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E LYS 29 CD 104 1 Y 1 G LYS 28 ? CE ? E LYS 29 CE 105 1 Y 1 G LYS 28 ? NZ ? E LYS 29 NZ 106 1 Y 1 G ASP 35 ? CG ? E ASP 36 CG 107 1 Y 1 G ASP 35 ? OD1 ? E ASP 36 OD1 108 1 Y 1 G ASP 35 ? OD2 ? E ASP 36 OD2 109 1 Y 1 G MET 37 ? CG ? E MET 38 CG 110 1 Y 1 G MET 37 ? SD ? E MET 38 SD 111 1 Y 1 G MET 37 ? CE ? E MET 38 CE 112 1 Y 1 G LYS 45 ? CG ? E LYS 46 CG 113 1 Y 1 G LYS 45 ? CD ? E LYS 46 CD 114 1 Y 1 G LYS 45 ? CE ? E LYS 46 CE 115 1 Y 1 G LYS 45 ? NZ ? E LYS 46 NZ 116 1 Y 1 A ASP 26 ? CG ? F ASP 26 CG 117 1 Y 1 A ASP 26 ? OD1 ? F ASP 26 OD1 118 1 Y 1 A ASP 26 ? OD2 ? F ASP 26 OD2 119 1 Y 1 A GLU 43 ? CG ? F GLU 43 CG 120 1 Y 1 A GLU 43 ? CD ? F GLU 43 CD 121 1 Y 1 A GLU 43 ? OE1 ? F GLU 43 OE1 122 1 Y 1 A GLU 43 ? OE2 ? F GLU 43 OE2 123 1 Y 1 A ARG 54 ? CG ? F ARG 54 CG 124 1 Y 1 A ARG 54 ? CD ? F ARG 54 CD 125 1 Y 1 A ARG 54 ? NE ? F ARG 54 NE 126 1 Y 1 A ARG 54 ? CZ ? F ARG 54 CZ 127 1 Y 1 A ARG 54 ? NH1 ? F ARG 54 NH1 128 1 Y 1 A ARG 54 ? NH2 ? F ARG 54 NH2 129 1 Y 1 A ILE 55 ? CG1 ? F ILE 55 CG1 130 1 Y 1 A ILE 55 ? CG2 ? F ILE 55 CG2 131 1 Y 1 A ILE 55 ? CD1 ? F ILE 55 CD1 132 1 Y 1 A ILE 56 ? CG1 ? F ILE 56 CG1 133 1 Y 1 A ILE 56 ? CG2 ? F ILE 56 CG2 134 1 Y 1 A ILE 56 ? CD1 ? F ILE 56 CD1 135 1 Y 1 A ARG 204 ? CG ? F ARG 196 CG 136 1 Y 1 A ARG 204 ? CD ? F ARG 196 CD 137 1 Y 1 A ARG 204 ? NE ? F ARG 196 NE 138 1 Y 1 A ARG 204 ? CZ ? F ARG 196 CZ 139 1 Y 1 A ARG 204 ? NH1 ? F ARG 196 NH1 140 1 Y 1 A ARG 204 ? NH2 ? F ARG 196 NH2 141 1 Y 1 A GLN 211 ? CG ? F GLN 203 CG 142 1 Y 1 A GLN 211 ? CD ? F GLN 203 CD 143 1 Y 1 A GLN 211 ? OE1 ? F GLN 203 OE1 144 1 Y 1 A GLN 211 ? NE2 ? F GLN 203 NE2 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8ZJD _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 8ZJD _struct.title 'Cryo-EM structure of kisspeptin receptor bound to KP-10' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8ZJD _struct_keywords.text 'Cryo-EM, kisspeptin receptor, GPR54, KISS1R, G proteins, MEMBRANE PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'MEMBRANE PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP KISSR_HUMAN Q969F8 ? 1 ;HTVATSGPNASWGAPANASGCPGCGANASDGPVPSPRAVDAWLVPLFFAALMLLGLVGNSLVIYVICRHKPMRTVTNFYI ANLAATDVTFLLCCVPFTALLYPLPGWVLGDFMCKFVNYIQQVSVQATCATLTAMSVDRWYVTVFPLRALHRRTPRLALA VSLSIWVGSAAVSAPVLALHRLSPGPRAYCSEAFPSRALERAFALYNLLALYLLPLLATCACYAAMLRHLGRVAVRPAPA DSALQGQVLAERAGAVRAKVSRLVAAVVLLFAACWGPIQLFLVLQALGPAGSWHPRSYAAYALKTWAHCMSYSNSALNPL LYAFLGSHFRQAFRRVCPCAPRRPRRPRRPGPSD ; 2 2 PDB 8ZJD 8ZJD ? 1 ? 355 3 PDB 8ZJD 8ZJD ? 