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E THR 513 CG2 3374 1 Y 1 D VAL 514 ? CG1 ? E VAL 514 CG1 3375 1 Y 1 D VAL 514 ? CG2 ? E VAL 514 CG2 3376 1 Y 1 D ASP 515 ? CG ? E ASP 515 CG 3377 1 Y 1 D ASP 515 ? OD1 ? E ASP 515 OD1 3378 1 Y 1 D ASP 515 ? OD2 ? E ASP 515 OD2 3379 1 Y 1 D THR 516 ? OG1 ? E THR 516 OG1 3380 1 Y 1 D THR 516 ? CG2 ? E THR 516 CG2 3381 1 Y 1 D LEU 517 ? CG ? E LEU 517 CG 3382 1 Y 1 D LEU 517 ? CD1 ? E LEU 517 CD1 3383 1 Y 1 D LEU 517 ? CD2 ? E LEU 517 CD2 3384 1 Y 1 D CYS 518 ? SG ? E CYS 518 SG 3385 1 Y 1 D HIS 519 ? CG ? E HIS 519 CG 3386 1 Y 1 D HIS 519 ? ND1 ? E HIS 519 ND1 3387 1 Y 1 D HIS 519 ? CD2 ? E HIS 519 CD2 3388 1 Y 1 D HIS 519 ? CE1 ? E HIS 519 CE1 3389 1 Y 1 D HIS 519 ? NE2 ? E HIS 519 NE2 3390 1 Y 1 D LEU 520 ? CG ? E LEU 520 CG 3391 1 Y 1 D LEU 520 ? CD1 ? E LEU 520 CD1 3392 1 Y 1 D LEU 520 ? CD2 ? E LEU 520 CD2 3393 1 Y 1 D ASN 521 ? CG ? E ASN 521 CG 3394 1 Y 1 D ASN 521 ? OD1 ? E ASN 521 OD1 3395 1 Y 1 D ASN 521 ? ND2 ? 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 1.033 ? 19859 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 4.881 ? 2299 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.045 ? 2522 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.006 ? 2641 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8YAH _struct.title 'full length AP5 complex bound to SPG11-SPG15' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8YAH _struct_keywords.text 'Complex, TRANSPORT PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'TRANSPORT PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP AP5Z1_MOUSE Q3U829 ? 1 ;FSAGAESLLHQAREIQDEELRRFCSRVTKLLQEAPGPATVDALQRLFLIVSATKYPRRLEKMCVDLLQTTLCLPASPEQL QVLCAAILREMSPFNDLALSCDHTPNTRQLSLVASVLLAQGDRKGEIRCVSQRIFKILENRQPEGPSVRPLLPILSKVIG LAPGILMEDQTNLLSKRLVDWLRYASIQQGLPYSGGFFSTPRTRQPGPITEVDGAVASDFFTVLSTGQHFTEDQWVNMQA FSMLRKWLLHSGPEDPCSPDADDKSELEGSTLSVLSAASTASRLLPPRERLREVAFEYCQRLLEQSNRRALRKGDSDLQK ACLVEAVSVLDVLCRQDPSFLYRTLSCLKALHRRLGEDPGSERALVPLAQFFLNHGEAAAMDAEAVYGQLLRGLPSERFH SPTLAFEVIHFCTHNLALFDSHFLSLLRLSFPSLFKFLAWNSPPLTAEFVVLLPALVDAGTAVEMLHALLDLPCLTAALD LQLRSTQTPSERLLWDISLRVPSCLEAFQDPQFQGLFRHLLRTKASGSTERLTPLHQVLKPMASCARVTQCAEAVPVLLQ AFFSAVTQTADGALINQLALLLLERSDSLYPVPQYEARVHGVLSSQLLVLCKLKPSLVVELSRELLEFVGSVSSIHSRAS VFTCVVWAIGEYLSVTWDKRCTAEQINKFFEALEALLFEVTQSRPLADLPCCPPEVVTALMTTLTKLASRSQDLIPRVSL FLSKMRTLAQNPATSSVHSEEGAESIRTRASELLTLLKMPSVAQFVFTPPAGVCQPRYHRDTNVALPLALRTVSRLVEKE AGLLPG ; 2 2 UNP AP5B1_HUMAN Q2VPB7 ? 