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K TYR 73 CE2 166 1 Y 1 K TYR 70 ? CZ ? K TYR 73 CZ 167 1 Y 1 K TYR 70 ? OH ? K TYR 73 OH 168 1 Y 1 K GLU 71 ? CG ? K GLU 74 CG 169 1 Y 1 K GLU 71 ? CD ? K GLU 74 CD 170 1 Y 1 K GLU 71 ? OE1 ? K GLU 74 OE1 171 1 Y 1 K GLU 71 ? OE2 ? K GLU 74 OE2 172 1 Y 1 K ARG 72 ? CG ? K ARG 75 CG 173 1 Y 1 K ARG 72 ? CD ? K ARG 75 CD 174 1 Y 1 K ARG 72 ? NE ? K ARG 75 NE 175 1 Y 1 K ARG 72 ? CZ ? K ARG 75 CZ 176 1 Y 1 K ARG 72 ? NH1 ? K ARG 75 NH1 177 1 Y 1 K ARG 72 ? NH2 ? K ARG 75 NH2 178 1 Y 1 K GLU 73 ? CG ? K GLU 76 CG 179 1 Y 1 K GLU 73 ? CD ? K GLU 76 CD 180 1 Y 1 K GLU 73 ? OE1 ? K GLU 76 OE1 181 1 Y 1 K GLU 73 ? OE2 ? K GLU 76 OE2 182 1 Y 1 K MET 74 ? CG ? K MET 77 CG 183 1 Y 1 K MET 74 ? SD ? K MET 77 SD 184 1 Y 1 K MET 74 ? CE ? 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'expression tag' -1 12 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details undecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 11 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLY A 44 ? 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O GLY H 53 # _pdbx_entry_details.entry_id 9CG9 _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest ? _pdbx_entry_details.has_protein_modification N # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 GLN G 104 ? ? 56.94 15.63 2 1 LYS K 28 ? ? -141.04 -22.72 # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 9CG9 _em_3d_fitting.method ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.details ? _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_space ? _em_3d_fitting.ref_protocol ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 9CG9 _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.resolution 2.94 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 42115 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 7.5 # loop_ _em_entity_assembly.id _em_entity_assembly.parent_id _em_entity_assembly.source _em_entity_assembly.type _em_entity_assembly.name _em_entity_assembly.details _em_entity_assembly.synonym _em_entity_assembly.oligomeric_details _em_entity_assembly.entity_id_list 1 0 'MULTIPLE SOURCES' COMPLEX 'Complex of nucleosome with HMGB1' ;Individual histones were recombinantly expressed and purified from E. coli BL21(DE3) pLysS as lyopholized powder. Histone octamer was refolded using urea and dialysis and then purified. Widom 601 147-mer DNA with 10 base pairs flanking DNA was generated by PCR. Nucleosome was generated through salt-gradient dialysis of reconstituted histone octamer with DNA. Full-length HMGB1 was recombinantly expressed and purified from E. coli BL21(DE3) Rosetta. ; ? ? '1, 2, 3, 4, 5, 6, 7' 2 1 'MULTIPLE SOURCES' COMPLEX '0/10 nucleosome with Xenopus laevis histones' ;Histones recombinantly expressed in E. coli. DNA generated by PCR. ; ? ? '1, 2, 3, 4, 5, 6' 3 1 'MULTIPLE SOURCES' COMPLEX 'High mobility group protein B1' 'Recombinantly expressed and purified from E. coli.' ? ? 