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D N N 4 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP SPIKE_SARS2 P0DTC2 ? 1 ;VSSQCVNLTTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAIHVSGTNGTKRFDNPVLPFNDGV YFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLGVYYHKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEY VSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLVRDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLT PGDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFP NITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQI APGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYF PLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNFNFNGLTGTGVLTESNKKFLPFQQFGRDIA DTTDAVRDPQTLEILDITPCSFGGVSVITPGTNTSNQVAVLYQDVNCTEVPVAIHADQLTPTWRVYSTGSNVFQTRAGCL IGAEHVNNSYECDIPIGAGICASYQTQTNSPRRARSVASQSIIAYTMSLGAENSVAYSNNSIAIPTNFTISVTTEILPVS MTKTSVDCTMYICGDSTECSNLLLQYGSFCTQLNRALTGIAVEQDKNTQEVFAQVKQIYKTPPIKDFGGFNFSQILPDPS KPSKRSFIEDLLFNKVTLADAGFIKQYGDCLGDIAARDLICAQKFNGLTVLPPLLTDEMIAQYTSALLAGTITSGWTFGA GAALQIPFAMQMAYRFNGIGVTQNVLYENQKLIANQFNSAIGKIQDSLSSTASALGKLQDVVNQNAQALNTLVKQLSSNF GAISSVLNDILSRLDKVEAEVQIDRLITGRLQSLQTYVTQQLIRAAEIRASANLAATKMSECVLGQSKRVDFCGKGYHLM SFPQSAPHGVVFLHVTYVPAQEKNFTTAPAICHDGKAHFPREGVFVSNGTHWFVTQRNFYEPQIITTDNTFVSGNCDVVI GIVNNTVYDPLQPELDSFKEELDKYFKNHTSPDVDLGDISGINASVVNIQKEIDRLNEVAKNLNESLIDLQELGKYEQ ; 11 2 UNP A0A346FJN8_BPT6 A0A346FJN8 ? 1 GYIPEAPRDGQAYVRKDGEWVLLSTFL 458 3 PDB 8ZHG 8ZHG ? 1 ? 1228 4 PDB 8ZHG 8ZHG ? 2 ? 1 5 PDB 8ZHG 8ZHG ? 3 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8ZHG C 1 ? 1198 ? P0DTC2 11 ? 1208 ? 11 1208 2 2 8ZHG C 1201 ? 1227 ? A0A346FJN8 458 ? 484 ? 1211 1237 3 3 8ZHG C 1228 ? 1278 ? 8ZHG 1238 ? 1288 ? 1238 1288 4 4 8ZHG H 1 ? 139 ? 8ZHG -18 ? 120 ? -18 120 5 5 8ZHG L 1 ? 126 ? 8ZHG -16 ? 109 ? -16 109 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 8ZHG GLY C 672 ? UNP P0DTC2 ARG 682 conflict 682 1 1 8ZHG SER C 673 ? UNP P0DTC2 ARG 683 conflict 683 2 1 8ZHG SER C 675 ? UNP P0DTC2 ARG 685 conflict 685 3 1 8ZHG PRO C 807 ? UNP P0DTC2 PHE 817 conflict 817 4 1 8ZHG PRO C 882 ? UNP P0DTC2 ALA 892 conflict 892 5 1 8ZHG PRO C 889 ? UNP P0DTC2 ALA 899 conflict 899 6 1 8ZHG PRO C 932 ? UNP P0DTC2 ALA 942 conflict 942 7 1 8ZHG PRO C 976 ? UNP P0DTC2 LYS 986 variant 986 8 1 8ZHG PRO C 977 ? UNP P0DTC2 VAL 987 variant 987 9 1 8ZHG GLY C 1199 ? UNP P0DTC2 ? ? linker 1209 10 1 8ZHG SER C 1200 ? UNP P0DTC2 ? ? linker 1210 11 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details trimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 3 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 PRO A 327 ? 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LYS L 82 GLU L 86 5 ? 5 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? A CYS 326 SG ? ? ? 1_555 A CYS 351 SG ? ? C CYS 336 C CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf2 disulf ? ? A CYS 369 SG ? ? ? 1_555 A CYS 422 SG ? ? C CYS 379 C CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf3 disulf ? ? A CYS 381 SG ? ? ? 1_555 A CYS 515 SG ? ? C CYS 391 C CYS 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf4 disulf ? ? A CYS 470 SG ? ? ? 1_555 A CYS 478 SG ? ? C CYS 480 C CYS 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf5 disulf ? ? B CYS 41 SG ? ? ? 1_555 B CYS 115 SG ? ? H CYS 22 H CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf6 disulf ? ? C CYS 39 SG ? ? ? 1_555 C CYS 108 SG ? ? L CYS 22 L CYS 91 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? covale1 covale one ? A ASN 333 ND2 ? ? ? 