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D ARG 57 NH2 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 9AST _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 9AST _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 9AST _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 9AST _struct.title 'Cryo-EM structure of XCR1 signaling complex' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9AST _struct_keywords.text 'GPCR, XCL1, Membrane protein, SIGNALING PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'SIGNALING PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP GNAI1_HUMAN P63096 ? 1 ;MGCTLSAEDKAAVERSKMIDRNLREDGEKAAREVKLLLLGAGESGKSTIVKQMKIIHEAGYSEEECKQYKAVVYSNTIQS IIAIIRAMGRLKIDFGDSARADDARQLFVLAGAAEEGFMTAELAGVIKRLWKDSGVQACFNRSREYQLNDSAAYYLNDLD RIAQPNYIPTQQDVLRTRVKTTGIVETHFTFKDLHFKMFDVGGQRSERKKWIHCFEGVTAIIFCVALSDYDLVLAEDEEM NRMHESMKLFDSICNNKWFTDTSIILFLNKKDLFEEKIKKSPLTICYPEYAGSNTYEEAAAYIQCQFEDLNKRKDTKEIY THFTCATDTKNVQFVFDAVTDVIIKNNLKDCGLF ; 1 2 UNP XCL1_HUMAN P47992 ? 2 ;VGSEVSDKRTCVSLTTQRLPVSRIKTYTITEGSLRAVIFITKRGLKVCADPQATWVRDVVRSMDRKSNTRNNMIQTKPTG TQQSTNTAVTLTG ; 22 3 UNP XCR1_HUMAN P46094 ? 3 ;ESSGNPESTTFFYYDLQSQPCENQAWVFATLATTVLYCLVFLLSLVGNSLVLWVLVKYESLESLTNIFILNLCLSDLVFA CLLPVWISPYHWGWVLGDFLCKLLNMIFSISLYSSIFFLTIMTIHRYLSVVSPLSTLRVPTLRCRVLVTMAVWVASILSS ILDTIFHKVLSSGCDYSELTWYLTSVYQHNLFFLLSLGIILFCYVEILRTLFRSRSKRRHRTVKLIFAIVVAYFLSWGPY NFTLFLQTLFRTQIIRSCEAKQQLEYALLICRNLAFSHCCFNPVLYVFVGVKFRTHLKHVLRQFWFCRLQAPSPASIPHS PGAFAYEGASFY ; 2 4 UNP A0A482LYE4_9VIRU A0A482LYE4 ? 3 ;SVFTLEDFVGDWRQTAGYNLDQVLEQGGVSSLFQNLGVSVTPIQRIVLSGENGLKIDIHVIIPYEGLSGDQMGQIEKIFK VVYPVDDHHFKVILHYGTLVIDGVTPNMIDYFGRPYEGIAVFDGKKITVTGTLWNGNKIIDERLINPDGSLLFRVTIN ; 71 5 UNP GBB1_HUMAN P62873 ? 4 ;SELDQLRQEAEQLKNQIRDARKACADATLSQITNNIDPVGRIQMRTRRTLRGHLAKIYAMHWGTDSRLLVSASQDGKLII WDSYTTNKVHAIPLRSSWVMTCAYAPSGNYVACGGLDNICSIYNLKTREGNVRVSRELAGHTGYLSCCRFLDDNQIVTSS GDTTCALWDIETGQQTTTFTGHTGDVMSLSLAPDTRLFVSGACDASAKLWDVREGMCRQTFTGHESDINAICFFPNGNAF ATGSDDATCRLFDLRADQELMTYSHDNIICGITSVSFSKSGRLLLAGYDDFNCNVWDALKADRAGVLAGHDNRVSCLGVT DDGMAVATGSWDSFLKIWN ; 2 6 UNP GBG2_HUMAN P59768 ? 5 MASNNTASIAQARKLVEQLKMEANIDRIKVSKAAADLMAYCEAHAKEDPLLTPVPASENPFREKKFFCAIL 1 7 PDB 9AST 9AST ? 6 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9AST A 1 ? 354 ? P63096 1 ? 354 ? 1 354 2 2 9AST L 1 ? 93 ? P47992 22 ? 114 ? 1 93 3 3 9AST R 1 ? 332 ? P46094 2 ? 333 ? 2 333 4 4 9AST R 334 ? 491 ? A0A482LYE4 71 ? 228 ? 335 492 5 5 9AST B 13 ? 351 ? P62873 2 ? 340 ? 2 340 6 6 9AST G 1 ? 71 ? P59768 1 ? 71 ? 1 71 7 7 9AST E 1 ? 266 ? 9AST 2 ? 254 ? 2 254 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 9AST ASN A 47 ? UNP P63096 SER 47 'engineered mutation' 47 1 1 9AST ALA A 203 ? UNP P63096 GLY 203 'engineered mutation' 203 2 1 9AST ALA A 245 ? UNP P63096 GLU 245 'engineered mutation' 245 3 1 9AST SER A 326 ? UNP P63096 ALA 326 'engineered mutation' 326 4 2 9AST CYS L 21 ? UNP P47992 VAL 42 conflict 21 5 2 9AST CYS L 59 ? UNP P47992 VAL 80 conflict 59 6 2 9AST GLY L 94 ? UNP P47992 ? ? 'expression tag' 94 7 2 9AST SER L 95 ? UNP P47992 ? ? 'expression tag' 95 8 2 9AST GLY L 96 ? UNP P47992 ? ? 'expression tag' 96 9 2 9AST SER L 97 ? UNP P47992 ? ? 'expression tag' 97 10 2 9AST GLY L 98 ? UNP P47992 ? ? 'expression tag' 98 11 2 9AST SER L 99 ? UNP P47992 ? ? 'expression tag' 99 12 2 9AST GLY L 100 ? UNP P47992 ? ? 'expression tag' 100 13 2 9AST SER L 101 ? UNP P47992 ? ? 'expression tag' 101 14 2 9AST GLY L 102 ? UNP P47992 ? ? 'expression tag' 102 15 2 9AST SER L 103 ? UNP P47992 ? ? 'expression tag' 103 16 2 9AST GLY L 104 ? UNP P47992 ? ? 'expression tag' 104 17 2 9AST SER L 105 ? UNP P47992 ? ? 