HEADER DNA 26-APR-24 8ZBF TITLE CRYSTAL STRUCTURE OF THE A58-T10 DNA APTAMER IN COMPLEX WITH SARS-COV- TITLE 2 2 N-NTD COMPND MOL_ID: 1; COMPND 2 MOLECULE: NUCLEOPROTEIN; COMPND 3 CHAIN: A, B, C, D; COMPND 4 SYNONYM: N,NUCLEOCAPSID PROTEIN,NC,PROTEIN N; COMPND 5 ENGINEERED: YES; COMPND 6 MOL_ID: 2; COMPND 7 MOLECULE: DNA (40-MER); COMPND 8 CHAIN: E, F, G, H; COMPND 9 ENGINEERED: YES SOURCE MOL_ID: 1; SOURCE 2 ORGANISM_SCIENTIFIC: SEVERE ACUTE RESPIRATORY SYNDROME CORONAVIRUS SOURCE 3 2; SOURCE 4 ORGANISM_COMMON: 2019-NCOV, SARS-COV-2; SOURCE 5 ORGANISM_TAXID: 2697049; SOURCE 6 GENE: N; SOURCE 7 EXPRESSION_SYSTEM: ESCHERICHIA COLI; SOURCE 8 EXPRESSION_SYSTEM_TAXID: 562; SOURCE 9 MOL_ID: 2; SOURCE 10 SYNTHETIC: YES; SOURCE 11 ORGANISM_SCIENTIFIC: SYNTHETIC CONSTRUCT; SOURCE 12 ORGANISM_TAXID: 32630 KEYWDS APTAMER, A58, NUCLEOCAPSID PROTEIN, SARS-COV-2, DNA EXPDTA X-RAY DIFFRACTION AUTHOR X.CHEN,L.HUANG REVDAT 2 07-MAY-25 8ZBF 1 REMARK REVDAT 1 30-APR-25 8ZBF 0 JRNL AUTH X.CHEN,L.HUANG JRNL TITL MOLECULAR CHARACTERIZATION AND BROAD-SPECTRUM MECHANISM OF JRNL TITL 2 CORONAVIRUS N PROTEIN APTAMER JRNL REF TO BE PUBLISHED JRNL REFN REMARK 2 REMARK 2 RESOLUTION. 2.80 ANGSTROMS. REMARK 3 REMARK 3 REFINEMENT. REMARK 3 PROGRAM : PHENIX (1.21.1_5286: ???) REMARK 3 AUTHORS : PAUL ADAMS,PAVEL AFONINE,VINCENT CHEN,IAN REMARK 3 : DAVIS,KRESHNA GOPAL,RALF GROSSE-KUNSTLEVE, REMARK 3 : LI-WEI HUNG,ROBERT IMMORMINO,TOM IOERGER, REMARK 3 : AIRLIE MCCOY,ERIK MCKEE,NIGEL MORIARTY, REMARK 3 : REETAL PAI,RANDY READ,JANE RICHARDSON, REMARK 3 : DAVID RICHARDSON,TOD ROMO,JIM SACCHETTINI, REMARK 3 : NICHOLAS SAUTER,JACOB SMITH,LAURENT REMARK 3 : STORONI,TOM TERWILLIGER,PETER ZWART REMARK 3 REMARK 3 REFINEMENT TARGET : ML REMARK 3 REMARK 3 DATA USED IN REFINEMENT. REMARK 3 RESOLUTION RANGE HIGH (ANGSTROMS) : 2.80 REMARK 3 RESOLUTION RANGE LOW (ANGSTROMS) : 35.48 REMARK 3 MIN(FOBS/SIGMA_FOBS) : 1.350 REMARK 3 COMPLETENESS FOR RANGE (%) : 99.5 REMARK 3 NUMBER OF REFLECTIONS : 24816 REMARK 3 REMARK 3 FIT TO DATA USED IN REFINEMENT. REMARK 3 R VALUE (WORKING + TEST SET) : 0.219 REMARK 3 R VALUE (WORKING SET) : 0.217 REMARK 3 FREE R VALUE : 0.261 REMARK 3 FREE R VALUE TEST SET SIZE (%) : 4.590 REMARK 3 FREE R VALUE TEST SET COUNT : 1138 REMARK 3 REMARK 3 FIT TO DATA USED IN REFINEMENT (IN BINS). REMARK 3 BIN RESOLUTION RANGE COMPL. NWORK NFREE RWORK RFREE REMARK 3 1 35.4800 - 5.5900 0.99 3010 145 0.1723 0.2143 REMARK 3 2 5.5900 - 4.4400 1.00 2994 139 0.1836 0.2289 REMARK 3 3 4.4400 - 3.8800 1.00 2943 154 0.1905 0.2263 REMARK 3 4 3.8800 - 3.5300 1.00 2964 142 0.2213 0.2689 REMARK 3 5 3.5300 - 3.2700 0.99 2960 138 0.2500 0.3141 REMARK 3 6 3.2700 - 3.0800 0.98 2912 119 0.3068 0.3986 REMARK 3 7 3.0800 - 2.9300 1.00 2954 145 0.3316 0.2994 REMARK 3 8 2.9300 - 2.8000 1.00 2941 156 0.3488 0.4045 REMARK 3 REMARK 3 BULK SOLVENT MODELLING. REMARK 3 METHOD USED : FLAT BULK SOLVENT MODEL REMARK 3 SOLVENT RADIUS : 1.10 REMARK 3 SHRINKAGE RADIUS : 0.90 REMARK 3 K_SOL : NULL REMARK 3 B_SOL : NULL REMARK 3 REMARK 3 ERROR ESTIMATES. REMARK 3 COORDINATE ERROR (MAXIMUM-LIKELIHOOD BASED) : 0.440 REMARK 3 PHASE ERROR (DEGREES, MAXIMUM-LIKELIHOOD BASED) : 31.720 REMARK 3 REMARK 3 B VALUES. REMARK 3 FROM WILSON PLOT (A**2) : NULL REMARK 3 MEAN B VALUE (OVERALL, A**2) : NULL REMARK 3 OVERALL ANISOTROPIC B VALUE. REMARK 3 B11 (A**2) : NULL REMARK 3 B22 (A**2) : NULL REMARK 3 B33 (A**2) : NULL REMARK 3 B12 (A**2) : NULL REMARK 3 B13 (A**2) : NULL REMARK 3 B23 (A**2) : NULL REMARK 3 REMARK 3 TWINNING INFORMATION. REMARK 3 FRACTION: NULL REMARK 3 OPERATOR: NULL REMARK 3 REMARK 3 DEVIATIONS FROM IDEAL VALUES. REMARK 3 RMSD COUNT REMARK 3 BOND : 0.006 7540 REMARK 3 ANGLE : 0.914 10919 REMARK 3 CHIRALITY : 0.053 1179 REMARK 3 PLANARITY : 0.015 862 REMARK 3 DIHEDRAL : 27.739 3156 REMARK 3 REMARK 3 TLS DETAILS REMARK 3 NUMBER OF TLS GROUPS : 30 REMARK 3 TLS GROUP : 1 REMARK 3 SELECTION: CHAIN 'A' AND (RESID 48 THROUGH 129 ) REMARK 3 ORIGIN FOR THE GROUP (A): 75.1606 6.7642 -41.4450 REMARK 3 T TENSOR REMARK 3 T11: 0.4152 T22: 0.3338 REMARK 3 T33: 0.4322 T12: 0.0220 REMARK 3 T13: 0.0048 T23: -0.0193 REMARK 3 L TENSOR REMARK 3 L11: 3.3033 L22: 2.8853 REMARK 3 L33: 2.6354 L12: 1.3766 REMARK 3 L13: -1.9186 L23: -1.3821 REMARK 3 S TENSOR REMARK 3 S11: 0.0439 S12: -0.2235 S13: -0.1095 REMARK 3 S21: 0.3151 S22: -0.0188 S23: -0.0721 REMARK 3 S31: 0.0875 S32: 0.3608 S33: 0.0735 REMARK 3 TLS GROUP : 2 REMARK 3 SELECTION: CHAIN 'A' AND (RESID 130 THROUGH 149 ) REMARK 3 ORIGIN FOR THE GROUP (A): 75.2892 18.1266 -47.5031 REMARK 3 T TENSOR REMARK 3 T11: 0.4300 T22: 0.3533 REMARK 3 T33: 0.5308 T12: -0.0301 REMARK 3 T13: 0.0857 T23: 0.0213 REMARK 3 L TENSOR REMARK 3 L11: 6.8511 L22: 5.1565 REMARK 3 L33: 2.8384 L12: 1.6926 REMARK 3 L13: -0.0663 L23: -0.2782 REMARK 3 S TENSOR REMARK 3 S11: -0.0285 S12: 0.8017 S13: 1.4309 REMARK 3 S21: -0.2180 S22: 0.1411 S23: 0.0664 REMARK 3 S31: -0.7410 S32: 0.3174 S33: -0.1431 REMARK 3 TLS GROUP : 3 REMARK 3 SELECTION: CHAIN 'A' AND (RESID 150 THROUGH 173 ) REMARK 3 ORIGIN FOR THE GROUP (A): 72.0784 3.0733 -49.7895 REMARK 3 T TENSOR REMARK 3 T11: 0.4533 T22: 0.4798 REMARK 3 T33: 0.4630 T12: 0.0103 REMARK 3 T13: 0.0825 T23: 0.0201 REMARK 3 L TENSOR REMARK 3 L11: 1.0807 L22: 3.3703 REMARK 3 L33: 1.2904 L12: 1.5887 REMARK 3 L13: 0.2536 L23: -0.5890 REMARK 3 S TENSOR REMARK 3 S11: -0.4471 S12: 0.3410 S13: -0.5500 REMARK 3 S21: -0.1513 S22: 0.0762 S23: -0.1630 REMARK 3 S31: 0.2945 S32: 0.1184 S33: 0.1737 REMARK 3 TLS GROUP : 4 REMARK 3 SELECTION: CHAIN 'B' AND (RESID 48 THROUGH 55 ) REMARK 3 ORIGIN FOR THE GROUP (A): 4.2974 8.8433 2.9295 REMARK 3 T TENSOR REMARK 3 T11: 0.6080 T22: 0.5571 REMARK 3 T33: 0.5327 T12: 0.0781 REMARK 3 T13: 0.0448 T23: -0.0019 REMARK 3 L TENSOR REMARK 3 L11: 0.6156 L22: 0.9551 REMARK 3 L33: 3.9378 L12: 0.6022 REMARK 3 L13: -1.5643 L23: -1.6506 REMARK 3 S TENSOR REMARK 3 S11: 0.5830 S12: -0.9892 S13: 0.0350 REMARK 3 S21: -0.5880 S22: -1.1572 S23: -1.3005 REMARK 3 S31: -0.6704 S32: 0.0192 S33: 0.2681 REMARK 3 TLS GROUP : 5 REMARK 3 SELECTION: CHAIN 'B' AND (RESID 56 THROUGH 139 ) REMARK 3 ORIGIN FOR THE GROUP (A): -6.4341 6.3206 2.6716 REMARK 3 T TENSOR REMARK 3 T11: 0.3521 T22: 0.7487 REMARK 3 T33: 0.4300 T12: 0.0836 REMARK 3 T13: 0.0356 T23: -0.0164 REMARK 3 L TENSOR REMARK 3 L11: 3.7756 L22: 5.4423 REMARK 3 L33: 6.4468 L12: -0.2782 REMARK 3 L13: -0.7646 L23: 2.3551 REMARK 3 S TENSOR REMARK 3 S11: 0.0118 S12: 0.1500 S13: -0.1009 REMARK 3 S21: -0.4268 S22: -0.2777 S23: 0.4465 REMARK 3 S31: -0.4281 S32: -1.2396 S33: 0.1538 REMARK 3 TLS GROUP : 6 REMARK 3 SELECTION: CHAIN 'B' AND (RESID 140 THROUGH 149 ) REMARK 3 ORIGIN FOR THE GROUP (A): -1.0121 19.2440 4.9548 REMARK 3 T TENSOR REMARK 3 T11: 1.2198 T22: -0.2228 REMARK 3 T33: 0.2777 T12: 0.1673 REMARK 3 T13: 0.0276 T23: 0.4227 REMARK 3 L TENSOR REMARK 3 L11: 2.2099 L22: 8.7164 REMARK 3 L33: 6.1931 L12: 1.2460 REMARK 3 L13: 3.5140 L23: 0.1502 REMARK 3 S TENSOR REMARK 3 S11: -0.2698 S12: -0.5413 S13: 1.6911 REMARK 3 S21: -1.6515 S22: -0.9201 S23: 1.5146 REMARK 3 S31: -2.3913 S32: -1.7509 S33: -0.3221 REMARK 3 TLS GROUP : 7 REMARK 3 SELECTION: CHAIN 'B' AND (RESID 150 THROUGH 173 ) REMARK 3 ORIGIN FOR THE GROUP (A): -0.6398 1.8038 9.6370 REMARK 3 T TENSOR REMARK 3 T11: 0.3860 T22: 0.6062 REMARK 3 T33: 0.4215 T12: 0.0610 REMARK 3 T13: 0.0112 T23: 0.1382 REMARK 3 L TENSOR REMARK 3 L11: 6.3614 L22: 7.6566 REMARK 3 L33: 7.0898 L12: 1.4990 REMARK 3 L13: 2.0196 L23: 5.2472 REMARK 3 S TENSOR REMARK 3 S11: 0.1616 S12: -0.7001 S13: -0.6220 REMARK 3 S21: 0.4053 S22: -0.2350 S23: -0.3054 REMARK 3 S31: 0.5996 S32: -0.3915 S33: -0.2127 REMARK 3 TLS GROUP : 8 REMARK 3 SELECTION: CHAIN 'C' AND (RESID 48 THROUGH 55 ) REMARK 3 ORIGIN FOR THE GROUP (A): -29.4707 17.6793 -47.6145 REMARK 3 T TENSOR REMARK 3 T11: 0.4316 T22: 0.5255 REMARK 3 T33: 0.6136 T12: 0.0175 REMARK 3 T13: 0.0040 T23: 0.0607 REMARK 3 L TENSOR REMARK 3 L11: 4.3426 L22: 0.2930 REMARK 3 L33: 2.5313 L12: -0.6860 REMARK 3 L13: 3.3012 L23: -0.4858 REMARK 3 S TENSOR REMARK 3 S11: 0.5904 S12: -0.3752 S13: -2.7295 REMARK 3 S21: 0.0953 S22: 0.1923 S23: -0.1846 REMARK 3 S31: -0.5318 S32: 0.0280 S33: -0.5519 REMARK 3 TLS GROUP : 9 REMARK 3 SELECTION: CHAIN 'C' AND (RESID 56 THROUGH 73 ) REMARK 3 ORIGIN FOR THE GROUP (A): -45.4801 24.2566 -50.7417 REMARK 3 T TENSOR REMARK 3 T11: 0.5134 T22: 0.6282 REMARK 3 T33: 0.7343 T12: 0.0935 REMARK 3 T13: 0.0556 T23: 0.0619 REMARK 3 L TENSOR REMARK 3 L11: 2.6134 L22: 1.1223 REMARK 3 L33: 3.3015 L12: -0.5070 REMARK 3 L13: 2.5625 L23: -0.8820 REMARK 3 S TENSOR REMARK 3 S11: 0.2671 S12: -0.2183 S13: -0.1668 REMARK 3 S21: -0.1855 S22: 0.0435 S23: 0.6924 REMARK 3 S31: -0.4951 S32: -1.0264 S33: -0.0439 REMARK 3 TLS GROUP : 10 REMARK 3 SELECTION: CHAIN 'C' AND (RESID 74 THROUGH 118 ) REMARK 3 ORIGIN FOR THE GROUP (A): -36.8454 19.7904 -45.9361 REMARK 3 T TENSOR REMARK 3 T11: 0.4395 T22: 0.4185 REMARK 3 T33: 0.6248 T12: 0.0247 REMARK 3 T13: 0.0513 T23: 0.0656 REMARK 3 L TENSOR REMARK 3 L11: 6.1660 L22: 3.4190 REMARK 3 L33: 2.9827 L12: 0.4677 REMARK 3 L13: 3.0160 L23: -1.3043 REMARK 3 S TENSOR REMARK 3 S11: 0.4187 S12: -0.5842 S13: -0.4888 REMARK 3 S21: 0.3165 S22: -0.0211 S23: 0.3511 REMARK 3 S31: 0.1403 S32: -0.4637 S33: -0.3705 REMARK 3 TLS GROUP : 11 REMARK 3 SELECTION: CHAIN 'C' AND (RESID 119 THROUGH 139 ) REMARK 3 ORIGIN FOR THE GROUP (A): -45.3799 11.5659 -47.9821 REMARK 3 T TENSOR REMARK 3 T11: 0.4162 T22: 0.4837 REMARK 3 T33: 0.8038 T12: -0.0144 REMARK 3 T13: -0.1029 T23: 0.1245 REMARK 3 L TENSOR REMARK 3 L11: 8.8448 L22: 6.0725 REMARK 3 L33: 5.9647 L12: -1.7340 REMARK 3 L13: -3.2402 L23: 1.0821 REMARK 3 S TENSOR REMARK 3 S11: 0.4165 S12: 0.0126 S13: -0.6039 REMARK 3 S21: -0.0147 S22: -0.1415 S23: 0.0632 REMARK 3 S31: 1.2156 S32: -1.7013 S33: -0.4502 REMARK 3 TLS GROUP : 12 REMARK 3 SELECTION: CHAIN 'C' AND (RESID 140 THROUGH 149 ) REMARK 3 ORIGIN FOR THE GROUP (A): -33.3744 7.0584 -50.4291 REMARK 3 T TENSOR REMARK 3 T11: 0.6158 T22: 0.5169 REMARK 3 T33: 0.8882 T12: 0.1168 REMARK 3 T13: -0.0690 T23: 0.0981 REMARK 3 L TENSOR REMARK 3 L11: 5.3757 L22: 5.8024 REMARK 3 L33: 3.2917 L12: 1.7935 REMARK 3 L13: 3.1496 L23: 0.5100 REMARK 3 S TENSOR REMARK 3 S11: 0.7820 S12: -0.7508 S13: -2.0822 REMARK 3 S21: 0.4073 S22: -0.0898 S23: 0.0364 REMARK 3 S31: 1.4158 S32: -0.1650 S33: -0.6726 REMARK 3 TLS GROUP : 13 REMARK 3 SELECTION: CHAIN 'C' AND (RESID 150 THROUGH 173 ) REMARK 3 ORIGIN FOR THE GROUP (A): -35.6121 24.4892 -54.2275 REMARK 3 T TENSOR REMARK 3 T11: 0.3968 T22: 0.3233 REMARK 3 T33: 0.4267 T12: 0.0109 REMARK 3 T13: -0.0135 T23: 0.0504 REMARK 3 L TENSOR REMARK 3 L11: 3.3313 L22: 3.7662 REMARK 3 L33: 5.4301 L12: 0.7274 REMARK 3 L13: 2.1792 L23: 0.5345 REMARK 3 S TENSOR REMARK 3 S11: -0.2713 S12: 0.8099 S13: 