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EMDB EMD-60162 ? ? # _pdbx_audit_revision_history.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_history.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_history.major_revision 1 _pdbx_audit_revision_history.minor_revision 0 _pdbx_audit_revision_history.revision_date 2025-11-26 _pdbx_audit_revision_history.part_number ? # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8ZK0 _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2024-05-15 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBJ _pdbx_database_status.process_site PDBJ _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Cryo-EM structure of the full length pAg-bound BTN2A1-BTN3A1-BTN3A2 in complex with Vgamma9-Vdelta2 TCR (G115 genotype)' _pdbx_database_related.db_id EMD-60162 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_contact_author.id 3 _pdbx_contact_author.email zhouqiang@westlake.edu.cn _pdbx_contact_author.name_first Qiang _pdbx_contact_author.name_last Zhou _pdbx_contact_author.name_mi ? _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0002-6237-8813 # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Xin, W.' 1 ? 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primary 'Xin, W.' 1 ? primary 'Huang, B.' 2 ? primary 'Gao, W.' 3 ? primary 'Zhang, W.' 4 ? primary 'Hu, Y.' 5 ? primary 'Liu, Y.' 6 ? primary 'Liang, E.' 7 ? primary 'Shi, Y.' 8 ? primary 'Su, Q.' 9 ? primary 'Zhou, Q.' 10 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Butyrophilin subfamily 2 member A1' 60684.453 2 ? ? ? ? 2 polymer man 'T cell receptor delta variable 2, T cell receptor delta constant 1' 26488.951 1 ? ? ? ? 3 polymer man 'T cell receptor gamma variable 9, T cell receptor gamma constant 1' 28328.275 1 ? ? ? ? 4 polymer man 'Butyrophilin subfamily 3 member A2' 37175.121 1 ? ? ? ? 5 polymer man 'Butyrophilin subfamily 3 member A1' 60102.277 1 ? ? ? ? 6 non-polymer syn '(2E)-4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl trihydrogen diphosphate' 262.092 1 ? ? ? ? # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type 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F . n # _pdbx_entity_instance_feature.ordinal 1 _pdbx_entity_instance_feature.comp_id H6P _pdbx_entity_instance_feature.asym_id ? _pdbx_entity_instance_feature.seq_num ? _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id H6P _pdbx_entity_instance_feature.auth_asym_id ? _pdbx_entity_instance_feature.auth_seq_num ? _pdbx_entity_instance_feature.feature_type 'SUBJECT OF INVESTIGATION' _pdbx_entity_instance_feature.details ? # _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id G _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id 6 _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id H6P _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num 1 _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num 601 _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num 1 _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id H6P _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id LIG _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id F _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code . # _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.id 1 _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.PDB_model_num 1 _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.polymer_flag Y _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.occupancy_flag 1 _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id F _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id CYS _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id 29 _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.PDB_ins_code ? _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id