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ASN 173 3 . HIS 174 3 . ILE 175 3 . LYS 176 3 . ALA 177 3 . ASN 178 3 . ILE 179 3 . ASN 180 3 . PRO 181 3 . LYS 182 3 . PHE 183 3 . ALA 184 3 . ARG 185 3 . ILE 186 3 . THR 187 3 . SER 188 3 . ASP 189 3 . TYR 190 3 . ASP 191 3 . PHE 192 3 . CYS 193 3 . LEU 194 3 . THR 195 3 . VAL 196 3 . VAL 197 3 . LYS 198 3 . VAL 199 3 . LEU 200 3 . GLU 201 3 . LEU 202 3 . TYR 203 3 . LYS 204 3 . PRO 205 3 . HIS 206 3 . GLU 207 3 . TYR 208 3 . ILE 209 3 . VAL 210 3 . ASP 211 3 . LEU 212 3 . ASN 213 3 . ALA 214 3 . MET 215 3 . TYR 216 3 . LYS 217 3 . ARG 218 3 . ARG 219 3 . LYS 220 3 . PRO 221 3 . LYS 222 3 . LEU 223 3 . GLU 224 3 . LYS 225 3 . ARG 226 3 . PHE 227 3 . GLN 228 3 . THR 229 3 . LYS 230 3 . ARG 231 3 . GLU 232 3 . VAL 233 3 . GLU 234 3 . ILE 235 3 . TYR 236 3 . LYS 237 3 . VAL 238 3 . ALA 239 3 . PRO 240 3 . LYS 241 3 . ALA 242 3 . TYR 243 3 . GLN 244 3 . SER 245 3 . TYR 246 3 . PRO 247 3 . ILE 248 3 . VAL 249 3 . GLU 250 3 . PRO 251 3 . PHE 252 3 . SER 253 3 . GLY 254 3 . LYS 255 3 . ASP 256 3 . VAL 257 3 . GLU 258 3 . ASP 259 3 . LEU 260 3 . LYS 261 3 . SER 262 3 . ASN 263 3 . ILE 264 3 . LYS 265 3 . LYS 266 3 . PHE 267 3 . LEU 268 3 . ASP 269 3 . ASP 270 3 . LEU 271 3 . MET 272 3 . ALA 273 3 . LYS 274 3 . ILE 275 3 . ASN 276 3 . GLU 277 3 . PRO 278 3 . LEU 279 3 . VAL 280 3 . GLU 281 3 . CYS 282 3 . LYS 283 3 . CYS 284 3 . CYS 285 3 . LYS 286 3 . GLY 287 3 . ARG 288 3 . GLY 289 3 . VAL 290 3 . ILE 291 3 . LEU 292 3 . ASN 293 3 . GLU 294 3 . ASN 295 # loop_ _ihm_dataset_group.application _ihm_dataset_group.details _ihm_dataset_group.id _ihm_dataset_group.name representation "Cryo-EM Structure of GajAB-Gad1 uploaded to PDB as 8U7I and to EMDB as EMD-41983. " 1 "PDB " representation "Gabija protein B GajB Cryo-EM density was poor, so we superimposed the full model from the PDB 8SM3 to generate the full GajB model in the cryo-EM structure" 2 "Gabija protein B GajB" representation "Poor cryo-EM density limited the reconstruction of Gabija anti-defense 1, so AlphaFold2 models were used for these regions of the cryo-EM map. For Gad1 chains I,J,K,L AlphaFold2 models were used for residues 1-131. For Gad1 chains M,N,O,P AlphaFold2 models were used for residues 1-159." 3 "AlphaFold2 modeled Gabija anti-defense 1 poor cryo-EM density" representation "Cryo-EM Structure of GajAB-Gad1" 4 . representation "Building in the low resolution Gabija anti-defense 1 domains using AlphaFold2 predicted structures" 5 . # loop_ _ihm_dataset_group_link.dataset_list_id _ihm_dataset_group_link.group_id 1 1 1 4 1 5 2 2 2 4 2 5 3 3 3 5 4 4 4 5 # loop_ _ihm_dataset_list.data_type _ihm_dataset_list.database_hosted _ihm_dataset_list.details _ihm_dataset_list.id "Experimental model" YES "Cryo-EM Structure of GajAB-Gad1 8U7I" 1 "Experimental model" YES "Full model of the Gabija protein B GajB from PDB 8SM3" 2 "De Novo model" NO "AlphaFold2 models for all Gad1 chains I-P" 3 "3DEM volume" YES EMD-41983 4 # loop_ _ihm_dataset_related_db_reference.accession_code _ihm_dataset_related_db_reference.dataset_list_id _ihm_dataset_related_db_reference.db_name _ihm_dataset_related_db_reference.details _ihm_dataset_related_db_reference.id _ihm_dataset_related_db_reference.version 8U7I 1 PDB . 