data_8YVG # _entry.id 8YVG # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.395 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 8YVG pdb_00008yvg 10.2210/pdb8yvg/pdb WWPDB D_1300045985 ? ? EMDB EMD-39600 ? ? # _pdbx_audit_revision_history.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_history.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_history.major_revision 1 _pdbx_audit_revision_history.minor_revision 0 _pdbx_audit_revision_history.revision_date 2024-07-31 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8YVG _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2024-03-28 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBJ _pdbx_database_status.process_site PDBJ _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible N # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'canine immunoproteasome 20S subunit in complex with compound 1' _pdbx_database_related.db_id EMD-39600 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_contact_author.id 2 _pdbx_contact_author.email kashima.akiko@mb.mt-pharma.co.jp _pdbx_contact_author.name_first Akiko _pdbx_contact_author.name_last Kashima _pdbx_contact_author.name_mi ? _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0002-9210-4063 # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Kashima, A.' 1 ? 'Arai, Y.' 2 ? # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Bioorg.Med.Chem. _citation.journal_id_ASTM BMECEP _citation.journal_id_CSD 1200 _citation.journal_id_ISSN 1464-3391 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 109 _citation.language ? _citation.page_first 117790 _citation.page_last 117790 _citation.title ;Optimization of alpha-amido boronic acids via cryo-electron microscopy analysis: Discovery of a novel highly selective immunoproteasome subunit LMP7 ( beta 5i)/LMP2 ( beta 1i) dual inhibitor. ; _citation.year 2024 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1016/j.bmc.2024.117790 _citation.pdbx_database_id_PubMed 38906067 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Arai, Y.' 1 ? primary 'Shitama, H.' 2 ? primary 'Yamagishi, M.' 3 ? primary 'Ono, S.' 4 ? primary 'Kashima, A.' 5 ? primary 'Hiraizumi, M.' 6 ? primary 'Tsuda, N.' 7 ? primary 'Katayama, K.' 8 ? primary 'Tanaka, K.' 9 ? primary 'Koda, Y.' 10 ? primary 'Kato, S.' 11 ? primary 'Sakata, K.' 12 ? primary 'Nureki, O.' 13 ? primary 'Miyazaki, H.' 14 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat 'Proteasome subunit alpha type' 26435.977 2 ? ? ? ? 2 polymer nat 'Proteasome subunit alpha type' 27911.912 2 ? ? ? ? 3 polymer nat 'Proteasome subunit alpha type' 29524.791 2 ? ? ? ? 4 polymer nat 'Proteasome subunit alpha type' 25927.535 2 ? ? ? ? 5 polymer nat 'Proteasome subunit alpha type' 28484.326 2 ? ? ? ? 6 polymer nat 'Proteasome subunit beta' 22808.186 2 ? ? ? ? 7 polymer nat 'Proteasome subunit beta' 23002.922 2 ? ? ? ? 8 polymer nat 'Proteasome subunit beta type-8' 22629.408 2 3.4.25.1 ? ? ? 9 polymer nat 'Proteasome subunit beta' 26431.156 2 ? ? ? ? 10 polymer nat 'Proteasome subunit alpha type' 29523.564 2 ? ? ? ? 