0.4152 REMARK 3 S21: 0.0633 S22: -0.1329 S23: 0.1216 REMARK 3 S31: -0.4868 S32: 0.0602 S33: 0.3641 REMARK 3 TLS GROUP : 14 REMARK 3 SELECTION: CHAIN 'D' AND (RESID 49 THROUGH 78 ) REMARK 3 ORIGIN FOR THE GROUP (A): 40.1998 23.4823 2.9449 REMARK 3 T TENSOR REMARK 3 T11: 0.5306 T22: 0.7926 REMARK 3 T33: 0.5629 T12: 0.1466 REMARK 3 T13: -0.0376 T23: -0.2503 REMARK 3 L TENSOR REMARK 3 L11: 1.7322 L22: 0.9274 REMARK 3 L33: 4.0245 L12: 0.1445 REMARK 3 L13: 1.2955 L23: 0.2298 REMARK 3 S TENSOR REMARK 3 S11: 0.0576 S12: -0.2297 S13: -0.1765 REMARK 3 S21: -0.4074 S22: -0.1161 S23: -0.3287 REMARK 3 S31: 0.4195 S32: 1.3457 S33: -0.1195 REMARK 3 TLS GROUP : 15 REMARK 3 SELECTION: CHAIN 'D' AND (RESID 79 THROUGH 90 ) REMARK 3 ORIGIN FOR THE GROUP (A): 40.9872 16.0399 1.4955 REMARK 3 T TENSOR REMARK 3 T11: 0.3934 T22: 1.0240 REMARK 3 T33: 0.7233 T12: 0.2964 REMARK 3 T13: 0.0182 T23: -0.1070 REMARK 3 L TENSOR REMARK 3 L11: 1.4245 L22: 8.3139 REMARK 3 L33: 6.8935 L12: 1.1659 REMARK 3 L13: -0.0068 L23: -1.6130 REMARK 3 S TENSOR REMARK 3 S11: 0.2517 S12: 0.4940 S13: -0.3998 REMARK 3 S21: -0.4959 S22: -0.0810 S23: -0.2413 REMARK 3 S31: 0.5546 S32: 1.0818 S33: -0.1015 REMARK 3 TLS GROUP : 16 REMARK 3 SELECTION: CHAIN 'D' AND (RESID 91 THROUGH 106 ) REMARK 3 ORIGIN FOR THE GROUP (A): 34.5065 35.9191 -13.1175 REMARK 3 T TENSOR REMARK 3 T11: 0.8706 T22: 1.4051 REMARK 3 T33: 0.4697 T12: -0.2861 REMARK 3 T13: -0.0169 T23: -0.1311 REMARK 3 L TENSOR REMARK 3 L11: 5.1209 L22: 8.5666 REMARK 3 L33: 0.1587 L12: 4.6930 REMARK 3 L13: 0.6859 L23: 0.1362 REMARK 3 S TENSOR REMARK 3 S11: 0.1956 S12: 1.3436 S13: 0.8733 REMARK 3 S21: -1.7687 S22: -0.2640 S23: 1.4385 REMARK 3 S31: -0.2853 S32: 1.9339 S33: 0.1017 REMARK 3 TLS GROUP : 17 REMARK 3 SELECTION: CHAIN 'D' AND (RESID 107 THROUGH 159 ) REMARK 3 ORIGIN FOR THE GROUP (A): 38.8692 15.3399 -1.2575 REMARK 3 T TENSOR REMARK 3 T11: 0.6060 T22: 0.8561 REMARK 3 T33: 0.6148 T12: 0.1665 REMARK 3 T13: -0.0233 T23: -0.2510 REMARK 3 L TENSOR REMARK 3 L11: 4.8394 L22: 4.5096 REMARK 3 L33: 5.0793 L12: -0.4951 REMARK 3 L13: 1.4698 L23: -0.7541 REMARK 3 S TENSOR REMARK 3 S11: 0.0627 S12: 0.5338 S13: -0.8019 REMARK 3 S21: -0.3715 S22: -0.1442 S23: 0.2833 REMARK 3 S31: 0.7537 S32: 0.7076 S33: 0.0517 REMARK 3 TLS GROUP : 18 REMARK 3 SELECTION: CHAIN 'D' AND (RESID 160 THROUGH 173 ) REMARK 3 ORIGIN FOR THE GROUP (A): 42.4635 29.9600 8.4303 REMARK 3 T TENSOR REMARK 3 T11: 0.6812 T22: 1.0422 REMARK 3 T33: 0.4846 T12: -0.0923 REMARK 3 T13: -0.0622 T23: 0.0237 REMARK 3 L TENSOR REMARK 3 L11: 1.4755 L22: 2.8913 REMARK 3 L33: 0.9391 L12: -1.9098 REMARK 3 L13: -0.2025 L23: 0.1558 REMARK 3 S TENSOR REMARK 3 S11: 0.1088 S12: -0.9461 S13: 0.6036 REMARK 3 S21: 1.1914 S22: 0.4367 S23: -0.0535 REMARK 3 S31: -1.5912 S32: 1.2568 S33: 0.0136 REMARK 3 TLS GROUP : 19 REMARK 3 SELECTION: CHAIN 'E' AND (RESID 1 THROUGH 25 ) REMARK 3 ORIGIN FOR THE GROUP (A): 56.0769 -0.3891 -31.7689 REMARK 3 T TENSOR REMARK 3 T11: 0.5411 T22: 0.7427 REMARK 3 T33: 0.7779 T12: 0.0731 REMARK 3 T13: 0.0628 T23: -0.0143 REMARK 3 L TENSOR REMARK 3 L11: 8.9729 L22: 4.2828 REMARK 3 L33: 4.2337 L12: 2.8059 REMARK 3 L13: -3.6773 L23: -2.9570 REMARK 3 S TENSOR REMARK 3 S11: -0.2394 S12: -0.8883 S13: 0.5974 REMARK 3 S21: 0.2831 S22: 0.1305 S23: 1.1206 REMARK 3 S31: 0.3509 S32: -1.0140 S33: 0.0056 REMARK 3 TLS GROUP : 20 REMARK 3 SELECTION: CHAIN 'E' AND (RESID 26 THROUGH 40 ) REMARK 3 ORIGIN FOR THE GROUP (A): 25.0822 -0.5221 -19.9393 REMARK 3 T TENSOR REMARK 3 T11: 0.7395 T22: 1.3598 REMARK 3 T33: 0.9555 T12: -0.0130 REMARK 3 T13: 0.0191 T23: -0.1749 REMARK 3 L TENSOR REMARK 3 L11: 9.8745 L22: 0.9169 REMARK 3 L33: 2.5006 L12: 0.8779 REMARK 3 L13: -2.7298 L23: -1.2577 REMARK 3 S TENSOR REMARK 3 S11: -0.5425 S12: -0.3078 S13: -0.3838 REMARK 3 S21: -0.2218 S22: 0.1161 S23: -0.4774 REMARK 3 S31: -0.0455 S32: 0.9026 S33: 0.4059 REMARK 3 TLS GROUP : 21 REMARK 3 SELECTION: CHAIN 'F' AND (RESID 1 THROUGH 20 ) REMARK 3 ORIGIN FOR THE GROUP (A): 13.8647 -0.8353 -7.5717 REMARK 3 T TENSOR REMARK 3 T11: 0.4326 T22: 0.4828 REMARK 3 T33: 0.6297 T12: -0.0091 REMARK 3 T13: 0.0673 T23: -0.0675 REMARK 3 L TENSOR REMARK 3 L11: 7.1620 L22: 3.6786 REMARK 3 L33: 4.6577 L12: -1.9778 REMARK 3 L13: -0.6900 L23: -0.4650 REMARK 3 S TENSOR REMARK 3 S11: 0.1528 S12: 0.1712 S13: -0.0234 REMARK 3 S21: -0.1723 S22: -0.1908 S23: 0.1578 REMARK 3 S31: 0.3159 S32: 0.5052 S33: 0.0944 REMARK 3 TLS GROUP : 22 REMARK 3 SELECTION: CHAIN 'F' AND (RESID 22 THROUGH 26 ) REMARK 3 ORIGIN FOR THE GROUP (A): 23.1259 0.1111 -12.2810 REMARK 3 T TENSOR REMARK 3 T11: 0.6430 T22: 0.9309 REMARK 3 T33: 0.8856 T12: -0.0625 REMARK 3 T13: 0.0009 T23: -0.0466 REMARK 3 L TENSOR REMARK 3 L11: 7.2580 L22: 2.2628 REMARK 3 L33: 3.9473 L12: -3.4674 REMARK 3 L13: -2.5857 L23: -0.1274 REMARK 3 S TENSOR REMARK 3 S11: -0.4106 S12: 0.8635 S13: -0.6254 REMARK 3 S21: -0.5642 S22: -0.7396 S23: -0.3446 REMARK 3 S31: -1.7205 S32: 0.6429 S33: 1.2065 REMARK 3 TLS GROUP : 23 REMARK 3 SELECTION: CHAIN 'F' AND (RESID 27 THROUGH 40 ) REMARK 3 ORIGIN FOR THE GROUP (A): 48.5895 -0.1151 -20.0849 REMARK 3 T TENSOR REMARK 3 T11: 0.6680 T22: 1.5138 REMARK 3 T33: 0.8254 T12: 0.1044 REMARK 3 T13: 0.0895 T23: -0.1507 REMARK 3 L TENSOR REMARK 3 L11: 9.0543 L22: 1.2062 REMARK 3 L33: 1.9532 L12: -0.3785 REMARK 3 L13: -1.7072 L23: -0.4067 REMARK 3 S TENSOR REMARK 3 S11: -0.5891 S12: -0.2112 S13: -0.0888 REMARK 3 S21: 0.3073 S22: -0.0781 S23: 0.1109 REMARK 3 S31: -0.0358 S32: -0.1544 S33: 0.4418 REMARK 3 TLS GROUP : 24 REMARK 3 SELECTION: CHAIN 'G' AND (RESID 1 THROUGH 5 ) REMARK 3 ORIGIN FOR THE GROUP (A): -27.6137 21.6960 -21.9170 REMARK 3 T TENSOR REMARK 3 T11: 0.8625 T22: 1.7738 REMARK 3 T33: 1.1611 T12: -0.1440 REMARK 3 T13: -0.0053 T23: 0.1895 REMARK 3 L TENSOR REMARK 3 L11: 8.1598 L22: 2.2023 REMARK 3 L33: 2.0291 L12: -1.8566 REMARK 3 L13: -1.3430 L23: 1.5425 REMARK 3 S TENSOR REMARK 3 S11: 0.6858 S12: -0.8460 S13: -1.0176 REMARK 3 S21: 0.8543 S22: -0.0522 S23: -1.1166 REMARK 3 S31: 1.6021 S32: -2.4647 S33: -0.6495 REMARK 3 TLS GROUP : 25 REMARK 3 SELECTION: CHAIN 'G' AND (RESID 6 THROUGH 10 ) REMARK 3 ORIGIN FOR THE GROUP (A): -22.1845 33.7662 -35.0722 REMARK 3 T TENSOR REMARK 3 T11: 0.7743 T22: 0.8229 REMARK 3 T33: 0.9476 T12: 0.0994 REMARK 3 T13: 0.0882 T23: -0.0956 REMARK 3 L TENSOR REMARK 3 L11: 8.9725 L22: 3.3094 REMARK 3 L33: 4.1738 L12: -0.4404 REMARK 3 L13: 2.0790 L23: 1.4154 REMARK 3 S TENSOR REMARK 3 S11: -0.3357 S12: -1.6044 S13: 0.5383 REMARK 3 S21: 0.6236 S22: 0.0975 S23: 1.5559 REMARK 3 S31: -0.4713 S32: -0.2679 S33: 0.7270 REMARK 3 TLS GROUP : 26 REMARK 3 SELECTION: CHAIN 'G' AND (RESID 11 THROUGH 20 ) REMARK 3 ORIGIN FOR THE GROUP (A): -19.9542 29.4206 -43.3515 REMARK 3 T TENSOR REMARK 3 T11: 0.5496 T22: 0.4630 REMARK 3 T33: 0.7011 T12: 0.0332 REMARK 3 T13: 0.0886 T23: -0.0513 REMARK 3 L TENSOR REMARK 3 L11: 5.8103 L22: 3.1934 REMARK 3 L33: 1.7516 L12: 1.2927 REMARK 3 L13: 0.9506 L23: -1.0277 REMARK 3 S TENSOR REMARK 3 S11: -0.2518 S12: 0.4433 S13: 0.4429 REMARK 3 S21: -0.2742 S22: 0.2191 S23: -0.7529 REMARK 3 S31: -0.2617 S32: 0.0903 S33: 0.0214 REMARK 3 TLS GROUP : 27 REMARK 3 SELECTION: CHAIN 'G' AND (RESID 21 THROUGH 25 ) REMARK 3 ORIGIN FOR THE GROUP (A): -10.8991 25.0262 -34.2333 REMARK 3 T TENSOR REMARK 3 T11: 0.7304 T22: 0.9062 REMARK 3 T33: 0.8596 T12: 0.0748 REMARK 3 T13: 0.1109 T23: 0.0389 REMARK 3 L TENSOR REMARK 3 L11: 5.3111 L22: 2.9831 REMARK 3 L33: 1.5642 L12: 0.9437 REMARK 3 L13: 1.1699 L23: -1.5155 REMARK 3 S TENSOR REMARK 3 S11: -0.3858 S12: -0.7463 S13: -0.5841 REMARK 3 S21: -0.0890 S22: -0.0944 S23: -0.2661 REMARK 3 S31: 0.9449 S32: 1.2544 S33: 0.0457 REMARK 3 TLS GROUP : 28 REMARK 3 SELECTION: CHAIN 'G' AND (RESID 26 THROUGH 40 ) REMARK 3 ORIGIN FOR THE GROUP (A): 10.5151 28.3878 -23.6398 REMARK 3 T TENSOR REMARK 3 T11: 0.7093 T22: 1.0674 REMARK 3 T33: 0.7639 T12: -0.0768 REMARK 3 T13: 0.0476 T23: -0.0503 REMARK 3 L TENSOR REMARK 3 L11: 2.6936 L22: 1.5875 REMARK 3 L33: 4.2189 L12: -0.5815 REMARK 3 L13: 2.9941 L23: 1.1786 REMARK 3 S TENSOR REMARK 3 S11: -0.9609 S12: -0.0970 S13: -0.2016 REMARK 3 S21: 0.4111 S22: 0.2780 S23: 0.1409 REMARK 3 S31: 0.0008 S32: -0.2422 S33: 0.6552 REMARK 3 TLS GROUP : 29 REMARK 3 SELECTION: CHAIN 'H' AND (RESID 1 THROUGH 20 ) REMARK 3 ORIGIN FOR THE GROUP (A): 21.5803 28.8259 -11.5445 REMARK 3 T TENSOR REMARK 3 T11: 0.3817 T22: 0.7137 REMARK 3 T33: 0.6977 T12: -0.0488 REMARK 3 T13: 0.0238 T23: -0.0734 REMARK 3 L TENSOR REMARK 3 L11: 6.8484 L22: 5.4566 REMARK 3 L33: 7.2391 L12: -2.2534 REMARK 3 L13: 3.6498 L23: 1.9963 REMARK 3 S TENSOR REMARK 3 S11: -0.2811 S12: 0.0336 S13: 0.0028 REMARK 3 S21: -0.2752 S22: 0.4204 S23: 0.0531 REMARK 3 S31: -0.0847 S32: 0.0793 S33: -0.1295 REMARK 3 TLS GROUP : 30 REMARK 3 SELECTION: CHAIN 'H' AND (RESID 22 THROUGH 40 ) REMARK 3 ORIGIN FOR THE GROUP (A): -6.0266 27.7694 -21.6569 REMARK 3 T TENSOR REMARK 3 T11: 0.6465 T22: 1.2164 REMARK 3 T33: 1.1107 T12: -0.0164 REMARK 3 T13: 0.0902 T23: -0.0501 REMARK 3 L TENSOR REMARK 3 L11: 9.3162 L22: -0.2143 REMARK 3 L33: 0.0138 L12: 2.1095 REMARK 3 L13: 2.5627 L23: 0.2140 REMARK 3 S TENSOR REMARK 3 S11: -0.5321 S12: -0.2072 S13: -0.4554 REMARK 3 S21: 0.0794 S22: 0.1597 S23: 0.3515 REMARK 3 S31: -0.0113 S32: -0.5006 S33: 0.4417 REMARK 3 REMARK 3 NCS DETAILS REMARK 3 NUMBER OF NCS GROUPS : NULL REMARK 3 REMARK 3 OTHER REFINEMENT REMARKS: NULL REMARK 4 REMARK 4 8ZBF COMPLIES WITH FORMAT V. 3.30, 13-JUL-11 REMARK 100 REMARK 100 THIS ENTRY HAS BEEN PROCESSED BY PDBJ ON 30-APR-24. REMARK 100 THE DEPOSITION ID IS D_1300047039. REMARK 200 REMARK 200 EXPERIMENTAL DETAILS REMARK 200 EXPERIMENT TYPE : X-RAY DIFFRACTION REMARK 200 DATE OF DATA COLLECTION : 20-MAY-23 REMARK 200 TEMPERATURE (KELVIN) : 100 REMARK 200 PH : NULL REMARK 200 NUMBER OF CRYSTALS USED : 1 REMARK 200 REMARK 200 SYNCHROTRON (Y/N) : Y REMARK 200 RADIATION SOURCE : SSRF REMARK 200 BEAMLINE : BL10U2 REMARK 200 X-RAY GENERATOR MODEL : NULL REMARK 200 MONOCHROMATIC OR LAUE (M/L) : M REMARK 200 WAVELENGTH OR RANGE (A) : 0.978565 REMARK 200 MONOCHROMATOR : NULL REMARK 200 OPTICS : NULL REMARK 200 REMARK 200 DETECTOR TYPE : PIXEL REMARK 200 DETECTOR MANUFACTURER : DECTRIS EIGER X 16M REMARK 200 INTENSITY-INTEGRATION SOFTWARE : XIA2 REMARK 200 DATA SCALING SOFTWARE : XIA2 REMARK 200 REMARK 200 NUMBER OF UNIQUE REFLECTIONS : 24893 REMARK 200 RESOLUTION RANGE HIGH (A) : 2.800 REMARK 200 RESOLUTION RANGE LOW (A) : 35.480 REMARK 200 REJECTION CRITERIA (SIGMA(I)) : NULL REMARK 200 REMARK 200 OVERALL. REMARK 200 COMPLETENESS FOR RANGE (%) : 99.7 REMARK 200 DATA REDUNDANCY : 6.700 REMARK 200 R MERGE (I) : 0.16700 REMARK 200 R SYM (I) : NULL REMARK 200 FOR THE DATA SET : 10.2000 REMARK 200 REMARK 200 IN THE HIGHEST RESOLUTION SHELL. REMARK 200 HIGHEST RESOLUTION