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Q99570 1 ? 1358 ? 1 1358 2 2 9C82 B 1 ? 887 ? Q8NEB9 1 ? 887 ? 1 887 3 3 9C82 C 1 ? 492 ? Q6ZNE5 1 ? 492 ? 1 492 4 4 9C82 D 1 ? 450 ? Q14457 1 ? 450 ? 1 450 5 5 9C82 F 1 ? 640 ? Q8TDY2 1 ? 640 ? 1 640 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details pentameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 5 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E # loop_ _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 1 1 'electron microscopy' ? 2 1 'assay for oligomerization' 'The complex formation was confirmed by strep pulldown' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 LEU A 64 ? ASN A 79 ? LEU A 64 ASN A 79 1 ? 16 HELX_P HELX_P2 AA2 LEU A 110 ? THR A 116 ? LEU A 110 THR A 116 1 ? 7 HELX_P HELX_P3 AA3 ASN A 121 ? GLY A 143 ? ASN A 121 GLY A 143 1 ? 23 HELX_P HELX_P4 AA4 ASN A 179 ? PHE A 187 ? ASN A 179 PHE A 187 1 ? 9 HELX_P HELX_P5 AA5 ALA A 198 ? PHE A 202 ? ALA A 198 PHE A 202 5 ? 5 HELX_P HELX_P6 AA6 LYS A 236 ? GLU A 254 ? LYS A 236 GLU A 254 1 ? 19 HELX_P HELX_P7 AA7 ASP A 260 ? GLY A 270 ? ASP A 260 GLY A 270 1 ? 11 HELX_P HELX_P8 AA8 PRO A 274 ? ILE A 281 ? PRO A 274 ILE A 281 1 ? 8 HELX_P HELX_P9 AA9 ASP A 283 ? ILE A 294 ? ASP A 283 ILE A 294 1 ? 12 HELX_P HELX_P10 AB1 ALA A 304 ? ASN A 314 ? ALA A 304 ASN A 314 1 ? 11 HELX_P HELX_P11 AB2 ILE A 319 ? ALA A 332 ? ILE A 319 ALA A 332 1 ? 14 HELX_P HELX_P12 AB3 SER A 338 ? CYS A 358 ? SER A 338 CYS A 358 1 ? 21 HELX_P HELX_P13 AB4 ASN A 373 ? GLN A 387 ? ASN A 373 GLN A 387 1 ? 15 HELX_P HELX_P14 AB5 TYR A 391 ? SER A 410 ? TYR A 391 SER A 410 1 ? 20 HELX_P HELX_P15 AB6 GLU A 412 ? SER A 426 ? GLU A 412 SER A 426 1 ? 15 HELX_P HELX_P16 AB7 VAL A 430 ? LEU A 447 ? VAL A 430 LEU A 447 1 ? 18 HELX_P HELX_P17 AB8 PRO A 452 ? LEU A 470 ? PRO A 452 LEU A 470 1 ? 19 HELX_P HELX_P18 AB9 ALA A 475 ? ASN A 504 ? ALA A 475 ASN A 504 1 ? 30 HELX_P HELX_P19 AC1 ASP A 527 ? LEU A 545 ? ASP A 527 LEU A 545 1 ? 19 HELX_P HELX_P20 AC2 GLU A 549 ? ILE A 561 ? GLU A 549 ILE A 561 1 ? 13 HELX_P HELX_P21 AC3 THR A 562 ? VAL A 566 ? THR A 562 VAL A 566 5 ? 5 HELX_P HELX_P22 AC4 PHE A 568 ? PHE A 584 ? PHE A 568 PHE A 584 1 ? 17 HELX_P HELX_P23 AC5 ASP A 590 ? GLY A 609 ? ASP A 590 GLY A 609 1 ? 20 HELX_P HELX_P24 AC6 SER A 612 ? SER A 625 ? SER A 612 SER A 625 1 ? 14 HELX_P HELX_P25 AC7 GLU A 628 ? GLY A 646 ? GLU A 628 GLY A 646 1 ? 19 HELX_P HELX_P26 AC8 LEU A 648 ? LEU A 664 ? LEU A 648 LEU A 664 1 ? 17 HELX_P HELX_P27 AC9 ASN A 668 ? ILE A 686 ? ASN A 668 ILE A 686 1 ? 19 HELX_P HELX_P28 AD1 SER A 687 ? ASP A 700 ? SER A 687 ASP A 700 1 ? 14 HELX_P HELX_P29 AD2 LYS A 713 ? LEU A 720 ? LYS A 713 LEU A 720 1 ? 8 HELX_P HELX_P30 AD3 SER A 725 ? SER A 735 ? SER A 725 SER A 735 1 ? 11 HELX_P HELX_P31 AD4 ASP A 737 ? ASN A 753 ? ASP A 737 ASN A 753 1 ? 17 HELX_P HELX_P32 AD5 GLU A 763 ? MET A 779 ? GLU A 763 MET A 779 1 ? 17 HELX_P HELX_P33 AD6 GLU A 782 ? VAL A 805 ? GLU A 782 VAL A 805 1 ? 24 HELX_P HELX_P34 AD7 SER A 1022 ? GLU A 1026 ? SER A 1022 GLU A 1026 1 ? 5 HELX_P HELX_P35 AD8 ILE A 1071 ? LYS A 1075 ? ILE A 1071 LYS A 1075 5 ? 5 HELX_P HELX_P36 AD9 SER B 34 ? ASP B 41 ? SER B 34 ASP B 41 1 ? 8 HELX_P HELX_P37 AE1 MET B 43 ? PHE B 46 ? MET B 43 PHE B 46 5 ? 4 HELX_P HELX_P38 AE2 SER B 47 ? GLU B 52 ? SER B 47 GLU B 52 1 ? 6 HELX_P HELX_P39 AE3 GLN B 171 ? GLN B 184 ? GLN B 171 GLN B 184 1 ? 14 HELX_P HELX_P40 AE4 ASP B 191 ? SER B 211 ? ASP B 191 SER B 211 1 ? 21 HELX_P HELX_P41 AE5 ASP C 77 ? ILE C 205 ? ASP C 77 ILE C 205 1 ? 