SG _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_alt_id ? _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id F _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id CYS _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id 22 _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id SG # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 8ZK0 _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 8ZK0 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8ZK0 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 8ZK0 _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.005 ? 17837 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.601 ? 24167 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 4.500 ? 2414 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.045 ? 2658 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.005 ? 3124 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8ZK0 _struct.title 'Cryo-EM structure of the full length pAg-bound BTN2A1-BTN3A1-BTN3A2 in complex with Vgamma9-Vdelta2 TCR (G115 genotype)' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8ZK0 _struct_keywords.text 'Receptor, IMMUNE SYSTEM' _struct_keywords.pdbx_keywords 'IMMUNE SYSTEM' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 2 ? D N N 3 ? E N N 4 ? F N N 5 ? 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F CYS 166 F CYS 220 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? # _struct_conn_type.id disulf _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _pdbx_modification_feature.ordinal _pdbx_modification_feature.label_comp_id _pdbx_modification_feature.label_asym_id _pdbx_modification_feature.label_seq_id _pdbx_modification_feature.label_alt_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id _pdbx_modification_feature.auth_comp_id _pdbx_modification_feature.auth_asym_id _pdbx_modification_feature.auth_seq_id _pdbx_modification_feature.PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.symmetry _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id _pdbx_modification_feature.ref_comp_id _pdbx_modification_feature.type _pdbx_modification_feature.category 1 CYS A 45 ? 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CYS E 52 ? 1_555 CYS E 126 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 12 CYS E 159 ? CYS E 213 ? CYS E 166 ? 1_555 CYS E 220 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 13 CYS F 45 ? CYS F 119 ? CYS F 52 ? 1_555 CYS F 126 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 14 CYS F 159 ? CYS F 213 ? CYS F 166 ? 1_555 CYS F 220 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 SER 48 A . ? SER 54 A PRO 49 A ? PRO 55 A 1 1.93 2 SER 66 A . ? SER 72 A PRO 67 A ? PRO 73 A 1 -1.89 3 TYR 165 A . ? TYR 171 A PRO 166 A ? PRO 172 A 1 -5.65 4 SER 48 B . ? SER 54 B PRO 49 B ? PRO 55 B 1 -0.33 5 SER 66 B . ? SER 72 B PRO 67 B ? PRO 73 B 1 -0.47 6 TYR 165 B . ? 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GLU 446 F PRO 440 F ? PRO 447 F 1 -1.47 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 4 ? AA2 ? 2 ? AA3 ? 4 ? AA4 ? 4 ? AA5 ? 3 ? AA6 ? 5 ? AA7 ? 6 ? AA8 ? 5 ? AA9 ? 4 ? AB1 ? 6 ? AB2 ? 4 ? AB3 ? 3 ? AB4 ? 5 ? AB5 ? 5 ? AB6 ? 5 ? AB7 ? 6 ? AB8 ? 4 ? AB9 ? 3 ? AC1 ? 4 ? AC2 ? 4 ? AC3 ? 3 ? AC4 ? 4 ? AC5 ? 6 ? AC6 ? 4 ? AC7 ? 4 ? AC8 ? 4 ? AC9 ? 2 ? AD1 ? 3 ? AD2 ? 4 ? AD3 ? 6 ? AD4 ? 3 ? AD5 ? 7 ? AD6 ? 7 ? AD7 ? 4 ? AD8 ? 5 ? AD9 ? 5 ? AE1 ? 5 ? AE2 ? 