SHELL, RANGE HIGH (A) : 2.80 REMARK 200 HIGHEST RESOLUTION SHELL, RANGE LOW (A) : 2.87 REMARK 200 COMPLETENESS FOR SHELL (%) : NULL REMARK 200 DATA REDUNDANCY IN SHELL : 6.80 REMARK 200 R MERGE FOR SHELL (I) : 1.32200 REMARK 200 R SYM FOR SHELL (I) : NULL REMARK 200 FOR SHELL : 1.700 REMARK 200 REMARK 200 DIFFRACTION PROTOCOL: SINGLE WAVELENGTH REMARK 200 METHOD USED TO DETERMINE THE STRUCTURE: MOLECULAR REPLACEMENT REMARK 200 SOFTWARE USED: PHENIX (1.20.1_4487) REMARK 200 STARTING MODEL: PDB 6M3M AND DOUBLE STRANDED DNA BUILT BY COOT REMARK 200 NUCLEOTIDE BUILDER REMARK 200 REMARK 200 REMARK: NULL REMARK 280 REMARK 280 CRYSTAL REMARK 280 SOLVENT CONTENT, VS (%): 47.69 REMARK 280 MATTHEWS COEFFICIENT, VM (ANGSTROMS**3/DA): 2.35 REMARK 280 REMARK 280 CRYSTALLIZATION CONDITIONS: 0.05 M MAGNESIUM CHLORIDE HEXAHYDRATE, REMARK 280 0.1 M HEPES PH 7.5, 30% V/V POLYETHYLENE GLYCOL MONOMETHYL ETHER REMARK 280 550, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 291.15K REMARK 290 REMARK 290 CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY REMARK 290 SYMMETRY OPERATORS FOR SPACE GROUP: P 1 21 1 REMARK 290 REMARK 290 SYMOP SYMMETRY REMARK 290 NNNMMM OPERATOR REMARK 290 1555 X,Y,Z REMARK 290 2555 -X,Y+1/2,-Z REMARK 290 REMARK 290 WHERE NNN -> OPERATOR NUMBER REMARK 290 MMM -> TRANSLATION VECTOR REMARK 290 REMARK 290 CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY TRANSFORMATIONS REMARK 290 THE FOLLOWING TRANSFORMATIONS OPERATE ON THE ATOM/HETATM REMARK 290 RECORDS IN THIS ENTRY TO PRODUCE CRYSTALLOGRAPHICALLY REMARK 290 RELATED MOLECULES. REMARK 290 SMTRY1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 REMARK 290 SMTRY2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 REMARK 290 SMTRY3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 REMARK 290 SMTRY1 2 -1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 REMARK 290 SMTRY2 2 0.000000 1.000000 0.000000 46.24000 REMARK 290 SMTRY3 2 0.000000 0.000000 -1.000000 0.00000 REMARK 290 REMARK 290 REMARK: NULL REMARK 300 REMARK 300 BIOMOLECULE: 1, 2 REMARK 300 SEE REMARK 350 FOR THE AUTHOR PROVIDED AND/OR PROGRAM REMARK 300 GENERATED ASSEMBLY INFORMATION FOR THE STRUCTURE IN REMARK 300 THIS ENTRY. THE REMARK MAY ALSO PROVIDE INFORMATION ON REMARK 300 BURIED SURFACE AREA. REMARK 350 REMARK 350 COORDINATES FOR A COMPLETE MULTIMER REPRESENTING THE KNOWN REMARK 350 BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE OF THE REMARK 350 MOLECULE CAN BE GENERATED BY APPLYING BIOMT TRANSFORMATIONS REMARK 350 GIVEN BELOW. BOTH NON-CRYSTALLOGRAPHIC AND REMARK 350 CRYSTALLOGRAPHIC OPERATIONS ARE GIVEN. REMARK 350 REMARK 350 BIOMOLECULE: 1 REMARK 350 AUTHOR DETERMINED BIOLOGICAL UNIT: TETRAMERIC REMARK 350 SOFTWARE DETERMINED QUATERNARY STRUCTURE: TETRAMERIC REMARK 350 SOFTWARE USED: PISA REMARK 350 TOTAL BURIED SURFACE AREA: 4240 ANGSTROM**2 REMARK 350 SURFACE AREA OF THE COMPLEX: 26800 ANGSTROM**2 REMARK 350 CHANGE IN SOLVENT FREE ENERGY: -32.0 KCAL/MOL REMARK 350 APPLY THE FOLLOWING TO CHAINS: A, B, E, F REMARK 350 BIOMT1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 REMARK 350 REMARK 350 BIOMOLECULE: 2 REMARK 350 AUTHOR DETERMINED BIOLOGICAL UNIT: TETRAMERIC REMARK 350 SOFTWARE DETERMINED QUATERNARY STRUCTURE: TETRAMERIC REMARK 350 SOFTWARE USED: PISA REMARK 350 TOTAL BURIED SURFACE AREA: 4350 ANGSTROM**2 REMARK 350 SURFACE AREA OF THE COMPLEX: 26380 ANGSTROM**2 REMARK 350 CHANGE IN SOLVENT FREE ENERGY: -52.0 KCAL/MOL REMARK 350 APPLY THE FOLLOWING TO CHAINS: C, D, G, H REMARK 350 BIOMT1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 REMARK 465 REMARK 465 MISSING RESIDUES REMARK 465 THE FOLLOWING RESIDUES WERE NOT LOCATED IN THE REMARK 465 EXPERIMENT. (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN REMARK 465 IDENTIFIER; SSSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE.) REMARK 465 REMARK 465 M RES C SSSEQI REMARK 465 SER A 40 REMARK 465 ARG A 41 REMARK 465 PRO A 42 REMARK 465 GLN A 43 REMARK 465 GLY A 44 REMARK 465 LEU A 45 REMARK 465 PRO A 46 REMARK 465 ASN A 47 REMARK 465 GLU A 174 REMARK 465 SER B 40 REMARK 465 ARG B 41 REMARK 465 PRO B 42 REMARK 465 GLN B 43 REMARK 465 GLY B 44 REMARK 465 LEU B 45 REMARK 465 PRO B 46 REMARK 465 ASN B 47 REMARK 465 ARG B 95 REMARK 465 GLY B 96 REMARK 465 GLY B 97 REMARK 465 ASP B 98 REMARK 465 GLY B 99 REMARK 465 GLU B 174 REMARK 465 SER C 40 REMARK 465 ARG C 41 REMARK 465 PRO C 42 REMARK 465 GLN C 43 REMARK 465 GLY C 44 REMARK 465 LEU C 45 REMARK 465 PRO C 46 REMARK 465 ASN C 47 REMARK 465 ARG C 95 REMARK 465 GLY C 96 REMARK 465 GLY C 97 REMARK 465 ASP C 98 REMARK 465 GLY C 99 REMARK 465 GLU C 174 REMARK 465 SER D 40 REMARK 465 ARG D 41 REMARK 465 PRO D 42 REMARK 465 GLN D 43 REMARK 465 GLY D 44 REMARK 465 LEU D 45 REMARK 465 PRO D 46 REMARK 465 ASN D 47 REMARK 465 ASN D 48 REMARK 465 ARG D 95 REMARK 465 GLY D 96 REMARK 465 GLY D 97 REMARK 465 ASP D 98 REMARK 465 GLY D 99 REMARK 465 GLU D 174 REMARK 465 DA F 21 REMARK 465 DA H 21 REMARK 470 REMARK 470 MISSING ATOM REMARK 470 THE FOLLOWING RESIDUES HAVE MISSING ATOMS (M=MODEL NUMBER; REMARK 470 RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN IDENTIFIER; SSEQ=SEQUENCE NUMBER; REMARK 470 I=INSERTION CODE): REMARK 470 M RES CSSEQI ATOMS REMARK 470 ARG B 93 CG CD NE CZ NH1 NH2 REMARK 470 LYS B 100 CG CD CE NZ REMARK 470 LYS C 100 CG CD CE NZ REMARK 470 LYS D 100 CG