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4 ;MALRAVWLIRHEPGTPLGGTVRFSRRYPTVEKRAKAFNGMTYVPVPEDGPFLRALLFQLRLLDDDKDFMERRDGCSRINK TSIYGLSVGGEELWPVIAFLRDSMIYASVPLVEQALSPRPPLISISGVSQGLELLLGIQDFLYSSQKNDTDLHTKLSQLP DLLLQACPLGTLLDANLQNSLNSINSVSVTQPQKQPAWKVGAYKGKAQISISITETVKCMQYGKQDIADTWQVAGTVACK CDLEGVMPAVTISLSLPTNGSPLQDIIVHPCVTSLDSAILTSSSIDTMDDSAFSGPYKFPFTPPLESFNLCHYTSQVPVP PILGSYHMKEEGVQLKVTVNFKLHESVRNNFEVCEAHIPFYNRGPITHLEYKASFGQLEVFREKSLLVWIIGQKFPKSME ISLSGTLTFGVKGHNKQPFDHICIGNTAYIKLNFRIADYTLTGCYADQHSVQVFASGKPKISAYRKLISSDYYIWNSKAP APVTYASLLP ; 1 5 UNP SPTCS_HUMAN Q96JI7 ? 5 ;MAAEEGVASAASAGGSWGTAAMGRVLPMLLVPVPAEAMGQLGSRAQLRTQPEALGSLTAAGSLQVLSLTPGSRGGGRCCL EGPFWHFLWEDSRNSSTPTEKPKLLALGENYELLIYEFNLKDGRCDATILYSCSREALQKLIDDQDISISLLSLRILSFH NNTSLLFINKCVILHIIFPERDAAIRVLNCFTLPLPAQAVDMIIDTQLCRGILFVLSSLGWIYIFDVVDGTYVAHVDLAL HKEDMCNEQQQEPAKISSFTSLKVSQDLDVAVIVSSSNSAVALNLNLYFRQHPGHLLCERILEDLPIQGPKGVDEDDPVN SAYNMKLAKFSFQIDRSWKAQLSSLNETIKNSKLEVSCCAPWFQDILHLESPESGNHSTSVQSWAFIPQDIMHGQYNVLQ KDHAKTSDPGRSWKIMHISEQEEPIELKCVSVTGFTALFTWEVERMGYTITLWDLETQGMQCFSLGTKCIPVDSSGDQQL CFVLTENGLSLILFGLTQEEFLNRLMIHGSASTVDTLCHLNGWGRCSIPIHALEAGIENRQLDTVNFFLKSKENLFNPSS KSSVSDQFDHLSSHLYLRNVEELIPALDLLCSAIRESYSEPQSKHFSEQLLNLTLSFLNNQIKELFIHTEELDEHLQKGV NILTSYINELRTFMIKFPWKLTDAIDEYDVHENVPKVKESNIWKKLSFEEVIASAILNNKIPEAQTFFRIDSHSAQKLEE LIGIGLNLVFDNLKKNNIKEASELLKNMGFDVKGQLLKICFYTTNKNIRDFLVEILKEKNYFSEKEKRTIDFVHQVEKLY LGHFQENMQIQSFPRYWIKEQDFFKHKSVLDSFLKYDCKDEFNKQDHRIVLNWALWWDQLTQESILLPRISPEEYKSYSP EALWRYLTARHDWLNIILWIGEFQTQHSYASLQQNKWPLLTVDVINQNTSCNNYMRNEILDKLARNGVFLASELEDFECF LLRLSRIGGVIQDTLPVQNYKTKEGWDFHSQFILYCLEHSLQHLLYVYLDCYKLSPENCPFLEKKELHEAHPWFEFLVQC RQVASNLTDPKLIFQASLANAQILIPTNQASVSSMLLEGHTLLALATTMYSPGGVSQVVQNEENENCLKKVDPQLLKMAL TPYPKLKTALFPQCTPPSVLPSDITIYHLIQSLSPFDPSRLFGWQSANTLAIGDAWSHLPHFSSPDLVNKYAIVERLNFA YYLHNGRPSFAFGTFLVQELIKSKTPKQLIQQVGNEAYVIGLSSFHIPSIGAACVCFLELLGLDSLKLRVDMKVANIILS YKCRNEDAQYSFIRESVAEKLSKLADGEKTTTEELLVLLEEGTWNSIQQQEIKRLSSESSSQWALVVQFCRLHNMKLSIS YLRECAKANDWLQFIIHSQLHNYHPAEVKSLIQYFSPVIQDHLRLAFENLPSVPTSKMDSDQVCNKCPQELQGSKQEMTD LFEILLQCSEEPDSWHWLLVEAVKQQAPILSVLASCLQGASAISCLCVWIITSVEDNVATEAMGHIQDSTEDHTWNLEDL