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F . n # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 8YGN _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 8YGN _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8YGN _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 8YGN _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 23769 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.659 ? 32063 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 5.441 ? 3094 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.042 ? 3422 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.005 ? 4111 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8YGN _struct.title 'The Dimer Structure of DSR2-SPR with NAD' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8YGN _struct_keywords.text 'SPR, SIR2, NADase, dimer, HYDROLASE' _struct_keywords.pdbx_keywords HYDROLASE # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 2 ? D N N 2 ? E N N 2 ? F N N 2 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP A0A162TY69_BACIU A0A162TY69 ? 1 ;MKTVIQDTADVYFKRKSDGKLVFTAEAQTASFSQAISEEKLRGGIGNKPLYILKSEKEINLTVKNAFFDLEWLAMTQGET IQEETKVKVFDREHGLIVDDTNKVTLKGKPVSDVTFYNKKGLTYKIAVSTDGTYTIPTAFAAAKDKLTAVYQIEKVGRRL AIKASKFSERYEVEYRTIAYNPDTEEVYSDIYIQFPNVSPSGEFEMSLENGNALAPEIKFEALADTDTDEMAVVIEASRD ENTAAPVEDTTGSTQSSDLGGTTE ; 1 2 UNP D4G637_BACNB D4G637 ? 2 ;MVKVDLESKRYGEKLKEVFLMLDNNVVECIKEITESSRNGKLVFFVGAGVSTLSDYPQWWRLVDKYHEELYGSPKKGNYS SDEYLRIPQIFYNVKGEMAFDGILKDFFQVDKPTNPIHDKILAMNPAHVITTNYDNLIDTACWKRGKYFSVISAEEDVAN ATSSRYLLKVHGDFRKGFKGENVVLKEDDYLNYDQNYPLISNLMKTIIATHTIVFIGYGLGDYNINMLLNWVRKLQKDSF HKPFFIRTDPSPIENETLIYYENKGLRIIDAASLIDSNEYDYLERYSAVMDLLIESQENKFITKDDEVIDYIYGKISPLF ALQYIRKIDLKHVFEYDYHFEVNGTVVRHKNKGFGYMERFFELKESCDERSKLSKKQYERFNALFNFFEKNGVICMAKDA GTLNTSIEINSLAYHGKYDVMKKFIEEQSVSIEDDYKKAFFLACLGRWEESYDLYSNIILNSIDESNGCVYYLSQINRYR IYQSITQAVTQFNGLGLLTFGRHYKPFTDEFLARIEREMTNFNIDDLFNGMPFEFQKKYKILEFLSDNQFLYDDTVKLFE LTNKVRSEMSEGSYSFGMSSDIVVLLRLYDNLRFLYENCLWSVSFHEFHQYIRNSMSLLIEKAEYERTRDIDELGFSFFG KKSGFFMEYYDFVNISRHFKIDDIKNLERSCSIDKIRFGEQEKIEEYLVGIAEEITKQFSANGMNVVFYTQFISEAKAAL YFAKYVKLSEEGLGKIVKALLFYFPERDLDIGKRYVWLERLTKCNELPKSIISIIDDFLVLQAEKHIDQNYSEVSSNGLY SRDYGALIKHFEKNFISKRLSEITLCLTQDKQKQIDFLFKLLPLLSTNAKSHLLSFKSVENINDLMNGIRIGLIDEFTPE HEELIIEYLETRKVNYIVEKEKGIQTFSSNDYMSTFGIWYFLEEINNSKMEEFIGMDDQYDFFVDPENFDYKKFIPSWLK NYNDKLLGKIAGNKHMKHHVIEVLKERVKNSNDKRYLEILMNYFI ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8YGN D 1 ? 264 ? A0A162TY69 1 ? 264 ? 1 264 2 1 8YGN C 1 ? 264 ? A0A162TY69 1 ? 264 ? 1 264 3 2 8YGN A 1 ? 1005 ? D4G637 1 ? 1005 ? 1 1005 4 2 8YGN B 1 ? 1005 ? D4G637 1 ? 