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LA 6 NAG 1 1006 1091 NAG NAG D . # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 9B39 _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 9B39 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 9B39 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 9B39 _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.008 ? 28232 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 1.461 ? 38321 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 11.186 ? 23234 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.078 ? 4425 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.008 ? 4785 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 9B39 _struct.title 'Kainate receptor GluK2 in complex with agonist glutamate with asymmetric ligand-binding domain layer' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9B39 _struct_keywords.text 'kainate receptor, GluK2, asymmetric, LBD, MEMBRANE PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'MEMBRANE PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 2 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 4 ? I N N 4 ? J N N 2 ? K N N 2 ? L N N 2 ? M N N 3 ? N N N 3 ? O N N 5 ? P N N 6 ? 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'expression tag' 912 24 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLY A 51 ? 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C ASN 275 J NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale18 covale one ? C ASN 378 ND2 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? C ASN 378 K NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? N-Glycosylation covale19 covale one ? C ASN 412 ND2 ? ? ? 1_555 CA NAG . C1 ? ? C ASN 412 C NAG 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.432 ? N-Glycosylation covale20 covale one ? C ASN 423 ND2 ? ? ? 1_555 DA NAG . C1 ? ? C ASN 423 C NAG 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.474 ? N-Glycosylation covale21 covale one ? C ASN 430 ND2 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? C ASN 430 L NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? N-Glycosylation covale22 covale one ? C ASN 546 ND2 ? ? ? 1_555 EA NAG . C1 ? ? C ASN 546 C NAG 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale23 covale one ? C ASN 751 ND2 ? ? ? 1_555 FA NAG . C1 ? ? C ASN 751 C NAG 1007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale24 covale one ? D ASN 67 ND2 ? ? ? 1_555 HA NAG . C1 ? ? D ASN 67 D NAG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale25 covale one ? D ASN 73 ND2 ? ? ? 1_555 IA NAG . C1 ? ? D ASN 73 D NAG 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.451 ? N-Glycosylation covale26 covale one ? D ASN 378 ND2 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? D ASN 378 M NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale27 covale one ? D ASN 412 ND2 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? D ASN 412 N NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.419 ? N-Glycosylation covale28 covale one ? D ASN 430 ND2 ? ? ? 1_555 JA NAG . C1 ? ? D ASN 430 D NAG 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.453 ? N-Glycosylation covale29 covale one ? D ASN 546 ND2 ? ? ? 1_555 KA NAG . C1 ? ? D ASN 546 D NAG 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale30 covale one ? D ASN 751 ND2 ? ? ? 1_555 LA NAG . C1 ? ? D ASN 751 D NAG 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.462 ? N-Glycosylation covale31 covale both ? E NAG . O4 ? ? ? 1_555 E NAG . C1 ? ? E NAG 1 E NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? ? covale32 covale both ? E NAG . O4 ? ? ? 1_555 E BMA . C1 ? ? E NAG 2 E BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? ? covale33 covale both ? E BMA . O3 ? ? ? 1_555 E MAN . C1 ? ? E BMA 3 E MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale34 covale both ? E BMA . O6 ? ? ? 1_555 E MAN . C1 ? ? E BMA 3 E MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale35 covale both ? F NAG . O4 ? ? ? 1_555 F NAG . C1 ? ? F NAG 1 F NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.462 ? ? covale36 covale both ? F NAG . O4 ? ? ? 1_555 F BMA . C1 ? ? F NAG 2 F BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale37 covale both ? F BMA . O3 ? ? ? 1_555 F MAN . C1 ? ? F BMA 3 F MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.450 ? ? covale38 covale both ? F BMA . O6 ? ? ? 1_555 F MAN . C1 ? ? F BMA 3 F MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.451 ? ? covale39 covale both ? G NAG . O4 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? G NAG 1 G NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? ? covale40 covale both ? G NAG . O4 ? ? ? 1_555 G BMA . C1 ? ? G NAG 2 G BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? ? covale41 covale both ? H NAG . O4 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? H NAG 1 H NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.468 ? ? covale42 covale both ? I NAG . O4 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? I NAG 1 I NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.460 ? ? covale43 covale both ? J NAG . O4 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? J NAG 1 J NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? ? covale44 covale both ? J NAG . O4 ? ? ? 1_555 J BMA . C1 ? ? J NAG 2 J BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.467 ? ? covale45 covale both ? J BMA . O3 ? ? ? 1_555 J MAN . C1 ? ? J BMA 3 J MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.460 ? ? covale46 covale both ? J BMA . O6 ? ? ? 1_555 J MAN . C1 ? ? J BMA 3 J MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale47 covale both ? K NAG . O4 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? K NAG 1 K NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? ? covale48 covale both ? K NAG . O4 ? ? ? 1_555 K BMA . C1 ? ? K NAG 2 K BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? ? covale49 covale both ? K BMA . O3 ? ? ? 1_555 K MAN . C1 ? ? K BMA 3 K MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale50 covale both ? K BMA . O6 ? ? ? 1_555 K MAN . C1 ? ? K BMA 3 K MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale51 covale both ? L NAG . O4 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? L NAG 1 L NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? ? covale52 covale both ? L NAG . O4 ? ? ? 1_555 L BMA . C1 ? ? L NAG 2 L BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? ? covale53 covale both ? L BMA . O3 ? ? ? 1_555 L MAN . C1 ? ? L BMA 3 L MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale54 covale both ? L BMA . O6 ? ? ? 1_555 L MAN . C1 ? ? L BMA 3 L MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.469 ? ? covale55 covale both ? M NAG . O4 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? M NAG 1 M NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.415 ? ? covale56 covale both ? M NAG . O4 ? ? ? 1_555 M BMA . C1 ? ? M NAG 2 M BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.454 ? ? covale57 covale both ? N NAG . O4 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? N NAG 1 N NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale58 covale both ? N NAG . O4 ? ? ? 1_555 N BMA . C1 ? ? N NAG 2 N BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.455 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 GLU 441 B . ? GLU 441 B PRO 442 B ? PRO 442 B 1 -7.20 2 GLU 441 D . ? GLU 441 D PRO 442 D ? 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