'expression tag' 105 18 2 9AST GLY L 106 ? UNP P47992 ? ? 'expression tag' 106 19 2 9AST SER L 107 ? UNP P47992 ? ? 'expression tag' 107 20 2 9AST GLY L 108 ? UNP P47992 ? ? 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UNP P59768 GLU 58 conflict 58 117 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details hexameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 6 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 SER A 6 ? 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GLY R 98 SER R 133 1 ? 36 HELX_P HELX_P16 AB7 SER C 132 ? ARG C 138 ? SER R 133 ARG R 139 1 ? 7 HELX_P HELX_P17 AB8 THR C 141 ? PHE C 166 ? THR R 142 PHE R 167 1 ? 26 HELX_P HELX_P18 AB9 GLU C 178 ? SER C 214 ? GLU R 179 SER R 215 1 ? 37 HELX_P HELX_P19 AC1 ARG C 218 ? THR C 252 ? ARG R 219 THR R 253 1 ? 35 HELX_P HELX_P20 AC2 SER C 257 ? SER C 277 ? SER R 258 SER R 278 1 ? 21 HELX_P HELX_P21 AC3 SER C 277 ? VAL C 287 ? SER R 278 VAL R 288 1 ? 11 HELX_P HELX_P22 AC4 GLY C 290 ? ARG C 302 ? GLY R 291 ARG R 303 1 ? 13 HELX_P HELX_P23 AC5 GLN D 17 ? CYS D 36 ? GLN B 6 CYS B 25 1 ? 20 HELX_P HELX_P24 AC6 THR D 40 ? THR D 45 ? THR B 29 THR B 34 1 ? 6 HELX_P HELX_P25 AC7 ASN D 46 ? ILE D 48 ? ASN B 35 ILE B 37 5 ? 3 HELX_P HELX_P26 AC8 ALA E 10 ? MET E 21 ? ALA G 10 MET G 21 1 ? 12 HELX_P HELX_P27 AC9 LYS E 29 ? HIS E 44 ? LYS G 29 HIS G 44 1 ? 16 HELX_P HELX_P28 AD1 ALA F 27 ? PHE F 31 ? ALA E 28 PHE E 32 5 ? 5 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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CYS C 174 ? CYS R 102 ? 1_555 CYS R 175 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 2 CYS F 159 ? CYS F 229 ? CYS E 147 ? 1_555 CYS E 217 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' # _struct_mon_prot_cis.pdbx_id 1 _struct_mon_prot_cis.label_comp_id TYR _struct_mon_prot_cis.label_seq_id 235 _struct_mon_prot_cis.label_asym_id F _struct_mon_prot_cis.label_alt_id . _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code ? _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id TYR _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id 223 _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id E _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 PRO _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 236 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 F _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 ? _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 PRO _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 224 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 E _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num 1 _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1.10 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 6 ? AA2 ? 2 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 4 ? AA5 ? 4 ? AA6 ? 4 ? AA7 ? 4 ? AA8 ? 4 ? AA9 ? 4 ? AB1 ? 4 ? AB2 ? 4 ? AB3 ? 6 ? AB4 ? 4 ? AB5 ? 5 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? parallel AA1 3 4 ? parallel AA1 4 5 ? parallel AA1 5 6 ? parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA8 3 4 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB1 3 4 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB2 3 4 ? anti-parallel AB3 1 2 ? parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB3 3 4 ? anti-parallel AB3 4 5 ? anti-parallel AB3 5 6 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB4 2 3 ? anti-parallel AB4 3 4 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB5 2 3 ? anti-parallel AB5 3 4 ? anti-parallel AB5 4 5 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 VAL A 185 ? 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