11 polymer nat 'Proteasome subunit alpha type' 27418.434 2 ? ? ? ? 12 polymer nat 'Proteasome subunit beta' 21134.789 2 ? ? ? ? 13 polymer nat 'Proteasome subunit beta' 29317.428 2 ? ? ? ? 14 polymer nat 'Proteasome subunit beta' 29191.088 2 ? ? ? ? 15 non-polymer syn ;[(2~{R},3~{S})-3-azanyl-4-oxidanylidene-butan-2-yl]oxy-[(1~{R})-1-[(1-cyclohexyl-1,2,3-triazol-4-yl)carbonylamino]-3-methyl-butyl]-$l^{3}-oxidanyl-oxidanyl-boron ; 410.296 4 ? ? ? ? # _entity_name_com.entity_id 8 _entity_name_com.name 'Proteasome subunit beta-5i' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MFLTRSEYDRGVNTFSPEGRLFQVEYAIEAIKLGSTAIGIQTSEGVCLAVEKRITSPLMEPSSIEKIVEIDAHIGCAMSG LIADAKTLIDKARVETQNHWFTYNETMTVESVTQAVSNLALQFGEEDADPGAMSRPFGVALLFGGVDEKGPQLFHMDPSG TFVQCDARAIGSASEGAQSSLQEVYHKSMTLKEAIKSSLIILKQVMEEKLNATNIELATVQPGQNFHMFTKEELEEVIKD I ; ;MFLTRSEYDRGVNTFSPEGRLFQVEYAIEAIKLGSTAIGIQTSEGVCLAVEKRITSPLMEPSSIEKIVEIDAHIGCAMSG LIADAKTLIDKARVETQNHWFTYNETMTVESVTQAVSNLALQFGEEDADPGAMSRPFGVALLFGGVDEKGPQLFHMDPSG TFVQCDARAIGSASEGAQSSLQEVYHKSMTLKEAIKSSLIILKQVMEEKLNATNIELATVQPGQNFHMFTKEELEEVIKD I ; M,H ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MSYDRAITVFSPDGHLFQVEYAQEAVKKGSTAVGVRGKDIVVLGVEKKSVAKLQDERTVRKICALDDNVCMAFAGLTADA RIVINRARVECQSHRLTVEDPVTVEYITRYIASLKQRYTQSNGRRPFGISALIVGFDFDGTPRLYQTDPSGTYHAWKANA IGRGAKSVREFLEKNYTDEAIETDDLTIKLVIKALLEVVQSGGKNIELAVMRRDQPLKILNPEEIEKYVAEIEKEKEENE KKKQKKAS ; ;MSYDRAITVFSPDGHLFQVEYAQEAVKKGSTAVGVRGKDIVVLGVEKKSVAKLQDERTVRKICALDDNVCMAFAGLTADA RIVINRARVECQSHRLTVEDPVTVEYITRYIASLKQRYTQSNGRRPFGISALIVGFDFDGTPRLYQTDPSGTYHAWKANA IGRGAKSVREFLEKNYTDEAIETDDLTIKLVIKALLEVVQSGGKNIELAVMRRDQPLKILNPEEIEKYVAEIEKEKEENE KKKQKKAS ; N,I ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MSRRYDSRTTIFSPEGRLYQVEYAMEAIGHAGTCLGILANDGVLLAAERRNIHKLLDEVFFSEKIYKLNEDMACSVAGIT SDANVLTNELRLIAQRYLLQYQEPIPCEQLVTALCDIKQAYTQFGGKRPFGVSLLYIGWDKHYGFQLYQSDPSGNYGGWK ATCIGNNSAAAVSMLKQDYKEGEMTLKSALALAIKVLNKTMDVSKLSAEKVEIATLTRENGKTVIRVLKQKEVEQLIKNH EEEEAKAEREKKEKEQKEKEK ; ;MSRRYDSRTTIFSPEGRLYQVEYAMEAIGHAGTCLGILANDGVLLAAERRNIHKLLDEVFFSEKIYKLNEDMACSVAGIT SDANVLTNELRLIAQRYLLQYQEPIPCEQLVTALCDIKQAYTQFGGKRPFGVSLLYIGWDKHYGFQLYQSDPSGNYGGWK ATCIGNNSAAAVSMLKQDYKEGEMTLKSALALAIKVLNKTMDVSKLSAEKVEIATLTRENGKTVIRVLKQKEVEQLIKNH EEEEAKAEREKKEKEQKEKEK ; O,Z ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MAERGYSFSLTTFSPSGKLVQIEYALAAVAGGAPSVGIKAANGVVLATEKKQKSILYDERSVHKVEPITKHIGLVYSGMG PDYRVLVHRARKLAQQYYLVYQEPIPTAQLVQRVASVMQEYTQSGGVRPFGVSLLICGWNEGRPYLFQSDPSGAYFAWKA TAMGKNYVNGKTFLEKRYNEDLELEDAIHTAILTLKESFEGQMTEDNIEVGICNEAGFRRLTPTEVKDYLAAIA ; ;MAERGYSFSLTTFSPSGKLVQIEYALAAVAGGAPSVGIKAANGVVLATEKKQKSILYDERSVHKVEPITKHIGLVYSGMG PDYRVLVHRARKLAQQYYLVYQEPIPTAQLVQRVASVMQEYTQSGGVRPFGVSLLICGWNEGRPYLFQSDPSGAYFAWKA TAMGKNYVNGKTFLEKRYNEDLELEDAIHTAILTLKESFEGQMTEDNIEVGICNEAGFRRLTPTEVKDYLAAIA ; P,b ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MSSIGTGYDLSASTFSPDGRVFQVEYAMKAVENSSTAIGIRCKDGVVFGVEKLVLSKLYEEGSNKRLFNVDRHVGMAVAG LLADARSLADIAREEASNFRSNFGYNIPLKHLADRVAMYVHAYTLYSAVRPFGCSFMLGSYSVNDGAQLYMIDPSGVSYG YWGCAIGKARQAAKTEIEKLQMKEMTCRDIVKEVAKIIYIVHDEVKDKAFELELSWVGEITKGRHEIVPKDIREEAEKYA KESLKEEDESDDDNM ; ;MSSIGTGYDLSASTFSPDGRVFQVEYAMKAVENSSTAIGIRCKDGVVFGVEKLVLSKLYEEGSNKRLFNVDRHVGMAVAG LLADARSLADIAREEASNFRSNFGYNIPLKHLADRVAMYVHAYTLYSAVRPFGCSFMLGSYSVNDGAQLYMIDPSGVSYG YWGCAIGKARQAAKTEIEKLQMKEMTCRDIVKEVAKIIYIVHDEVKDKAFELELSWVGEITKGRHEIVPKDIREEAEKYA KESLKEEDESDDDNM ; Q,J ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MEYLIGIQGPDYVLVASDQVAASSIVQMKDDHDKMFKMSEKILLLCVGEAGDTVQFAEYIQKNVQLYKMRNGYELSPTAA ANFTRRNLADCLRSRTPYHVNLLLAGYDEHEGPALYYMDYLAALAKAPFAAHGYGAFLTLSILDRYYTPTISRERAVELL RKCLEELQKRFILNLPTFSVRIIDKNGIHDLDNISFPKQGS ; ;MEYLIGIQGPDYVLVASDQVAASSIVQMKDDHDKMFKMSEKILLLCVGEAGDTVQFAEYIQKNVQLYKMRNGYELSPTAA ANFTRRNLADCLRSRTPYHVNLLLAGYDEHEGPALYYMDYLAALAKAPFAAHGYGAFLTLSILDRYYTPTISRERAVELL RKCLEELQKRFILNLPTFSVRIIDKNGIHDLDNISFPKQGS ; T,V ? 7 'polypeptide(L)' no no ;MSIMSYNGGAVMAMKGKNCVAIAADRRFGIQAQMVTTDFQKIFPMGDRLYIGLAGLATDVQTVAQRLKFRLNLYELKEGR QIKPYTLMSMVANLLYEKRFGPYYTEPVIAGLDPKTFKPFICSLDLIGCPMVTDDFVVSGTCSEQMYGMCESLWEPNMDP EHLFETISQAMLNAVDRDAVSGMGVIVHIIEKDKITTRTLKARMD ; ;MSIMSYNGGAVMAMKGKNCVAIAADRRFGIQAQMVTTDFQKIFPMGDRLYIGLAGLATDVQTVAQRLKFRLNLYELKEGR QIKPYTLMSMVANLLYEKRFGPYYTEPVIAGLDPKTFKPFICSLDLIGCPMVTDDFVVSGTCSEQMYGMCESLWEPNMDP EHLFETISQAMLNAVDRDAVSGMGVIVHIIEKDKITTRTLKARMD ; U,Y ? 8 'polypeptide(L)' no no ;TTLAFKFQHGVIVAVDSRATAGNYISSSRVNKVIEINPSLLGTMSGCAADCQYWERLLAKECRLYYLRNGERISVSAASK LLSNMVYQYRGMDLSMGSMICGWDKKGPGLYYVDQNGTRLSGNMFSTGSGSTYAYGVMDSGYQPSLSPEEAYELGRRAIT YATHRDSYSGGIINMYHMKEDGWVKVESTDVNELLHQYQEANQ ; ;TTLAFKFQHGVIVAVDSRATAGNYISSSRVNKVIEINPSLLGTMSGCAADCQYWERLLAKECRLYYLRNGERISVSAASK LLSNMVYQYRGMDLSMGSMICGWDKKGPGLYYVDQNGTRLSGNMFSTGSGSTYAYGVMDSGYQPSLSPEEAYELGRRAIT YATHRDSYSGGIINMYHMKEDGWVKVESTDVNELLHQYQEANQ ; C,D ? 9 'polypeptide(L)' no no ;MLSTAARGWGPGRDLAMEPDGAAGPQQLRFSPYAFNGGTVLAIAGEDFSIVASDTRLSEGFSIHTRDSPKCYKLTDKTVI GCSGFHGDCLTLTKIIEARLKMYKHSNNKTMTTGAIAAMLSTILYSRRFFPYYVYNIIGGLDEEGKGAVYSFDPVGSYQR DSFKAGGSASAMLQPLLDNQVGFKNMQNVEHVPLSLDRAMRLVKDVFISAAERDVYTGDALRICIVTKEGIREETVPLRK D ; ;MLSTAARGWGPGRDLAMEPDGAAGPQQLRFSPYAFNGGTVLAIAGEDFSIVASDTRLSEGFSIHTRDSPKCYKLTDKTVI GCSGFHGDCLTLTKIIEARLKMYKHSNNKTMTTGAIAAMLSTILYSRRFFPYYVYNIIGGLDEEGKGAVYSFDPVGSYQR DSFKAGGSASAMLQPLLDNQVGFKNMQNVEHVPLSLDRAMRLVKDVFISAAERDVYTGDALRICIVTKEGIREETVPLRK D ; S,X ? 10 'polypeptide(L)' no no ;MFRNQYDNDVTVWSPQGRIHQIEYAMEAVKQGSATVGLKSKTHAVLVALKRAQSELAAHQKKILHVDNHIGISIAGLTAD ARLLCNFMRQECLDSRFVFDRPLPVSRLVSLIGSKTQIPTQRYGRRPYGVGLLIAGYDDMGPHIFQTCPSANYFDCRAMS IGARSQSARTYLERHMSGFMECNLNELVKHGLRALRETLPAEQDLTTKNVSIGIVGKDLEFTIYDDDDVSPFLEGLEERP QRKAQPAQPADEPAEKADEPMEH ; ;MFRNQYDNDVTVWSPQGRIHQIEYAMEAVKQGSATVGLKSKTHAVLVALKRAQSELAAHQKKILHVDNHIGISIAGLTAD ARLLCNFMRQECLDSRFVFDRPLPVSRLVSLIGSKTQIPTQRYGRRPYGVGLLIAGYDDMGPHIFQTCPSANYFDCRAMS IGARSQSARTYLERHMSGFMECNLNELVKHGLRALRETLPAEQDLTTKNVSIGIVGKDLEFTIYDDDDVSPFLEGLEERP QRKAQPAQPADEPAEKADEPMEH ; G,L ? 11 'polypeptide(L)' no no ;MSRGSSAGFDRHITIFSPEGRLYQVEYAFKAINQGGLTSVAVRGKDCAVIVTQKKVPDKLLDSSTVTHLFKITENIGCVM TGMTADSRSQVQRARYEAANWKYKYGYEIPVDMLCKRIADISQVYTQNAEMRPLGCCMILIGIDEEQGPQVYKCDPAGYY CGFKATAAGVKQTESTSFLEKKVKKKFDWTFEQTVETAITCLSTVLSIDFKPSEIEVGVVTVENPKFRILSEAEIDAHLV ALAERD ; ;MSRGSSAGFDRHITIFSPEGRLYQVEYAFKAINQGGLTSVAVRGKDCAVIVTQKKVPDKLLDSSTVTHLFKITENIGCVM TGMTADSRSQVQRARYEAANWKYKYGYEIPVDMLCKRIADISQVYTQNAEMRPLGCCMILIGIDEEQGPQVYKCDPAGYY CGFKATAAGVKQTESTSFLEKKVKKKFDWTFEQTVETAITCLSTVLSIDFKPSEIEVGVVTVENPKFRILSEAEIDAHLV ALAERD ; K,R ? 