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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.5649 ? 9548 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0459 ? 1104 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0038 ? 1226 ? f_plane_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 5.9989 ? 1078 ? f_dihedral_angle_d ? ? # _struct.entry_id 9CKV _struct.title 'Cryo-EM structure of alpha5beta1 integrin in complex with NeoNectin' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9CKV _struct_keywords.text 'a5B1, de novo, tissue regeneration, extracellular matrix protein, SIGNALING PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'SIGNALING PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 5 ? G N N 6 ? H N N 5 ? I N N 5 ? J N N 7 ? K N N 7 ? L N N 7 ? M N N 7 ? N N N 8 ? O N N 8 ? P N N 9 ? Q N N 9 ? R N N 9 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP ITA5_HUMAN P08648 ? 1 ;MGSRTPESPLHAVQLRWGPRRRPPLLPLLLLLLPPPPRVGGFNLDAEAPAVLSGPPGSFFGFSVEFYRPGTDGVSVLVGA PKANTSQPGVLQGGAVYLCPWGASPTQCTPIEFDSKGSRLLESSLSSSEGEEPVEYKSLQWFGATVRAHGSSILACAPLY SWRTEKEPLSDPVGTCYLSTDNFTRILEYAPCRSDFSWAAGQGYCQGGFSAEFTKTGRVVLGGPGSYFWQGQILSATQEQ IAESYYPEYLINLVQGQLQTRQASSIYDDSYLGYSVAVGEFSGDDTEDFVAGVPKGNLTYGYVTILNGSDIRSLYNFSGE QMASYFGYAVAATDVNGDGLDDLLVGAPLLMDRTPDGRPQEVGRVYVYLQHPAGIEPTPTLTLTGHDEFGRFGSSLTPLG DLDQDGYNDVAIGAPFGGETQQGVVFVFPGGPGGLGSKPSQVLQPLWAASHTPDFFGSALRGGRDLDGNGYPDLIVGSFG VDKAVVYRGRPIVSASASLTIFPAMFNPEERSCSLEGNPVACINLSFCLNASGKHVADSIGFTVELQLDWQKQKGGVRRA LFLASRQATLTQTLLIQNGAREDCREMKIYLRNESEFRDKLSPIHIALNFSLDPQAPVDSHGLRPALHYQSKSRIEDKAQ ILLDCGEDNICVPDLQLEVFGEQNHVYLGDKNALNLTFHAQNVGEGGAYEAELRVTAPPEAEYSGLVRHPGNFSSLSCDY FAVNQSRLLVCDLGNPMKAGASLWGGLRFTVPHLRDTKKTIQFDFQILSKNLNNSQSDVVSFRLSVEAQAQVTLNGVSKP EAVLFPVSDWHPRDQPQKEEDLGPAVHHVYELINQGPSSISQGVLELSCPQALEGQQLLYVTRVTGLNCTTNHPINPKGL ELDPEGSLHHQQKREAPSRSSASSGPQILKCPEAECFRLRCELGPLHQQESQSLQLHFRVWAKTFLQREHQPFSLQCEAV YKALKMPYRILPRQLPQKERQVATAVQWTKAEGSYG ; 1 2 UNP ITB1_HUMAN P05556 ? 2 ;MNLQPIFWIGLISSVCCVFAQTDENRCLKANAKSCGECIQAGPNCGWCTNSTFLQEGMPTSARCDDLEALKKKGCPPDDI ENPRGSKDIKKNKNVTNRSKGTAEKLKPEDITQIQPQQLVLRLRSGEPQTFTLKFKRAEDYPIDLYYLMDLSYSMKDDLE NVKSLGTDLMNEMRRITSDFRIGFGSFVEKTVMPYISTTPAKLRNPCTSEQNCTSPFSYKNVLSLTNKGEVFNELVGKQR ISGNLDSPEGGFDAIMQVAVCGSLIGWRNVTRLLVFSTDAGFHFAGDGKLGGIVLPNDGQCHLENNMYTMSHYYDYPSIA HLVQKLSENNIQTIFAVTEEFQPVYKELKNLIPKSAVGTLSANSSNVIQLIIDAYNSLSSEVILENGKLSEGVTISYKSY CKNGVNGTGENGRKCSNISIGDEVQFEISITSNKCPKKDSDSFKIRPLGFTEEVEVILQYICECECQSEGIPESPKCHEG NGTFECGACRCNEGRVGRHCECSTDEVNSEDMDAYCRKENSSEICSNNGECVCGQCVCRKRDNTNEIYSGKFCECDNFNC DRSNGLICGGNGVCKCRVCECNPNYTGSACDCSLDTSTCEASNGQICNGRGICECGVCKCTDPKFQGQTCEMCQTCLGVC AEHKECVQCRAFNKGEKKDTCTQECSYFNITKVESRDKLPQPVQPDPVSHCKEKDVDDCWFYFTYSVNGNNEVMVHVVEN PECPTGPD ; 1 3 PDB 9CKV 9CKV ? 3 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9CKV A 1 ? 996 ? P08648 1 ? 996 ? -40 955 2 2 9CKV B 1 ? 728 ? P05556 1 ? 728 ? -19 708 3 3 9CKV C 1 ? 97 ? 9CKV -20 ? 76 ? -20 76 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 9CKV THR A 997 ? UNP P08648 ? ? 'expression tag' 956 1 1 9CKV GLY A 998 ? UNP P08648 ? ? 'expression tag' 957 2 1 9CKV GLY A 999 ? UNP P08648 ? ? 'expression tag' 958 3 1 9CKV LEU A 1000 ? UNP P08648 ? ? 