129 HELX_P HELX_P42 AE6 ASP C 275 ? TYR C 279 ? ASP C 275 TYR C 279 5 ? 5 HELX_P HELX_P43 AE7 PRO C 299 ? LEU C 321 ? PRO C 299 LEU C 321 1 ? 23 HELX_P HELX_P44 AE8 CYS C 330 ? GLY C 336 ? CYS C 330 GLY C 336 1 ? 7 HELX_P HELX_P45 AE9 LYS C 341 ? GLN C 362 ? LYS C 341 GLN C 362 1 ? 22 HELX_P HELX_P46 AF1 ASN C 365 ? GLN C 370 ? ASN C 365 GLN C 370 1 ? 6 HELX_P HELX_P47 AF2 HIS C 373 ? SER C 383 ? HIS C 373 SER C 383 1 ? 11 HELX_P HELX_P48 AF3 ASN D 111 ? SER D 127 ? ASN D 111 SER D 127 1 ? 17 HELX_P HELX_P49 AF4 ASP D 133 ? LEU D 136 ? ASP D 133 LEU D 136 5 ? 4 HELX_P HELX_P50 AF5 CYS D 137 ? LEU D 169 ? CYS D 137 LEU D 169 1 ? 33 HELX_P HELX_P51 AF6 GLN D 171 ? THR D 267 ? GLN D 171 THR D 267 1 ? 97 HELX_P HELX_P52 AF7 ASN D 268 ? HIS D 275 ? ASN D 268 HIS D 275 1 ? 8 HELX_P HELX_P53 AF8 GLU D 299 ? MET D 321 ? GLU D 299 MET D 321 1 ? 23 HELX_P HELX_P54 AF9 LYS D 364 ? LYS D 385 ? LYS D 364 LYS D 385 1 ? 22 HELX_P HELX_P55 AG1 GLU D 422 ? ASN D 449 ? GLU D 422 ASN D 449 1 ? 28 HELX_P HELX_P56 AG2 ASP E 17 ? THR E 21 ? ASP F 17 THR F 21 5 ? 5 HELX_P HELX_P57 AG3 THR E 24 ? LYS E 35 ? THR F 24 LYS F 35 1 ? 12 HELX_P HELX_P58 AG4 ARG E 58 ? SER E 63 ? ARG F 58 SER F 63 5 ? 6 HELX_P HELX_P59 AG5 ASN E 75 ? CYS E 81 ? ASN F 75 CYS F 81 1 ? 7 HELX_P HELX_P60 AG6 PHE E 92 ? MET E 108 ? PHE F 92 MET F 108 1 ? 17 HELX_P HELX_P61 AG7 THR E 114 ? ILE E 202 ? THR F 114 ILE F 202 1 ? 89 HELX_P HELX_P62 AG8 LEU E 308 ? ARG E 317 ? LEU F 308 ARG F 317 1 ? 10 HELX_P HELX_P63 AG9 ASP E 320 ? LEU E 335 ? ASP F 320 LEU F 335 1 ? 16 HELX_P HELX_P64 AH1 ASP E 336 ? ASP E 355 ? ASP F 336 ASP F 355 1 ? 20 HELX_P HELX_P65 AH2 ASN E 356 ? ALA E 361 ? ASN F 356 ALA F 361 1 ? 6 HELX_P HELX_P66 AH3 GLY E 364 ? LEU E 403 ? GLY F 364 LEU F 403 1 ? 40 HELX_P HELX_P67 AH4 ASP E 411 ? VAL E 492 ? ASP F 411 VAL F 492 1 ? 82 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 3 ? AA2 ? 4 ? AA3 ? 4 ? AA4 ? 4 ? AA5 ? 4 ? AA6 ? 4 ? AA7 ? 3 ? AA8 ? 3 ? AA9 ? 3 ? AB1 ? 2 ? AB2 ? 2 ? AB3 ? 4 ? AB4 ? 2 ? AB5 ? 3 ? AB6 ? 3 ? AB7 ? 2 ? 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Mixed the above two complexes in a molecular ratio of 1.5:1 and purified the supercomplex by strep pulldown of the TSF-tagged VPS15. ; _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? _em_entity_assembly.entity_id_list '1, 2, 3, 4, 5' # _em_imaging.entry_id 9C82 _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'TFS KRIOS' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model ? _em_imaging.details ? _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_min 800 _em_imaging.nominal_defocus_max 2000 _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification 81000 _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.alignment_procedure 'COMA FREE' _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen NITROGEN # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.method ? _em_sample_support.grid_material COPPER _em_sample_support.grid_mesh_size 300 _em_sample_support.grid_type 'Quantifoil R2/1' _em_sample_support.details '25 mA' _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.citation_id ? # _em_vitrification.entry_id 9C82 _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature 277 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.details 'added 0.05% (w/v) octylglucopyranoside as surfactant' # _em_experiment.entry_id 9C82 _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A MET 1 ? 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