12 'polypeptide(L)' no no ;TIMAVEFDGGVVVGSDSRVSAGEAVVNRAFNKLSPLHQHIYCALSGSAADAQAMADMAAYQLELHGLELEEPPLVLAAAN VVRNISYKYREDLSAHLMIAGWDRRDGGQVYGTMGGMLTRQPFAIGGSGSTYIYGYVDAAYKPGMSPEECRSFTTNAIAL AMNRDGSSGGVIHLVTITAAGVDYQVILGNELPKFYDE ; ;TIMAVEFDGGVVVGSDSRVSAGEAVVNRAFNKLSPLHQHIYCALSGSAADAQAMADMAAYQLELHGLELEEPPLVLAAAN VVRNISYKYREDLSAHLMIAGWDRRDGGQVYGTMGGMLTRQPFAIGGSGSTYIYGYVDAAYKPGMSPEECRSFTTNAIAL AMNRDGSSGGVIHLVTITAAGVDYQVILGNELPKFYDE ; F,A ? 13 'polypeptide(L)' no no ;MLKLASEPQRGFSFENCQRNASLERVLPGFRIPRAHKTGTTIAGLVFRDGVILGADTRATNDSVVMDKNCEKIHFIAPKI YCCGAGVAADAEMTTRMAASNMELHSLSTGREPRVTTVTRLLRQTLFRYRGHVGASLLVGGVDFSGPQLYSVHPHGSYSR LPFTALGSGQDAALAVLEDRFQPNMTLEAAQELLVEAITAGILGDLGSGGSVDACVITGTGAKLLRTLSSPTKPTERPSQ YYFAPGTTAVQSQTVKPLTLELLEETVQAMEVE ; ;MLKLASEPQRGFSFENCQRNASLERVLPGFRIPRAHKTGTTIAGLVFRDGVILGADTRATNDSVVMDKNCEKIHFIAPKI YCCGAGVAADAEMTTRMAASNMELHSLSTGREPRVTTVTRLLRQTLFRYRGHVGASLLVGGVDFSGPQLYSVHPHGSYSR LPFTALGSGQDAALAVLEDRFQPNMTLEAAQELLVEAITAGILGDLGSGGSVDACVITGTGAKLLRTLSSPTKPTERPSQ YYFAPGTTAVQSQTVKPLTLELLEETVQAMEVE ; E,B ? 14 'polypeptide(L)' no no ;MEAFLESRSRVWAGGPAPGQFYHIPPSSVASVEPAFSPYGGPVTRTQNPMVTGTSVLGVKFEGGVVIAADMLGSYGSLAR FRNISRIMRVNDSTMLGASGDYADFQYLKQVLGQMVIDEELLGDGHSYSPRAIHSWLTRAMYSRRSKMNPLWNTMVIGGY ADGESFLGYVDMLGVAYEAPSLATGYGAYLAQPLLREVLEKQPVLSQTEARELVERCMRVLYYRDARSYNRFQIATVTEK GVEIEGPLSAETNWEIAHMISGFE ; ;MEAFLESRSRVWAGGPAPGQFYHIPPSSVASVEPAFSPYGGPVTRTQNPMVTGTSVLGVKFEGGVVIAADMLGSYGSLAR FRNISRIMRVNDSTMLGASGDYADFQYLKQVLGQMVIDEELLGDGHSYSPRAIHSWLTRAMYSRRSKMNPLWNTMVIGGY ADGESFLGYVDMLGVAYEAPSLATGYGAYLAQPLLREVLEKQPVLSQTEARELVERCMRVLYYRDARSYNRFQIATVTEK GVEIEGPLSAETNWEIAHMISGFE ; W,a ? # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 15 _pdbx_entity_nonpoly.name ;[(2~{R},3~{S})-3-azanyl-4-oxidanylidene-butan-2-yl]oxy-[(1~{R})-1-[(1-cyclohexyl-1,2,3-triazol-4-yl)carbonylamino]-3-methyl-butyl]-$l^{3}-oxidanyl-oxidanyl-boron ; _pdbx_entity_nonpoly.comp_id A1L0C # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 PHE n 1 3 LEU n 1 4 THR n 1 5 ARG n 1 6 SER n 1 7 GLU n 1 8 TYR n 1 9 ASP n 1 10 ARG n 1 11 GLY n 1 12 VAL n 1 13 ASN n 1 14 THR n 1 15 PHE n 1 16 SER n 1 17 PRO n 1 18 GLU n 1 19 GLY n 1 20 ARG n 1 21 LEU n 1 22 PHE n 1 23 GLN n 1 24 VAL n 1 25 GLU n 1 26 TYR n 1 27 ALA n 1 28 ILE n 1 29 GLU n 1 30 ALA n 1 31 ILE n 1 32 LYS n 1 33 LEU n 1 34 GLY n 1 35 SER n 1 36 THR n 1 37 ALA n 1 38 ILE n 1 39 GLY n 1 40 ILE n 1 41 GLN n 1 42 THR n 1 43 SER n 1 44 GLU n 1 45 GLY n 1 46 VAL n 1 47 CYS n 1 48 LEU n 1 49 ALA n 1 50 VAL n 1 51 GLU n 1 52 LYS n 1 53 ARG n 1 54 ILE n 1 55 THR n 1 56 SER n 1 57 PRO n 1 58 LEU n 1 59 MET n 1 60 GLU n 1 61 PRO n 1 62 SER n 1 63 SER n 1 64 ILE n 1 65 GLU n 1 66 LYS n 1 67 ILE n 1 68 VAL n 1 69 GLU n 1 70 ILE n 1 71 ASP n 1 72 ALA n 1 73 HIS n 1 74 ILE n 1 75 GLY n 1 76 CYS n 1 77 ALA n 1 78 MET n 1 79 SER n 1 80 GLY n 1 81 LEU n 1 82 ILE n 1 83 ALA n 1 84 ASP n 1 85 ALA n 1 86 LYS n 1 87 THR n 1 88 LEU n 1 89 ILE n 1 90 ASP n 1 91 LYS n 1 92 ALA n 1 93 ARG n 1 94 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S 13742 ? ? 