'expression tag' 959 4 1 9CKV GLU A 1001 ? UNP P08648 ? ? 'expression tag' 960 5 1 9CKV VAL A 1002 ? UNP P08648 ? ? 'expression tag' 961 6 1 9CKV LEU A 1003 ? UNP P08648 ? ? 'expression tag' 962 7 1 9CKV PHE A 1004 ? UNP P08648 ? ? 'expression tag' 963 8 1 9CKV GLN A 1005 ? UNP P08648 ? ? 'expression tag' 964 9 2 9CKV ASP B 729 ? UNP P05556 ? ? 'expression tag' 709 10 2 9CKV THR B 730 ? UNP P05556 ? ? 'expression tag' 710 11 2 9CKV SER B 731 ? UNP P05556 ? ? 'expression tag' 711 12 2 9CKV GLY B 732 ? UNP P05556 ? ? 'expression tag' 712 13 2 9CKV LEU B 733 ? UNP P05556 ? ? 'expression tag' 713 14 2 9CKV GLU B 734 ? UNP P05556 ? ? 'expression tag' 714 15 2 9CKV VAL B 735 ? UNP P05556 ? ? 'expression tag' 715 16 2 9CKV LEU B 736 ? UNP P05556 ? ? 'expression tag' 716 17 2 9CKV PHE B 737 ? UNP P05556 ? ? 'expression tag' 717 18 2 9CKV GLN B 738 ? UNP P05556 ? ? 'expression tag' 718 19 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details trimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 3 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLY A 225 ? 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SER B 344 SER B 357 1 ? 14 HELX_P HELX_P16 AB7 LYS B 402 ? GLY B 404 ? LYS B 382 GLY B 384 5 ? 3 HELX_P HELX_P17 AB8 GLU B 410 ? GLY B 412 ? GLU B 390 GLY B 392 5 ? 3 HELX_P HELX_P18 AB9 PRO C 33 ? LEU C 47 ? PRO C 12 LEU C 26 1 ? 15 HELX_P HELX_P19 AC1 SER C 64 ? GLY C 79 ? SER C 43 GLY C 58 1 ? 16 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? A CYS 99 SG ? ? ? 1_555 A CYS 108 SG ? ? A CYS 58 A CYS 67 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf2 disulf ? ? A CYS 156 SG ? ? ? 1_555 A CYS 176 SG ? ? A CYS 115 A CYS 135 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf3 disulf ? ? A CYS 192 SG ? ? ? 1_555 A CYS 205 SG ? ? A CYS 151 A CYS 164 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf4 disulf ? ? B CYS 207 SG ? ? ? 1_555 B CYS 213 SG ? ? B CYS 187 B CYS 193 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf5 disulf ? ? B CYS 261 SG ? ? ? 1_555 B CYS 301 SG ? ? B CYS 241 B CYS 281 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf6 disulf ? ? B CYS 401 SG ? ? ? 1_555 B CYS 415 SG ? ? B CYS 381 B CYS 395 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? covale1 covale one ? A ASN 84 ND2 ? ? ? 1_555 D NAG . C1 ? ? A ASN 43 D NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? A ASN 182 ND2 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? A ASN 141 H NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? A ASN 297 ND2 ? ? ? 1_555 E NAG . C1 ? ? A ASN 256 E NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? A ASN 307 ND2 ? ? ? 1_555 F NAG . C1 ? ? A ASN 266 F NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? A ASN 316 ND2 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? A ASN 275 G NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? B ASN 363 ND2 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? B ASN 343 I NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? B ASN 406 ND2 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? B ASN 386 B NAG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale8 covale one ? B ASN 417 ND2 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? B ASN 397 B NAG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale9 covale both ? D NAG . O4 ? ? ? 