2 ? 1 4 UNP GBB1_HUMAN P62873 ? 3 ;SELDQLRQEAEQLKNQIRDARKACADATLSQITNNIDPVGRIQMRTRRTLRGHLAKIYAMHWGTDSRLLVSASQDGKLII WDSYTTNKVHAIPLRSSWVMTCAYAPSGNYVACGGLDNICSIYNLKTREGNVRVSRELAGHTGYLSCCRFLDDNQIVTSS GDTTCALWDIETGQQTTTFTGHTGDVMSLSLAPDTRLFVSGACDASAKLWDVREGMCRQTFTGHESDINAICFFPNGNAF ATGSDDATCRLFDLRADQELMTYSHDNIICGITSVSFSKSGRLLLAGYDDFNCNVWDALKADRAGVLAGHDNRVSCLGVT DDGMAVATGSWDSFLKIWN ; 2 5 PDB 8ZJD 8ZJD ? 4 ? 1 6 UNP GBG2_HUMAN P59768 ? 5 MASNNTASIAQARKLVEQLKMEANIDRIKVSKAAADLMAYCEAHAKEDPLLTPVPASENPFREKKFFCAIL 1 7 UNP GNAI1_HUMAN P63096 ? 6 MGCTLSAEDKAAVERSKMIDRNLREDGE 1 8 UNP GNAQ_HUMAN P50148 ? 6 ;RRELKLLLLGTGESGKSTFIKQMRIIHGSGYSDEDKRGFTKLVYQNIFTAMQAMIRAMDTLKIPYKYEHNKAHAQLVREV DVEKVSAFENPYVDAIKSLWNDPGIQECYDRRREYQLSDSTKYYLNDLDRVADPAYLPTQQDVLRVRVPTTGIIEYPFDL QSVIFRMVDVGGQRSERRKWIHCFENVTSIMFLVALSEYDQVLVESDNENRMEESKALFRTIITYPWFQNSSVILFLNKK DLLEEKIMYSHLVDYFPEYDGPQRDAQAAREFILKMFVDLNPDSDKIIYSHFTCATDTENIRFVFAAVKDTILQLNLKEY NLV ; 37 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8ZJD R 1 ? 354 ? Q969F8 2 ? 355 ? 2 355 2 2 8ZJD R 355 ? 512 ? 8ZJD 356 ? 513 ? 356 513 3 3 8ZJD L 1 ? 11 ? 8ZJD 211 ? 221 ? 211 221 4 4 8ZJD B 13 ? 351 ? P62873 2 ? 340 ? 7 345 5 5 8ZJD S 1 ? 247 ? 8ZJD 1 ? 247 ? 1 247 6 6 8ZJD G 1 ? 71 ? P59768 1 ? 71 ? 0 70 7 7 8ZJD A 1 ? 28 ? P63096 1 ? 28 ? 1 28 8 8 8ZJD A 31 ? 353 ? P50148 37 ? 359 ? 31 361 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 8ZJD TRP R 130 ? UNP Q969F8 ALA 131 conflict 131 1 4 8ZJD MET B 1 ? UNP P62873 ? ? 'initiating methionine' -5 2 4 8ZJD HIS B 2 ? UNP P62873 ? ? 'expression tag' -4 3 4 8ZJD HIS B 3 ? UNP P62873 ? ? 'expression tag' -3 4 4 8ZJD HIS B 4 ? UNP P62873 ? ? 'expression tag' -2 5 4 8ZJD HIS B 5 ? UNP P62873 ? ? 'expression tag' -1 6 4 8ZJD HIS B 6 ? UNP P62873 ? ? 'expression tag' 0 7 4 8ZJD HIS B 7 ? UNP P62873 ? ? 'expression tag' 1 8 4 8ZJD GLY B 8 ? UNP P62873 ? ? 'expression tag' 2 9 4 8ZJD SER B 9 ? UNP P62873 ? ? 'expression tag' 3 10 4 8ZJD LEU B 10 ? UNP P62873 ? ? 'expression tag' 4 11 4 8ZJD LEU B 11 ? UNP P62873 ? ? 'expression tag' 5 12 4 8ZJD GLN B 12 ? UNP P62873 ? ? 'expression tag' 6 13 7 8ZJD ARG A 29 ? UNP P63096 ? ? linker 29 14 7 8ZJD SER A 30 ? UNP P63096 ? ? linker 30 15 8 8ZJD ALA A 202 ? UNP P50148 GLY 208 conflict 210 16 8 8ZJD SER A 325 ? UNP P50148 ALA 331 conflict 333 17 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details hexameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 6 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 TRP A 42 ? ARG A 68 ? TRP R 43 ARG R 69 1 ? 27 HELX_P HELX_P2 AA2 THR A 74 ? CYS A 93 ? THR R 75 CYS R 94 1 ? 