14 # _refine_ls_shell.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine_ls_shell.d_res_high 2.000 _refine_ls_shell.d_res_low 2.052 _refine_ls_shell.number_reflns_all ? _refine_ls_shell.number_reflns_obs ? _refine_ls_shell.number_reflns_R_free 0 _refine_ls_shell.number_reflns_R_work 59255 _refine_ls_shell.percent_reflns_obs 100.00 _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free ? _refine_ls_shell.R_factor_all ? _refine_ls_shell.R_factor_obs ? _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error ? _refine_ls_shell.R_factor_R_work 0.642 _refine_ls_shell.redundancy_reflns_all ? _refine_ls_shell.redundancy_reflns_obs ? _refine_ls_shell.wR_factor_all ? _refine_ls_shell.wR_factor_obs ? _refine_ls_shell.wR_factor_R_free ? _refine_ls_shell.wR_factor_R_work ? _refine_ls_shell.pdbx_R_complete ? _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used 20 _refine_ls_shell.pdbx_phase_error ? _refine_ls_shell.pdbx_fsc_work ? _refine_ls_shell.pdbx_fsc_free ? _refine_ls_shell.R_factor_R_free 0.000 # loop_ _struct_ncs_dom.id _struct_ncs_dom.details _struct_ncs_dom.pdbx_ens_id 1 ? 1 2 ? 2 3 ? 3 4 ? 4 5 ? 5 6 ? 6 7 ? 7 8 ? 8 9 ? 9 10 ? 10 11 ? 11 12 ? 12 13 ? 13 14 ? 14 # loop_ _struct_ncs_ens.id _struct_ncs_ens.details 1 ? 2 ? 3 ? 4 ? 5 ? 6 ? 7 ? 8 ? 9 ? 10 ? 11 ? 12 ? 13 ? 14 ? # _struct.entry_id 8YVG _struct.title 'canine immunoproteasome 20S subunit in complex with compound 1' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8YVG _struct_keywords.text 'Inhibitor, Complex, Immunoproteasome, HYDROLASE' _struct_keywords.pdbx_keywords HYDROLASE # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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H THR 1 N ? ? ? 1_555 CA A1L0C . C ? ? C THR 2 C A1L0C 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.330 ? ? covale2 covale one ? R THR 1 N ? ? ? 1_555 DA A1L0C . C ? ? F THR 2 F A1L0C 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? ? covale3 covale one ? U THR 1 N ? ? ? 1_555 EA A1L0C . C ? ? A THR 2 A A1L0C 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? ? covale4 covale one ? Z THR 1 N ? ? ? 1_555 FA A1L0C . C ? ? D THR 2 D A1L0C 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.330 ? ? # _struct_conn_type.id covale _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 GLY 246 T . ? GLY 201 W PRO 247 T ? PRO 202 W 1 -10.50 2 GLY 246 V . ? GLY 201 a PRO 247 V ? PRO 202 a 1 -10.54 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 5 ? AA2 ? 5 ? AA3 ? 5 ? AA4 ? 5 ? AA5 ? 5 ? AA6 ? 5 ? AA7 ? 5 ? AA8 ? 5 ? AA9 ? 5 ? AB1 ? 5 ? AB2 ? 5 ? AB3 ? 5 ? AB4 ? 2 ? AB5 ? 5 ? AB6 ? 6 ? AB7 ? 2 ? AB8 ? 5 ? AB9 ? 5 ? AC1 ? 2 ? AC2 ? 5 ? AC3 ? 5 ? AC4 ? 2 ? AC5 ? 5 ? AC6 ? 5 ? AC7 ? 5 ? AC8 ? 5 ? AC9 ? 5 ? AD1 ? 5 ? AD2 ? 5 ? AD3 ? 5 ? AD4 ? 5 ? AD5 ? 5 ? AD6 ? 5 ? AD7 ? 5 ? AD8 ? 5 ? AD9 ? 5 ? AE1 ? 5 ? AE2 ? 2 ? AE3 ? 5 ? AE4 ? 6 ? AE5 ? 2 ? AE6 ? 5 ? AE7 ? 5 ? AE8 ? 2 ? AE9 ? 5 ? AF1 ? 5 ? AF2 ? 2 ? AF3 ? 5 ? AF4 ? 