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V 3 CA 1 902 902 CA CA G . # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 9BBF _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 9BBF _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 9BBF _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 9BBF _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.004 ? 20180 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.680 ? 27299 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 5.038 ? 2709 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.050 ? 3090 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.006 ? 3549 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 9BBF _struct.title 'Structure of Clostridioides difficile Component A (50-463) in Complex with a CDTb Oligomer' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9BBF _struct_keywords.text 'Clostridioides, difficile, toxin, CDT, TRANSFERASE' _struct_keywords.pdbx_keywords TRANSFERASE # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 1 ? F N N 1 ? G N N 1 ? H N N 2 ? I N N 3 ? J N N 3 ? K N N 3 ? L N N 3 ? M N N 3 ? N N N 3 ? O N N 3 ? P N N 3 ? Q N N 3 ? R N N 3 ? S N N 3 ? 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V N N 3 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP A8DS70_CLODI A8DS70 ? 1 ;EIVNEDILPNNGLMGYYFTDEHFKDLKLMAPIKDGNLKFEEKKVDKLLDKDKSDVKSIRWTGRIIPSKDGEYTLSTDRDD VLMQVNTESTISNTLKVNMKKGKEYKVRIELQDKNLGSIDNLSSPNLYWELDGMKKIIPEENLFLRDYSNIEKDDPFIPN NNFFDPKLMSDWEDEDLDTDNDNIPDSYERNGYTIKDLIAVKWEDSFAEQGYKKYVSNYLESNTAGDPYTDYEKASGSFD KAIKTEARDPLVAAYPIVGVGMEKLIISTNEHASTDQGKTVSRATTNSKTESNTAGVSVNVGYQNGFTANVTTNYSHTTD NSTAVQDSNGESWNTGLSINKGESAYINANVRYYNTGTAPMYKVTPTTNLVLDGDTLSTIKAQENQIGNNLSPGDTYPKK GLSPLALNTMDQFSSRLIPINYDQLKKLDAGKQIKLETTQVSGNFGTKNSSGQIVTEGNSWSDYISQIDSISASIILDTE NESYERRVTAKNLQDPEDKTPELTIGEAIEKAFGATKKDGLLYFNDIPIDESCVELIFDDNTANKIKDSLKTLSDKKIYN VKLERGMNILIKTPTYFTNFDDYNNYPSTWSNVNTTNQDGLQGSANKLNGETKIKIPMSELKPYKRYVFSGYSKDPLTSN SIIVKIKAKEEKTDYLVPEQGYTKFSYEFETTEKDSSNIEITLIGSGTTYLDNLSITELNSTPEILDEPEVKIPTDQEIM DAHKIYFADLNFNPSTGNTYINGMYFAPTQTNKEALDYIQKYRVEATLQYSGFKDIGTKDKEMRNYLGDPNQPKTNYVNL RSYFTGGENIMTYKKLRIYAITPDDRELLVLSVD ; 43 2 UNP Q9KH42_CLODI Q9KH42 ? 2 ;KAPIERPEDFLKDKEKAKEWERKEAERIEQKLERSEKEALESYKKDSVEISKYSQTRNYFYDYQIEANSREKEYKELRNA ISKNKIDKPMYVYYFESPEKFAFNKVIRTENQNEISLEKFNEFKETIQNKLFKQDGFKDISLYEPGKGDEKPTPLLMHLK LPRNTGMLPYTNTNNVSTLIEQGYSIKIDKIVRIVIDGKHYIKAEASVVSSLDFKDDVSKGDSWGKANYNDWSNKLTPNE LADVNDYMRGGYTAINNYLISNGPVNNPNPELDSKITNIENALKREPIPTNLTVYRRSGPQEFGLTLTSPEYDFNKLENI DAFKSKWEGQALSYPNFISTSIGSVNMSAFAKRKIVLRITIPKGSPGAYLSAIPGYAGEYEVLLNHGSKFKINKIDSYKD GTITKLIVDATLIP ; 50 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9BBF A 2 ? 835 ? A8DS70 43 ? 876 ? 43 876 2 1 9BBF B 2 ? 835 ? A8DS70 43 ? 876 ? 43 876 3 1 9BBF C 2 ? 835 ? A8DS70 43 ? 876 ? 43 876 4 1 9BBF D 2 ? 835 ? A8DS70 43 ? 876 ? 43 876 5 1 9BBF E 2 ? 835 ? A8DS70 43 ? 876 ? 43 876 6 1 9BBF F 2 ? 835 ? A8DS70 43 ? 876 ? 43 876 7 1 9BBF G 2 ? 835 ? A8DS70 43 ? 876 ? 43 876 8 2 9BBF Z 1 ? 414 ? Q9KH42 50 ? 463 ? 50 463 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 9BBF MET A 1 ? UNP A8DS70 ? ? 'initiating methionine' 42 1 2 9BBF MET B 1 ? UNP A8DS70 ? ? 'initiating methionine' 42 2 3 9BBF MET C 1 ? UNP A8DS70 ? ? 'initiating methionine' 42 3 4 9BBF MET D 1 ? UNP A8DS70 ? ? 'initiating methionine' 42 4 5 9BBF MET E 1 ? UNP A8DS70 ? ? 'initiating methionine' 42 5 6 9BBF MET F 1 ? UNP A8DS70 ? ? 'initiating methionine' 42 6 7 9BBF MET G 1 ? UNP A8DS70 ? ? 'initiating methionine' 42 7 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details octameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 8 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 PRO A 186 ? GLY A 193 ? PRO A 227 GLY A 234 1 ? 8 HELX_P HELX_P2 AA2 GLU A 205 ? ALA A 209 ? GLU A 246 ALA A 250 5 ? 5 HELX_P HELX_P3 AA3 THR A 231 ? GLY A 238 ? THR A 272 GLY A 279 1 ? 8 HELX_P HELX_P4 AA4 LYS A 245 ? ARG A 249 ? LYS A 286 ARG A 290 5 ? 5 HELX_P HELX_P5 AA5 ASN A 422 ? ALA A 431 ? ASN A 463 ALA A 472 1 ? 10 HELX_P HELX_P6 AA6 TRP A 462 ? ILE A 472 ? TRP A 503 ILE A 513 1 ? 11 HELX_P HELX_P7 AA7 THR A 505 ? GLY A 515 ? THR A 546 GLY A 556 1 ? 11 HELX_P HELX_P8 AA8 ASP A 540 ? LEU A 554 ? ASP A 581 LEU A 595 1 ? 15 HELX_P HELX_P9 AA9 PRO B 186 ? GLY B 193 ? PRO B 227 GLY B 234 1 ? 8 HELX_P HELX_P10 AB1 GLU B 205 ? ALA B 209 ? GLU B 246 ALA B 250 5 ? 5 HELX_P HELX_P11 AB2 THR B 231 ? GLY B 238 ? THR B 272 GLY B 279 1 ? 8 HELX_P HELX_P12 AB3 LYS B 245 ? ARG B 249 ? LYS B 286 ARG B 290 5 ? 5 HELX_P HELX_P13 AB4 ASN B 422 ? GLY B 432 ? ASN B 463 GLY B 473 1 ? 11 HELX_P HELX_P14 AB5 TRP B 462 ? ILE B 472 ? TRP B 503 ILE B 513 1 ? 11 HELX_P HELX_P15 AB6 THR B 505 ? GLY B 515 ? 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