20 HELX_P HELX_P3 AA3 CYS A 94 ? TYR A 102 ? CYS R 95 TYR R 103 1 ? 9 HELX_P HELX_P4 AA4 GLY A 110 ? PHE A 145 ? GLY R 111 PHE R 146 1 ? 36 HELX_P HELX_P5 AA5 LEU A 147 ? HIS A 151 ? LEU R 148 HIS R 152 5 ? 5 HELX_P HELX_P6 AA6 THR A 154 ? SER A 173 ? THR R 155 SER R 174 1 ? 20 HELX_P HELX_P7 AA7 ALA A 174 ? LEU A 179 ? ALA R 175 LEU R 180 1 ? 6 HELX_P HELX_P8 AA8 SER A 196 ? TYR A 212 ? SER R 197 TYR R 213 1 ? 17 HELX_P HELX_P9 AA9 TYR A 212 ? VAL A 233 ? TYR R 213 VAL R 234 1 ? 22 HELX_P HELX_P10 AB1 ALA A 243 ? GLY A 288 ? ALA R 244 GLY R 289 1 ? 46 HELX_P HELX_P11 AB2 SER A 297 ? ALA A 323 ? SER R 298 ALA R 324 1 ? 27 HELX_P HELX_P12 AB3 GLY A 326 ? VAL A 336 ? GLY R 327 VAL R 337 1 ? 11 HELX_P HELX_P13 AB4 ASN B 2 ? PHE B 6 ? ASN L 212 PHE L 216 5 ? 5 HELX_P HELX_P14 AB5 ASP C 16 ? ALA C 37 ? ASP B 10 ALA B 31 1 ? 22 HELX_P HELX_P15 AB6 THR C 40 ? THR C 45 ? THR B 34 THR B 39 1 ? 6 HELX_P HELX_P16 AB7 HIS C 277 ? ILE C 281 ? HIS B 271 ILE B 275 5 ? 5 HELX_P HELX_P17 AB8 ALA D 27 ? PHE D 31 ? ALA S 27 PHE S 31 5 ? 5 HELX_P HELX_P18 AB9 SER D 52 ? GLY D 55 ? SER S 52 GLY S 55 5 ? 4 HELX_P HELX_P19 AC1 ASP D 61 ? LYS D 64 ? ASP S 61 LYS S 64 5 ? 4 HELX_P HELX_P20 AC2 ASP D 73 ? LYS D 75 ? ASP S 73 LYS S 75 5 ? 3 HELX_P HELX_P21 AC3 ARG D 86 ? THR D 90 ? ARG S 86 THR S 90 5 ? 5 HELX_P HELX_P22 AC4 GLU D 220 ? VAL D 224 ? GLU S 220 VAL S 224 5 ? 5 HELX_P HELX_P23 AC5 ALA E 7 ? ASN E 24 ? ALA G 6 ASN G 23 1 ? 18 HELX_P HELX_P24 AC6 LYS E 29 ? HIS E 44 ? LYS G 28 HIS G 43 1 ? 16 HELX_P HELX_P25 AC7 ALA E 45 ? ASP E 48 ? ALA G 44 ASP G 47 5 ? 4 HELX_P HELX_P26 AC8 SER F 6 ? ARG F 31 ? SER A 6 ARG A 31 1 ? 26 HELX_P HELX_P27 AC9 GLY F 45 ? HIS F 57 ? GLY A 45 HIS A 57 1 ? 13 HELX_P HELX_P28 AD1 GLU F 206 ? GLU F 215 ? GLU A 214 GLU A 223 5 ? 10 HELX_P HELX_P29 AD2 SER F 227 ? TYR F 229 ? SER A 235 TYR A 237 5 ? 3 HELX_P HELX_P30 AD3 ASN F 240 ? THR F 254 ? ASN A 248 THR A 262 1 ? 15 HELX_P HELX_P31 AD4 LYS F 269 ? ILE F 277 ? LYS A 277 ILE A 285 1 ? 9 HELX_P HELX_P32 AD5 HIS F 281 ? TYR F 285 ? HIS A 289 TYR A 293 5 ? 5 HELX_P HELX_P33 AD6 ASP F 295 ? ASP F 309 ? ASP A 303 ASP A 317 1 ? 15 HELX_P HELX_P34 AD7 GLU F 329 ? TYR F 350 ? GLU A 337 TYR A 358 1 ? 