1_555 D NAG . C1 ? ? D NAG 1 D NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.460 ? ? covale10 covale both ? D NAG . O4 ? ? ? 1_555 D BMA . C1 ? ? D NAG 2 D BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale11 covale both ? E NAG . O4 ? ? ? 1_555 E NAG . C1 ? ? E NAG 1 E NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.453 ? ? covale12 covale both ? F NAG . O4 ? ? ? 1_555 F NAG . C1 ? ? F NAG 1 F NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.456 ? ? covale13 covale both ? G NAG . O4 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? G NAG 1 G NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale14 covale both ? G NAG . O4 ? ? ? 1_555 G BMA . C1 ? ? G NAG 2 G BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? ? covale15 covale both ? G BMA . O6 ? ? ? 1_555 G MAN . C1 ? ? G BMA 3 G MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? ? covale16 covale both ? G BMA . O3 ? ? ? 1_555 G MAN . C1 ? ? G BMA 3 G MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? ? covale17 covale both ? G MAN . O3 ? ? ? 1_555 G MAN . C1 ? ? G MAN 4 G MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.450 ? ? covale18 covale both ? H NAG . O4 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? H NAG 1 H NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.461 ? ? covale19 covale both ? I NAG . O4 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? I NAG 1 I NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? ? metalc1 metalc ? ? A SER 282 OG ? ? ? 1_555 K CA . CA ? ? A SER 241 A CA 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.341 ? ? metalc2 metalc ? ? A THR 286 O ? ? ? 1_555 K CA . CA ? ? A THR 245 A CA 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.385 ? ? metalc3 metalc ? ? A ASP 288 OD1 ? ? ? 1_555 K CA . CA ? ? A ASP 247 A CA 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.443 ? ? metalc4 metalc ? ? A ASP 334 OD1 ? ? ? 1_555 J CA . CA ? ? A ASP 293 A CA 1201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.663 ? ? metalc5 metalc ? ? A ASN 336 OD1 ? ? ? 1_555 J CA . CA ? ? A ASN 295 A CA 1201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? ? metalc6 metalc ? ? A ASP 338 OD1 ? ? ? 1_555 J CA . CA ? ? A ASP 297 A CA 1201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.338 ? ? metalc7 metalc ? ? A ASP 338 OD2 ? ? ? 1_555 J CA . CA ? ? A ASP 297 A CA 1201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.423 ? ? metalc8 metalc ? ? A LEU 340 O ? ? ? 1_555 J CA . CA ? ? A LEU 299 A CA 1201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.393 ? ? metalc9 metalc ? ? A ASP 342 OD1 ? ? ? 1_555 J CA . CA ? ? A ASP 301 A CA 1201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? ? metalc10 metalc ? ? A ASP 342 OD2 ? ? ? 1_555 J CA . CA ? ? A ASP 301 A CA 1201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.400 ? ? metalc11 metalc ? ? A ASP 403 OD1 ? ? ? 1_555 L CA . CA ? ? 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