SVIWRTLLTRQKSKTLIRGFQLFFKDSPLLLVMEMYELCMFFRNYKEAEAKLLEFQKSLETLNTAATKVHPVIPAMWLED QVCFLLKLMLQQCKTQYELGKLLQLFVEREHLFSDGPDVKKLCILCQILKDTSIAINHTIITSYSIENLQHECRSILERL QTDGQFALARRVAELAELPVDNLVIKEITQEMQTLKHIEQWSLKQARIDFWKKCHENFKKNSISSKAASSFFSTQAHVAC EHPTGWSSMEERHLLLTLAGHWLAQEDVVPLDKLEELEKQIWLCRITQHTLGRNQEETEPRFSRQISTSGELSFDSLASE FSFSKLAALNTSKYLELNSLPSKETCENRLDWKEQESLNFLIGRLLDDGCVHEASRVCRYFHFYNPDVALVLHCRALASG EASMEDLHPEIHALLQSAELLEEEAPDIPLRRVHSTSSLDSQKFVTVPSSNEVVTNLEVLTSKCLHGKNYCRQVLCLYDL AKELGCSYTDVAAQDGEAMLRKILASQQPDRCKRAQAFISTQGLKPDTVAELVAEEVTRELLTSSQGTGHKQMFNPTEES QTFLQLTTLCQDRTLVGMKLLDKISSVPHGELSCTTELLILAHHCFTLTCHMEGIIRVLQAAHMLTDNHLAPSEEYGLVV RLLTGIGRYNEMTYIFDLLHKKHYFEVLMRKKLDPSGTLKTALLDYIKRCRPGDSEKHNMIALCFSMCREIGENHEAAAR IQLKLIESQPWEDSLKDGHQLKQLLLKALTLMLDAAESYAKDSCVRQAQHCQRLTKLITLQIHFLNTGQNTMLINLGRHK LMDCILALPRFYQASIVAEAYDFVPDWAEILYQQVILKGDFNYLEEFKQQRLLKSSIFEEISKKYKQHQPTDMVMENLKK LLTYCEDVYLYYKLAYEHKFYEIVNVLLKDPQTGCCLKDMLAG ; 0 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8YAH A 3 ? 808 ? 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'expression tag' 2 2 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details pentameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 5 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 SER A 4 ? 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ALA A 745 ALA A 752 1 ? 8 HELX_P HELX_P44 AE8 ALA A 752 ? MET A 761 ? ALA A 752 MET A 761 1 ? 10 HELX_P HELX_P45 AE9 MET A 761 ? PHE A 769 ? MET A 761 PHE A 769 1 ? 9 HELX_P HELX_P46 AF1 TRP B 9 ? SER B 19 ? TRP B 9 SER B 19 1 ? 11 HELX_P HELX_P47 AF2 SER B 19 ? ALA B 25 ? SER B 19 ALA B 25 1 ? 7 HELX_P HELX_P48 AF3 PRO B 27 ? GLU B 30 ? PRO B 27 GLU B 30 5 ? 4 HELX_P HELX_P49 AF4 ASP B 31 ? ASP B 39 ? ASP B 31 ASP B 39 1 ? 9 HELX_P HELX_P50 AF5 SER B 46 ? TYR B 60 ? SER B 46 TYR B 60 1 ? 15 HELX_P HELX_P51 AF6 ASP B 67 ? LEU B 84 ? ASP B 67 LEU B 84 1 ? 18 HELX_P HELX_P52 AF7 LEU B 92 ? GLY B 108 ? LEU B 92 GLY B 108 1 ? 17 HELX_P HELX_P53 AF8 SER B 114 ? GLY B 130 ? SER B 114 GLY B 130 1 ? 17 HELX_P HELX_P54 AF9 GLN B 143 ? LYS B 161 ? GLN B 143 LYS B 161 1 ? 19 HELX_P HELX_P55 AG1 SER B 168 ? LEU B 176 ? SER B 168 LEU B 176 1 ? 9 HELX_P HELX_P56 AG2 PRO B 181 ? GLY B 204 ? PRO B 181 GLY B 204 1 ? 24 HELX_P HELX_P57 AG3 GLU B 262 ? SER B 278 ? GLU B 262 SER B 278 1 ? 