1 . 8SM3 2 PDB . 2 . EMD-41983 4 EMDB . 3 . # loop_ _ihm_entity_poly_segment.comp_id_begin _ihm_entity_poly_segment.comp_id_end _ihm_entity_poly_segment.entity_id _ihm_entity_poly_segment.id _ihm_entity_poly_segment.seq_id_begin _ihm_entity_poly_segment.seq_id_end VAL SER 1 1 1 626 SER ILE 2 2 1 493 MET ASN 3 3 1 295 MET LEU 3 4 1 131 MET PRO 3 5 1 159 # _ihm_model_group.details . _ihm_model_group.id 1 _ihm_model_group.name . # _ihm_model_group_link.group_id 1 _ihm_model_group_link.model_id 1 # _ihm_model_list.assembly_id 1 _ihm_model_list.model_id 1 _ihm_model_list.model_name . _ihm_model_list.protocol_id 1 _ihm_model_list.representation_id 1 # _ihm_model_representation.details . _ihm_model_representation.id 1 _ihm_model_representation.name . # loop_ _ihm_model_representation_details.description _ihm_model_representation_details.entity_asym_id _ihm_model_representation_details.entity_description _ihm_model_representation_details.entity_id _ihm_model_representation_details.entity_poly_segment_id _ihm_model_representation_details.id _ihm_model_representation_details.model_granularity _ihm_model_representation_details.model_mode _ihm_model_representation_details.model_object_count _ihm_model_representation_details.model_object_primitive _ihm_model_representation_details.representation_id _ihm_model_representation_details.starting_model_id . A "Gabija protein A GajA" 1 1 1 by-atom flexible . atomistic 1 1 . B "Gabija protein A GajA" 1 1 2 by-atom flexible . atomistic 1 1 . C "Gabija protein A GajA" 1 1 3 by-atom flexible . atomistic 1 1 . D "Gabija protein A GajA" 1 1 4 by-atom flexible . atomistic 1 1 . E "Gabija Protein B GajB" 2 2 5 by-atom flexible . atomistic 1 2 . F "Gabija Protein B GajB" 2 2 6 by-atom flexible . atomistic 1 2 . G "Gabija Protein B GajB" 2 2 7 by-atom flexible . atomistic 1 2 . H "Gabija Protein B GajB" 2 2 8 by-atom flexible . atomistic 1 2 . I "Gabija anti-defense 1 Gad1" 3 3 9 by-atom flexible . atomistic 1 3 . J "Gabija anti-defense 1 Gad1" 3 3 10 by-atom flexible . atomistic 1 3 . K "Gabija anti-defense 1 Gad1" 3 3 11 by-atom flexible . atomistic 1 3 . L "Gabija anti-defense 1 Gad1" 3 3 12 by-atom flexible . atomistic 1 3 . M "Gabija anti-defense 1 Gad1" 3 3 13 by-atom flexible . atomistic 1 3 . N "Gabija anti-defense 1 Gad1" 3 3 14 by-atom flexible . atomistic 1 3 . O "Gabija anti-defense 1 Gad1" 3 3 15 by-atom flexible . atomistic 1 3 . P "Gabija anti-defense 1 Gad1" 3 3 16 by-atom flexible . atomistic 1 3 # _ihm_modeling_protocol.details . _ihm_modeling_protocol.id 1 _ihm_modeling_protocol.num_steps 2 _ihm_modeling_protocol.protocol_name modeling # loop_ _ihm_modeling_protocol_details.dataset_group_id _ihm_modeling_protocol_details.description _ihm_modeling_protocol_details.ensemble_flag _ihm_modeling_protocol_details.id _ihm_modeling_protocol_details.multi_scale_flag _ihm_modeling_protocol_details.multi_state_flag _ihm_modeling_protocol_details.num_models_begin _ihm_modeling_protocol_details.num_models_end _ihm_modeling_protocol_details.ordered_flag _ihm_modeling_protocol_details.protocol_id _ihm_modeling_protocol_details.script_file_id _ihm_modeling_protocol_details.software_id _ihm_modeling_protocol_details.step_id _ihm_modeling_protocol_details.step_method _ihm_modeling_protocol_details.step_name _ihm_modeling_protocol_details.struct_assembly_description _ihm_modeling_protocol_details.struct_assembly_id 4 . NO 1 NO NO . . NO 1 . 2 1 . . "Cryo-EM Structure of GajAB-Gad1 Complex" 1 5 . NO 2 NO NO . . NO 1 . 3 2 . . "Building in the low resolution Gabija anti-defense 1 domains using AlphaFold2 predicted structures" 1 # loop_ _ihm_starting_model_details.asym_id _ihm_starting_model_details.dataset_list_id _ihm_starting_model_details.description _ihm_starting_model_details.entity_description _ihm_starting_model_details.entity_id _ihm_starting_model_details.entity_poly_segment_id _ihm_starting_model_details.starting_model_auth_asym_id _ihm_starting_model_details.starting_model_id _ihm_starting_model_details.starting_model_sequence_offset _ihm_starting_model_details.starting_model_source A 1 "Gabija Protein A GajA cryo-EM built tetramer containing chains A,B,C,D" "Gabija protein A GajA" 1 1 A 1 -25 "experimental model" E 2 "Gabija Protein B GajB Chains E,F,G,H which are GajB X-ray crystal structure Chain B 8SM3 superpositions onto cryo-EM density of GajB" "Gabija Protein B GajB" 2 2 B 2 0 "experimental model" I 1 "Gad1 built from cryo-EM density for chains I,J,K,L,M,N,O,P" "Gabija anti-defense 1 Gad1" 3 3 I 3 0 "experimental model" J 3 "AlphaFold2 models for all Gad1 poor cryo-EM density regions chains I-P" "Gabija anti-defense 1 Gad1" 3 3 I 4 0 "ab initio model" # _ihm_struct_assembly.description "Structure of the phage immune evasion protein Gad1 bound to the Gabija GajAB complex generated using the GajAB-Gad1 Cryo-EM model PDB 8U7I EMD-41983, GajAB X-ray crystal structure 8SM3, and AlphaFold2 to model poor resolution regions of the map." _ihm_struct_assembly.id 1 _ihm_struct_assembly.name "Structure of the phage immune evasion protein Gad1 bound to the Gabija GajAB complex" # loop_ _ihm_struct_assembly_details.assembly_id _ihm_struct_assembly_details.asym_id _ihm_struct_assembly_details.entity_description _ihm_struct_assembly_details.entity_id _ihm_struct_assembly_details.entity_poly_segment_id _ihm_struct_assembly_details.id _ihm_struct_assembly_details.parent_assembly_id 1 A "Gabija protein A GajA" 1 1 1 1 1 B "Gabija protein A GajA" 1 1 2 1 1 C "Gabija protein A GajA" 1 1 3 1 1 D "Gabija protein A GajA" 1 1 4 1 1 E "Gabija Protein B GajB" 2 2 5 1 1 F "Gabija Protein B GajB" 2 2 6 1 1 G "Gabija Protein B GajB" 2 2 7 1 1 H "Gabija Protein B GajB" 2 2 8 1 1 I "Gabija anti-defense 1 Gad1" 3 3 9 1 1 J "Gabija anti-defense 1 Gad1" 3 3 10 1 1 K "Gabija anti-defense 