1_555 D NAG . C1 ? ? C ASN 343 A NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale2 covale both ? D NAG . O4 ? ? ? 1_555 D NAG . C1 ? ? A NAG 1 A NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 5 ? AA2 ? 3 ? AA3 ? 5 ? AA4 ? 5 ? AA5 ? 4 ? AA6 ? 4 ? AA7 ? 4 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA1 4 5 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA3 4 5 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA4 4 5 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 ASN A 344 ? ILE A 348 ? ASN C 354 ILE C 358 AA1 2 ASN A 384 ? ARG A 393 ? ASN C 394 ARG C 403 AA1 3 PRO A 497 ? GLU A 506 ? PRO C 507 GLU C 516 AA1 4 CYS A 422 ? ASN A 427 ? CYS C 432 ASN C 437 AA1 5 PHE A 364 ? CYS A 369 ? PHE C 374 CYS C 379 AA2 1 SER B 36 ? ALA B 42 ? SER H 17 ALA H 23 AA2 2 SER B 97 ? ASN B 103 ? SER H 78 ASN H 84 AA2 3 PHE B 87 ? ASP B 92 ? PHE H 68 ASP H 73 AA3 1 LYS B 77 ? TYR B 78 ? LYS H 58 TYR H 59 AA3 2 LEU B 64 ? ILE B 70 ? LEU H 45 ILE H 51 AA3 3 MET B 53 ? GLN B 58 ? MET H 34 GLN H 39 AA3 4 ALA B 111 ? GLY B 118 ? ALA H 92 GLY H 99 AA3 5 VAL B 126 ? TRP B 129 ? VAL H 107 TRP H 110 AA4 1 LYS B 77 ? TYR B 78 ? LYS H 58 TYR H 59 AA4 2 LEU B 64 ? ILE B 70 ? LEU H 45 ILE H 51 AA4 3 MET B 53 ? GLN B 58 ? MET H 34 GLN H 39 AA4 4 ALA B 111 ? GLY B 118 ? ALA H 92 GLY H 99 AA4 5 THR B 133 ? VAL B 135 ? THR H 114 VAL H 116 AA5 1 LEU C 21 ? THR C 22 ? LEU L 4 THR L 5 AA5 2 VAL C 35 ? GLY C 41 ? VAL L 18 GLY L 24 AA5 3 SER C 90 ? ILE C 95 ? SER L 73 ILE L 78 AA5 4 SER C 81 ? ASP C 85 ? SER L 64 ASP L 68 AA6 1 THR C 63 ? ILE C 66 ? THR L 46 ILE L 49 AA6 2 VAL C 51 ? GLN C 56 ? VAL L 34 GLN L 39 AA6 3 ASP C 105 ? ASP C 112 ? ASP L 88 ASP L 95 AA6 4 ASN C 115 ? TRP C 116 ? ASN L 98 TRP L 99 AA7 1 THR C 63 ? ILE C 66 ? THR L 46 ILE L 49 AA7 2 VAL C 51 ? GLN C 56 ? VAL L 34 GLN L 39 AA7 3 ASP C 105 ? ASP C 112 ? ASP L 88 ASP L 95 AA7 4 THR C 122 ? GLN C 123 ? THR L 105 GLN L 106 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 N LYS A 346 ? N LYS C 356 O ALA A 387 ? O ALA C 397 AA1 2 3 N ILE A 392 ? N ILE C 402 O TYR A 498 ? O TYR C 508 AA1 3 4 O VAL A 501 ? O VAL C 511 N ILE A 424 ? N ILE C 434 AA1 4 5 O ALA A 425 ? O ALA C 435 N SER A 365 ? N SER C 375 AA2 1 2 N LEU B 39 ? N LEU H 20 O LEU B 100 ? O LEU H 81 AA2 2 3 O GLN B 101 ? O GLN H 82 N THR B 88 ? N THR H 69 AA3 1 2 O TYR B 78 ? O TYR H 59 N ASN B 69 ? N ASN H 50 AA3 2 3 O ALA B 68 ? O ALA H 49 N TRP B 55 ? N TRP H 36 AA3 3 4 N SER B 54 ? N SER H 35 O ALA B 116 ? O ALA H 97 AA3 4 5 N ARG B 117 ? N ARG H 98 O ASP B 127 ? O ASP H 108 AA4 1 2 O TYR B 78 ? O TYR H 59 N ASN B 69 ? N ASN H 50 AA4 2 3 O ALA B 68 ? O ALA H 49 N TRP B 55 ? N TRP H 36 AA4 3 4 N SER B 54 ? N SER H 35 O ALA B 116 ? O ALA H 97 AA4 4 5 N ALA B 111 ? N ALA H 92 O VAL B 135 ? O VAL H 116 AA5 1 2 N THR C 22 ? N THR L 5 O THR C 40 ? O THR L 23 AA5 2 3 N CYS C 39 ? N CYS L 22 O ALA C 91 ? O ALA L 74 AA5 3 4 O THR C 94 ? O THR L 77 N SER C 81 ? N SER L 64 AA6 1 2 O THR C 63 ? O THR L 46 N GLN C 55 ? N GLN L 38 AA6 2 3 N GLN C 52 ? N GLN L 35 O GLN C 109 ? O GLN L 92 AA6 3 4 N ASP C 112 ? N ASP L 95 O ASN C 115 ? O ASN L 98 AA7 1 2 O THR C 63 ? O THR L 46 N GLN C 55 ? N GLN L 38 AA7 2 3 N GLN C 52 ? N GLN L 35 O GLN C 109 ? O GLN L 92 AA7 3 4 N TYR C 106 ? N TYR L 89 O THR C 122 ? 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'1, 2, 3' 2 1 RECOMBINANT COMPLEX 'SARS-CoV-2 spike' ? ? ? 1 3 1 RECOMBINANT COMPLEX 'R1-26 Fab' ? ? ? 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