5 ? AF5 ? 7 ? AF6 ? 5 ? AF7 ? 5 ? AF8 ? 2 ? AF9 ? 5 ? AG1 ? 5 ? AG2 ? 7 ? AG3 ? 5 ? AG4 ? 5 ? AG5 ? 5 ? AG6 ? 5 ? AG7 ? 5 ? AG8 ? 5 ? AG9 ? 5 ? AH1 ? 5 ? AH2 ? 2 ? AH3 ? 5 ? AH4 ? 5 ? AH5 ? 2 ? AH6 ? 5 ? AH7 ? 5 ? AH8 ? 2 ? AH9 ? 5 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA1 4 5 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA2 4 5 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA3 4 5 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA4 4 5 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA5 4 5 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA6 4 5 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA7 4 5 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA8 3 4 ? anti-parallel AA8 4 5 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? anti-parallel AA9 4 5 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB1 3 4 ? anti-parallel AB1 4 5 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB2 3 4 ? anti-parallel AB2 4 5 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB3 3 4 ? anti-parallel AB3 4 5 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB5 2 3 ? anti-parallel AB5 3 4 ? anti-parallel AB5 4 5 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB6 3 4 ? anti-parallel AB6 4 5 ? anti-parallel AB6 5 6 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB8 2 3 ? anti-parallel AB8 3 4 ? anti-parallel AB8 4 5 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AB9 2 3 ? anti-parallel AB9 3 4 ? anti-parallel AB9 4 5 ? anti-parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC2 2 3 ? anti-parallel AC2 3 4 ? anti-parallel AC2 4 5 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC3 2 3 ? anti-parallel AC3 3 4 ? anti-parallel AC3 4 5 ? anti-parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC5 2 3 ? anti-parallel AC5 3 4 ? anti-parallel AC5 4 5 ? anti-parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC6 2 3 ? anti-parallel AC6 3 4 ? anti-parallel AC6 4 5 ? anti-parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC7 2 3 ? anti-parallel AC7 3 4 ? anti-parallel AC7 4 5 ? anti-parallel AC8 1 2 ? anti-parallel AC8 2 3 ? anti-parallel AC8 3 4 ? anti-parallel AC8 4 5 ? anti-parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AC9 2 3 ? anti-parallel AC9 3 4 ? anti-parallel AC9 4 5 ? anti-parallel AD1 1 2 ? anti-parallel AD1 2 3 ? anti-parallel AD1 3 4 ? anti-parallel AD1 4 5 ? anti-parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD2 2 3 ? anti-parallel AD2 3 4 ? anti-parallel AD2 4 5 ? anti-parallel AD3 1 2 ? anti-parallel AD3 2 3 ? anti-parallel AD3 3 4 ? anti-parallel AD3 4 5 ? anti-parallel AD4 1 2 ? anti-parallel AD4 2 3 ? anti-parallel AD4 3 4 ? anti-parallel AD4 4 5 ? anti-parallel AD5 1 2 ? anti-parallel AD5 2 3 ? anti-parallel AD5 3 4 ? anti-parallel AD5 4 5 ? anti-parallel AD6 1 2 ? anti-parallel AD6 2 3 ? anti-parallel AD6 3 4 ? anti-parallel AD6 4 5 ? anti-parallel AD7 1 2 ? anti-parallel AD7 2 3 ? anti-parallel AD7 3 4 ? anti-parallel AD7 4 5 ? anti-parallel AD8 1 2 ? anti-parallel AD8 2 3 ? anti-parallel AD8 3 4 ? anti-parallel AD8 