CD CE NZ REMARK 470 GLU D 136 CG CD OE1 OE2 REMARK 470 DG E 1 O5' REMARK 470 DG G 1 O5' REMARK 470 DC H 39 C2' REMARK 500 REMARK 500 GEOMETRY AND STEREOCHEMISTRY REMARK 500 SUBTOPIC: CLOSE CONTACTS REMARK 500 REMARK 500 THE FOLLOWING ATOMS THAT ARE RELATED BY CRYSTALLOGRAPHIC REMARK 500 SYMMETRY ARE IN CLOSE CONTACT. AN ATOM LOCATED WITHIN 0.15 REMARK 500 ANGSTROMS OF A SYMMETRY RELATED ATOM IS ASSUMED TO BE ON A REMARK 500 SPECIAL POSITION AND IS, THEREFORE, LISTED IN REMARK 375 REMARK 500 INSTEAD OF REMARK 500. ATOMS WITH NON-BLANK ALTERNATE REMARK 500 LOCATION INDICATORS ARE NOT INCLUDED IN THE CALCULATIONS. REMARK 500 REMARK 500 DISTANCE CUTOFF: REMARK 500 2.2 ANGSTROMS FOR CONTACTS NOT INVOLVING HYDROGEN ATOMS REMARK 500 1.6 ANGSTROMS FOR CONTACTS INVOLVING HYDROGEN ATOMS REMARK 500 REMARK 500 ATM1 RES C SSEQI ATM2 RES C SSEQI SSYMOP DISTANCE REMARK 500 NZ LYS C 169 OP1 DA E 8 2554 2.11 REMARK 500 REMARK 500 REMARK: NULL REMARK 500 REMARK 500 GEOMETRY AND STEREOCHEMISTRY REMARK 500 SUBTOPIC: COVALENT BOND ANGLES REMARK 500 REMARK 500 THE STEREOCHEMICAL PARAMETERS OF THE FOLLOWING RESIDUES REMARK 500 HAVE VALUES WHICH DEVIATE FROM EXPECTED VALUES BY MORE REMARK 500 THAN 6*RMSD (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN REMARK 500 IDENTIFIER; SSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE). REMARK 500 REMARK 500 STANDARD TABLE: REMARK 500 FORMAT: (10X,I3,1X,A3,1X,A1,I4,A1,3(1X,A4,2X),12X,F5.1) REMARK 500 REMARK 500 EXPECTED VALUES PROTEIN: ENGH AND HUBER, 1999 REMARK 500 EXPECTED VALUES NUCLEIC ACID: CLOWNEY ET AL 1996 REMARK 500 REMARK 500 M RES CSSEQI ATM1 ATM2 ATM3 REMARK 500 DA E 21 O4' - C1' - N9 ANGL. DEV. = 3.3 DEGREES REMARK 500 REMARK 500 REMARK: NULL REMARK 500 REMARK 500 GEOMETRY AND STEREOCHEMISTRY REMARK 500 SUBTOPIC: TORSION ANGLES REMARK 500 REMARK 500 TORSION ANGLES OUTSIDE THE EXPECTED RAMACHANDRAN REGIONS: REMARK 500 (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN IDENTIFIER; REMARK 500 SSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE). REMARK 500 REMARK 500 STANDARD TABLE: REMARK 500 FORMAT:(10X,I3,1X,A3,1X,A1,I4,A1,4X,F7.2,3X,F7.2) REMARK 500 REMARK 500 EXPECTED VALUES: GJ KLEYWEGT AND TA JONES (1996). PHI/PSI- REMARK 500 CHOLOGY: RAMACHANDRAN REVISITED. STRUCTURE 4, 1395 - 1400 REMARK 500 REMARK 500 M RES CSSEQI PSI PHI REMARK 500 LYS A 143 58.01 -103.12 REMARK 500 TRP B 52 -20.01 69.06 REMARK 500 THR B 54 -136.05 48.13 REMARK 500 LYS B 143 58.71 -102.50 REMARK 500 THR C 54 167.57 -46.79 REMARK 500 MET C 101 150.29 -40.34 REMARK 500 LYS C 143 57.82 -103.91 REMARK 500 ALA D 55 144.06 81.58 REMARK 500 GLU D 136 -84.71 -39.45 REMARK 500 LYS D 143 58.22 -102.99 REMARK 500 REMARK 500 REMARK: NULL REMARK 500 REMARK 500 GEOMETRY AND STEREOCHEMISTRY REMARK 500 SUBTOPIC: NON-CIS, NON-TRANS REMARK 500 REMARK 500 THE FOLLOWING PEPTIDE BONDS DEVIATE SIGNIFICANTLY FROM BOTH REMARK 500 CIS AND TRANS CONFORMATION. CIS BONDS, IF ANY, ARE LISTED REMARK 500 ON CISPEP RECORDS. TRANS IS DEFINED AS 180 +/- 30 AND REMARK 500 CIS IS DEFINED AS 0 +/- 30 DEGREES. REMARK 500 MODEL OMEGA REMARK 500 MET C 101 LYS C 102 -149.59 REMARK 500 REMARK 500 REMARK: NULL REMARK 500 REMARK 500 GEOMETRY AND STEREOCHEMISTRY REMARK 500 SUBTOPIC: PLANAR GROUPS REMARK 500 REMARK 500 PLANAR GROUPS IN THE FOLLOWING RESIDUES HAVE A TOTAL REMARK 500 RMS DISTANCE OF ALL ATOMS FROM THE BEST-FIT PLANE REMARK 500 BY MORE THAN AN EXPECTED VALUE OF 6*RMSD, WITH AN REMARK 500 RMSD 0.02 ANGSTROMS, OR AT LEAST ONE ATOM HAS REMARK 500 AN RMSD GREATER THAN THIS VALUE REMARK 500 (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN IDENTIFIER; REMARK 500 SSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE). REMARK 500 REMARK 500 M RES CSSEQI RMS TYPE REMARK 500 ARG B 68 0.22 SIDE CHAIN REMARK 500 REMARK 500 REMARK: NULL DBREF 8ZBF A 41 174 UNP P0DTC9 NCAP_SARS2 41 174 DBREF 8ZBF B 41 174 UNP P0DTC9 NCAP_SARS2 41 174 DBREF 8ZBF C 41 174 UNP P0DTC9 NCAP_SARS2 41 174 DBREF 8ZBF D 41 174 UNP P0DTC9 NCAP_SARS2 41 174 DBREF 8ZBF E 1 40 PDB 8ZBF 8ZBF 1 40 DBREF 8ZBF F 1 40 PDB 8ZBF 8ZBF 1 40 DBREF 8ZBF G 1 40 PDB 8ZBF 8ZBF 1 40 DBREF 8ZBF H 1 40 PDB 8ZBF 8ZBF 1 40 SEQADV 8ZBF SER A 40 UNP P0DTC9 EXPRESSION TAG SEQADV 8ZBF SER B 40 UNP P0DTC9 EXPRESSION TAG SEQADV 8ZBF SER C 40 UNP P0DTC9 EXPRESSION TAG SEQADV 8ZBF SER D 40 UNP P0DTC9 EXPRESSION TAG SEQRES 1 A 135 SER ARG PRO GLN GLY LEU PRO ASN ASN THR ALA SER TRP SEQRES 2 A 135 PHE THR ALA LEU THR GLN HIS GLY LYS GLU ASP LEU LYS SEQRES 3 A 135 PHE PRO ARG GLY GLN GLY VAL PRO ILE ASN THR ASN SER SEQRES 4 A 135 SER PRO ASP ASP GLN ILE GLY TYR TYR ARG ARG ALA THR SEQRES 5 A 135 ARG ARG ILE ARG GLY GLY ASP GLY LYS MET LYS ASP LEU SEQRES 6 A 135 SER PRO ARG TRP TYR PHE TYR TYR LEU GLY THR GLY PRO SEQRES 7 A 135 GLU ALA GLY LEU PRO TYR GLY ALA ASN LYS ASP GLY ILE SEQRES 8 A 135 ILE TRP VAL ALA THR GLU GLY ALA LEU ASN THR PRO LYS SEQRES 9 A 135 ASP HIS ILE GLY THR ARG ASN PRO ALA ASN ASN ALA ALA SEQRES 10 A 135 ILE VAL LEU GLN LEU PRO GLN GLY THR THR LEU PRO LYS SEQRES 11 A 135 GLY PHE TYR ALA GLU SEQRES 1 B 135 SER ARG PRO GLN GLY LEU PRO ASN ASN THR ALA SER TRP SEQRES 2 B 135 PHE THR ALA LEU THR GLN HIS GLY LYS GLU ASP LEU LYS SEQRES 3 B 135 PHE PRO ARG GLY GLN GLY VAL PRO ILE ASN THR ASN SER SEQRES 4 B 135 SER PRO ASP ASP GLN ILE GLY TYR TYR ARG ARG ALA THR SEQRES 5 B 135 ARG ARG ILE ARG GLY GLY ASP GLY