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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.5582 ? 23746 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0447 ? 2714 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0047 ? 3036 ? f_plane_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 6.9137 ? 3130 ? f_dihedral_angle_d ? ? # _struct.entry_id 9BDF _struct.title 'Influenza A virus Hemagglutinin H3/Darwin/6/2021 in complex with Fab ADI-85666' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9BDF _struct_keywords.text 'Hemagglutinin, Influenza A, Antibody, Fab, VIRAL PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 2 ? D N N 3 ? E N N 2 ? F N N 1 ? G N N 1 ? H N N 3 ? I N N 3 ? J N N 4 ? K N N 5 ? L N N 6 ? M N N 4 ? N N N 5 ? O N N 5 ? P N N 5 ? Q N N 5 ? R N N 4 ? S N N 7 ? T N N 7 ? U N N 7 ? V N N 7 ? W N N 7 ? X N N 7 ? Y N N 7 ? Z N N 7 ? AA N N 7 ? BA N N 7 ? CA N N 7 ? DA N N 7 ? EA N N 7 ? FA N N 7 ? GA N N 7 ? HA N N 7 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP A0A8F5JT24_9INFA A0A8F5JT24 ? 1 ;QKIPGNDNSTATLCLGHHAVPNGTIVKTITDDRIEVTNATELVQNSSIGEICDSPHQILDGGNCTLIDALLGDPQCDGFQ NKEWDLFVERSRANSNCYPYDVPDYASLRSLVASSGTLEFKNESFNWTGVKQNGTSSACIRGSSSSFFSRLNWLTSLNNI YPAQNVTMPNKEQFDKLYIWGVHHPDTDKNQISLFAQSSGRITVSTKRSQQAVIPNIGSRPRIRDIPSRISIYWTIVKPG DILLINSTGNLIAPRGYFKIRSGKSSIMRSDAPIGKCKSECITPNGSIPNDKPFQNVNRITYGACPRYVKQSTLKLATGM RNVPEKQTRGIFGAIAGFIENGWEGMVDGWYGFRHQNSEGRGQAADLKSTQAAIDQINGKLNRLIGKTNEKFHQIEKEFS EVEGRVQDLEKYVEDTKIDLWSYNAELLVALENQHTIDLTDSEMNKLFEKTKKQLRENAEDMGNGCFKIYHKCDNACIGS IRNETYDHNVYRDEALNNRFQIKGV ; 17 2 PDB 9BDF 9BDF ? 2 ? 1 3 PDB 9BDF 9BDF ? 3 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9BDF A 1 ? 505 ? 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UNP A0A8F5JT24 LYS 396 conflict 380 19 6 9BDF ILE G 432 ? UNP A0A8F5JT24 GLU 448 conflict 432 20 6 9BDF ALA G 505 ? UNP A0A8F5JT24 VAL 521 conflict 505 21 6 9BDF GLY G 506 ? UNP A0A8F5JT24 ? ? 'expression tag' 506 22 6 9BDF SER G 507 ? UNP A0A8F5JT24 ? ? 'expression tag' 507 23 6 9BDF SER G 508 ? UNP A0A8F5JT24 ? ? 'expression tag' 508 24 6 9BDF LEU G 509 ? UNP A0A8F5JT24 ? ? 'expression tag' 509 25 6 9BDF GLU G 510 ? UNP A0A8F5JT24 ? ? 'expression tag' 510 26 6 9BDF VAL G 511 ? UNP A0A8F5JT24 ? ? 'expression tag' 511 27 6 9BDF LEU G 512 ? UNP A0A8F5JT24 ? ? 'expression tag' 512 28 6 9BDF PHE G 513 ? UNP A0A8F5JT24 ? ? 'expression tag' 513 29 6 9BDF GLN G 514 ? UNP A0A8F5JT24 ? ? 'expression tag' 514 30 7 9BDF ASN H 31 ? UNP A0A8F5JT24 ASP 47 conflict 31 31 7 9BDF GLY H 53 ? UNP A0A8F5JT24 ASP 69 conflict 53 32 7 9BDF TRP H 355 ? UNP A0A8F5JT24 HIS 371 conflict 355 33 7 9BDF ILE H 380 ? UNP A0A8F5JT24 LYS 396 conflict 380 34 7 9BDF ILE H 432 ? 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'expression tag' 514 45 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details nonameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 9 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 THR A 65 ? 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TYR H 491 PHE H 500 1 ? 10 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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F CYS 14 SG ? ? ? 1_555 F CYS 466 SG ? ? G CYS 14 G CYS 466 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf11 disulf ? ? F CYS 64 SG ? ? ? 1_555 F CYS 76 SG ? ? G CYS 64 G CYS 76 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf12 disulf ? ? F CYS 97 SG ? ? ? 1_555 F CYS 139 SG ? ? G CYS 97 G CYS 139 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf13 disulf ? ? F CYS 281 SG ? ? ? 