4 5 ? anti-parallel AD9 1 2 ? anti-parallel AD9 2 3 ? anti-parallel AD9 3 4 ? anti-parallel AD9 4 5 ? anti-parallel AE1 1 2 ? anti-parallel AE1 2 3 ? anti-parallel AE1 3 4 ? anti-parallel AE1 4 5 ? anti-parallel AE2 1 2 ? anti-parallel AE3 1 2 ? anti-parallel AE3 2 3 ? anti-parallel AE3 3 4 ? anti-parallel AE3 4 5 ? anti-parallel AE4 1 2 ? anti-parallel AE4 2 3 ? anti-parallel AE4 3 4 ? anti-parallel AE4 4 5 ? anti-parallel AE4 5 6 ? anti-parallel AE5 1 2 ? anti-parallel AE6 1 2 ? anti-parallel AE6 2 3 ? anti-parallel AE6 3 4 ? anti-parallel AE6 4 5 ? anti-parallel AE7 1 2 ? anti-parallel AE7 2 3 ? anti-parallel AE7 3 4 ? anti-parallel AE7 4 5 ? anti-parallel AE8 1 2 ? anti-parallel AE9 1 2 ? anti-parallel AE9 2 3 ? anti-parallel AE9 3 4 ? anti-parallel AE9 4 5 ? anti-parallel AF1 1 2 ? anti-parallel AF1 2 3 ? anti-parallel AF1 3 4 ? anti-parallel AF1 4 5 ? anti-parallel AF2 1 2 ? anti-parallel AF3 1 2 ? anti-parallel AF3 2 3 ? anti-parallel AF3 3 4 ? anti-parallel AF3 4 5 ? anti-parallel AF4 1 2 ? anti-parallel AF4 2 3 ? anti-parallel AF4 3 4 ? anti-parallel AF4 4 5 ? anti-parallel AF5 1 2 ? anti-parallel AF5 2 3 ? anti-parallel AF5 3 4 ? anti-parallel AF5 4 5 ? anti-parallel AF5 5 6 ? anti-parallel AF5 6 7 ? anti-parallel AF6 1 2 ? anti-parallel AF6 2 3 ? anti-parallel AF6 3 4 ? anti-parallel AF6 4 5 ? anti-parallel AF7 1 2 ? anti-parallel AF7 2 3 ? anti-parallel AF7 3 4 ? anti-parallel AF7 4 5 ? anti-parallel AF8 1 2 ? anti-parallel AF9 1 2 ? anti-parallel AF9 2 3 ? anti-parallel AF9 3 4 ? anti-parallel AF9 4 5 ? anti-parallel AG1 1 2 ? anti-parallel AG1 2 3 ? anti-parallel AG1 3 4 ? anti-parallel AG1 4 5 ? anti-parallel AG2 1 2 ? anti-parallel AG2 2 3 ? anti-parallel AG2 3 4 ? anti-parallel AG2 4 5 ? anti-parallel AG2 5 6 ? anti-parallel AG2 6 7 ? anti-parallel AG3 1 2 ? anti-parallel AG3 2 3 ? anti-parallel AG3 3 4 ? anti-parallel AG3 4 5 ? anti-parallel AG4 1 2 ? anti-parallel AG4 2 3 ? anti-parallel AG4 3 4 ? anti-parallel AG4 4 5 ? anti-parallel AG5 1 2 ? anti-parallel AG5 2 3 ? anti-parallel AG5 3 4 ? anti-parallel AG5 4 5 ? anti-parallel AG6 1 2 ? anti-parallel AG6 2 3 ? anti-parallel AG6 3 4 ? anti-parallel AG6 4 5 ? anti-parallel AG7 1 2 ? anti-parallel AG7 2 3 ? anti-parallel AG7 3 4 ? anti-parallel AG7 4 5 ? anti-parallel AG8 1 2 ? anti-parallel AG8 2 3 ? anti-parallel AG8 3 4 ? anti-parallel AG8 4 5 ? anti-parallel AG9 1 2 ? anti-parallel AG9 2 3 ? anti-parallel AG9 3 4 ? anti-parallel AG9 4 5 ? anti-parallel AH1 1 2 ? anti-parallel AH1 2 3 ? anti-parallel AH1 3 4 ? anti-parallel AH1 4 5 ? anti-parallel AH2 1 2 ? anti-parallel AH3 1 2 ? anti-parallel AH3 2 3 ? anti-parallel AH3 3 4 ? anti-parallel AH3 4 5 ? anti-parallel AH4 1 2 ? anti-parallel AH4 2 3 ? anti-parallel AH4 3 4 ? anti-parallel AH4 4 5 ? anti-parallel AH5 1 2 ? anti-parallel AH6 1 2 ? anti-parallel AH6 2 3 ? anti-parallel AH6 3 4 ? anti-parallel AH6 4 5 ? anti-parallel AH7 1 2 ? anti-parallel AH7 2 3 ? anti-parallel AH7 3 4 ? anti-parallel AH7 4 5 ? anti-parallel AH8 1 2 ? anti-parallel AH9 1 2 ? anti-parallel AH9 2 3 ? anti-parallel AH9 3 4 ? anti-parallel AH9 4 5 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 ALA A 167 ? ILE A 170 ? ALA M 167 ILE M 170 AA1 2 ALA A 37 ? THR A 42 ? ALA M 37 THR M 42 AA1 3 GLY A 45 ? GLU A 51 ? GLY M 45 GLU M 51 AA1 4 ILE A 215 ? VAL A 220 ? ILE M 215 VAL M 220 AA1 5 HIS A 227 ? MET A 228 ? HIS M 227 MET M 228 AA2 1 ILE A 67 ? ASP A 71 ? ILE M 67 ASP M 71 AA2 2 ILE A 74 ? GLY A 80 ? ILE M 74 GLY M 80 AA2 3 VAL A 139 ? ASP A 147 ? VAL M 139 ASP M 147 AA2 4 GLY A 150 ? MET A 156 ? GLY M 150 MET M 156 AA2 5 PHE A 162 ? GLN A 164 ? PHE M 162 GLN M 164 AA3 1 ALA B 158 ? ILE B 161 ? ALA N 158 ILE N 161 AA3 2 ALA B 32 ? VAL B 35 ? ALA N 32 VAL N 35 AA3 3 VAL B 41 ? GLU B 46 ? VAL N 41 GLU N 46 AA3 4 ILE B 206 ? MET B 211 ? ILE N 206 MET N 211 AA3 5 LYS B 218 ? ILE B 219 ? LYS N 218 ILE N 219 AA4 1 CYS B 63 ? ALA B 64 ? CYS N 63 ALA N 64 AA4 2 VAL B 69 ? GLY B 75 ? VAL N 69 GLY N 75 AA4 3 ILE B 129 ? PHE B 136 ? ILE N 129 PHE N 136 AA4 4 PRO B 142 ? THR B 147 ? PRO N 142 THR N 147 AA4 5 TYR B 153 ? ALA B 155 ? TYR N 153 ALA N 155 AA5 1 ALA C 161 ? ILE C 164 ? ALA O 161 ILE O 164 AA5 2 CYS C 34 ? ALA C 39 ? CYS O 34 ALA O 39 AA5 3 GLY C 42 ? GLU C 48 ? GLY O 42 GLU O 48 AA5 4 VAL C 211 ? ARG C 218 ? VAL O 211 ARG O 218 AA5 5 THR C 223 ? VAL C 227 ? THR O 223 VAL O 227 AA6 1 ILE C 65 ? ASN C 69 ? ILE O 65 ASN O 69 AA6 2 MET C 72 ? GLY C 78 ? MET O 72 GLY O 78 AA6 3 VAL C 132 ? ASP C 140 ? VAL O 132 ASP O 140 AA6 4 GLY C 144 ? SER C 150 ? GLY O 144 SER O 150 AA6 5 TYR C 156 ? GLY C 158 ? TYR O 156 GLY O 158 AA7 1 ALA D 160 ? MET D 163 ? ALA P 159 MET P 162 AA7 2 SER D 35 ? LYS D 39 ? SER P 34 LYS P 38 AA7 3 VAL D 44 ? GLU D 49 ? VAL P 43 GLU P 48 AA7 4 ILE D 208 ? ASN D 214 ? ILE P 207 ASN P 213 AA7 5 GLY D 217 ? ARG D 220 ? GLY P 216 ARG P 219 AA8 1 GLU D 66 ? PRO D 67 ? GLU P 65 PRO P 66 AA8 2 ILE D 72 ? GLY D 78 ? ILE P 71 GLY P 77 AA8 3 VAL D 132 ? TRP D 139 ? VAL P 131 TRP P 138 AA8 4 PRO D 144 ? SER D 149 ? PRO P 143 SER P 148 AA8 5 TYR D 155 ? ALA D 157 ? TYR P 154 ALA P 156 AA9 1 GLY E 163 ? ILE E 166 ? GLY Q 162 ILE Q 165 AA9 2 ALA E 37 ? ARG E 41 ? ALA Q 36 ARG Q 40 AA9 3 GLY E 45 ? LEU E 53 ? GLY Q 44 LEU Q 52 AA9 4 PHE E 210 ? GLY E 218 ? PHE Q 209 GLY Q 217 AA9 5 GLU E 226 ? ILE E 227 ? GLU Q 225 ILE Q 226 AB1 1 LEU E 67 ? ASP E 71 ? LEU Q 66 ASP Q 70 AB1 2 VAL E 74 ? GLY E 80 ? VAL Q 73 GLY Q 79 AB1 3 CYS E 134 ? SER E 142 ? CYS Q 133 SER Q 141 AB1 4 GLY E 146 ? ILE E 152 ? GLY Q 145 ILE Q 151 AB1 5 SER E 158 ? GLY E 160 ? SER Q 157 GLY Q 159 AB2 1 PHE F 129 ? HIS F 132 ? PHE T 129 HIS T 132 AB2 2 LEU F 4 ? GLN F 8 ? LEU T 4 GLN T 8 AB2 3 VAL F 13 ? ASP F 18 ? VAL T 13 ASP T 18 AB2 4 THR F 177 ? ASP F 184 ? THR T 177 ASP T 184 AB2 5 GLY F 187 ? ASP F 190 ? GLY T 187 ASP T 190 AB3 1 PHE F 129 ? HIS F 132 ? PHE T 129 HIS T 132 AB3 2 LEU F 4 ? GLN F 8 ? LEU T 4 GLN T 8 AB3 3 VAL F 13 ? ASP F 18 ? VAL T 13 ASP T 18 AB3 4 THR F 177 ? ASP F 184 ? THR T 177 ASP T 184 AB3 5 ILE F 194 ? SER F 195 ? ILE T 194 SER T 195 AB4 1 ALA F 21 ? SER F 23 ? ALA T 21 SER T 23 AB4 2 VAL F 26 ? 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