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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.850 ? 20746 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 9.243 ? 12036 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.052 ? 2118 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.005 ? 2743 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 9B7P _struct.title 'Fab2-6 in complex with the capsid of Adeno-associated virus type 9' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9B7P _struct_keywords.text 'Adeno-associated virus, AAV, capsid, Fab-complex, antibody, NAb, VIRUS, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 1 ? F N N 1 ? G N N 2 ? H N N 3 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP Q6JC22_9VIRU Q6JC22 ? 1 ;MASGGGAPVADNNEGADGVGSSSGNWHCDSQWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISNSTSGGSSNDNAYFGYSTPWG YFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLNFKLFNIQVKEVTDNNGVKTIANNLTSTVQVFTDSDYQLPYVLGSAHEG CLPPFPADVFMIPQYGYLTLNDGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFQFSYEFENVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQ YLYYLSKTINGSGQNQQTLKFSVAGPSNMAVQGRNYIPGPSYRQQRVSTTVTQNNNSEFAWPGASSWALNGRNSLMNPGP AMASHKEGEDRFFPLSGSLIFGKQGTGRDNVDADKVMITNEEEIKTTNPVATESYGQVATNHQSAQAQAQTGWVQNQGIL PGMVWQDRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPLMGGFGMKHPPPQILIKNTPVPADPPTAFNKDKLNSFITQYSTGQVSVE IEWELQKENSKRWNPEIQYTSNYYKSNNVEFAVNTEGVYSEPRPIGTRYLTRNL ; 203 2 PDB 9B7P 9B7P ? 2 ? 1 3 PDB 9B7P 9B7P ? 3 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9B7P A 1 ? 534 ? Q6JC22 203 ? 736 ? 203 736 2 1 9B7P B 1 ? 534 ? Q6JC22 203 ? 736 ? 203 736 3 1 9B7P C 1 ? 534 ? Q6JC22 203 ? 736 ? 203 736 4 1 9B7P D 1 ? 534 ? Q6JC22 203 ? 736 ? 203 736 5 1 9B7P E 1 ? 534 ? Q6JC22 203 ? 736 ? 203 736 6 1 9B7P F 1 ? 534 ? Q6JC22 203 ? 736 ? 203 736 7 2 9B7P L 1 ? 104 ? 9B7P 23 ? 126 ? 23 126 8 3 9B7P H 1 ? 127 ? 9B7P 21 ? 147 ? 21 147 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details octameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 8 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 CYS A 194 ? PHE A 198 ? CYS A 396 PHE A 400 5 ? 5 HELX_P HELX_P2 AA2 THR A 290 ? ASN A 294 ? THR A 492 ASN A 496 5 ? 5 HELX_P HELX_P3 AA3 ASP A 352 ? ASP A 354 ? ASP A 554 ASP A 556 5 ? 3 HELX_P HELX_P4 AA4 GLU A 361 ? LYS A 365 ? GLU A 563 LYS A 567 5 ? 5 HELX_P HELX_P5 AA5 SER C 92 ? ASN C 102 ? SER C 294 ASN C 304 1 ? 11 HELX_P HELX_P6 AA6 SER C 229 ? LEU C 233 ? SER C 431 LEU C 435 5 ? 5 HELX_P HELX_P7 AA7 THR C 290 ? ASN C 294 ? THR C 492 ASN C 496 5 ? 5 HELX_P HELX_P8 AA8 GLU C 361 ? LYS C 365 ? GLU C 563 LYS C 567 5 ? 5 HELX_P HELX_P9 AA9 TYR D 50 ? LEU D 54 ? TYR D 252 LEU D 256 5 ? 5 HELX_P HELX_P10 AB1 SER D 61 ? GLY D 64 ? SER D 263 GLY D 266 5 ? 4 HELX_P HELX_P11 AB2 CYS D 194 ? PHE D 198 ? CYS D 396 PHE D 400 5 ? 5 HELX_P HELX_P12 AB3 ASP D 352 ? ASP D 354 ? ASP D 554 ASP D 556 5 ? 3 HELX_P HELX_P13 AB4 GLU D 361 ? LYS D 365 ? GLU D 563 LYS D 567 5 ? 5 HELX_P HELX_P14 AB5 ASN F 60 ? GLY F 64 ? ASN F 262 GLY F 266 1 ? 5 HELX_P HELX_P15 AB6 ARG F 86 ? PHE F 91 ? ARG F 288 PHE F 293 1 ? 6 HELX_P HELX_P16 AB7 SER F 92 ? ASN F 102 ? SER F 294 ASN F 304 1 ? 11 HELX_P HELX_P17 AB8 SER F 229 ? LEU F 233 ? SER F 431 LEU F 435 5 ? 5 HELX_P HELX_P18 AB9 THR F 290 ? ASN F 294 ? THR F 492 ASN F 496 5 ? 5 HELX_P HELX_P19 AC1 GLU F 361 ? THR F 367 ? GLU F 563 THR F 569 5 ? 7 HELX_P HELX_P20 AC2 GLU G 80 ? PHE G 84 ? GLU L 102 PHE L 106 5 ? 5 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? G CYS 23 SG ? ? ? 1_555 G CYS 89 SG ? ? L CYS 45 L CYS 111 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? ? disulf2 disulf ? ? H CYS 21 SG ? ? ? 