7 # _em_imaging.entry_id 9CG9 _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.details ? _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_min 800 _em_imaging.nominal_defocus_max 2000 _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification 105000 _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.alignment_procedure 'COMA FREE' _em_imaging.c2_aperture_diameter 70 _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen NITROGEN # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.method ? _em_sample_support.grid_material GOLD _em_sample_support.grid_mesh_size 200 _em_sample_support.grid_type 'Quantifoil R1.2/1.3' _em_sample_support.details ? _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.citation_id ? # _em_vitrification.entry_id 9CG9 _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature 278 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.details '3 uL of sample was applied to grid.' # _em_experiment.entry_id 9CG9 _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 9CG9 _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A ALA 1 ? A ALA 1 2 1 Y 1 A ARG 2 ? A ARG 2 3 1 Y 1 A THR 3 ? A THR 3 4 1 Y 1 A LYS 4 ? A LYS 4 5 1 Y 1 A GLN 5 ? A GLN 5 6 1 Y 1 A THR 6 ? A THR 6 7 1 Y 1 A ALA 7 ? A ALA 7 8 1 Y 1 A ARG 8 ? A ARG 8 9 1 Y 1 A LYS 9 ? A LYS 9 10 1 Y 1 A SER 10 ? A SER 10 11 1 Y 1 A THR 11 ? A THR 11 12 1 Y 1 A GLY 12 ? A GLY 12 13 1 Y 1 A GLY 13 ? A GLY 13 14 1 Y 1 A LYS 14 ? A LYS 14 15 1 Y 1 A ALA 15 ? A ALA 15 16 1 Y 1 A PRO 16 ? A PRO 16 17 1 Y 1 A ARG 17 ? A ARG 17 18 1 Y 1 A LYS 18 ? A LYS 18 19 1 Y 1 A GLN 19 ? A GLN 19 20 1 Y 1 A LEU 20 ? A LEU 20 21 1 Y 1 A ALA 21 ? A ALA 21 22 1 Y 1 A THR 22 ? A THR 22 23 1 Y 1 A LYS 23 ? A LYS 23 24 1 Y 1 A ALA 24 ? A ALA 24 25 1 Y 1 A ALA 25 ? A ALA 25 26 1 Y 1 A ARG 26 ? A ARG 26 27 1 Y 1 A LYS 27 ? A LYS 27 28 1 Y 1 A SER 28 ? A SER 28 29 1 Y 1 A ALA 29 ? A ALA 29 30 1 Y 1 A PRO 30 ? A PRO 30 31 1 Y 1 A ALA 31 ? A ALA 31 32 1 Y 1 A THR 32 ? A THR 32 33 1 Y 1 A GLY 33 ? A GLY 33 34 1 Y 1 A GLY 34 ? A GLY 34 35 1 Y 1 A VAL 35 ? A VAL 35 36 1 Y 1 A LYS 36 ? A LYS 36 37 1 Y 1 A ALA 135 ? A ALA 135 38 1 Y 1 B SER 1 ? B SER 1 39 1 Y 1 B GLY 2 ? B GLY 2 40 1 Y 1 B ARG 3 ? B ARG 3 41 1 Y 1 B GLY 4 ? B GLY 4 42 1 Y 1 B LYS 5 ? B LYS 5 43 1 Y 1 B GLY 6 ? B GLY 6 44 1 Y 1 B GLY 7 ? B GLY 7 45 1 Y 1 B LYS 8 ? B LYS 8 46 1 Y 1 B GLY 9 ? B GLY 9 47 1 Y 1 B LEU 10 ? B LEU 10 48 1 Y 1 B GLY 11 ? B GLY 11 49 1 Y 1 B LYS 12 ? B LYS 12 50 1 Y 1 B GLY 13 ? B GLY 13 51 1 Y 1 B GLY 14 ? B GLY 14 52 1 Y 1 B ALA 15 ? B ALA 15 53 1 Y 1 B LYS 16 ? B LYS 16 54 1 Y 1 B ARG 17 ? B ARG 17 55 1 Y 1 B HIS 18 ? B HIS 18 56 1 Y 1 B ARG 19 ? B ARG 19 57 1 Y 1 B LYS 20 ? B LYS 20 58 1 Y 1 B VAL 21 ? B VAL 21 59 1 Y 1 B LEU 22 ? B LEU 22 60 1 Y 1 B GLY 102 ? B GLY 102 61 1 Y 1 C SER 1 ? C SER 1 62 1 Y 1 C GLY 2 ? C GLY 2 63 1 Y 1 C ARG 3 ? C ARG 3 64 1 Y 1 C GLY 4 ? C GLY 4 65 1 Y 1 C LYS 5 ? C LYS 5 66 1 Y 1 C GLN 6 ? C GLN 6 67 1 Y 1 C GLY 7 ? C GLY 7 68 1 Y 1 C GLY 8 ? C GLY 8 69 1 Y 1 C LYS 9 ? C LYS 9 70 1 Y 1 C LYS 119 ? C LYS 119 71 1 Y 1 C THR 120 ? C