 2 16 LYS n 2 17 GLY n 2 18 GLY n 2 19 ALA n 2 20 LYS n 2 21 ARG n 2 22 HIS n 2 23 ARG n 2 24 LYS n 2 25 VAL n 2 26 LEU n 2 27 ARG n 2 28 ASP n 2 29 ASN n 2 30 ILE n 2 31 GLN n 2 32 GLY n 2 33 ILE n 2 34 THR n 2 35 LYS n 2 36 PRO n 2 37 ALA n 2 38 ILE n 2 39 ARG n 2 40 ARG n 2 41 LEU n 2 42 ALA n 2 43 ARG n 2 44 ARG n 2 45 GLY n 2 46 GLY n 2 47 VAL n 2 48 LYS n 2 49 ARG n 2 50 ILE n 2 51 SER n 2 52 GLY n 2 53 LEU n 2 54 ILE n 2 55 TYR n 2 56 GLU n 2 57 GLU n 2 58 THR n 2 59 ARG n 2 60 GLY n 2 61 VAL n 2 62 LEU n 2 63 LYS n 2 64 VAL n 2 65 PHE n 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P . n # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 8Y3E _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 8Y3E _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8Y3E _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 8Y3E _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.005 ? 21459 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.903 ? 31136 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 33.961 ? 6400 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.047 ? 3551 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.006 ? 2203 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8Y3E _struct.title 'Cryo-EM structure of the overlapping di-nucleosome (open form)' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8Y3E _struct_keywords.text 'chromatin, GENE REGULATION, GENE REGULATION-DNA complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'GENE REGULATION/DNA' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 4 ? I N N 5 ? J N N 6 ? K N N 1 ? L N N 2 ? M N N 3 ? N N N 4 ? O N N 1 ? P N N 2 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP H31_HUMAN P68431 ? 1 ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVMALQEACEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; 1 2 UNP H4_HUMAN P62805 ? 2 ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 1 3 UNP H2A1B_HUMAN P04908 ? 3 ;MSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; 1 4 UNP H2B1J_HUMAN P06899 ? 4 ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; 1 5 PDB 8Y3E 8Y3E ? 5 ? 1 6 PDB 8Y3E 8Y3E ? 6 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8Y3E A 4 ? 139 ? 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P62805 1 ? 103 ? 0 102 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 8Y3E GLY A 1 ? UNP P68431 ? ? 'expression tag' -3 1 1 8Y3E SER A 2 ? UNP P68431 ? ? 'expression tag' -2 2 1 8Y3E HIS A 3 ? UNP P68431 ? ? 'expression tag' -1 3 2 8Y3E GLY B 1 ? UNP P62805 ? ? 'expression tag' -3 4 2 8Y3E SER B 2 ? UNP P62805 ? ? 'expression tag' -2 5 2 8Y3E HIS B 3 ? UNP P62805 ? ? 'expression tag' -1 6 3 8Y3E GLY C 1 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -3 7 3 8Y3E SER C 2 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -2 8 3 8Y3E HIS C 3 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -1 9 4 8Y3E GLY D 1 ? UNP P06899 ? ? 'expression tag' -3 10 4 8Y3E SER D 2 ? UNP P06899 ? ? 'expression tag' -2 11 4 8Y3E HIS D 3 ? UNP P06899 ? ? 'expression tag' -1 12 5 8Y3E GLY E 1 ? UNP P68431 ? ? 'expression tag' -3 13 5 8Y3E SER E 2 ? UNP P68431 ? ? 'expression tag' -2 14 5 8Y3E HIS E 3 ? UNP P68431 ? ? 'expression tag' -1 15 6 8Y3E GLY F 1 ? UNP P62805 ? ? 'expression tag' -3 16 6 8Y3E SER F 2 ? UNP P62805 ? ? 'expression tag' -2 17 6 8Y3E HIS F 3 ? UNP P62805 ? ? 'expression tag' -1 18 7 8Y3E GLY G 1 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -3 19 7 8Y3E SER G 2 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -2 20 7 8Y3E HIS G 3 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -1 21 8 8Y3E GLY H 1 ? UNP P06899 ? ? 'expression tag' -3 22 8 8Y3E SER H 2 ? UNP P06899 ? ? 'expression tag' -2 23 8 8Y3E HIS H 3 ? UNP P06899 ? ? 'expression tag' -1 24 11 8Y3E GLY K 1 ? UNP P68431 ? ? 'expression tag' -3 25 11 8Y3E SER K 2 ? UNP P68431 ? ? 'expression tag' -2 26 11 8Y3E HIS K 3 ? UNP P68431 ? ? 'expression tag' -1 27 12 8Y3E GLY L 1 ? UNP P62805 ? ? 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