LYS MET LYS ASP LEU SEQRES 6 B 135 SER PRO ARG TRP TYR PHE TYR TYR LEU GLY THR GLY PRO SEQRES 7 B 135 GLU ALA GLY LEU PRO TYR GLY ALA ASN LYS ASP GLY ILE SEQRES 8 B 135 ILE TRP VAL ALA THR GLU GLY ALA LEU ASN THR PRO LYS SEQRES 9 B 135 ASP HIS ILE GLY THR ARG ASN PRO ALA ASN ASN ALA ALA SEQRES 10 B 135 ILE VAL LEU GLN LEU PRO GLN GLY THR THR LEU PRO LYS SEQRES 11 B 135 GLY PHE TYR ALA GLU SEQRES 1 C 135 SER ARG PRO GLN GLY LEU PRO ASN ASN THR ALA SER TRP SEQRES 2 C 135 PHE THR ALA LEU THR GLN HIS GLY LYS GLU ASP LEU LYS SEQRES 3 C 135 PHE PRO ARG GLY GLN GLY VAL PRO ILE ASN THR ASN SER SEQRES 4 C 135 SER PRO ASP ASP GLN ILE GLY TYR TYR ARG ARG ALA THR SEQRES 5 C 135 ARG ARG ILE ARG GLY GLY ASP GLY LYS MET LYS ASP LEU SEQRES 6 C 135 SER PRO ARG TRP TYR PHE TYR TYR LEU GLY THR GLY PRO SEQRES 7 C 135 GLU ALA GLY LEU PRO TYR GLY ALA ASN LYS ASP GLY ILE SEQRES 8 C 135 ILE TRP VAL ALA THR GLU GLY ALA LEU ASN THR PRO LYS SEQRES 9 C 135 ASP HIS ILE GLY THR ARG ASN PRO ALA ASN ASN ALA ALA SEQRES 10 C 135 ILE VAL LEU GLN LEU PRO GLN GLY THR THR LEU PRO LYS SEQRES 11 C 135 GLY PHE TYR ALA GLU SEQRES 1 D 135 SER ARG PRO GLN GLY LEU PRO ASN ASN THR ALA SER TRP SEQRES 2 D 135 PHE THR ALA LEU THR GLN HIS GLY LYS GLU ASP LEU LYS SEQRES 3 D 135 PHE PRO ARG GLY GLN GLY VAL PRO ILE ASN THR ASN SER SEQRES 4 D 135 SER PRO ASP ASP GLN ILE GLY TYR TYR ARG ARG ALA THR SEQRES 5 D 135 ARG ARG ILE ARG GLY GLY ASP GLY LYS MET LYS ASP LEU SEQRES 6 D 135 SER PRO ARG TRP TYR PHE TYR TYR LEU GLY THR GLY PRO SEQRES 7 D 135 GLU ALA GLY LEU PRO TYR GLY ALA ASN LYS ASP GLY ILE SEQRES 8 D 135 ILE TRP VAL ALA THR GLU GLY ALA LEU ASN THR PRO LYS SEQRES 9 D 135 ASP HIS ILE GLY THR ARG ASN PRO ALA ASN ASN ALA ALA SEQRES 10 D 135 ILE VAL LEU GLN LEU PRO GLN GLY THR THR LEU PRO LYS SEQRES 11 D 135 GLY PHE TYR ALA GLU SEQRES 1 E 40 DG DG DA DT DG DT DC DA DC DC DG DG DA SEQRES 2 E 40 DT DT DG DT DC DG DA DA DA DG DA DG DT SEQRES 3 E 40 DC DA DT DA DT DG DA DC DA DC DA DT DC SEQRES 4 E 40 DC SEQRES 1 F 40 DG DG DA DT DG DT DC DA DC DC DG DG DA SEQRES 2 F 40 DT DT DG DT DC DG DA DA DA DG DA DG DT SEQRES 3 F 40 DC DA DT DA DT DG DA DC DA DC DA DT DC SEQRES 4 F 40 DC SEQRES 1 G 40 DG DG DA DT DG DT DC DA DC DC DG DG DA SEQRES 2 G 40 DT DT DG DT DC DG DA DA DA DG DA DG DT SEQRES 3 G 40 DC DA DT DA DT DG DA DC DA DC DA DT DC SEQRES 4 G 40 DC SEQRES 1 H 40 DG DG DA DT DG DT DC DA DC DC DG DG DA SEQRES 2 H 40 DT DT DG DT DC DG DA DA DA DG DA DG DT SEQRES 3 H 40 DC DA DT DA DT DG DA DC DA DC DA DT DC SEQRES 4 H 40 DC HET NA A 201 1 HET NA C 201 1 HETNAM NA SODIUM ION FORMUL 9 NA 2(NA 1+) HELIX 1 AA1 SER A 79 ASP A 82 5 4 HELIX 2 AA2 THR A 115 ALA A 119 5 5 HELIX 3 AA3 SER B 79 ASP B 82 5 4 HELIX 4 AA4 THR B 115 ALA B 119 5 5 HELIX 5 AA5 SER C 79 ASP C 82 5 4 HELIX 6 AA6 THR C 115 ALA C 119 5 5 HELIX 7 AA7 SER D 79 ASP D 82 5 4 HELIX 8 AA8 THR D 115 ALA D 119 5 5 SHEET 1 AA1 4 LEU A 56 THR A 57 0 SHEET 2 AA1 4 ARG A 107 TYR A 112 -1 O TRP A 108 N LEU A 56 SHEET 3 AA1 4 ILE A 84 ALA A 90 -1 N ALA A 90 O ARG A 107 SHEET 4 AA1 4 ILE A 130 ALA A 134 -1 O VAL A 133 N GLY A 85 SHEET 1 AA2 2 ARG A 93 ARG A 95 0 SHEET 2 AA2 2 MET A 101 ASP A 103 -1 O LYS A 102 N ILE A 94 SHEET 1 AA3 4 LEU B 56 THR B 57 0 SHEET 2 AA3 4 ARG B 107 TYR B 112 -1 O TRP B 108 N LEU B 56 SHEET 3 AA3 4 ILE B 84 ALA B 90 -1 N ALA B 90 O ARG B 107 SHEET 4 AA3 4 ILE B 130 ALA B 134 -1 O VAL B 133 N GLY B 85 SHEET 1 AA4 4 LEU C 56 THR C 57 0 SHEET 2 AA4 4 ARG C 107 TYR C 112 -1 O TRP C 108 N LEU C 56 SHEET 3 AA4 4 ILE C 84 ALA C 90 -1 N TYR C 86 O TYR C 111 SHEET 4 AA4 4 ILE C 130 ALA C 134 -1 O VAL C 133 N GLY C 85 SHEET 1 AA5 4 LEU D 56 THR D 57 0 SHEET 2 AA5 4 ARG D 107 TYR D 112 -1 O TRP D 108 N LEU D 56 SHEET 3 AA5 4 ILE D 84 ALA D 90 -1 N ALA D 90 O ARG D 107 SHEET 4 AA5 4 ILE D 130 ALA D 134 -1 O VAL D 133 N GLY D 85 LINK NA NA A 201 OP2 DA G 21 1455 1555 2.43 LINK NA NA C 201 O2 DT G 14 1555 1555 2.87 CRYST1 70.970 92.480 77.920 90.00 90.54 90.00 P 1 21 1 8 ORIGX1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 ORIGX2 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 ORIGX3 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 SCALE1 0.014090 0.000000 0.000133 0.00000 SCALE2 0.000000 0.010813 0.000000 0.00000 SCALE3 0.000000 0.000000 0.012834 0.00000 ANISOU 1 N ASN A 48 8316 5880 9369 243 2203 387 N ANISOU 2 CA ASN A 48 9075 6711 10545 314 2340 505 C ANISOU 3 C ASN A 48 8838 6618 10301 292 2137 463 C ANISOU 4 O ASN A 48 7943 5958 9804 349 2099 633 O ANISOU 5 CB ASN A 48 10712 7980 12139 329 2730 434 C ANISOU 6 CG ASN A 48 12151 9497 14177 458 2976 670 C ANISOU 7 OD1 ASN A 48 13160 10780 15591 526 2948 896 O ANISOU 8 ND2 ASN A 48 11433 8556 13545 487 3220 634 N ANISOU 9 N THR A 49 11009 8675 12034 206 2008 257 N ANISOU 10 CA THR A 49 8837 6639 9834 178 1819 203 C ANISOU 11 C THR A 49 8769 6751 9559 142 1513 155 C ANISOU 12 O THR A 49 9819 7683 10258 94 1466 44 O ANISOU 13 CB THR A 49 9436 6979 10138 94 1935 8 C ANISOU 14 OG1 THR A 49 11518 8986 11752 -3 1809 -157 O ANISOU 15 CG2 THR A 49 10529 7740 11278 102 2315 -13 C ANISOU 16 N ALA A 50 7714 5972 8715 163 1322 248 N ANISOU 17 CA ALA A 50 6479 4867 7309 135 1076 194 C ANISOU 18 C ALA A 50 5487 4079 6419 126 928 201 C ANISOU 19 O ALA A 50 5376 4028 6517 141 998 268 O ANISOU 20 CB ALA A 50 5725 4209 6662 141 1015 293 C ANISOU 21 N SER A 51 4958 3643 5749 107 743 141 N ANISOU 