THR 120 72 1 Y 1 C GLU 121 ? C GLU 121 73 1 Y 1 C SER 122 ? C SER 122 74 1 Y 1 C SER 123 ? C SER 123 75 1 Y 1 C LYS 124 ? C LYS 124 76 1 Y 1 C SER 125 ? C SER 125 77 1 Y 1 C ALA 126 ? C ALA 126 78 1 Y 1 C LYS 127 ? C LYS 127 79 1 Y 1 C SER 128 ? C SER 128 80 1 Y 1 C LYS 129 ? C LYS 129 81 1 Y 1 D ALA 4 ? D ALA 1 82 1 Y 1 D LYS 5 ? D LYS 2 83 1 Y 1 D SER 6 ? D SER 3 84 1 Y 1 D ALA 7 ? D ALA 4 85 1 Y 1 D PRO 8 ? D PRO 5 86 1 Y 1 D ALA 9 ? D ALA 6 87 1 Y 1 D PRO 10 ? D PRO 7 88 1 Y 1 D LYS 11 ? D LYS 8 89 1 Y 1 D LYS 12 ? D LYS 9 90 1 Y 1 D GLY 13 ? D GLY 10 91 1 Y 1 D SER 14 ? D SER 11 92 1 Y 1 D LYS 15 ? D LYS 12 93 1 Y 1 D LYS 16 ? D LYS 13 94 1 Y 1 D ALA 17 ? D ALA 14 95 1 Y 1 D VAL 18 ? D VAL 15 96 1 Y 1 D THR 19 ? D THR 16 97 1 Y 1 D LYS 20 ? D LYS 17 98 1 Y 1 D THR 21 ? D THR 18 99 1 Y 1 D GLN 22 ? D GLN 19 100 1 Y 1 D LYS 23 ? D LYS 20 101 1 Y 1 D LYS 24 ? D LYS 21 102 1 Y 1 D ASP 25 ? D ASP 22 103 1 Y 1 D GLY 26 ? D GLY 23 104 1 Y 1 D LYS 27 ? D LYS 24 105 1 Y 1 D LYS 28 ? D LYS 25 106 1 Y 1 D ARG 29 ? D ARG 26 107 1 Y 1 D ARG 30 ? D ARG 27 108 1 Y 1 E ALA 1 ? E ALA 1 109 1 Y 1 E ARG 2 ? E ARG 2 110 1 Y 1 E THR 3 ? E THR 3 111 1 Y 1 E LYS 4 ? E LYS 4 112 1 Y 1 E GLN 5 ? E GLN 5 113 1 Y 1 E THR 6 ? E THR 6 114 1 Y 1 E ALA 7 ? E ALA 7 115 1 Y 1 E ARG 8 ? E ARG 8 116 1 Y 1 E LYS 9 ? E LYS 9 117 1 Y 1 E SER 10 ? E SER 10 118 1 Y 1 E THR 11 ? E THR 11 119 1 Y 1 E GLY 12 ? E GLY 12 120 1 Y 1 E GLY 13 ? E GLY 13 121 1 Y 1 E LYS 14 ? E LYS 14 122 1 Y 1 E ALA 15 ? E ALA 15 123 1 Y 1 E PRO 16 ? E PRO 16 124 1 Y 1 E ARG 17 ? E ARG 17 125 1 Y 1 E LYS 18 ? E LYS 18 126 1 Y 1 E GLN 19 ? E GLN 19 127 1 Y 1 E LEU 20 ? E LEU 20 128 1 Y 1 E ALA 21 ? E ALA 21 129 1 Y 1 E THR 22 ? E THR 22 130 1 Y 1 E LYS 23 ? E LYS 23 131 1 Y 1 E ALA 24 ? E ALA 24 132 1 Y 1 E ALA 25 ? E ALA 25 133 1 Y 1 E ARG 26 ? E ARG 26 134 1 Y 1 E LYS 27 ? E LYS 27 135 1 Y 1 E SER 28 ? E SER 28 136 1 Y 1 E ALA 29 ? E ALA 29 137 1 Y 1 E PRO 30 ? E PRO 30 138 1 Y 1 E ALA 31 ? E ALA 31 139 1 Y 1 E THR 32 ? E THR 32 140 1 Y 1 E GLY 33 ? E GLY 33 141 1 Y 1 E GLY 34 ? E GLY 34 142 1 Y 1 E VAL 35 ? E VAL 35 143 1 Y 1 E LYS 36 ? E LYS 36 144 1 Y 1 E ALA 135 ? E ALA 135 145 1 Y 1 F SER 1 ? F SER 1 146 1 Y 1 F GLY 2 ? F GLY 2 147 1 Y 1 F ARG 3 ? F ARG 3 148 1 Y 1 F GLY 4 ? F GLY 4 149 1 Y 1 F LYS 5 ? F LYS 5 150 1 Y 1 F GLY 6 ? F GLY 6 151 1 Y 1 F GLY 7 ? F GLY 7 152 1 Y 1 F LYS 8 ? F LYS 8 153 1 Y 1 F GLY 9 ? F GLY 9 154 1 Y 1 F LEU 10 ? F LEU 10 155 1 Y 1 F GLY 11 ? F GLY 11 156 1 Y 1 F LYS 12 ? F LYS 12 157 1 Y 1 F GLY 13 ? F GLY 13 158 1 Y 1 F GLY 14 ? F GLY 14 159 1 Y 1 F ALA 15 ? F ALA 15 160 1 Y 1 F LYS 16 ? F LYS 16 161 1 Y 1 F ARG 17 ? F ARG 17 162 1 Y 1 F HIS 18 ? F HIS 18 163 1 Y 1 F ARG 19 ? F ARG 19 164 1 Y 1 F LYS 20 ? F LYS 20 165 1 Y 1 F VAL 21 ? F VAL 21 166 1 Y 1 F LEU 22 ? F LEU 22 167 1 Y 1 F GLY 102 ? F GLY 102 168 1 Y 1 G SER 1 ? G SER 1 169 1 Y 1 G GLY 2 ? G GLY 2 170 1 Y 1 G ARG 3 ? G ARG 3 171 1 Y 1 G GLY 4 ? G GLY 4 172 1 Y 1 G LYS 5 ? 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