22 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # _struct_conn.id disulf1 _struct_conn.conn_type_id disulf _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag ? _struct_conn.pdbx_PDB_id ? _struct_conn.ptnr1_label_asym_id A _struct_conn.ptnr1_label_comp_id CYS _struct_conn.ptnr1_label_seq_id 114 _struct_conn.ptnr1_label_atom_id SG _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code ? _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id ? _struct_conn.ptnr1_symmetry 1_555 _struct_conn.ptnr2_label_asym_id A _struct_conn.ptnr2_label_comp_id CYS _struct_conn.ptnr2_label_seq_id 190 _struct_conn.ptnr2_label_atom_id SG _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code ? _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id R _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id CYS _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id 115 _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id R _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id CYS _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id 191 _struct_conn.ptnr2_symmetry 1_555 _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code ? _struct_conn.details ? _struct_conn.pdbx_dist_value 2.326 _struct_conn.pdbx_value_order ? _struct_conn.pdbx_role ? # _struct_conn_type.id disulf _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # _pdbx_modification_feature.ordinal 1 _pdbx_modification_feature.label_comp_id CYS _pdbx_modification_feature.label_asym_id A _pdbx_modification_feature.label_seq_id 114 _pdbx_modification_feature.label_alt_id ? _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id CYS _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id A _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id 190 _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id ? _pdbx_modification_feature.auth_comp_id CYS _pdbx_modification_feature.auth_asym_id R _pdbx_modification_feature.auth_seq_id 115 _pdbx_modification_feature.PDB_ins_code ? _pdbx_modification_feature.symmetry 1_555 _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id CYS _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id R _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id 191 _pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code ? _pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry 1_555 _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom SG _pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom SG _pdbx_modification_feature.modified_residue_id . _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id . _pdbx_modification_feature.ref_comp_id . _pdbx_modification_feature.type None _pdbx_modification_feature.category 'Disulfide bridge' # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 2 ? AA2 ? 4 ? AA3 ? 4 ? AA4 ? 4 ? AA5 ? 4 ? AA6 ? 4 ? AA7 ? 4 ? AA8 ? 4 ? AA9 ? 4 ? AB1 ? 6 ? AB2 ? 4 ? AB3 ? 5 ? 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