1 Gad1" 3 3 11 1 1 L "Gabija anti-defense 1 Gad1" 3 3 12 1 1 M "Gabija anti-defense 1 Gad1" 3 3 13 1 1 N "Gabija anti-defense 1 Gad1" 3 3 14 1 1 O "Gabija anti-defense 1 Gad1" 3 3 15 1 1 P "Gabija anti-defense 1 Gad1" 3 3 16 1 1 I "Gabija anti-defense 1 Gad1" 3 4 17 1 1 J "Gabija anti-defense 1 Gad1" 3 4 18 1 1 K "Gabija anti-defense 1 Gad1" 3 4 19 1 1 L "Gabija anti-defense 1 Gad1" 3 4 20 1 1 M "Gabija anti-defense 1 Gad1" 3 5 21 1 1 N "Gabija anti-defense 1 Gad1" 3 5 22 1 1 O "Gabija anti-defense 1 Gad1" 3 5 23 1 1 P "Gabija anti-defense 1 Gad1" 3 5 24 1 # loop_ _software.citation_id _software.classification _software.description _software.location _software.name _software.pdbx_ordinal _software.type _software.version . refinement . https://phenix-online.org/ PHENIX 1 program 1.20.1-4487 . "model building" . https://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/personal/pemsley/coot/ Coot 2 program "0.8.9.3 EL" . "model building" . https://alphafold.ebi.ac.uk/ AlphaFold2 3 program v2.2.4 # _struct.entry_id 9A3W _struct.pdbx_CASP_flag . _struct.pdbx_descriptor . _struct.pdbx_details . _struct.pdbx_model_details "This model was generated using the GajAB-Gad1 Cryo-EM model PDB 8U7I EMD-41983, GajAB X-ray crystal structure 8SM3, and AlphaFold2 to model poor resolution regions of the map." _struct.pdbx_model_type_details . _struct.title "Structure of the phage immune evasion protein Gad1 bound to the Gabija GajAB complex" _struct.pdbx_structure_determination_methodology integrative # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_PDB_id _struct_asym.pdbx_alt_id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_order _struct_asym.pdbx_type . 1 A . . . . . . . 1 B . . . . . . . 1 C . . . . . . . 1 D . . . . . . . 2 E . . . . . . . 2 F . . . . . . . 2 G . . . . . . . 2 H . . . . . . . 3 I . . . . . . . 3 J . . . . . . . 3 K . . . . . . . 3 L . . . . . . . 3 M . . . . . . . 3 N . . . . . . . 3 O . . . . . . . 3 P . . . . . . # loop_ _struct_ref.db_code _struct_ref.db_name _struct_ref.details _struct_ref.entity_id _struct_ref.id _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code GAJA_BACC6 UNP "Gabija protein A GajA" 1 1 2 J8H9C1 . GAJB_BACC6 UNP "Gabija protein B GajB" 2 2 2 J8HQ06 . A0A1P8CWZ3_BPPHT UNP "Gabija anti-defense 1 conformations 1 and 2" 3 3 1 A0A1P8CWZ3 . # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end 1 2 575 1 55 626 2 2 494 2 1 493 3 1 295 3 1 295 # loop_ _pdbx_poly_seq_scheme.asym_id _pdbx_poly_seq_scheme.entity_id _pdbx_poly_seq_scheme.seq_id _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_strand_id _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_ins_code A 1 1 VAL -71 -71 VAL VAL A ? A 1 2 ALA -70 -70 ALA ALA A ? A 1 3 GLY -69 -69 GLY GLY A ? A 1 4 GLN -68 -68 GLN GLN A ? A 1 5 ASP -67 -67 ASP ASP A ? A 1 6 GLY -66 -66 GLY GLY A ? A 1 7 SER -65 -65 SER SER A ? A 1 8 VAL -64 -64 VAL VAL A ? A 1 9 VAL -63 -63 VAL VAL A ? A 1 10 GLN -62 -62 GLN GLN A ? 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