1_555 F CYS 305 SG ? ? G CYS 281 G CYS 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf14 disulf ? ? G CYS 14 SG ? ? ? 1_555 G CYS 466 SG ? ? H CYS 14 H CYS 466 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf15 disulf ? ? G CYS 52 SG ? ? ? 1_555 G CYS 277 SG ? ? H CYS 52 H CYS 277 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf16 disulf ? ? G CYS 64 SG ? ? ? 1_555 G CYS 76 SG ? ? H CYS 64 H CYS 76 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf17 disulf ? ? G CYS 97 SG ? ? ? 1_555 G CYS 139 SG ? ? H CYS 97 H CYS 139 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf18 disulf ? ? G CYS 281 SG ? ? ? 1_555 G CYS 305 SG ? ? H CYS 281 H CYS 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf19 disulf ? ? 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F ASN 285 ND2 ? ? ? 1_555 CA NAG . C1 ? ? G ASN 285 G NAG 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.454 ? N-Glycosylation covale16 covale one ? F ASN 483 ND2 ? ? ? 1_555 X NAG . C1 ? ? G ASN 483 G NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale17 covale one ? G ASN 22 ND2 ? ? ? 1_555 DA NAG . C1 ? ? H ASN 22 H NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale18 covale one ? G ASN 38 ND2 ? ? ? 1_555 EA NAG . C1 ? ? H ASN 38 H NAG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale19 covale one ? G ASN 63 ND2 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? H ASN 63 P NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale20 covale one ? G ASN 126 ND2 ? ? ? 1_555 HA NAG . C1 ? ? H ASN 126 H NAG 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale21 covale one ? G ASN 133 ND2 ? ? ? 1_555 GA NAG . C1 ? ? H ASN 133 H NAG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale22 covale one ? G ASN 165 ND2 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? H ASN 165 R NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? 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R NAG 2 R BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale41 covale both ? R BMA . O3 ? ? ? 1_555 R MAN . C1 ? ? R BMA 3 R MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _pdbx_modification_feature.ordinal _pdbx_modification_feature.label_comp_id _pdbx_modification_feature.label_asym_id _pdbx_modification_feature.label_seq_id _pdbx_modification_feature.label_alt_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id _pdbx_modification_feature.auth_comp_id _pdbx_modification_feature.auth_asym_id _pdbx_modification_feature.auth_seq_id _pdbx_modification_feature.PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.symmetry _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id _pdbx_modification_feature.ref_comp_id _pdbx_modification_feature.type _pdbx_modification_feature.category 1 NAG AA . ? 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AC3 ? 4 ? AC4 ? 5 ? AC5 ? 2 ? AC6 ? 2 ? AC7 ? 3 ? AC8 ? 2 ? AC9 ? 3 ? AD1 ? 5 ? AD2 ? 4 ? AD3 ? 2 ? AD4 ? 4 ? AD5 ? 3 ? AD6 ? 5 ? AD7 ? 2 ? AD8 ? 2 ? AD9 ? 3 ? AE1 ? 2 ? AE2 ? 3 ? AE3 ? 5 ? AE4 ? 5 ? AE5 ? 2 ? AE6 ? 4 ? AE7 ? 3 ? AE8 ? 4 ? AE9 ? 4 ? AF1 ? 4 ? AF2 ? 