1005 ? 1 1005 5 2 8YGN E 1 ? 1005 ? D4G637 1 ? 1005 ? 1 1005 6 2 8YGN F 1 ? 1005 ? D4G637 1 ? 1005 ? 1 1005 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 3 8YGN ALA A 171 ? UNP D4G637 HIS 171 'engineered mutation' 171 1 4 8YGN ALA B 171 ? UNP D4G637 HIS 171 'engineered mutation' 171 2 5 8YGN ALA E 171 ? UNP D4G637 HIS 171 'engineered mutation' 171 3 6 8YGN ALA F 171 ? UNP D4G637 HIS 171 'engineered mutation' 171 4 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details hexameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 6 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 LEU A 70 ? GLY A 78 ? LEU D 70 GLY D 78 1 ? 9 HELX_P HELX_P2 AA2 LEU B 70 ? THR B 76 ? LEU C 70 THR C 76 1 ? 7 HELX_P HELX_P3 AA3 ASN C 24 ? ASN C 39 ? ASN A 24 ASN A 39 1 ? 16 HELX_P HELX_P4 AA4 GLY C 47 ? THR C 52 ? GLY A 47 THR A 52 1 ? 6 HELX_P HELX_P5 AA5 GLN C 58 ? GLY C 72 ? GLN A 58 GLY A 72 1 ? 15 HELX_P HELX_P6 AA6 SER C 80 ? LYS C 95 ? SER A 80 LYS A 95 1 ? 16 HELX_P HELX_P7 AA7 GLY C 96 ? GLN C 109 ? GLY A 96 GLN A 109 1 ? 14 HELX_P HELX_P8 AA8 ASN C 115 ? MET C 124 ? ASN A 115 MET A 124 1 ? 10 HELX_P HELX_P9 AA9 ASN C 136 ? GLY C 146 ? ASN A 136 GLY A 146 1 ? 11 HELX_P HELX_P10 AB1 GLU C 156 ? ALA C 161 ? GLU A 156 ALA A 161 1 ? 6 HELX_P HELX_P11 AB2 LYS C 186 ? TYR C 197 ? LYS A 186 TYR A 197 1 ? 12 HELX_P HELX_P12 AB3 TYR C 197 ? THR C 210 ? TYR A 197 THR A 210 1 ? 14 HELX_P HELX_P13 AB4 ASP C 222 ? LYS C 237 ? ASP A 222 LYS A 237 1 ? 16 HELX_P HELX_P14 AB5 ASP C 238 ? PHE C 240 ? ASP A 238 PHE A 240 5 ? 3 HELX_P HELX_P15 AB6 GLU C 254 ? GLY C 265 ? GLU A 254 GLY A 265 1 ? 12 HELX_P HELX_P16 AB7 ALA C 271 ? ILE C 275 ? ALA A 271 ILE A 275 1 ? 5 HELX_P HELX_P17 AB8 ASP C 281 ? GLU C 295 ? ASP A 281 GLU A 295 1 ? 15 HELX_P HELX_P18 AB9 GLN C 297 ? ILE C 302 ? GLN A 297 ILE A 302 5 ? 6 HELX_P HELX_P19 AC1 ASP C 306 ? SER C 317 ? ASP A 306 SER A 317 1 ? 12 HELX_P HELX_P20 AC2 PRO C 318 ? ALA C 321 ? PRO A 318 ALA A 321 5 ? 4 HELX_P HELX_P21 AC3 ASP C 329 ? PHE C 334 ? ASP A 329 PHE A 334 1 ? 6 HELX_P HELX_P22 AC4 GLY C 355 ? SER C 366 ? GLY A 355 SER A 366 1 ? 12 HELX_P HELX_P23 AC5 CYS C 367 ? LYS C 372 ? CYS A 367 LYS A 372 1 ? 6 HELX_P HELX_P24 AC6 SER C 374 ? GLY C 392 ? SER A 374 GLY A 392 1 ? 19 HELX_P HELX_P25 AC7 LYS C 398 ? ALA C 400 ? LYS A 398 ALA A 400 5 ? 3 HELX_P HELX_P26 AC8 LYS C 417 ? GLU C 426 ? LYS A 417 GLU A 426 1 ? 10 HELX_P HELX_P27 AC9 SER C 431 ? LEU C 445 ? SER A 431 LEU A 445 1 ? 15 HELX_P HELX_P28 AD1 ARG C 447 ? ILE C 463 ? ARG A 447 ILE A 463 1 ? 17 HELX_P HELX_P29 AD2 GLY C 468 ? LEU C 495 ? 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