22 CA SER A 51 5131 3998 5982 92 616 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GLU B 118 10035 11045 6877 2617 -430 310 C ANISOU 1514 CD GLU B 118 11694 12413 7782 2852 -635 364 C ANISOU 1515 OE1 GLU B 118 11542 11760 6993 3272 -795 497 O ANISOU 1516 OE2 GLU B 118 11027 11987 7113 2633 -647 269 O ANISOU 1517 N ALA B 119 10957 9070 6423 2930 140 814 N ANISOU 1518 CA ALA B 119 11500 9041 6793 3119 199 848 C ANISOU 1519 C ALA B 119 13006 10191 7741 3729 -78 926 C ANISOU 1520 O ALA B 119 13674 10699 8469 4002 -121 875 O ANISOU 1521 CB ALA B 119 11404 7945 6251 2787 557 973 C ANISOU 1522 N GLY B 120 13442 10515 7625 3981 -287 1031 N ANISOU 1523 CA GLY B 120 14711 11460 8328 4628 -609 1111 C ANISOU 1524 C GLY B 120 15654 13548 9982 5019 -966 879 C ANISOU 1525 O GLY B 120 14832 12535 8899 5603 -1211 889 O ANISOU 1526 N LEU B 121 13200 12266 8425 4715 -987 662 N ANISOU 1527 CA LEU B 121 11676 11913 7610 5021 -1291 416 C ANISOU 1528 C LEU B 121 11335 11847 7819 5133 -1195 274 C ANISOU 1529 O LEU B 121 11131 11289 7736 4780 -880 298 O ANISOU 1530 CB LEU B 121 10810 12129 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ANISOU 3716 CG PRO D 162 7504 13864 6466 1491 -833 1331 C ANISOU 3717 CD PRO D 162 6951 13168 6067 1341 -842 1390 C ANISOU 3718 N GLN D 163 8634 13035 4620 1168 -590 609 N ANISOU 3719 CA GLN D 163 9518 13514 4798 781 -693 186 C ANISOU 3720 C GLN D 163 8895 13691 4216 446 -1127 -89 C ANISOU 3721 O GLN D 163 9515 14941 4830 639 -1314 -46 O ANISOU 3722 CB GLN D 163 10017 13355 4350 1009 -524 61 C ANISOU 3723 CG GLN D 163 10604 12899 4557 1127 -132 110 C ANISOU 3724 CD GLN D 163 11746 13459 4654 1274 -53 -110 C ANISOU 3725 OE1 GLN D 163 12813 14871 5267 1183 -343 -379 O ANISOU 3726 NE2 GLN D 163 12609 13437 5123 1509 327 -9 N ANISOU 3727 N GLY D 164 8961 13739 4359 -52 -1276 -362 N ANISOU 3728 CA GLY D 164 8886 14433 4463 -422 -1676 -620 C ANISOU 3729 C GLY D 164 8493 14507 4895 -699 -1767 -522 C ANISOU 3730 O GLY D 164 8772 14966 5378 -1114 -1954 -770 O ANISOU 3731 N THR D 165 8038 14085 5025 -436 -1583 -145 N ANISOU 3732 CA THR D 165 7468 13885 5207 -627 -1642 -20 C ANISOU 3733 C THR D 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H 4 8741 12540 9175 -252 -25 -2071 C ANISOU 6317 O2 DT H 4 8676 12463 9409 -448 143 -1821 O ANISOU 6318 N3 DT H 4 8936 12854 8726 -232 21 -2033 N ANISOU 6319 C4 DT H 4 9319 13285 8667 35 -182 -2339 C ANISOU 6320 O4 DT H 4 9320 13401 7993 60 -118 -2258 O ANISOU 6321 C5 DT H 4 9436 13246 9122 293 -508 -2756 C ANISOU 6322 C7 DT H 4 10818 14620 10091 635 -822 -3183 C ANISOU 6323 C6 DT H 4 9145 12762 9474 231 -555 -2747 C ANISOU 6324 P DG H 5 9338 11727 11914 -360 -749 -1834 P ANISOU 6325 OP1 DG H 5 9255 11444 12167 -408 -742 -1654 O ANISOU 6326 OP2 DG H 5 8991 11166 11560 -374 -1049 -1945 O ANISOU 6327 O5' DG H 5 8127 10819 10556 -492 -471 -1591 O ANISOU 6328 C5' DG H 5 7752 10686 10191 -500 -208 -1519 C ANISOU 6329 C4' DG H 5 7724 10795 10002 -641 -42 -1309 C ANISOU 6330 O4' DG H 5 7789 10941 9628 -653 -30 -1371 O ANISOU 6331 C3' DG H 5 7725 10640 10177 -726 -131 -1072 C ANISOU 6332 O3' DG H 5 7541 10534 9993 -785 17 -915 O ANISOU 6333 C2' DG H 5 7318 10124 9496 -733 -302 -1099 C ANISOU 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ANISOU 6388 O5' DA H 8 8037 9753 10699 90 -1099 -705 O ANISOU 6389 C5' DA H 8 7950 9939 10812 496 -1254 -922 C ANISOU 6390 C4' DA H 8 7475 9781 10523 620 -1129 -1081 C ANISOU 6391 O4' DA H 8 7228 9985 10381 459 -776 -986 O ANISOU 6392 C3' DA H 8 7833 9651 10840 478 -1258 -1139 C ANISOU 6393 O3' DA H 8 7933 10003 11087 814 -1341 -1408 O ANISOU 6394 C2' DA H 8 7677 9630 10703 96 -938 -983 C ANISOU 6395 C1' DA H 8 7098 9691 10246 260 -692 -999 C ANISOU 6396 N9 DA H 8 6256 9015 9395 -2 -427 -859 N ANISOU 6397 C8 DA H 8 6585 9168 9570 -260 -373 -704 C ANISOU 6398 N7 DA H 8 6495 9299 9508 -390 -165 -672 N ANISOU 6399 C5 DA H 8 6005 9095 9188 -224 -83 -777 C ANISOU 6400 C6 DA H 8 5982 9299 9232 -216 74 -801 C ANISOU 6401 N6 DA H 8 5724 9040 8929 -376 170 -765 N ANISOU 6402 N1 DA H 8 5846 9356 9160 9 88 -884 N ANISOU 6403 C2 DA H 8 5657 9201 8984 228 -35 -976 C ANISOU 6404 N3 DA H 8 5783 9136 9096 265 -208 -1011 N ANISOU 6405 C4 DA H 8 6026 9124 9266 17 -227 -887 C ANISOU 6406 P DC H 9 8472 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ANISOU 6475 C2' DG H 12 5629 9889 9027 1407 -442 -2132 C ANISOU 6476 C1' DG H 12 6541 10799 9475 1673 -354 -1884 C ANISOU 6477 N9 DG H 12 6246 10578 9104 1838 -424 -1933 N ANISOU 6478 C8 DG H 12 6300 10793 8910 2278 -581 -2123 C ANISOU 6479 N7 DG H 12 6687 11242 9288 2392 -642 -2186 N ANISOU 6480 C5 DG H 12 6578 10965 9428 1991 -527 -1998 C ANISOU 6481 C6 DG H 12 6278 10607 9216 1951 -577 -1987 C ANISOU 6482 O6 DG H 12 6828 11269 9674 2284 -738 -2173 O ANISOU 6483 N1 DG H 12 6655 10773 9777 1526 -459 -1768 N ANISOU 6484 C2 DG H 12 6753 10778 9962 1198 -300 -1610 C ANISOU 6485 N2 DG H 12 7384 11230 10694 861 -221 -1439 N ANISOU 6486 N3 DG H 12 7005 11106 10169 1250 -258 -1653 N ANISOU 6487 C4 DG H 12 7009 11270 9996 1645 -382 -1836 C ANISOU 6488 P DA H 13 6221 10594 9896 1113 -265 -2197 P ANISOU 6489 OP1 DA H 13 4848 9255 8454 1388 -384 -2361 O ANISOU 6490 OP2 DA H 13 4297 8894 8406 871 -287 -2395 O ANISOU 6491 O5' DA H 13 5589 9755 9142 827 -69 -1887 O ANISOU 6492 C5' DA H 13 4952 9050 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