4 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA1 4 5 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA4 1 2 ? parallel AA4 2 3 ? parallel AA5 1 2 ? parallel AA5 2 3 ? parallel AA6 1 2 ? parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA6 4 5 ? anti-parallel AA7 1 2 ? parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA7 4 5 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB2 3 4 ? anti-parallel AB3 1 2 ? parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB3 3 4 ? anti-parallel AB3 4 5 ? anti-parallel AB3 5 6 ? anti-parallel AB4 1 2 ? parallel AB4 2 3 ? anti-parallel AB4 3 4 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB5 2 3 ? anti-parallel AB5 3 4 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB6 3 4 ? anti-parallel AB6 4 5 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB7 2 3 ? anti-parallel AB7 3 4 ? anti-parallel AB7 4 5 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB8 2 3 ? anti-parallel AB8 3 4 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AB9 2 3 ? anti-parallel AB9 3 4 ? anti-parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC1 2 3 ? anti-parallel AC1 3 4 ? anti-parallel AC2 1 2 ? parallel AC2 2 3 ? anti-parallel AC2 3 4 ? anti-parallel AC2 4 5 ? anti-parallel AC2 5 6 ? anti-parallel AC3 1 2 ? parallel AC3 2 3 ? anti-parallel AC3 3 4 ? anti-parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC4 2 3 ? anti-parallel AC4 3 4 ? anti-parallel AC4 4 5 ? anti-parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC7 1 2 ? parallel AC7 2 3 ? parallel AC8 1 2 ? parallel AC9 1 2 ? parallel AC9 2 3 ? parallel AD1 1 2 ? anti-parallel AD1 2 3 ? anti-parallel AD1 3 4 ? anti-parallel AD1 4 5 ? anti-parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD2 2 3 ? anti-parallel AD2 3 4 ? anti-parallel AD3 1 2 ? anti-parallel AD4 1 2 ? anti-parallel AD4 2 3 ? anti-parallel AD4 3 4 ? anti-parallel AD5 1 2 ? anti-parallel AD5 2 3 ? anti-parallel AD6 1 2 ? anti-parallel AD6 2 3 ? anti-parallel AD6 3 4 ? anti-parallel AD6 4 5 ? anti-parallel AD7 1 2 ? anti-parallel AD8 1 2 ? anti-parallel AD9 1 2 ? parallel AD9 2 3 ? parallel AE1 1 2 ? parallel AE2 1 2 ? parallel AE2 2 3 ? parallel AE3 1 2 ? parallel AE3 2 3 ? anti-parallel AE3 3 4 ? anti-parallel AE3 4 5 ? anti-parallel AE4 1 2 ? parallel AE4 2 3 ? anti-parallel AE4 3 4 ? anti-parallel AE4 4 5 ? anti-parallel AE5 1 2 ? anti-parallel AE6 1 2 ? anti-parallel AE6 2 3 ? anti-parallel AE6 3 4 ? anti-parallel AE7 1 2 ? anti-parallel AE7 2 3 ? anti-parallel AE8 1 2 ? anti-parallel AE8 2 3 ? anti-parallel AE8 3 4 ? anti-parallel AE9 1 2 ? anti-parallel AE9 2 3 ? anti-parallel AE9 3 4 ? anti-parallel AF1 1 2 ? anti-parallel AF1 2 3 ? anti-parallel AF1 3 4 ? anti-parallel AF2 1 2 ? anti-parallel AF2 2 3 ? anti-parallel AF2 3 4 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 GLY A 360 ? 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ALA B 93 GLU B 103 AB3 4 TYR B 34 ? GLN B 41 ? TYR B 34 GLN B 41 AB3 5 GLU B 48 ? VAL B 53 ? GLU B 48 VAL B 53 AB3 6 THR B 59 ? TYR B 61 ? THR B 59 TYR B 61 AB4 1 LEU B 11 ? VAL B 12 ? LEU B 11 VAL B 12 AB4 2 THR B 120 ? VAL B 124 ? THR B 120 VAL B 124 AB4 3 ALA B 93 ? GLU B 103 ? ALA B 93 GLU B 103 AB4 4 PHE B 109 ? VAL B 115 ? PHE B 109 VAL B 115 AB5 1 GLN C 3 ? SER C 7 ? GLN C 3 SER C 7 AB5 2 LEU C 18 ? SER C 25 ? LEU C 18 SER C 25 AB5 3 GLN C 79 ? LEU C 84 ? GLN C 79 LEU C 84 AB5 4 VAL C 69 ? ASP C 74 ? VAL C 69 ASP C 74 AB6 1 THR C 59 ? TYR C 61 ? THR C 59 TYR C 61 AB6 2 GLU C 48 ? VAL C 53 ? GLU C 48 VAL C 53 AB6 3 TYR C 34 ? GLN C 41 ? TYR C 34 GLN C 41 AB6 4 ALA C 93 ? GLU C 103 ? ALA C 93 GLU C 103 AB6 5 PHE C 109 ? TRP C 116 ? PHE C 109 TRP C 116 AB7 1 THR C 59 ? TYR C 61 ? THR C 59 TYR C 61 AB7 2 GLU C 48 ? VAL C 53 ? GLU C 48 VAL C 53 AB7 3 TYR C 34 ? GLN C 41 ? TYR C 34 GLN C 41 AB7 4 ALA C 93 ? GLU C 103 ? ALA C 93 GLU C 103 AB7 5 THR C 120 ? VAL C 122 ? 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