17 HELX_P HELX_P58 AG4 TYR B 279 ? LEU B 281 ? TYR B 279 LEU B 281 5 ? 3 HELX_P HELX_P59 AG5 THR B 282 ? LEU B 297 ? THR B 282 LEU B 297 1 ? 16 HELX_P HELX_P60 AG6 PRO B 304 ? LEU B 307 ? PRO B 304 LEU B 307 5 ? 4 HELX_P HELX_P61 AG7 PHE B 308 ? LEU B 316 ? PHE B 308 LEU B 316 1 ? 9 HELX_P HELX_P62 AG8 GLN B 320 ? GLY B 335 ? GLN B 320 GLY B 335 1 ? 16 HELX_P HELX_P63 AG9 GLN B 342 ? ALA B 355 ? GLN B 342 ALA B 355 1 ? 14 HELX_P HELX_P64 AH1 PRO B 361 ? SER B 374 ? PRO B 361 SER B 374 1 ? 14 HELX_P HELX_P65 AH2 PRO B 395 ? ARG B 399 ? PRO B 395 ARG B 399 1 ? 5 HELX_P HELX_P66 AH3 ASP B 408 ? GLU B 425 ? ASP B 408 GLU B 425 1 ? 18 HELX_P HELX_P67 AH4 SER B 436 ? LEU B 454 ? SER B 436 LEU B 454 1 ? 19 HELX_P HELX_P68 AH5 ARG B 459 ? LEU B 476 ? ARG B 459 LEU B 476 1 ? 18 HELX_P HELX_P69 AH6 GLN B 479 ? ARG B 497 ? GLN B 479 ARG B 497 1 ? 19 HELX_P HELX_P70 AH7 LEU B 500 ? VAL B 511 ? LEU B 500 VAL B 511 1 ? 12 HELX_P HELX_P71 AH8 ASP B 512 ? ARG B 530 ? ASP B 512 ARG B 530 1 ? 19 HELX_P HELX_P72 AH9 ALA B 536 ? ALA B 548 ? ALA B 536 ALA B 548 1 ? 13 HELX_P HELX_P73 AI1 ALA B 552 ? ALA B 565 ? ALA B 552 ALA B 565 1 ? 14 HELX_P HELX_P74 AI2 ASN B 569 ? GLY B 587 ? ASN B 569 GLY B 587 1 ? 19 HELX_P HELX_P75 AI3 GLY B 591 ? GLN B 602 ? GLY B 591 GLN B 602 1 ? 12 HELX_P HELX_P76 AI4 ASP B 605 ? LEU B 622 ? ASP B 605 LEU B 622 1 ? 18 HELX_P HELX_P77 AI5 ALA B 623 ? ALA B 630 ? ALA B 623 ALA B 630 1 ? 8 HELX_P HELX_P78 AI6 ALA C 43 ? ALA C 71 ? ALA C 43 ALA C 71 1 ? 29 HELX_P HELX_P79 AI7 ASN C 131 ? LEU C 150 ? ASN C 131 LEU C 150 1 ? 20 HELX_P HELX_P80 AI8 PRO C 155 ? LEU C 160 ? PRO C 155 LEU C 160 5 ? 6 HELX_P HELX_P81 AI9 ARG C 162 ? LEU C 174 ? ARG C 162 LEU C 174 1 ? 13 HELX_P HELX_P82 AJ1 ASN C 183 ? SER C 195 ? ASN C 183 SER C 195 1 ? 13 HELX_P HELX_P83 AJ2 TYR D 27 ? GLY D 39 ? TYR E 27 GLY E 39 1 ? 13 HELX_P HELX_P84 AJ3 MET D 40 ? TYR D 42 ? MET E 40 TYR E 42 5 ? 3 HELX_P HELX_P85 AJ4 GLU D 47 ? LEU D 59 ? 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ALA D 340 SER D 352 1 ? 13 HELX_P HELX_P100 AL1 PRO E 361 ? ASP E 365 ? PRO D 361 ASP D 365 5 ? 5 HELX_P HELX_P101 AL2 THR E 497 ? GLY E 509 ? THR D 497 GLY D 509 1 ? 13 HELX_P HELX_P102 AL3 SER E 510 ? LEU E 520 ? 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