1_555 H CYS 95 SG ? ? H CYS 41 H CYS 115 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? # _struct_conn_type.id disulf _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _pdbx_modification_feature.ordinal _pdbx_modification_feature.label_comp_id _pdbx_modification_feature.label_asym_id _pdbx_modification_feature.label_seq_id _pdbx_modification_feature.label_alt_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id _pdbx_modification_feature.auth_comp_id _pdbx_modification_feature.auth_asym_id _pdbx_modification_feature.auth_seq_id _pdbx_modification_feature.PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.symmetry _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id _pdbx_modification_feature.ref_comp_id _pdbx_modification_feature.type _pdbx_modification_feature.category 1 CYS G 23 ? CYS G 89 ? CYS L 45 ? 1_555 CYS L 111 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 2 CYS H 21 ? CYS H 95 ? CYS H 41 ? 1_555 CYS H 115 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 ASN 317 A . ? ASN 519 A PRO 318 A ? PRO 520 A 1 -21.63 2 ASN 317 C . ? ASN 519 C PRO 318 C ? PRO 520 C 1 -20.90 3 ASN 317 D . ? ASN 519 D PRO 318 D ? PRO 520 D 1 -18.33 4 ASN 317 F . ? ASN 519 F PRO 318 F ? PRO 520 F 1 -17.93 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 2 ? AA2 ? 3 ? AA3 ? 5 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 4 ? AA6 ? 2 ? AA7 ? 2 ? AA8 ? 3 ? AA9 ? 3 ? AB1 ? 3 ? AB2 ? 2 ? AB3 ? 4 ? AB4 ? 5 ? AB5 ? 5 ? AB6 ? 3 ? AB7 ? 3 ? AB8 ? 2 ? AB9 ? 2 ? AC1 ? 2 ? AC2 ? 2 ? AC3 ? 2 ? AC4 ? 2 ? AC5 ? 2 ? AC6 ? 3 ? AC7 ? 5 ? AC8 ? 2 ? AC9 ? 2 ? AD1 ? 2 ? AD2 ? 2 ? AD3 ? 2 ? AD4 ? 3 ? AD5 ? 3 ? AD6 ? 3 ? AD7 ? 3 ? AD8 ? 5 ? AD9 ? 5 ? AE1 ? 3 ? AE2 ? 3 ? AE3 ? 2 ? AE4 ? 2 ? AE5 ? 2 ? AE6 ? 2 ? AE7 ? 2 ? AE8 ? 2 ? AE9 ? 2 ? AF1 ? 4 ? AF2 ? 4 ? AF3 ? 4 ? AF4 ? 5 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA3 4 5 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA7 1 2 ? parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AB1 1 2 ? parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB3 3 4 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB4 2 3 ? anti-parallel AB4 3 4 ? anti-parallel AB4 4 5 ? anti-parallel AB5 1 2 ? parallel AB5 2 3 ? anti-parallel AB5 3 4 ? anti-parallel AB5 4 5 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB7 2 3 ? anti-parallel AB8 1 2 ? parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC4 1 2 ? parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC6 2 3 ? anti-parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC7 2 3 ? anti-parallel AC7 3 4 ? anti-parallel AC7 4 5 ? anti-parallel AC8 1 2 ? parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AD1 1 2 ? anti-parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD3 1 2 ? parallel AD4 1 2 ? anti-parallel AD4 2 3 ? parallel AD5 1 2 ? anti-parallel AD5 2 3 ? anti-parallel AD6 1 2 ? parallel AD6 2 3 ? anti-parallel AD7 1 2 ? anti-parallel AD7 2 3 ? anti-parallel AD8 1 2 ? anti-parallel AD8 2 3 ? anti-parallel AD8 3 4 ? anti-parallel AD8 4 5 ? anti-parallel AD9 1 2 ? parallel AD9 2 3 ? anti-parallel AD9 3 4 ? anti-parallel AD9 4 5 ? anti-parallel AE1 1 2 ? anti-parallel AE1 2 3 ? anti-parallel AE2 1 2 ? anti-parallel AE2 2 3 ? anti-parallel AE3 1 2 ? parallel AE4 1 2 ? anti-parallel AE5 1 2 ? anti-parallel AE6 1 2 ? anti-parallel AE7 1 2 ? anti-parallel AE8 1 2 ? anti-parallel AE9 1 2 ? parallel AF1 1 2 ? anti-parallel AF1 2 3 ? anti-parallel AF1 3 4 ? anti-parallel AF2 1 2 ? anti-parallel AF2 2 3 ? anti-parallel AF2 3 4 ? anti-parallel AF3 1 2 ? anti-parallel AF3 2 3 ? anti-parallel AF3 3 4 ? anti-parallel AF4 1 2 ? anti-parallel AF4 2 3 ? anti-parallel AF4 3 4 ? anti-parallel AF4 4 5 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 ARG A 43 ? 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