6 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA2 1 2 ? parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA6 1 2 ? parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA6 4 5 ? anti-parallel AA7 1 2 ? parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA7 4 5 ? anti-parallel AA7 5 6 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA8 3 4 ? anti-parallel AA8 4 5 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? anti-parallel AB1 1 2 ? parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB1 3 4 ? anti-parallel AB1 4 5 ? anti-parallel AB1 5 6 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB2 3 4 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB4 1 2 ? parallel AB4 2 3 ? anti-parallel AB4 3 4 ? anti-parallel AB4 4 5 ? anti-parallel AB5 1 2 ? parallel AB5 2 3 ? anti-parallel AB5 3 4 ? anti-parallel AB5 4 5 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB6 3 4 ? anti-parallel AB6 4 5 ? anti-parallel AB7 1 2 ? parallel AB7 2 3 ? anti-parallel AB7 3 4 ? anti-parallel AB7 4 5 ? anti-parallel AB7 5 6 ? anti-parallel AB8 1 2 ? parallel AB8 2 3 ? anti-parallel AB8 3 4 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AB9 2 3 ? anti-parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC1 2 3 ? anti-parallel AC1 3 4 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC2 2 3 ? anti-parallel AC2 3 4 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC3 2 3 ? anti-parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC4 2 3 ? anti-parallel AC4 3 4 ? anti-parallel AC5 1 2 ? parallel AC5 2 3 ? anti-parallel AC5 3 4 ? anti-parallel AC5 4 5 ? anti-parallel AC5 5 6 ? anti-parallel AC6 1 2 ? parallel AC6 2 3 ? anti-parallel AC6 3 4 ? anti-parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC7 2 3 ? anti-parallel AC7 3 4 ? anti-parallel AC8 1 2 ? anti-parallel AC8 2 3 ? anti-parallel AC8 3 4 ? anti-parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AD1 1 2 ? anti-parallel AD1 2 3 ? anti-parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD2 2 3 ? anti-parallel AD2 3 4 ? anti-parallel AD3 1 2 ? parallel AD3 2 3 ? anti-parallel AD3 3 4 ? anti-parallel AD3 4 5 ? anti-parallel AD3 5 6 ? anti-parallel AD4 1 2 ? anti-parallel AD4 2 3 ? anti-parallel AD5 1 2 ? anti-parallel AD5 2 3 ? anti-parallel AD5 3 4 ? anti-parallel AD5 4 5 ? parallel AD5 5 6 ? anti-parallel AD5 6 7 ? anti-parallel AD6 1 2 ? anti-parallel AD6 2 3 ? anti-parallel AD6 3 4 ? parallel AD6 4 5 ? anti-parallel AD6 5 6 ? anti-parallel AD6 6 7 ? anti-parallel AD7 1 2 ? anti-parallel AD7 2 3 ? anti-parallel AD7 3 4 ? anti-parallel AD8 1 2 ? parallel AD8 2 3 ? anti-parallel AD8 3 4 ? anti-parallel AD8 4 5 ? anti-parallel AD9 1 2 ? parallel AD9 2 3 ? anti-parallel AD9 3 4 ? anti-parallel AD9 4 5 ? anti-parallel AE1 1 2 ? parallel AE1 2 3 ? anti-parallel AE1 3 4 ? anti-parallel AE1 4 5 ? anti-parallel AE2 1 2 ? anti-parallel AE2 2 3 ? anti-parallel AE2 3 4 ? anti-parallel AE2 4 5 ? anti-parallel AE2 5 6 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 ILE A 25 ? 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SER A 349 ARG A 352 AA6 5 LEU A 335 ? LEU A 337 ? LEU A 341 LEU A 343 AA7 1 LEU A 319 ? ALA A 321 ? LEU A 325 ALA A 327 AA7 2 LYS A 379 ? GLU A 385 ? LYS A 385 GLU A 391 AA7 3 ARG A 443 ? ASP A 449 ? ARG A 449 ASP A 455 AA7 4 ASP A 454 ? ASN A 459 ? ASP A 460 ASN A 465 AA7 5 HIS A 465 ? THR A 468 ? HIS A 471 THR A 474 AA7 6 LEU B 510 ? THR B 511 ? LEU B 516 THR B 517 AA8 1 CYS A 368 ? LEU A 370 ? CYS A 374 LEU A 376 AA8 2 VAL A 478 ? LEU A 484 ? VAL A 484 LEU A 490 AA8 3 TRP A 392 ? ARG A 398 ? TRP A 398 ARG A 404 AA8 4 PHE A 415 ? HIS A 421 ? PHE A 421 HIS A 427 AA8 5 GLN A 424 ? ALA A 427 ? GLN A 430 ALA A 433 AA9 1 ILE B 25 ? VAL B 27 ? ILE B 31 VAL B 33 AA9 2 THR B 41 ? SER B 48 ? THR B 47 SER B 54 AA9 3 VAL B 102 ? ILE B 106 ? VAL B 108 ILE B 112 AA9 4 THR B 90 ? VAL B 93 ? THR B 96 VAL B 99 AB1 1 ILE B 33 ? THR B 36 ? ILE B 39 THR B 42 AB1 2 SER B 126 ? ALA B 137 ? SER B 132 ALA B 143 AB1 3 GLY B 115 ? GLU B 123 ? GLY B 121 GLU B 129 AB1 4 GLU B 57 ? PHE B 61 ? 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